mirror of
https://github.com/msberends/AMR.git
synced 2025-07-13 05:21:50 +02:00
styled, unit test fix
This commit is contained in:
@ -9,7 +9,7 @@
|
||||
# (c) 2018-2022 Berends MS, Luz CF et al. #
|
||||
# Developed at the University of Groningen, the Netherlands, in #
|
||||
# collaboration with non-profit organisations Certe Medical #
|
||||
# Diagnostics & Advice, and University Medical Center Groningen. #
|
||||
# Diagnostics & Advice, and University Medical Center Groningen. #
|
||||
# #
|
||||
# This R package is free software; you can freely use and distribute #
|
||||
# it for both personal and commercial purposes under the terms of the #
|
||||
@ -41,181 +41,222 @@ expect_stdout(outcome <- mdro(example_isolates, "nl", info = TRUE))
|
||||
expect_identical(class(outcome), c("ordered", "factor"))
|
||||
|
||||
# example_isolates should have these finding using Dutch guidelines
|
||||
expect_equal(as.double(table(outcome)),
|
||||
c(1954, 24, 6)) # 1954 neg, 24 unconfirmed, 6 pos, rest is NA
|
||||
expect_equal(
|
||||
as.double(table(outcome)),
|
||||
c(1954, 24, 6)
|
||||
) # 1954 neg, 24 unconfirmed, 6 pos, rest is NA
|
||||
|
||||
expect_equal(brmo(example_isolates, info = FALSE),
|
||||
mdro(example_isolates, guideline = "BRMO", info = FALSE))
|
||||
expect_equal(
|
||||
brmo(example_isolates, info = FALSE),
|
||||
mdro(example_isolates, guideline = "BRMO", info = FALSE)
|
||||
)
|
||||
|
||||
# test Dutch P. aeruginosa MDRO
|
||||
expect_equal(
|
||||
as.character(mdro(data.frame(mo = as.mo("P. aeruginosa"),
|
||||
cfta = "S",
|
||||
cipr = "S",
|
||||
mero = "S",
|
||||
imip = "S",
|
||||
gent = "S",
|
||||
tobr = "S",
|
||||
pita = "S"),
|
||||
guideline = "BRMO",
|
||||
col_mo = "mo",
|
||||
info = FALSE)),
|
||||
"Negative")
|
||||
as.character(mdro(data.frame(
|
||||
mo = as.mo("P. aeruginosa"),
|
||||
cfta = "S",
|
||||
cipr = "S",
|
||||
mero = "S",
|
||||
imip = "S",
|
||||
gent = "S",
|
||||
tobr = "S",
|
||||
pita = "S"
|
||||
),
|
||||
guideline = "BRMO",
|
||||
col_mo = "mo",
|
||||
info = FALSE
|
||||
)),
|
||||
"Negative"
|
||||
)
|
||||
expect_equal(
|
||||
as.character(mdro(data.frame(mo = as.mo("P. aeruginosa"),
|
||||
cefta = "R",
|
||||
cipr = "R",
|
||||
mero = "R",
|
||||
imip = "R",
|
||||
gent = "R",
|
||||
tobr = "R",
|
||||
pita = "R"),
|
||||
guideline = "BRMO",
|
||||
col_mo = "mo",
|
||||
info = FALSE)),
|
||||
"Positive")
|
||||
as.character(mdro(data.frame(
|
||||
mo = as.mo("P. aeruginosa"),
|
||||
cefta = "R",
|
||||
cipr = "R",
|
||||
mero = "R",
|
||||
imip = "R",
|
||||
gent = "R",
|
||||
tobr = "R",
|
||||
pita = "R"
|
||||
),
|
||||
guideline = "BRMO",
|
||||
col_mo = "mo",
|
||||
info = FALSE
|
||||
)),
|
||||
"Positive"
|
||||
)
|
||||
|
||||
# German 3MRGN and 4MRGN
|
||||
expect_equal(as.character(mrgn(
|
||||
data.frame(mo = c("E. coli", "E. coli", "K. pneumoniae", "E. coli",
|
||||
"A. baumannii", "A. baumannii", "A. baumannii",
|
||||
"P. aeruginosa", "P. aeruginosa", "P. aeruginosa"),
|
||||
PIP = c("S", "R", "R", "S",
|
||||
"S", "R", "R",
|
||||
"S", "R", "R"),
|
||||
CTX = c("S", "R", "R", "S",
|
||||
"R", "R", "R",
|
||||
"R", "R", "R"),
|
||||
IPM = c("S", "R", "S", "R",
|
||||
"R", "R", "S",
|
||||
"S", "R", "R"),
|
||||
CIP = c("S", "R", "R", "S",
|
||||
"R", "R", "R",
|
||||
"R", "S", "R"),
|
||||
stringsAsFactors = FALSE))),
|
||||
c("Negative", "4MRGN", "3MRGN", "4MRGN", "4MRGN", "4MRGN", "3MRGN", "Negative", "3MRGN", "4MRGN"))
|
||||
expect_equal(
|
||||
as.character(mrgn(
|
||||
data.frame(
|
||||
mo = c(
|
||||
"E. coli", "E. coli", "K. pneumoniae", "E. coli",
|
||||
"A. baumannii", "A. baumannii", "A. baumannii",
|
||||
"P. aeruginosa", "P. aeruginosa", "P. aeruginosa"
|
||||
),
|
||||
PIP = c(
|
||||
"S", "R", "R", "S",
|
||||
"S", "R", "R",
