mirror of
https://github.com/msberends/AMR.git
synced 2025-07-10 00:23:03 +02:00
(v1.1.0.9004) lose dependencies
This commit is contained in:
@ -25,8 +25,6 @@ test_that("mdro works", {
|
||||
|
||||
skip_on_cran()
|
||||
|
||||
library(dplyr)
|
||||
|
||||
expect_error(suppressWarnings(mdro(example_isolates, country = "invalid", col_mo = "mo", info = TRUE)))
|
||||
expect_error(suppressWarnings(mdro(example_isolates, country = "fr", info = TRUE)))
|
||||
expect_error(mdro(example_isolates, guideline = c("BRMO", "MRGN"), info = TRUE))
|
||||
@ -100,7 +98,7 @@ test_that("mdro works", {
|
||||
expect_equal(
|
||||
# select only rifampicine, mo will be determined automatically (as M. tuberculosis),
|
||||
# number of mono-resistant strains should be equal to number of rifampicine-resistant strains
|
||||
example_isolates %>% select(RIF) %>% mdr_tb() %>% freq() %>% pull(count) %>% .[2],
|
||||
freq(mdr_tb(example_isolates[, "RIF", drop = FALSE]))$count[2],
|
||||
count_R(example_isolates$RIF))
|
||||
|
||||
sample_rsi <- function() {
|
||||
@ -109,69 +107,113 @@ test_that("mdro works", {
|
||||
prob = c(0.5, 0.1, 0.4),
|
||||
replace = TRUE)
|
||||
}
|
||||
expect_gt(
|
||||
#suppressWarnings(
|
||||
data.frame(rifampicin = sample_rsi(),
|
||||
inh = sample_rsi(),
|
||||
gatifloxacin = sample_rsi(),
|
||||
eth = sample_rsi(),
|
||||
pza = sample_rsi(),
|
||||
MFX = sample_rsi(),
|
||||
KAN = sample_rsi()) %>%
|
||||
mdr_tb() %>%
|
||||
n_distinct()
|
||||
#)
|
||||
,
|
||||
2)
|
||||
x <- data.frame(rifampicin = sample_rsi(),
|
||||
inh = sample_rsi(),
|
||||
gatifloxacin = sample_rsi(),
|
||||
eth = sample_rsi(),
|
||||
pza = sample_rsi(),
|
||||
MFX = sample_rsi(),
|
||||
KAN = sample_rsi())
|
||||
expect_gt(n_distinct(mdr_tb(x)), 2)
|
||||
|
||||
# check the guideline by Magiorakos et al. (2012), the default guideline
|
||||
stau <- tribble(
|
||||
~mo, ~GEN, ~RIF, ~CPT, ~OXA, ~CIP, ~MFX, ~SXT, ~FUS, ~VAN, ~TEC, ~TLV, ~TGC, ~CLI, ~DAP, ~ERY, ~LNZ, ~CHL, ~FOS, ~QDA, ~TCY, ~DOX, ~MNO,
|
||||
"S. aureus", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S",
|
||||
"S. aureus", "R", "R", "R", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S",
|
||||
"S. aureus", "S", "S", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R",
|
||||
"S. aureus", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R"
|
||||
)
|
||||
stau <- data.frame(mo = c("S. aureus", "S. aureus", "S. aureus", "S. aureus"),
|
||||
GEN = c("R", "R", "S", "R"),
|
||||
RIF = c("S", "R", "S", "R"),
|
||||
CPT = c("S", "R", "R", "R"),
|
||||
OXA = c("S", "R", "R", "R"),
|
||||
CIP = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
MFX = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
SXT = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
FUS = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
VAN = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
TEC = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
TLV = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
TGC = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
CLI = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
DAP = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
ERY = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
LNZ = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
CHL = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
FOS = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
QDA = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
TCY = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
DOX = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
MNO = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
stringsAsFactors = FALSE)
|
||||
expect_equal(as.integer(mdro(stau)), c(1:4))
|
||||
expect_s3_class(mdro(stau, verbose = TRUE), "data.frame")
|
||||
|
||||
ente <- tribble(
|
||||
~mo, ~GEH, ~STH, ~IPM, ~MEM, ~DOR, ~CIP, ~LVX, ~MFX, ~VAN, ~TEC, ~TGC, ~DAP, ~LNZ, ~AMP, ~QDA, ~DOX, ~MNO,
|
||||
"Enterococcus", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S",
|
||||
"Enterococcus", "R", "R", "R", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S",
|
||||
"Enterococcus", "S", "S", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R",
|
||||
"Enterococcus", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R"
|
||||
)
|
||||
ente <- data.frame(mo = c("Enterococcus", "Enterococcus", "Enterococcus", "Enterococcus"),
|
||||
GEH = c("R", "R", "S", "R"),
|
||||
STH = c("S", "R", "S", "R"),
|
||||
IPM = c("S", "R", "R", "R"),
|
||||
MEM = c("S", "R", "R", "R"),
|
||||
DOR = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
CIP = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
LVX = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
MFX = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
VAN = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
TEC = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
TGC = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
DAP = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
LNZ = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
AMP = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
QDA = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
DOX = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
MNO = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
stringsAsFactors = FALSE)
|
||||
expect_equal(as.integer(mdro(ente)), c(1:4))
|
