P281424/AMR
1
0
Fork 0
mirror of https://github.com/msberends/AMR.git synced 2025-07-09 06:02:01 +02:00
Code Releases Activity

(v1.8.1.9011) update prevalence of some genera

Browse Source
This commit is contained in:
dr. M.S. (Matthijs) Berends
2022-06-03 12:43:25 +02:00
parent 70a07bad39
commit 1b84564d36
35 changed files with 278 additions and 429 deletions
Download Patch File Download Diff File Expand all files Collapse all files

BIN
data-raw/AMR_latest.tar.gz
View File

Binary file not shown.

57
data-raw/reproduction_of_microorganisms.R
View File

@ -168,31 +168,40 @@ rm(ref_taxonomy)
rm(data_col.bak)
rm(data_dsmz.bak)
mo_found_in_NL <- c("Absidia", "Acremonium", "Actinotignum", "Aedes", "Alternaria", "Anaerosalibacter", "Ancylostoma",
"Angiostrongylus", "Anisakis", "Anopheles", "Apophysomyces", "Arachnia", "Ascaris", "Aspergillus",
"Aureobacterium", "Aureobasidium", "Bacteroides", "Balantidum", "Basidiobolus", "Beauveria",
"Bilophilia", "Blastocystis", "Branhamella", "Brochontrix", "Brugia", "Calymmatobacterium", "Candida", "Capillaria",
"Capnocytophaga", "Catabacter", "Cdc", "Chaetomium", "Chilomastix", "Chryseobacterium",
"Chryseomonas", "Chrysonilia", "Cladophialophora", "Cladosporium", "Clonorchis", "Conidiobolus",
"Contracaecum", "Cordylobia", "Cryptococcus", "Curvularia", "Demodex", "Dermatobia", "Dicrocoelium",
"Dioctophyma", "Diphyllobothrium", "Dipylidium", "Dirofilaria", "Dracunculus", "Echinococcus",
"Echinostoma", "Elisabethkingia", "Enterobius", "Enteromonas", "Euascomycetes", "Exophiala",
"Exserohilum", "Fasciola", "Fasciolopsis", "Flavobacterium", "Fonsecaea", "Fusarium", "Fusobacterium",
"Giardia", "Gnathostoma", "Hendersonula", "Heterophyes", "Hymenolepis", "Hypomyces",
"Hysterothylacium", "Kloeckera", "Koserella", "Larva", "Lecythophora", "Leishmania", "Lelliottia",
"Leptomyxida", "Leptosphaeria", "Leptotrichia", "Loa", "Lucilia", "Lumbricus", "Malassezia",
"Malbranchea", "Mansonella", "Mesocestoides", "Metagonimus", "Metarrhizium", "Molonomonas",
"Mortierella", "Mucor", "Multiceps", "Mycocentrospora", "Mycoplasma", "Nanophetus", "Nattrassia",
"Necator", "Nectria", "Novospingobium", "Ochroconis", "Oesophagostomum", "Oidiodendron", "Onchocerca",
"Opisthorchis", "Opistorchis", "Paragonimus", "Paramyxovirus", "Pediculus", "Phlebotomus",
"Phocanema", "Phoma", "Phthirus", "Piedraia", "Pithomyces", "Pityrosporum", "Prevotella",
mo_found_in_NL <- c("Absidia", "Acholeplasma", "Acremonium", "Actinotignum", "Aedes", "Alistipes",
"Alloprevotella", "Alternaria", "Anaerosalibacter", "Ancylostoma", "Angiostrongylus",
"Anisakis", "Anopheles", "Apophysomyces", "Arachnia", "Ascaris", "Aspergillus",
"Aureobacterium", "Aureobasidium", "Bacteroides", "Balantidum", "Basidiobolus",
"Beauveria", "Bergeyella", "Bilophilia", "Blastocystis", "Borrelia", "Brachyspira",
"Branhamella", "Brochontrix", "Brugia", "Butyricimonas", "Calymmatobacterium",
"Candida", "Capillaria", "Capnocytophaga", "Catabacter", "Cdc", "Cetobacterium",
