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ecc315c933
...
d5fad58f76
Author | SHA1 | Date |
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d5fad58f76 | |
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eef949f717 | |
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9d30990f72 | |
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619cfc4ad3 |
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@ -1,21 +0,0 @@
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||||||
# Patterns to ignore when building packages.
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||||||
# This supports shell glob matching, relative path matching, and
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# negation (prefixed with !). Only one pattern per line.
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.DS_Store
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# Common VCS dirs
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.git/
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.gitignore
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.bzr/
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.bzrignore
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.hg/
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.hgignore
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.svn/
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# Common backup files
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*.swp
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*.bak
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*.tmp
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*~
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# Various IDEs
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.project
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.idea/
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*.tmproj
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@ -1,5 +0,0 @@
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apiVersion: v1
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appVersion: "1.0"
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||||||
description: A Helm chart for Kubernetes
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name: molgenis
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||||||
version: 0.1.0
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@ -1,19 +0,0 @@
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||||||
1. Get the application URL by running these commands:
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{{- if .Values.ingress.enabled }}
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{{- range .Values.ingress.hosts }}
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http{{ if $.Values.ingress.tls }}s{{ end }}://{{ . }}{{ $.Values.ingress.path }}
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||||||
{{- end }}
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||||||
{{- else if contains "NodePort" .Values.service.type }}
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||||||
export NODE_PORT=$(kubectl get --namespace {{ .Release.Namespace }} -o jsonpath="{.spec.ports[0].nodePort}" services {{ template "molgenis.fullname" . }})
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||||||
export NODE_IP=$(kubectl get nodes --namespace {{ .Release.Namespace }} -o jsonpath="{.items[0].status.addresses[0].address}")
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echo http://$NODE_IP:$NODE_PORT
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{{- else if contains "LoadBalancer" .Values.service.type }}
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||||||
NOTE: It may take a few minutes for the LoadBalancer IP to be available.
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You can watch the status of by running 'kubectl get svc -w {{ template "molgenis.fullname" . }}'
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||||||
export SERVICE_IP=$(kubectl get svc --namespace {{ .Release.Namespace }} {{ template "molgenis.fullname" . }} -o jsonpath='{.status.loadBalancer.ingress[0].ip}')
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echo http://$SERVICE_IP:{{ .Values.service.port }}
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{{- else if contains "ClusterIP" .Values.service.type }}
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export POD_NAME=$(kubectl get pods --namespace {{ .Release.Namespace }} -l "app={{ template "molgenis.name" . }},release={{ .Release.Name }}" -o jsonpath="{.items[0].metadata.name}")
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||||||
echo "Visit http://127.0.0.1:8080 to use your application"
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||||||
kubectl port-forward $POD_NAME 8080:80
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||||||
{{- end }}
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@ -1,32 +0,0 @@
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||||||
{{/* vim: set filetype=mustache: */}}
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||||||
{{/*
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||||||
Expand the name of the chart.
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||||||
*/}}
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||||||
{{- define "molgenis.name" -}}
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||||||
{{- default .Chart.Name .Values.nameOverride | trunc 63 | trimSuffix "-" -}}
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||||||
{{- end -}}
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||||||
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||||||
{{/*
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||||||
Create a default fully qualified app name.
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||||||
We truncate at 63 chars because some Kubernetes name fields are limited to this (by the DNS naming spec).
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||||||
If release name contains chart name it will be used as a full name.
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||||||
*/}}
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||||||
{{- define "molgenis.fullname" -}}
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||||||
{{- if .Values.fullnameOverride -}}
|
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||||||
{{- .Values.fullnameOverride | trunc 63 | trimSuffix "-" -}}
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||||||
{{- else -}}
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||||||
{{- $name := default .Chart.Name .Values.nameOverride -}}
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||||||
{{- if contains $name .Release.Name -}}
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||||||
{{- .Release.Name | trunc 63 | trimSuffix "-" -}}
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||||||
{{- else -}}
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||||||
{{- printf "%s-%s" .Release.Name $name | trunc 63 | trimSuffix "-" -}}
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||||||
{{- end -}}
|
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||||||
{{- end -}}
|
|
||||||
{{- end -}}
|
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||||||
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||||||
{{/*
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||||||
Create chart name and version as used by the chart label.