||||
expect_s3_class(mdro(ente, verbose = TRUE), "data.frame")
|
||||
|
||||
entero <- tribble(
|
||||
~mo, ~GEN, ~TOB, ~AMK, ~NET, ~CPT, ~TCC, ~TZP, ~ETP, ~IPM, ~MEM, ~DOR, ~CZO, ~CXM, ~CTX, ~CAZ, ~FEP, ~FOX, ~CTT, ~CIP, ~SXT, ~TGC, ~ATM, ~AMP, ~AMC, ~SAM, ~CHL, ~FOS, ~COL, ~TCY, ~DOX, ~MNO,
|
||||
"E. coli", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S",
|
||||
"E. coli", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S",
|
||||
"E. coli", "S", "S", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R",
|
||||
"E. coli", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R"
|
||||
)
|
||||
entero <- data.frame(mo = c("E. coli", "E. coli", "E. coli", "E. coli"),
|
||||
GEN = c("R", "R", "S", "R"), TOB = c("S", "R", "S", "R"),
|
||||
AMK = c("S", "R", "R", "R"), NET = c("S", "R", "R", "R"),
|
||||
CPT = c("S", "R", "R", "R"), TCC = c("S", "R", "R", "R"),
|
||||
TZP = c("S", "S", "R", "R"), ETP = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
IPM = c("S", "S", "R", "R"), MEM = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
DOR = c("S", "S", "R", "R"), CZO = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
CXM = c("S", "S", "R", "R"), CTX = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
CAZ = c("S", "S", "R", "R"), FEP = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
FOX = c("S", "S", "R", "R"), CTT = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
CIP = c("S", "S", "R", "R"), SXT = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
TGC = c("S", "S", "R", "R"), ATM = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
AMP = c("S", "S", "R", "R"), AMC = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
SAM = c("S", "S", "R", "R"), CHL = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
FOS = c("S", "S", "R", "R"), COL = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
TCY = c("S", "S", "R", "R"), DOX = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
MNO = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
stringsAsFactors = FALSE)
|
||||
expect_equal(as.integer(mdro(entero)), c(1:4))
|
||||
expect_s3_class(mdro(entero, verbose = TRUE), "data.frame")
|
||||
|
||||
pseud <- tribble(
|
||||
~mo, ~GEN, ~TOB, ~AMK, ~NET, ~IPM, ~MEM, ~DOR, ~CAZ, ~FEP, ~CIP, ~LVX, ~TCC, ~TZP, ~ATM, ~FOS, ~COL, ~PLB,
|
||||
"P. aeruginosa", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S",
|
||||
"P. aeruginosa", "R", "S", "S", "S", "R", "S", "S", "S", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S",
|
||||
"P. aeruginosa", "S", "S", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R",
|
||||
"P. aeruginosa", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R"
|
||||
)
|
||||
pseud <- data.frame(mo = c("P. aeruginosa", "P. aeruginosa", "P. aeruginosa", "P. aeruginosa"),
|
||||
GEN = c("R", "R", "S", "R"), TOB = c("S", "S", "S", "R"),
|
||||
AMK = c("S", "S", "R", "R"), NET = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
IPM = c("S", "R", "R", "R"), MEM = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
DOR = c("S", "S", "R", "R"), CAZ = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
FEP = c("S", "R", "R", "R"), CIP = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
LVX = c("S", "S", "R", "R"), TCC = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
TZP = c("S", "S", "R", "R"), ATM = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
FOS = c("S", "S", "R", "R"), COL = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
PLB = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
stringsAsFactors = FALSE)
|
||||
expect_equal(as.integer(mdro(pseud)), c(1:4))
|
||||
expect_s3_class(mdro(pseud, verbose = TRUE), "data.frame")
|
||||
|
||||
acin <- tribble(
|
||||
~mo, ~GEN, ~TOB, ~AMK, ~NET, ~IPM, ~MEM, ~DOR, ~CIP, ~LVX, ~TZP, ~TCC, ~CTX, ~CRO, ~CAZ, ~FEP, ~SXT, ~SAM, ~COL, ~PLB, ~TCY, ~DOX, ~MNO,
|
||||
"A. baumannii", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S",
|
||||
"A. baumannii", "R", "R", "R", "R", "S", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S",
|
||||
"A. baumannii", "S", "S", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R",
|
||||
"A. baumannii", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R"
|
||||
)
|
||||
acin <- data.frame(mo = c("A. baumannii", "A. baumannii", "A. baumannii", "A. baumannii"),
|
||||
GEN = c("R", "R", "S", "R"), TOB = c("S", "R", "S", "R"),
|
||||
AMK = c("S", "R", "R", "R"), NET = c("S", "R", "R", "R"),
|
||||
IPM = c("S", "S", "R", "R"), MEM = c("S", "R", "R", "R"),
|
||||
DOR = c("S", "S", "R", "R"), CIP = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
LVX = c("S", "S", "R", "R"), TZP = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
TCC = c("S", "S", "R", "R"), CTX = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
CRO = c("S", "S", "R", "R"), CAZ = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
FEP = c("S", "R", "R", "R"), SXT = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
SAM = c("S", "S", "R", "R"), COL = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
PLB = c("S", "S", "R", "R"), TCY = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
DOX = c("S", "S", "R", "R"), MNO = c("S", "S", "R", "R"),
|
||||
stringsAsFactors = FALSE)
|
||||
expect_equal(as.integer(mdro(acin)), c(1:4))
|
||||
expect_s3_class(mdro(acin, verbose = TRUE), "data.frame")
|
||||
|
||||
|
||||
Reference in New Issue
Block a user