mirror of
https://github.com/msberends/AMR.git
synced 2025-07-11 12:22:01 +02:00
(v1.7.1.9067) Support for Swedish and Russian
This commit is contained in:
@ -29,7 +29,7 @@
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#' @inheritSection lifecycle Stable Lifecycle
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#' @param x any [character] (vector) that can be coerced to a valid microorganism code with [as.mo()]. Can be left blank for auto-guessing the column containing microorganism codes if used in a data set, see *Examples*.
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#' @param property one of the column names of the [microorganisms] data set: `r vector_or(colnames(microorganisms), sort = FALSE, quotes = TRUE)`, or must be `"shortname"`
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#' @param language language of the returned text, defaults to system language (see [get_locale()]) and can be overwritten by setting the option `AMR_locale`, e.g. `options(AMR_locale = "de")`, see [translate]. Also used to translate text like "no growth". Use `language = NULL` or `language = ""` to prevent translation.
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#' @param language language of the returned text, defaults to system language (see [get_AMR_locale()]) and can be overwritten by setting the option `AMR_locale`, e.g. `options(AMR_locale = "de")`, see [translate]. Also used to translate text like "no growth". Use `language = NULL` or `language = ""` to prevent translation.
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#' @param ... other arguments passed on to [as.mo()], such as 'allow_uncertain' and 'ignore_pattern'
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#' @param ab any (vector of) text that can be coerced to a valid antibiotic code with [as.ab()]
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#' @param open browse the URL using [`browseURL()`][utils::browseURL()]
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@ -170,7 +170,7 @@
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#' mo_info("E. coli")
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#' }
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#' }
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mo_name <- function(x, language = get_locale(), ...) {
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mo_name <- function(x, language = get_AMR_locale(), ...) {
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if (missing(x)) {
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# this tries to find the data and an <mo> column
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x <- find_mo_col(fn = "mo_name")
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@ -190,7 +190,7 @@ mo_fullname <- mo_name
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#' @rdname mo_property
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#' @export
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mo_shortname <- function(x, language = get_locale(), ...) {
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mo_shortname <- function(x, language = get_AMR_locale(), ...) {
|
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if (missing(x)) {
|
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# this tries to find the data and an <mo> column
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||||
x <- find_mo_col(fn = "mo_shortname")
|
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@ -230,7 +230,7 @@ mo_shortname <- function(x, language = get_locale(), ...) {
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#' @rdname mo_property
|
||||
#' @export
|
||||
mo_subspecies <- function(x, language = get_locale(), ...) {
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mo_subspecies <- function(x, language = get_AMR_locale(), ...) {
|
||||
if (missing(x)) {
|
||||
# this tries to find the data and an <mo> column
|
||||
x <- find_mo_col(fn = "mo_subspecies")
|
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@ -243,7 +243,7 @@ mo_subspecies <- function(x, language = get_locale(), ...) {
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||||
#' @rdname mo_property
|
||||
#' @export
|
||||
mo_species <- function(x, language = get_locale(), ...) {
|
||||
mo_species <- function(x, language = get_AMR_locale(), ...) {
|
||||
if (missing(x)) {
|
||||
# this tries to find the data and an <mo> column
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||||
x <- find_mo_col(fn = "mo_species")
|
||||
@ -256,7 +256,7 @@ mo_species <- function(x, language = get_locale(), ...) {
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#' @rdname mo_property
|
||||
#' @export
|
||||
