(v1.8.1.9013) add Toxoplasma

data-raw/_internals.R

@@ -137,6 +137,29 @@ MO_CONS <- create_species_cons_cops("CoNS")
 MO_COPS <- create_species_cons_cops("CoPS")
 MO_STREP_ABCG <- as.mo(MO_lookup[which(MO_lookup$genus == "Streptococcus"), "mo", drop = TRUE], Lancefield = TRUE) %in% c("B_STRPT_GRPA", "B_STRPT_GRPB", "B_STRPT_GRPC", "B_STRPT_GRPG")
 MO_FULLNAME_LOWER <- create_MO_fullname_lower()
+MO_PREVALENT_GENERA <- c("Absidia", "Acholeplasma", "Acremonium", "Actinotignum", "Aedes", "Alistipes", "Alloprevotella",
+                         "Alternaria", "Anaerosalibacter", "Ancylostoma", "Angiostrongylus", "Anisakis", "Anopheles",
+                         "Apophysomyces", "Arachnia", "Aspergillus", "Aureobasidium", "Bacteroides", "Basidiobolus",
+                         "Beauveria", "Bergeyella", "Blastocystis", "Blastomyces", "Borrelia", "Brachyspira", "Branhamella",
+                         "Butyricimonas", "Candida", "Capillaria", "Capnocytophaga", "Catabacter", "Cetobacterium", "Chaetomium",
+                         "Chlamydia", "Chlamydophila", "Chryseobacterium", "Chrysonilia", "Cladophialophora", "Cladosporium",
+                         "Conidiobolus", "Contracaecum", "Cordylobia", "Cryptococcus", "Curvularia", "Deinococcus", "Demodex",
+                         "Dermatobia", "Diphyllobothrium", "Dirofilaria", "Dysgonomonas", "Echinostoma", "Elizabethkingia",
+                         "Empedobacter", "Enterobius", "Exophiala", "Exserohilum", "Fasciola", "Flavobacterium", "Fonsecaea",
+                         "Fusarium", "Fusobacterium", "Giardia", "Haloarcula", "Halobacterium", "Halococcus", "Hendersonula",
+                         "Heterophyes", "Histoplasma", "Hymenolepis", "Hypomyces", "Hysterothylacium", "Lelliottia",
+                         "Leptosphaeria", "Leptotrichia", "Lucilia", "Lumbricus", "Malassezia", "Malbranchea", "Metagonimus",
+                         "Microsporum", "Mortierella", "Mucor", "Mycocentrospora", "Mycoplasma", "Myroides", "Necator",
+                         "Nectria", "Ochroconis", "Odoribacter", "Oesophagostomum", "Oidiodendron", "Opisthorchis",
+                         "Ornithobacterium", "Parabacteroides", "Pediculus", "Pedobacter", "Phlebotomus", "Phocaeicola",
+                         "Phocanema", "Phoma", "Piedraia", "Pithomyces", "Pityrosporum", "Porphyromonas", "Prevotella",
+                         "Pseudallescheria", "Pseudoterranova", "Pulex", "Rhizomucor", "Rhizopus", "Rhodotorula", "Riemerella",
+                         "Saccharomyces", "Sarcoptes", "Scolecobasidium", "Scopulariopsis", "Scytalidium", "Sphingobacterium",
+                         "Spirometra", "Spiroplasma", "Sporobolomyces", "Stachybotrys", "Streptobacillus", "Strongyloides",
+                         "Syngamus", "Taenia", "Tannerella", "Tenacibaculum", "Terrimonas", "Toxocara", "Treponema", "Trichinella",
+                         "Trichobilharzia", "Trichoderma", "Trichomonas", "Trichophyton", "Trichosporon", "Trichostrongylus",
+                         "Trichuris", "Tritirachium", "Trombicula", "Tunga", "Ureaplasma", "Victivallis", "Wautersiella",
+                         "Weeksella", "Wuchereria")
 