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||||||
*/}}
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||||||
{{- define "molgenis.chart" -}}
|
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||||||
{{- printf "%s-%s" .Chart.Name .Chart.Version | replace "+" "_" | trunc 63 | trimSuffix "-" -}}
|
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||||||
{{- end -}}
|
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@ -1,128 +0,0 @@
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||||||
apiVersion: apps/v1beta2
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||||||
kind: Deployment
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||||||
metadata:
|
|
||||||
name: {{ template "molgenis.fullname" . }}
|
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||||||
labels:
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||||||
app: {{ template "molgenis.name" . }}
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|
||||||
chart: {{ template "molgenis.chart" . }}
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||||||
release: {{ .Release.Name }}
|
|
||||||
heritage: {{ .Release.Service }}
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|
||||||
spec:
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||||||
replicas: {{ .Values.replicaCount }}
|
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||||||
selector:
|
|
||||||
matchLabels:
|
|
||||||
app: {{ template "molgenis.name" . }}
|
|
||||||
release: {{ .Release.Name }}
|
|
||||||
template:
|
|
||||||
metadata:
|
|
||||||
labels:
|
|
||||||
app: {{ template "molgenis.name" . }}
|
|
||||||
release: {{ .Release.Name }}
|
|
||||||
spec:
|
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||||||
containers:
|
|
||||||
- name: molgenis
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|
||||||
{{- with .Values.molgenis }}
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||||||
image: "{{ .image.repository }}:{{ .image.tag }}"
|
|
||||||
imagePullPolicy: {{ .image.pullPolicy }}
|
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||||||
env:
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||||||
- name: molgenis.home
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||||||
value: /home/molgenis
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||||||
- name: opencpu.uri.host
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||||||
value: opencpu
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||||||
- name: elasticsearch.transport.addresses
|
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||||||
value: elasticsearch:9300
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||||||
- name: elasticsearch.cluster.name
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|
||||||
value: {{ $.Values.elasticsearch.clusterName }}
|
|
||||||
- name: db_uri
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||||||
value: "jdbc:postgresql://postgres/{{ $.Values.postgres.db }}"
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||||||
- name: db_user
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|
||||||
value: {{ $.Values.postgres.user }}
|
|
||||||
- name: db_password
|
|
||||||
value: {{ $.Values.postgres.password }}
|
|
||||||
- name: admin.password
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||||||
value: {{ .adminPassword }}
|
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||||||
- name: CATALINA_OPTS
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||||||
value: "{{ .javaOpts }}"
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||||||
ports:
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||||||
- containerPort: 8080
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||||||
command: ["sh"]
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||||||
args: ["-c", "cat"]
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||||||
livenessProbe:
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||||||
httpGet:
|
|
||||||
path: /
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||||||
port: http
|
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||||||
readinessProbe:
|
|
||||||
httpGet:
|
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||||||
path: /api/v2/version
|
|
||||||
port: http
|
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||||||
resources:
|
|
||||||
{{ toYaml .resources | indent 12 }}
|
|
||||||
{{- end }}
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||||||
|
|
||||||
- name: elasticsearch
