From 1c4f91ab743504bc9c4100d45bc3387123ad297e Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Matthijs S. Berends" Date: Wed, 6 Nov 2019 16:08:58 +0100 Subject: [PATCH] ci fix --- .gitlab-ci.yml | 51 ++++++++++++++++++++------------------ tests/testthat/test-mdro.R | 10 ++++---- 2 files changed, 32 insertions(+), 29 deletions(-) diff --git a/.gitlab-ci.yml b/.gitlab-ci.yml index f9685ab1..13349033 100644 --- a/.gitlab-ci.yml +++ b/.gitlab-ci.yml @@ -23,11 +23,11 @@ # chck <- rhub::check(devtools::build(), platform = c('debian-clang-devel', 'debian-gcc-devel', 'fedora-clang-devel', 'fedora-gcc-devel', 'windows-x86_64-devel', 'debian-gcc-patched', 'solaris-x86-patched', 'debian-gcc-release', 'windows-x86_64-release', 'macos-elcapitan-release', 'windows-x86_64-oldrel')) stages: - - build - - test - - deploy + - check - lint - + - test + - website + image: rocker/r-base before_script: @@ -54,7 +54,7 @@ before_script: - echo 'LANGUAGE="en_US.utf8"' > ~/.Renviron R-release: - stage: build + stage: check allow_failure: false script: - Rscript -e 'sessionInfo()' @@ -66,6 +66,7 @@ R-release: # build package - R CMD build . --no-build-vignettes --no-manual - PKG_FILE_NAME=$(ls -1t *.tar.gz | head -n 1) + - Rscript -e 'Sys.setenv(NOT_CRAN = "true")' - R CMD check "${PKG_FILE_NAME}" --no-build-vignettes --no-manual --as-cran artifacts: when: always @@ -78,7 +79,7 @@ R-release: - installed_deps/ R-devel: - stage: build + stage: check image: rocker/r-devel allow_failure: false script: @@ -91,6 +92,7 @@ R-devel: # build package - Rdevel CMD build . --no-build-vignettes --no-manual - PKG_FILE_NAME=$(ls -1t *.tar.gz | head -n 1) + - Rscript -e 'Sys.setenv(NOT_CRAN = "true")' - Rdevel CMD check "${PKG_FILE_NAME}" --no-build-vignettes --no-manual --as-cran artifacts: when: always @@ -102,8 +104,24 @@ R-devel: paths: - installed_deps/ -coverage: - stage: test +lintr: + stage: lint + allow_failure: true + when: on_success + cache: + key: r350 + paths: + - installed_deps/ + policy: pull # no uploading after run + only: + - premaster + - master + script: + # check all syntax with lintr + - Rscript -e 'lintr::lint_package()' + +codecovr: + stage: coverage allow_failure: true when: on_success cache: @@ -122,7 +140,7 @@ coverage: coverage: '/Code coverage: \d+\.\d+/' pages: - stage: deploy + stage: website when: always only: - master @@ -131,18 +149,3 @@ pages: artifacts: paths: - public - -lintr: - stage: lint - when: on_success - cache: - key: r350 - paths: - - installed_deps/ - policy: pull # no uploading after run - only: - - premaster - - master - script: - # check all syntax with lintr - - Rscript -e 'lintr::lint_package()' diff --git a/tests/testthat/test-mdro.R b/tests/testthat/test-mdro.R index 3bdce791..05432b24 100755 --- a/tests/testthat/test-mdro.R +++ b/tests/testthat/test-mdro.R @@ -130,7 +130,7 @@ test_that("mdro works", { "S. aureus", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S. aureus", "R", "R", "R", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S. aureus", "S", "S", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", - "S. aureus", "R", "R", "I", "I", "I", "I", "I", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R" + "S. aureus", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R" ) expect_equal(as.integer(mdro(stau)), c(1:4)) expect_s3_class(mdro(stau, verbose = TRUE), "data.frame") @@ -140,7 +140,7 @@ test_that("mdro works", { "Enterococcus", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "Enterococcus", "R", "R", "R", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "Enterococcus", "S", "S", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", - "Enterococcus", "R", "R", "I", "I", "I", "I", "I", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R" + "Enterococcus", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R" ) expect_equal(as.integer(mdro(ente)), c(1:4)) expect_s3_class(mdro(ente, verbose = TRUE), "data.frame") @@ -150,7 +150,7 @@ test_that("mdro works", { "E. coli", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "E. coli", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "E. coli", "S", "S", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", - "E. coli", "R", "R", "I", "I", "I", "I", "I", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R" + "E. coli", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R" ) expect_equal(as.integer(mdro(entero)), c(1:4)) expect_s3_class(mdro(entero, verbose = TRUE), "data.frame") @@ -160,7 +160,7 @@ test_that("mdro works", { "P. aeruginosa", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "P. aeruginosa", "R", "S", "S", "S", "R", "S", "S", "S", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "P. aeruginosa", "S", "S", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", - "P. aeruginosa", "R", "R", "I", "I", "I", "I", "I", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R" + "P. aeruginosa", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R" ) expect_equal(as.integer(mdro(pseud)), c(1:4)) expect_s3_class(mdro(pseud, verbose = TRUE), "data.frame") @@ -170,7 +170,7 @@ test_that("mdro works", { "A. baumannii", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "A. baumannii", "R", "R", "R", "R", "S", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "A. baumannii", "S", "S", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", - "A. baumannii", "R", "R", "I", "I", "I", "I", "I", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R" + "A. baumannii", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R" ) expect_equal(as.integer(mdro(acin)), c(1:4)) expect_s3_class(mdro(acin, verbose = TRUE), "data.frame")