|
||||
"S", "R", "R"
|
||||
),
|
||||
CTX = c(
|
||||
"S", "R", "R", "S",
|
||||
"R", "R", "R",
|
||||
"R", "R", "R"
|
||||
),
|
||||
IPM = c(
|
||||
"S", "R", "S", "R",
|
||||
"R", "R", "S",
|
||||
"S", "R", "R"
|
||||
),
|
||||
CIP = c(
|
||||
"S", "R", "R", "S",
|
||||
"R", "R", "R",
|
||||
"R", "S", "R"
|
||||
),
|
||||
stringsAsFactors = FALSE
|
||||
)
|
||||
)),
|
||||
c("Negative", "4MRGN", "3MRGN", "4MRGN", "4MRGN", "4MRGN", "3MRGN", "Negative", "3MRGN", "4MRGN")
|
||||
)
|
||||
|
||||
# MDR TB
|
||||
expect_equal(
|
||||
# select only rifampicine, mo will be determined automatically (as M. tuberculosis),
|
||||
# number of mono-resistant strains should be equal to number of rifampicine-resistant strains
|
||||
as.double(table(mdr_tb(example_isolates[, "RIF", drop = FALSE])))[2],
|
||||
count_R(example_isolates$RIF))
|
||||
count_R(example_isolates$RIF)
|
||||
)
|
||||
|
||||
x <- data.frame(rifampicin = random_rsi(5000, prob_RSI = c(0.4, 0.1, 0.5)),
|
||||
inh = random_rsi(5000, prob_RSI = c(0.4, 0.1, 0.5)),
|
||||
gatifloxacin = random_rsi(5000, prob_RSI = c(0.4, 0.1, 0.5)),
|
||||
eth = random_rsi(5000, prob_RSI = c(0.4, 0.1, 0.5)),
|
||||
pza = random_rsi(5000, prob_RSI = c(0.4, 0.1, 0.5)),
|
||||
MFX = random_rsi(5000, prob_RSI = c(0.4, 0.1, 0.5)),
|
||||
KAN = random_rsi(5000, prob_RSI = c(0.4, 0.1, 0.5)))
|
||||
x <- data.frame(
|
||||
rifampicin = random_rsi(5000, prob_RSI = c(0.4, 0.1, 0.5)),
|
||||
inh = random_rsi(5000, prob_RSI = c(0.4, 0.1, 0.5)),
|
||||
gatifloxacin = random_rsi(5000, prob_RSI = c(0.4, 0.1, 0.5)),
|
||||
eth = random_rsi(5000, prob_RSI = c(0.4, 0.1, 0.5)),
|
||||
pza = random_rsi(5000, prob_RSI = c(0.4, 0.1, 0.5)),
|
||||
MFX = random_rsi(5000, prob_RSI = c(0.4, 0.1, 0.5)),
|
||||
KAN = random_rsi(5000, prob_RSI = c(0.4, 0.1, 0.5))
|
||||
)
|
||||
expect_true(length(unique(mdr_tb(x))) > 2)
|
||||
|
||||
# check the guideline by Magiorakos et al. (2012), the default guideline
|
||||
stau <- data.frame(mo = c("S. aureus", "S. aureus", "S. aureus", "S. aureus"),
|
||||
GEN = c("R", "R", "S", "R"),
|
||||
RIF = c("S", "R", "S", "R"),
|
||||
CPT = c("S", "R", "R", "R"),
|
||||
OXA = c("S", "R", "R", "R"),
|
||||
CIP = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
MFX = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
SXT = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
FUS = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
VAN = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
TEC = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
TLV = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
TGC = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
CLI = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
DAP = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
ERY = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
LNZ = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
CHL = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
FOS = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
QDA = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
TCY = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
DOX = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
MNO = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
stringsAsFactors = FALSE)
|
||||
stau <- data.frame(
|
||||
mo = c("S. aureus", "S. aureus", "S. aureus", "S. aureus"),
|
||||
GEN = c("R", "R", "S", "R"),
|
||||
RIF = c("S", "R", "S", "R"),
|
||||
CPT = c("S", "R", "R", "R"),
|
||||
OXA = c("S", "R", "R", "R"),
|
||||
CIP = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
MFX = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
SXT = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
FUS = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