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||||||
{{- with .Values.elasticsearch }}
|
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||||||
image: "{{ .image.repository }}:{{ .image.tag }}"
|
|
||||||
imagePullPolicy: {{ .image.pullPolicy }}
|
|
||||||
env:
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||||||
- name: cluster.name
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||||||
value: {{ .clusterName }}
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||||||
- name: bootstrap.memory_lock
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||||||
value: "true"
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||||||
- name: ES_JAVA_OPTS
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||||||
value: "{{ .javaOpts }}"
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||||||
- name: xpack.security.enabled
|
|
||||||
value: "false"
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||||||
- name: discovery.type
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||||||
value: single-node
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||||||
ports:
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||||||
- containerPort: 9200
|
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||||||
- containerPort: 9300
|
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||||||
command: ["sh"]
|
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||||||
args: ["-c", "cat"]
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||||||
resources:
|
|
||||||
{{ toYaml .resources | indent 12 }}
|
|
||||||
{{- end }}
|
|
||||||
|
|
||||||
- name: postgres
|
|
||||||
{{- with .Values.postgres }}
|
|
||||||
image: "{{ .image.repository }}:{{ .image.tag }}"
|
|
||||||
imagePullPolicy: {{ .image.pullPolicy }}
|
|
||||||
env:
|
|
||||||
- name: POSTGRES_USER
|
|
||||||
value: {{ .user }}
|
|
||||||
- name: POSTGRES_PASSWORD
|
|
||||||
value: {{ .password }}
|
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||||||
- name: POSTGRES_DB
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|
||||||
value: {{ .db }}
|
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||||||
ports:
|
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||||||
- containerPort: 5432
|
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||||||
command: ["sh"]
|
|
||||||
args: ["-c", "cat"]
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||||||
resources:
|
|
||||||
{{ toYaml .resources | indent 12 }}
|
|
||||||
{{- end }}
|
|
||||||
|
|
||||||
- name: opencpu
|
|
||||||
{{- with .Values.opencpu }}
|
|
||||||
image: "{{ .image.repository }}:{{ .image.tag }}"
|
|
||||||
imagePullPolicy: {{ .image.pullPolicy }}
|
|
||||||
ports:
|
|
||||||
- containerPort: 8004
|
|
||||||
command: ["sh"]
|
|
||||||
args: ["-c", "cat"]
|
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||||||
resources:
|
|
||||||
{{ toYaml .resources | indent 12 }}
|
|
||||||
{{- end }}
|
|
||||||
|
|
||||||
{{- with .Values.nodeSelector }}
|
|
||||||
nodeSelector:
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||||||
{{ toYaml . | indent 8 }}
|
|
||||||
{{- end }}
|
|
||||||
{{- with .Values.affinity }}
|
|
||||||
affinity:
|
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||||||
{{ toYaml . | indent 8 }}
|
|
||||||
{{- end }}
|
|
||||||
{{- with .Values.tolerations }}
|
|
||||||
tolerations:
|
|
||||||
{{ toYaml . | indent 8 }}
|
|
||||||
{{- end }}
|
|
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@ -1,38 +0,0 @@
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||||||
{{- if .Values.ingress.enabled -}}
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|
||||||
{{- $fullName := include "molgenis.fullname" . -}}
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|
||||||
{{- $ingressPath := .Values.ingress.path -}}
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||||||
apiVersion: extensions/v1beta1
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||||||
kind: Ingress
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||||||
metadata:
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||||||
name: {{ $fullName }}
|
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||||||
labels:
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||||||
app: {{ template "molgenis.name" . }}
|
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||||||
chart: {{ template "molgenis.chart" . }}
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||||||
release: {{ .Release.Name }}
|
|
||||||