 # antibiotic groups
 # (these will also be used for eucast_rules() and understanding data-raw/eucast_rules.tsv)
@@ -200,6 +223,7 @@ usethis::use_data(EUCAST_RULES_DF,
                   MO_COPS,
                   MO_STREP_ABCG,
                   MO_FULLNAME_LOWER,
+                  MO_PREVALENT_GENERA,
                   AB_LOOKUP,
                   AB_AMINOGLYCOSIDES,
                   AB_AMINOPENICILLINS,
@@ -275,7 +299,7 @@ if (changed_md5(mo)) {
   try(haven::write_sas(dplyr::select(mo, -snomed), "data-raw/microorganisms.sas"), silent = TRUE)
   try(haven::write_sav(dplyr::select(mo, -snomed), "data-raw/microorganisms.sav"), silent = TRUE)
   try(haven::write_dta(dplyr::select(mo, -snomed), "data-raw/microorganisms.dta"), silent = TRUE)
-  try(openxlsx::write.xlsx(mo, "data-raw/microorganisms.xlsx"), silent = TRUE)
+  try(openxlsx::write.xlsx(dplyr::select(mo, -snomed), "data-raw/microorganisms.xlsx"), silent = TRUE)
 }
 
 if (changed_md5(microorganisms.old)) {

data-raw/microorganisms.txt

@@ -22446,6 +22446,7 @@
 "C_ECHTN_SNTN"	"Euchitonia santonica"	"Chromista"	"Radiozoa"	"Polycystina"	"Nassellaria"	"Plagiacanthidae"	"Euchitonia"	"santonica"	""	"species"	"Lipman, 1952"		"CoL"	3	"character(0)"
 "C_ECHTN_TRRD"	"Euchitonia triradiata"	"Chromista"	"Radiozoa"	"Polycystina"	"Nassellaria"	"Plagiacanthidae"	"Euchitonia"	"triradiata"	""	"species"	"Lipman, 1960"		"CoL"	3	"character(0)"
 "C_[ORD]_EUCCCDRD"	"Eucoccidiorida"	"Chromista"	"Miozoa"	"Conoidasida"	"Eucoccidiorida"	"(unknown family)"	""	""	""	"order"	""		"CoL"	2	"717355005"
+"[ORD]_EUCCCDRD"	"Eucoccidiorida"	"(unknown kingdom)"	"Apicomplexa"	"Conoidasida"	"Eucoccidiorida"	""	""	""	""	"order"	"Leger et al., 1910"		"manually added"	2	"NULL"
 "C_ECCCN"	"Eucocconeis"	"Chromista"	"Ochrophyta"	"Bacillariophyceae"	"Achnanthales"	"Achnanthidiaceae"	"Eucocconeis"	""	""	"genus"	""		"CoL"	3	"character(0)"
 "C_ECCCN_DPRS"	"Eucocconeis depressa"	"Chromista"	"Ochrophyta"	"Bacillariophyceae"	"Achnanthales"	"Achnanthidiaceae"	"Eucocconeis"	"depressa"	""	"species"	"Hust"		"CoL"	3	"character(0)"
 "C_ECCCN_FLXL"	"Eucocconeis flexella"	"Chromista"	"Ochrophyta"	"Bacillariophyceae"	"Achnanthales"	"Achnanthidiaceae"	"Eucocconeis"	"flexella"	""	"species"	"Cleve"		"CoL"	3	"character(0)"
@@ -58199,6 +58200,7 @@
 "B_SARCN"	"Sarcina"	"Bacteria"	"Firmicutes"	"Clostridia"	"Eubacteriales"	"Clostridiaceae"	"Sarcina"	""	""	"genus"	""	516554	"LPSN"	2	"58039002"
 "B_SARCN_MAXM"	"Sarcina maxima"	"Bacteria"	"Firmicutes"	"Clostridia"	"Eubacteriales"	"Clostridiaceae"	"Sarcina"	"maxima"	""	"species"	"Lindner, 1888"	780788	"LPSN"	2	"15560003"