mo_genus <- function(x, language = get_locale(), ...) {
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mo_genus <- function(x, language = get_AMR_locale(), ...) {
|
||||
if (missing(x)) {
|
||||
# this tries to find the data and an <mo> column
|
||||
x <- find_mo_col(fn = "mo_genus")
|
||||
@ -269,7 +269,7 @@ mo_genus <- function(x, language = get_locale(), ...) {
|
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||||
#' @rdname mo_property
|
||||
#' @export
|
||||
mo_family <- function(x, language = get_locale(), ...) {
|
||||
mo_family <- function(x, language = get_AMR_locale(), ...) {
|
||||
if (missing(x)) {
|
||||
# this tries to find the data and an <mo> column
|
||||
x <- find_mo_col(fn = "mo_family")
|
||||
@ -282,7 +282,7 @@ mo_family <- function(x, language = get_locale(), ...) {
|
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|
||||
#' @rdname mo_property
|
||||
#' @export
|
||||
mo_order <- function(x, language = get_locale(), ...) {
|
||||
mo_order <- function(x, language = get_AMR_locale(), ...) {
|
||||
if (missing(x)) {
|
||||
# this tries to find the data and an <mo> column
|
||||
x <- find_mo_col(fn = "mo_order")
|
||||
@ -295,7 +295,7 @@ mo_order <- function(x, language = get_locale(), ...) {
|
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|
||||
#' @rdname mo_property
|
||||
#' @export
|
||||
mo_class <- function(x, language = get_locale(), ...) {
|
||||
mo_class <- function(x, language = get_AMR_locale(), ...) {
|
||||
if (missing(x)) {
|
||||
# this tries to find the data and an <mo> column
|
||||
x <- find_mo_col(fn = "mo_class")
|
||||
@ -308,7 +308,7 @@ mo_class <- function(x, language = get_locale(), ...) {
|
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|
||||
#' @rdname mo_property
|
||||
#' @export
|
||||
mo_phylum <- function(x, language = get_locale(), ...) {
|
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mo_phylum <- function(x, language = get_AMR_locale(), ...) {
|
||||
if (missing(x)) {
|
||||
# this tries to find the data and an <mo> column
|
||||
x <- find_mo_col(fn = "mo_phylum")
|
||||
@ -321,7 +321,7 @@ mo_phylum <- function(x, language = get_locale(), ...) {
|
||||
|
||||
#' @rdname mo_property
|
||||
#' @export
|
||||
mo_kingdom <- function(x, language = get_locale(), ...) {
|
||||
mo_kingdom <- function(x, language = get_AMR_locale(), ...) {
|
||||
if (missing(x)) {
|
||||
# this tries to find the data and an <mo> column
|
||||
x <- find_mo_col(fn = "mo_kingdom")
|
||||
@ -338,7 +338,7 @@ mo_domain <- mo_kingdom
|
||||
|
||||
#' @rdname mo_property
|
||||
#' @export
|
||||
mo_type <- function(x, language = get_locale(), ...) {
|
||||
mo_type <- function(x, language = get_AMR_locale(), ...) {
|
||||
if (missing(x)) {
|
||||
# this tries to find the data and an <mo> column
|
||||
x <- find_mo_col(fn = "mo_type")
|
||||
@ -354,7 +354,7 @@ mo_type <- function(x, language = get_locale(), ...) {
|
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|
||||
#' @rdname mo_property
|
||||
#' @export
|
||||
mo_gramstain <- function(x, language = get_locale(), ...) {
|
||||
mo_gramstain <- function(x, language = get_AMR_locale(), ...) {
|
||||
if (missing(x)) {
|
||||
# this tries to find the data and an <mo> column
|
||||
x <- find_mo_col(fn = "mo_gramstain")
|
||||
@ -385,7 +385,7 @@ mo_gramstain <- function(x, language = get_locale(), ...) {
|
||||
|
||||
#' @rdname mo_property
|
||||
#' @export
|
||||
mo_is_gram_negative <- function(x, language = get_locale(), ...) {
|
||||
mo_is_gram_negative <- function(x, language = get_AMR_locale(), ...) {
|
||||
if (missing(x)) {
|
||||
# this tries to find the data and an <mo> column
|
||||
x <- find_mo_col(fn = "mo_is_gram_negative")
|
||||
@ -404,7 +404,7 @@ mo_is_gram_negative <- function(x, language = get_locale(), ...) {
|
||||
|
||||
#' @rdname mo_property
|
||||
#' @export
|
||||
mo_is_gram_positive <- function(x, language = get_locale(), ...) {
|
||||
mo_is_gram_positive <- function(x, language = get_AMR_locale(), ...) {
|
||||
if (missing(x)) {
|
||||
# this tries to find the data and an <mo> column
|
||||
x <- find_mo_col(fn = "mo_is_gram_positive")
|
||||
@ -423,7 +423,7 @@ mo_is_gram_positive <- function(x, language = get_locale(), ...) {
|
||||
|
||||
#' @rdname mo_property
|
||||
#' @export
|
||||
mo_is_yeast <- function(x, language = get_locale(), ...) {
|
||||
mo_is_yeast <- function(x, language = get_AMR_locale(), ...) {
|
||||
if (missing(x)) {
|
||||
# this tries to find the data and an <mo> column
|
||||
x <- find_mo_col(fn = "mo_is_yeast")
|
||||
@ -449,7 +449,7 @@ mo_is_yeast <- function(x, language = get_locale(), ...) {
|
||||
|
||||
#' @rdname mo_property
|
||||
#' @export
|
||||
mo_is_intrinsic_resistant <- function(x, ab, language = get_locale(), ...) {