VAN = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
TEC = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
TLV = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
TGC = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
CLI = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
DAP = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
ERY = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
LNZ = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
CHL = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
FOS = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
QDA = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
TCY = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
DOX = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
MNO = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
stringsAsFactors = FALSE
|
||||
)
|
||||
expect_equal(as.integer(mdro(stau)), c(1:4))
|
||||
expect_inherits(mdro(stau, verbose = TRUE), "data.frame")
|
||||
|
||||
ente <- data.frame(mo = c("Enterococcus", "Enterococcus", "Enterococcus", "Enterococcus"),
|
||||
GEH = c("R", "R", "S", "R"),
|
||||
STH = c("S", "R", "S", "R"),
|
||||
IPM = c("S", "R", "R", "R"),
|
||||
MEM = c("S", "R", "R", "R"),
|
||||
DOR = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
CIP = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
LVX = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
MFX = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
VAN = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
TEC = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
TGC = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
DAP = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
LNZ = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
AMP = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
QDA = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
DOX = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
MNO = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
stringsAsFactors = FALSE)
|
||||
ente <- data.frame(
|
||||
mo = c("Enterococcus", "Enterococcus", "Enterococcus", "Enterococcus"),
|
||||
GEH = c("R", "R", "S", "R"),
|
||||
STH = c("S", "R", "S", "R"),
|
||||
IPM = c("S", "R", "R", "R"),
|
||||
MEM = c("S", "R", "R", "R"),
|
||||
DOR = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
CIP = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
LVX = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
MFX = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
VAN = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
TEC = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
TGC = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
DAP = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
LNZ = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
AMP = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
QDA = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
DOX = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
MNO = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
stringsAsFactors = FALSE
|
||||
)
|
||||
expect_equal(as.integer(mdro(ente)), c(1:4))
|
||||
expect_inherits(mdro(ente, verbose = TRUE), "data.frame")
|
||||
|
||||
entero <- data.frame(mo = c("E. coli", "E. coli", "E. coli", "E. coli"),
|
||||
GEN = c("R", "R", "S", "R"), TOB = c("S", "R", "S", "R"),
|
||||
AMK = c("S", "R", "R", "R"), NET = c("S", "R", "R", "R"),
|
||||
CPT = c("S", "R", "R", "R"), TCC = c("S", "R", "R", "R"),
|
||||
TZP = c("S", "S", "R", "R"), ETP = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
IPM = c("S", "S", "R", "R"), MEM = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
DOR = c("S", "S", "R", "R"), CZO = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
CXM = c("S", "S", "R", "R"), CTX = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