 "B_SARCN_VNTR"	"Sarcina ventriculi"	"Bacteria"	"Firmicutes"	"Clostridia"	"Eubacteriales"	"Clostridiaceae"	"Sarcina"	"ventriculi"	""	"species"	"Goodsir, 1842"	780795	"LPSN"	2	"22267009"
+"[FAM]_SRCCYSTD"	"Sarcocystidae"	"(unknown kingdom)"	"Apicomplexa"	"Conoidasida"	"Eucoccidiorida"	"Sarcocystidae"	""	""	""	"family"	"Poche, 1913"		"manually added"	2	"NULL"
 "P_[PHL]_SRCMSTGP"	"Sarcomastigophora"	"Protozoa"	"Sarcomastigophora"	"(unknown class)"	"(unknown order)"	"(unknown family)"	""	""	""	"phylum"	""		"CoL"	3	"428002001"
 "AN_SRCPT"	"Sarcoptes"	"Animalia"	"Arthropoda"	"Arachnida"	"Astigmata"	"Sarcoptidae"	"Sarcoptes"	""	""	"genus"	""		"CoL"	2	"character(0)"
 "AN_SRCPT_SCAB"	"Sarcoptes scabiei"	"Animalia"	"Arthropoda"	"Arachnida"	"Astigmata"	"Sarcoptidae"	"Sarcoptes"	"scabiei"	""	"species"	"Linnaeus, 1758"		"CoL"	2	"788310009"
@@ -66464,6 +66466,8 @@
 "C_TOXND_CHLL"	"Toxonidea challengerensis"	"Chromista"	"Ochrophyta"	"Bacillariophyceae"	"Naviculales"	"Pleurosigmataceae"	"Toxonidea"	"challengerensis"	""	"species"	""		"CoL"	3	"character(0)"
 "C_TOXND_GRGR"	"Toxonidea gregoriana"	"Chromista"	"Ochrophyta"	"Bacillariophyceae"	"Naviculales"	"Pleurosigmataceae"	"Toxonidea"	"gregoriana"	""	"species"	""		"CoL"	3	"character(0)"
 "C_TOXND_INSG"	"Toxonidea insignis"	"Chromista"	"Ochrophyta"	"Bacillariophyceae"	"Naviculales"	"Pleurosigmataceae"	"Toxonidea"	"insignis"	""	"species"	""		"CoL"	3	"character(0)"
+"P_TXPL"	"Toxoplasma"	"(unknown kingdom)"	"Apicomplexa"	"Conoidasida"	"Eucoccidiorida"	"Sarcocystidae"	"Toxoplasma"	""	""	"genus"	"Nicolle et al., 1909"		"manually added"	2	"NULL"
+"P_TXPL_GOND"	"Toxoplasma gondii"	"(unknown kingdom)"	"Apicomplexa"	"Conoidasida"	"Eucoccidiorida"	"Sarcocystidae"	"Toxoplasma"	"gondii"	""	"species"	"Nicolle et al., 1908"		"manually added"	2	"NULL"
 "P_TXSPR"	"Toxospora"	"Protozoa"	"Microsporidia"	"Microsporea"	"(unknown order)"	"Toxoglugeidae"	"Toxospora"	""	""	"genus"	""		"CoL"	3	"character(0)"
 "P_TXSPR_VIBR"	"Toxospora vibrio"	"Protozoa"	"Microsporidia"	"Microsporea"	"(unknown order)"	"Toxoglugeidae"	"Toxospora"	"vibrio"	""	"species"	"Kudo, 1925"		"CoL"	3	"character(0)"
 "P_TXSPR_VOLG"	"Toxospora volgae"	"Protozoa"	"Microsporidia"	"Microsporea"	"(unknown order)"	"Toxoglugeidae"	"Toxospora"	"volgae"	""	"species"	"Voronin, 1993"		"CoL"	3	"character(0)"

data-raw/mo.md5

@@ -1 +1 @@
-532f52b6cbe1cdb25268122fa0608714
+4709adde8932f9e887fbd892a27ad929

data-raw/reproduction_of_microorganisms.R

@@ -168,41 +168,6 @@ rm(ref_taxonomy)
 rm(data_col.bak)
 rm(data_dsmz.bak)
 