"Chaetomium", "Chilomastix", "Chlamydia", "Chlamydophila", "Chryseobacterium",
"Chryseomonas", "Chrysonilia", "Cladophialophora", "Cladosporium", "Clonorchis",
"Conidiobolus", "Contracaecum", "Cordylobia", "Cryptococcus", "Curvularia", "Deinococcus",
"Demodex", "Dermatobia", "Dicrocoelium", "Dioctophyma", "Diphyllobothrium", "Dipylidium",
"Dirofilaria", "Dracunculus", "Dysgonomonas", "Echinococcus", "Echinostoma",
"Elisabethkingia", "Elizabethkingia", "Empedobacter", "Enterobius", "Enteromonas",
"Euascomycetes", "Exophiala", "Exserohilum", "Fasciola", "Fasciolopsis", "Flavobacterium",
"Fonsecaea", "Fusarium", "Fusobacterium", "Giardia", "Gnathostoma", "Haloarcula",
"Halobacterium", "Halococcus", "Hendersonula", "Heterophyes", "Hymenolepis", "Hypomyces",
"Hysterothylacium", "Kloeckera", "Koserella", "Larva", "Lecythophora", "Leishmania",
"Lelliottia", "Leptomyxida", "Leptosphaeria", "Leptotrichia", "Loa", "Lucilia", "Lumbricus",
"Malassezia", "Malbranchea", "Mansonella", "Mesocestoides", "Metagonimus", "Metarrhizium",
"Molonomonas", "Mortierella", "Mucor", "Multiceps", "Mycocentrospora", "Mycoplasma",
"Myroides", "Nanophetus", "Nattrassia", "Necator", "Nectria", "Novospingobium", "Ochroconis",
"Odoribacter", "Oesophagostomum", "Oidiodendron", "Onchocerca", "Opisthorchis",
"Opistorchis", "Ornithobacterium", "Parabacteroides", "Paragonimus", "Paramyxovirus",
"Pediculus", "Pedobacter", "Phlebotomus", "Phocaeicola", "Phocanema", "Phoma",
"Phthirus", "Piedraia", "Pithomyces", "Pityrosporum", "Porphyromonas", "Prevotella",
"Pseudallescheria", "Pseudoterranova", "Pulex", "Retortamonas", "Rhizomucor", "Rhizopus",
"Rhodotorula", "Salinococcus", "Sanguibacteroides", "Sarcophagidae", "Sarcoptes", "Schistosoma",
"Scolecobasidium", "Scopulariopsis", "Scytalidium", "Spirometra", "Sporobolomyces", "Stachybotrys",
"Stenotrophomononas", "Stomatococcus", "Strongyloides", "Syncephalastraceae", "Syngamus", "Taenia",
"Ternidens", "Torulopsis", "Toxocara", "Toxoplasma", "Treponema", "Trichinella", "Trichobilharzia", "Trichoderma",
"Trichomonas", "Trichophyton", "Trichosporon", "Trichostrongylus", "Trichuris", "Tritirachium",
"Trombicula", "Trypanosoma", "Tunga", "Ureaplasma", "Wuchereria")
"Rhodotorula", "Riemerella", "Salinococcus", "Sanguibacteroides", "Sarcophagidae", "Sarcoptes",
"Schistosoma", "Scolecobasidium", "Scopulariopsis", "Scytalidium", "Sphingobacterium",
"Spirometra", "Sporobolomyces", "Stachybotrys", "Stenotrophomononas", "Stomatococcus",
"Streptobacillus", "Strongyloides", "Syncephalastraceae", "Syngamus", "Taenia",
"Tenacibaculum", "Ternidens", "Terrimonas", "Torulopsis", "Toxocara", "Toxoplasma",
"Treponema", "Trichinella", "Trichobilharzia", "Trichoderma", "Trichomonas", "Trichophyton",
"Trichosporon", "Trichostrongylus", "Trichuris", "Tritirachium", "Trombicula", "Trypanosoma",
"Tunga", "Ureaplasma", "Victivallis", "Wautersiella", "Weeksella", "Wuchereria")
MOs <- data_total %>%
filter(