CAZ = c("S", "S", "R", "R"), FEP = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
FOX = c("S", "S", "R", "R"), CTT = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
CIP = c("S", "S", "R", "R"), SXT = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
TGC = c("S", "S", "R", "R"), ATM = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
AMP = c("S", "S", "R", "R"), AMC = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
SAM = c("S", "S", "R", "R"), CHL = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
FOS = c("S", "S", "R", "R"), COL = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
TCY = c("S", "S", "R", "R"), DOX = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
MNO = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
stringsAsFactors = FALSE)
|
||||
entero <- data.frame(
|
||||
mo = c("E. coli", "E. coli", "E. coli", "E. coli"),
|
||||
GEN = c("R", "R", "S", "R"), TOB = c("S", "R", "S", "R"),
|
||||
AMK = c("S", "R", "R", "R"), NET = c("S", "R", "R", "R"),
|
||||
CPT = c("S", "R", "R", "R"), TCC = c("S", "R", "R", "R"),
|
||||
TZP = c("S", "S", "R", "R"), ETP = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
IPM = c("S", "S", "R", "R"), MEM = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
DOR = c("S", "S", "R", "R"), CZO = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
CXM = c("S", "S", "R", "R"), CTX = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
CAZ = c("S", "S", "R", "R"), FEP = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
FOX = c("S", "S", "R", "R"), CTT = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
CIP = c("S", "S", "R", "R"), SXT = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
TGC = c("S", "S", "R", "R"), ATM = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
AMP = c("S", "S", "R", "R"), AMC = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
SAM = c("S", "S", "R", "R"), CHL = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
FOS = c("S", "S", "R", "R"), COL = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
TCY = c("S", "S", "R", "R"), DOX = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
MNO = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
stringsAsFactors = FALSE
|
||||
)
|
||||
expect_equal(as.integer(mdro(entero)), c(1:4))
|
||||
expect_inherits(mdro(entero, verbose = TRUE), "data.frame")
|
||||
|
||||
pseud <- data.frame(mo = c("P. aeruginosa", "P. aeruginosa", "P. aeruginosa", "P. aeruginosa"),
|
||||
GEN = c("R", "R", "S", "R"), TOB = c("S", "S", "S", "R"),
|
||||
AMK = c("S", "S", "R", "R"), NET = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
IPM = c("S", "R", "R", "R"), MEM = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
DOR = c("S", "S", "R", "R"), CAZ = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
FEP = c("S", "R", "R", "R"), CIP = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
LVX = c("S", "S", "R", "R"), TCC = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
TZP = c("S", "S", "R", "R"), ATM = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
FOS = c("S", "S", "R", "R"), COL = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
PLB = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
stringsAsFactors = FALSE)
|
||||
pseud <- data.frame(
|
||||
mo = c("P. aeruginosa", "P. aeruginosa", "P. aeruginosa", "P. aeruginosa"),
|
||||
GEN = c("R", "R", "S", "R"), TOB = c("S", "S", "S", "R"),
|
||||
AMK = c("S", "S", "R", "R"), NET = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
IPM = c("S", "R", "R", "R"), MEM = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
DOR = c("S", "S", "R", "R"), CAZ = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
FEP = c("S", "R", "R", "R"), CIP = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