-mo_found_in_NL <- c("Absidia", "Acholeplasma", "Acremonium", "Actinotignum", "Aedes", "Alistipes",
-                    "Alloprevotella", "Alternaria", "Anaerosalibacter", "Ancylostoma", "Angiostrongylus",
-                    "Anisakis", "Anopheles", "Apophysomyces", "Arachnia", "Ascaris", "Aspergillus",
-                    "Aureobacterium", "Aureobasidium", "Bacteroides", "Balantidum", "Basidiobolus",
-                    "Beauveria", "Bergeyella", "Bilophilia", "Blastocystis", "Borrelia", "Brachyspira",
-                    "Branhamella", "Brochontrix", "Brugia", "Butyricimonas", "Calymmatobacterium",
-                    "Candida", "Capillaria", "Capnocytophaga", "Catabacter", "Cdc", "Cetobacterium",
-                    "Chaetomium", "Chilomastix", "Chlamydia", "Chlamydophila", "Chryseobacterium",
-                    "Chryseomonas", "Chrysonilia", "Cladophialophora", "Cladosporium", "Clonorchis",
-                    "Conidiobolus", "Contracaecum", "Cordylobia", "Cryptococcus", "Curvularia", "Deinococcus",
-                    "Demodex", "Dermatobia", "Dicrocoelium", "Dioctophyma", "Diphyllobothrium", "Dipylidium",
-                    "Dirofilaria", "Dracunculus", "Dysgonomonas", "Echinococcus", "Echinostoma",
-                    "Elisabethkingia", "Elizabethkingia", "Empedobacter", "Enterobius", "Enteromonas",
-                    "Euascomycetes", "Exophiala", "Exserohilum", "Fasciola", "Fasciolopsis", "Flavobacterium",
-                    "Fonsecaea", "Fusarium", "Fusobacterium", "Giardia", "Gnathostoma", "Haloarcula",
-                    "Halobacterium", "Halococcus", "Hendersonula", "Heterophyes", "Hymenolepis", "Hypomyces",
-                    "Hysterothylacium", "Kloeckera", "Koserella", "Larva", "Lecythophora", "Leishmania",
-                    "Lelliottia", "Leptomyxida", "Leptosphaeria", "Leptotrichia", "Loa", "Lucilia", "Lumbricus",
-                    "Malassezia", "Malbranchea", "Mansonella", "Mesocestoides", "Metagonimus", "Metarrhizium",
-                    "Molonomonas", "Mortierella", "Mucor", "Multiceps", "Mycocentrospora", "Mycoplasma",
-                    "Myroides", "Nanophetus", "Nattrassia", "Necator", "Nectria", "Novospingobium", "Ochroconis",
-                    "Odoribacter", "Oesophagostomum", "Oidiodendron", "Onchocerca", "Opisthorchis",
-                    "Opistorchis", "Ornithobacterium", "Parabacteroides", "Paragonimus", "Paramyxovirus",
-                    "Pediculus", "Pedobacter", "Phlebotomus", "Phocaeicola", "Phocanema", "Phoma",
-                    "Phthirus", "Piedraia", "Pithomyces", "Pityrosporum", "Porphyromonas", "Prevotella",
-                    "Pseudallescheria", "Pseudoterranova", "Pulex", "Retortamonas", "Rhizomucor", "Rhizopus",
-                    "Rhodotorula", "Riemerella", "Salinococcus", "Sanguibacteroides", "Sarcophagidae", "Sarcoptes",
-                    "Schistosoma", "Scolecobasidium", "Scopulariopsis", "Scytalidium", "Sphingobacterium",
-                    "Spirometra", "Sporobolomyces", "Stachybotrys", "Stenotrophomononas", "Stomatococcus",
-                    "Streptobacillus", "Strongyloides", "Syncephalastraceae", "Syngamus", "Taenia",
-                    "Tenacibaculum", "Ternidens", "Terrimonas", "Torulopsis", "Toxocara", "Toxoplasma",
-                    "Treponema", "Trichinella", "Trichobilharzia", "Trichoderma", "Trichomonas", "Trichophyton",
-                    "Trichosporon", "Trichostrongylus", "Trichuris", "Tritirachium", "Trombicula", "Trypanosoma",
-                    "Tunga", "Ureaplasma", "Victivallis", "Wautersiella", "Weeksella", "Wuchereria")
-
 MOs <- data_total %>%
   filter(
     (
@@ -214,7 +179,7 @@ MOs <- data_total %>%
           & !order %in% c("Eurotiales", "Microascales", "Mucorales", "Saccharomycetales", "Schizosaccharomycetales", "Tremellales", "Onygenales", "Pneumocystales"))
     )
     # or the genus has to be one of the genera we found in our hospitals last decades (Northern Netherlands, 2002-2018)
-    | genus %in% mo_found_in_NL
+    | genus %in% MO_PREVALENT_GENERA
   ) %>%
   # really no Plantae (e.g. Dracunculus exist both as worm and as plant)
   filter(kingdom != "Plantae") %>% 
@@ -407,7 +372,7 @@ MOs <- MOs %>%
                      "Firmicutes",
                      "Actinobacteria",
                      "Sarcomastigophora")
-       | genus %in% mo_found_in_NL
+       | genus %in% MO_PREVALENT_GENERA
        | rank %in% c("kingdom", "phylum", "class", "order", "family"))
     ~ 2,
     TRUE ~ 3