heritage: {{ .Release.Service }}
|
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||||||
{{- with .Values.ingress.annotations }}
|
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||||||
annotations:
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||||||
{{ toYaml . | indent 4 }}
|
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||||||
{{- end }}
|
|
||||||
spec:
|
|
||||||
{{- if .Values.ingress.tls }}
|
|
||||||
tls:
|
|
||||||
{{- range .Values.ingress.tls }}
|
|
||||||
- hosts:
|
|
||||||
{{- range .hosts }}
|
|
||||||
- {{ . }}
|
|
||||||
{{- end }}
|
|
||||||
secretName: {{ .secretName }}
|
|
||||||
{{- end }}
|
|
||||||
{{- end }}
|
|
||||||
rules:
|
|
||||||
{{- range .Values.ingress.hosts }}
|
|
||||||
- host: {{ . }}
|
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||||||
http:
|
|
||||||
paths:
|
|
||||||
- path: {{ $ingressPath }}
|
|
||||||
backend:
|
|
||||||
serviceName: {{ $fullName }}
|
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||||||
servicePort: http
|
|
||||||
{{- end }}
|
|
||||||
{{- end }}
|
|
|
@ -1,19 +0,0 @@
|
||||||
apiVersion: v1
|
|
||||||
kind: Service
|
|
||||||
metadata:
|
|
||||||
name: {{ template "molgenis.fullname" . }}
|
|
||||||
labels:
|
|
||||||
app: {{ template "molgenis.name" . }}
|
|
||||||
chart: {{ template "molgenis.chart" . }}
|
|
||||||
release: {{ .Release.Name }}
|
|
||||||
heritage: {{ .Release.Service }}
|
|
||||||
spec:
|
|
||||||
type: {{ .Values.service.type }}
|
|
||||||
ports:
|
|
||||||
- port: {{ .Values.service.port }}
|
|
||||||
targetPort: http
|
|
||||||
protocol: TCP
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|
||||||
name: http
|
|
||||||
selector:
|
|
||||||
app: {{ template "molgenis.name" . }}
|
|
||||||
release: {{ .Release.Name }}
|
|
|
@ -1,120 +0,0 @@
|
||||||
# Source: molgenis/templates/deployment.yaml
|
|
||||||
apiVersion: apps/v1beta2
|
|
||||||
kind: Deployment
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|
||||||
metadata:
|
|
||||||
name: lanky-ragdoll-molgenis
|
|
||||||
labels:
|
|
||||||
app: molgenis
|
|
||||||
chart: molgenis-0.1.0
|
|
||||||
release: lanky-ragdoll
|
|
||||||
heritage: Tiller
|
|
||||||
spec:
|
|
||||||
replicas: 1
|
|
||||||
selector:
|
|
||||||
matchLabels:
|
|
||||||
app: molgenis
|
|
||||||
release: lanky-ragdoll
|
|
||||||
template:
|
|
||||||
metadata:
|
|
||||||
labels:
|
|
||||||
app: molgenis
|
|
||||||
release: lanky-ragdoll
|
|
||||||
spec:
|
|
||||||
containers:
|
|
||||||
- name: molgenis
|
|
||||||
image: "registry.molgenis.org/molgenis/molgenis-app:latest"
|
|
||||||
imagePullPolicy: Always
|
|
||||||
env:
|
|
||||||
- name: molgenis.home
|
|
||||||
value: /home/molgenis
|
|
||||||
- name: opencpu.uri.host
|
|
||||||
value: opencpu
|
|
||||||
- name: elasticsearch.transport.addresses
|
|
||||||
value: elasticsearch:9300
|
|
||||||
- name: elasticsearch.cluster.name
|
|
||||||
value: molgenis
|
|
||||||
- name: db_uri
|
|
||||||
value: "jdbc:postgresql://postgres/molgenis"
|
|
||||||
- name: db_user
|
|
||||||
value: molgenis
|
|
||||||
- name: db_password
|
|
||||||
value: molgenis
|
|
||||||
- name: admin.password
|
|
||||||
value: admin
|
|
||||||
- name: CATALINA_OPTS
|
|
||||||
value: "-Xmx1g -XX:+UseConcMarkSweepGC -XX:+CMSClassUnloadingEnabled"
|
|
||||||
ports:
|
|
||||||
- containerPort: 8080
|
|
||||||
livenessProbe:
|
|
||||||
httpGet:
|
|
||||||
path: /
|
|
||||||
port: http
|
|
||||||
readinessProbe:
|
|
||||||
httpGet:
|
|
||||||
path: /api/v2/version
|
|
||||||
port: http
|
|
||||||
resources:
|
|
||||||
limits:
|
|
||||||
cpu: 1
|
|
||||||
memory: 1250Mi
|
|
||||||
requests:
|
|
||||||
cpu: 200m
|
|
||||||
memory: 1Gi
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
- name: elasticsearch
|
|
||||||
image: "docker.elastic.co/elasticsearch/elasticsearch:5.5.3"
|
|
||||||
imagePullPolicy: IfNotPresent
|
|
||||||
env:
|
|
||||||
- name: cluster.name
|
|
||||||
value: molgenis
|
|
||||||
- name: bootstrap.memory_lock
|
|
||||||
value: true
|
|
||||||
- name: ES_JAVA_OPTS
|
|
||||||
value: "-Xms512m -Xmx512m"
|
|
||||||
- name: xpack.security.enabled
|
|
||||||
value: false
|
|
||||||
- name: discovery.type
|
|
||||||
value: single-node
|
|
||||||
ports:
|
|
||||||
- containerPort: 9200
|
|
||||||
- containerPort: 9300
|
|
||||||
limits:
|
|
||||||
cpu: 1
|
|
||||||
memory: 1500Mi
|
|
||||||
requests:
|
|
||||||
cpu: 100m
|
|
||||||
memory: 1Gi
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
- name: postgres
|
|
||||||