|
||||
mo_is_intrinsic_resistant <- function(x, ab, language = get_AMR_locale(), ...) {
|
||||
if (missing(x)) {
|
||||
# this tries to find the data and an <mo> column
|
||||
x <- find_mo_col(fn = "mo_is_intrinsic_resistant")
|
||||
@ -483,7 +483,7 @@ mo_is_intrinsic_resistant <- function(x, ab, language = get_locale(), ...) {
|
||||
|
||||
#' @rdname mo_property
|
||||
#' @export
|
||||
mo_snomed <- function(x, language = get_locale(), ...) {
|
||||
mo_snomed <- function(x, language = get_AMR_locale(), ...) {
|
||||
if (missing(x)) {
|
||||
# this tries to find the data and an <mo> column
|
||||
x <- find_mo_col(fn = "mo_snomed")
|
||||
@ -496,7 +496,7 @@ mo_snomed <- function(x, language = get_locale(), ...) {
|
||||
|
||||
#' @rdname mo_property
|
||||
#' @export
|
||||
mo_ref <- function(x, language = get_locale(), ...) {
|
||||
mo_ref <- function(x, language = get_AMR_locale(), ...) {
|
||||
if (missing(x)) {
|
||||
# this tries to find the data and an <mo> column
|
||||
x <- find_mo_col(fn = "mo_ref")
|
||||
@ -509,7 +509,7 @@ mo_ref <- function(x, language = get_locale(), ...) {
|
||||
|
||||
#' @rdname mo_property
|
||||
#' @export
|
||||
mo_authors <- function(x, language = get_locale(), ...) {
|
||||
mo_authors <- function(x, language = get_AMR_locale(), ...) {
|
||||
if (missing(x)) {
|
||||
# this tries to find the data and an <mo> column
|
||||
x <- find_mo_col(fn = "mo_authors")
|
||||
@ -525,7 +525,7 @@ mo_authors <- function(x, language = get_locale(), ...) {
|
||||
|
||||
#' @rdname mo_property
|
||||
#' @export
|
||||
mo_year <- function(x, language = get_locale(), ...) {
|
||||
mo_year <- function(x, language = get_AMR_locale(), ...) {
|
||||
if (missing(x)) {
|
||||
# this tries to find the data and an <mo> column
|
||||
x <- find_mo_col(fn = "mo_year")
|
||||
@ -541,7 +541,7 @@ mo_year <- function(x, language = get_locale(), ...) {
|
||||
|
||||
#' @rdname mo_property
|
||||
#' @export
|
||||
mo_lpsn <- function(x, language = get_locale(), ...) {
|
||||
mo_lpsn <- function(x, language = get_AMR_locale(), ...) {
|
||||
if (missing(x)) {
|
||||
# this tries to find the data and an <mo> column
|
||||
x <- find_mo_col(fn = "mo_rank")
|
||||
@ -554,7 +554,7 @@ mo_lpsn <- function(x, language = get_locale(), ...) {
|
||||
|
||||
#' @rdname mo_property
|
||||
#' @export
|
||||
mo_rank <- function(x, language = get_locale(), ...) {
|
||||
mo_rank <- function(x, language = get_AMR_locale(), ...) {
|
||||
if (missing(x)) {
|
||||
# this tries to find the data and an <mo> column
|
||||
x <- find_mo_col(fn = "mo_rank")
|
||||
@ -567,7 +567,7 @@ mo_rank <- function(x, language = get_locale(), ...) {
|
||||
|
||||
#' @rdname mo_property
|
||||
#' @export
|
||||
mo_taxonomy <- function(x, language = get_locale(), ...) {
|
||||
mo_taxonomy <- function(x, language = get_AMR_locale(), ...) {
|
||||
if (missing(x)) {
|
||||
# this tries to find the data and an <mo> column
|
||||
x <- find_mo_col(fn = "mo_taxonomy")
|
||||
@ -593,7 +593,7 @@ mo_taxonomy <- function(x, language = get_locale(), ...) {
|
||||
|
||||
#' @rdname mo_property
|
||||
#' @export
|
||||
mo_synonyms <- function(x, language = get_locale(), ...) {
|
||||
mo_synonyms <- function(x, language = get_AMR_locale(), ...) {
|
||||
if (missing(x)) {
|
||||
# this tries to find the data and an <mo> column
|
||||
x <- find_mo_col(fn = "mo_synonyms")
|
||||
@ -626,7 +626,7 @@ mo_synonyms <- function(x, language = get_locale(), ...) {
|
||||
|
||||
#' @rdname mo_property
|
||||
#' @export
|
||||
mo_info <- function(x, language = get_locale(), ...) {
|
||||
mo_info <- function(x, language = get_AMR_locale(), ...) {
|
||||
if (missing(x)) {
|
||||
# this tries to find the data and an <mo> column
|
||||
x <- find_mo_col(fn = "mo_info")
|
||||
@ -657,7 +657,7 @@ mo_info <- function(x, language = get_locale(), ...) {
|
||||
|
||||
#' @rdname mo_property
|
||||
#' @export
|
||||
mo_url <- function(x, open = FALSE, language = get_locale(), ...) {
|
||||
mo_url <- function(x, open = FALSE, language = get_AMR_locale(), ...) {
|
||||
if (missing(x)) {
|
||||
# this tries to find the data and an <mo> column
|
||||
x <- find_mo_col(fn = "mo_url")
|
||||
@ -696,7 +696,7 @@ mo_url <- function(x, open = FALSE, language = get_locale(), ...) {
|
||||
|
||||
#' @rdname mo_property
|
||||
#' @export
|
||||
mo_property <- function(x, property = "fullname", language = get_locale(), ...) {
|
||||
mo_property <- function(x, property = "fullname", language = get_AMR_locale(), ...) {
|
||||
if (missing(x)) {
|
||||
# this tries to find the data and an <mo> column
|
||||
x <- find_mo_col(fn = "mo_property")
|
||||
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