LVX = c("S", "S", "R", "R"), TCC = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
TZP = c("S", "S", "R", "R"), ATM = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
FOS = c("S", "S", "R", "R"), COL = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
PLB = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
stringsAsFactors = FALSE
|
||||
)
|
||||
expect_equal(as.integer(mdro(pseud)), c(1:4))
|
||||
expect_inherits(mdro(pseud, verbose = TRUE), "data.frame")
|
||||
|
||||
acin <- data.frame(mo = c("A. baumannii", "A. baumannii", "A. baumannii", "A. baumannii"),
|
||||
GEN = c("R", "R", "S", "R"), TOB = c("S", "R", "S", "R"),
|
||||
AMK = c("S", "R", "R", "R"), NET = c("S", "R", "R", "R"),
|
||||
IPM = c("S", "S", "R", "R"), MEM = c("S", "R", "R", "R"),
|
||||
DOR = c("S", "S", "R", "R"), CIP = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
LVX = c("S", "S", "R", "R"), TZP = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
TCC = c("S", "S", "R", "R"), CTX = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
CRO = c("S", "S", "R", "R"), CAZ = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
FEP = c("S", "R", "R", "R"), SXT = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
SAM = c("S", "S", "R", "R"), COL = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
PLB = c("S", "S", "R", "R"), TCY = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
DOX = c("S", "S", "R", "R"), MNO = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
stringsAsFactors = FALSE)
|
||||
acin <- data.frame(
|
||||
mo = c("A. baumannii", "A. baumannii", "A. baumannii", "A. baumannii"),
|
||||
GEN = c("R", "R", "S", "R"), TOB = c("S", "R", "S", "R"),
|
||||
AMK = c("S", "R", "R", "R"), NET = c("S", "R", "R", "R"),
|
||||
IPM = c("S", "S", "R", "R"), MEM = c("S", "R", "R", "R"),
|
||||
DOR = c("S", "S", "R", "R"), CIP = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
LVX = c("S", "S", "R", "R"), TZP = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
TCC = c("S", "S", "R", "R"), CTX = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
CRO = c("S", "S", "R", "R"), CAZ = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
FEP = c("S", "R", "R", "R"), SXT = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
SAM = c("S", "S", "R", "R"), COL = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
PLB = c("S", "S", "R", "R"), TCY = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
DOX = c("S", "S", "R", "R"), MNO = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
stringsAsFactors = FALSE
|
||||
)
|
||||
expect_equal(as.integer(mdro(acin)), c(1:4))
|
||||
expect_inherits(mdro(acin, verbose = TRUE), "data.frame")
|
||||
|
||||
# custom rules
|
||||
custom <- custom_mdro_guideline("CIP == 'R' & age > 60" ~ "Elderly Type A",
|
||||
"ERY == 'R' & age > 60" ~ "Elderly Type B",
|
||||
as_factor = TRUE)
|
||||
"ERY == 'R' & age > 60" ~ "Elderly Type B",
|
||||
as_factor = TRUE
|
||||
)
|
||||
expect_stdout(print(custom))
|
||||
expect_stdout(print(c(custom, custom)))
|
||||
expect_stdout(print(as.list(custom, custom)))
|
||||
@ -229,9 +270,10 @@ expect_error(custom_mdro_guideline("test"))
|
||||
expect_error(custom_mdro_guideline("test" ~ c(1:3)))
|
||||
expect_error(custom_mdro_guideline("test" ~ A))
|
||||
expect_warning(mdro(example_isolates,
|
||||
# since `test` gives an error, it will be ignored with a warning
|
||||
guideline = custom_mdro_guideline(test ~ "A"),
|
||||
info = FALSE))
|
||||
# since `test` gives an error, it will be ignored with a warning
|
||||
guideline = custom_mdro_guideline(test ~ "A"),
|
||||
info = FALSE
|
||||
))
|
||||
|
||||
# print groups
|
||||
if (AMR:::pkg_is_available("dplyr", min_version = "1.0.0")) {
|
||||
|
||||
Reference in New Issue
Block a user