image: "postgres:9.6-alpine"
|
|
||||||
imagePullPolicy: IfNotPresent
|
|
||||||
env:
|
|
||||||
- name: POSTGRES_USER
|
|
||||||
value: molgenis
|
|
||||||
- name: POSTGRES_PASSWORD
|
|
||||||
value: molgenis
|
|
||||||
- name: POSTGRES_DB
|
|
||||||
value: molgenis
|
|
||||||
ports:
|
|
||||||
- containerPort: 5432
|
|
||||||
limits:
|
|
||||||
cpu: 1
|
|
||||||
memory: 250Mi
|
|
||||||
requests:
|
|
||||||
cpu: 100m
|
|
||||||
memory: 250Mi
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
- name: opencpu
|
|
||||||
image: "molgenis/opencpu:latest"
|
|
||||||
imagePullPolicy: Always
|
|
||||||
ports:
|
|
||||||
- containerPort: 8004
|
|
||||||
limits:
|
|
||||||
cpu: 1
|
|
||||||
memory: 512Mi
|
|
||||||
requests:
|
|
||||||
cpu: 100m
|
|
||||||
memory: 256Mi
|
|
|
@ -1,82 +0,0 @@
|
||||||
# Default values for molgenis.
|
|
||||||
|
|
||||||
replicaCount: 1
|
|
||||||
|
|
||||||
service:
|
|
||||||
type: ClusterIP
|
|
||||||
port: 8080
|
|
||||||
|
|
||||||
ingress:
|
|
||||||
enabled: false
|
|
||||||
annotations: {}
|
|
||||||
# kubernetes.io/ingress.class: nginx
|
|
||||||
# kubernetes.io/tls-acme: "true"
|
|
||||||
path: /
|
|
||||||
hosts:
|
|
||||||
- molgenis.local
|
|
||||||
tls: []
|
|
||||||
|
|
||||||
molgenis:
|
|
||||||
image:
|
|
||||||
repository: registry.molgenis.org/molgenis/molgenis-app
|
|
||||||
tag: 7.0.0-SNAPSHOT
|
|
||||||
pullPolicy: Always
|
|
||||||
adminPassword: admin
|
|
||||||
javaOpts: "-Xmx1g -XX:+UseConcMarkSweepGC -XX:+CMSClassUnloadingEnabled"
|
|
||||||
resources:
|
|
||||||
limits:
|
|
||||||
cpu: 1
|
|
||||||
memory: 1250Mi
|
|
||||||
requests:
|
|
||||||
cpu: 200m
|
|
||||||
memory: 1Gi
|
|
||||||
|
|
||||||
postgres:
|
|
||||||
image:
|
|
||||||
repository: postgres
|
|
||||||
tag: 9.6-alpine
|
|
||||||
pullPolicy: IfNotPresent
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user: molgenis
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password: molgenis
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db: molgenis
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resources:
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limits:
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cpu: 1
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memory: 250Mi
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requests:
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cpu: 100m
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memory: 250Mi
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elasticsearch:
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image:
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repository: docker.elastic.co/elasticsearch/elasticsearch
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tag: 5.5.3
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pullPolicy: IfNotPresent
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javaOpts: "-Xms512m -Xmx512m"
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clusterName: molgenis
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resources:
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limits:
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cpu: 1
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memory: 1500Mi
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requests:
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cpu: 100m
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memory: 1Gi
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opencpu:
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image:
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repository: molgenis/opencpu
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tag: latest
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pullPolicy: Always
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resources:
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limits:
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cpu: 1
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memory: 512Mi
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requests:
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cpu: 100m
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memory: 256Mi
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nodeSelector: {}
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tolerations: []
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affinity: {}
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