data-raw/reproduction_of_microorganisms_update.R

@@ -276,40 +276,7 @@ MOs <- MOs %>%
                      "Firmicutes",
                      "Actinobacteria",
                      "Sarcomastigophora")
-       | genus %in% c("Absidia", "Acholeplasma", "Acremonium", "Actinotignum", "Aedes", "Alistipes",
-                      "Alloprevotella", "Alternaria", "Anaerosalibacter", "Ancylostoma", "Angiostrongylus",
-                      "Anisakis", "Anopheles", "Apophysomyces", "Arachnia", "Ascaris", "Aspergillus",
-                      "Aureobacterium", "Aureobasidium", "Bacteroides", "Balantidum", "Basidiobolus",
-                      "Beauveria", "Bergeyella", "Bilophilia", "Blastocystis", "Borrelia", "Brachyspira",
-                      "Branhamella", "Brochontrix", "Brugia", "Butyricimonas", "Calymmatobacterium",
-                      "Candida", "Capillaria", "Capnocytophaga", "Catabacter", "Cdc", "Cetobacterium",
-                      "Chaetomium", "Chilomastix", "Chlamydia", "Chlamydophila", "Chryseobacterium",
-                      "Chryseomonas", "Chrysonilia", "Cladophialophora", "Cladosporium", "Clonorchis",
-                      "Conidiobolus", "Contracaecum", "Cordylobia", "Cryptococcus", "Curvularia", "Deinococcus",
-                      "Demodex", "Dermatobia", "Dicrocoelium", "Dioctophyma", "Diphyllobothrium", "Dipylidium",
-                      "Dirofilaria", "Dracunculus", "Dysgonomonas", "Echinococcus", "Echinostoma",
-                      "Elisabethkingia", "Elizabethkingia", "Empedobacter", "Enterobius", "Enteromonas",
-                      "Euascomycetes", "Exophiala", "Exserohilum", "Fasciola", "Fasciolopsis", "Flavobacterium",
-                      "Fonsecaea", "Fusarium", "Fusobacterium", "Giardia", "Gnathostoma", "Haloarcula",
-                      "Halobacterium", "Halococcus", "Hendersonula", "Heterophyes", "Hymenolepis", "Hypomyces",
-                      "Hysterothylacium", "Kloeckera", "Koserella", "Larva", "Lecythophora", "Leishmania",
-                      "Lelliottia", "Leptomyxida", "Leptosphaeria", "Leptotrichia", "Loa", "Lucilia", "Lumbricus",
-                      "Malassezia", "Malbranchea", "Mansonella", "Mesocestoides", "Metagonimus", "Metarrhizium",
-                      "Molonomonas", "Mortierella", "Mucor", "Multiceps", "Mycocentrospora", "Mycoplasma",
-                      "Myroides", "Nanophetus", "Nattrassia", "Necator", "Nectria", "Novospingobium", "Ochroconis",
-                      "Odoribacter", "Oesophagostomum", "Oidiodendron", "Onchocerca", "Opisthorchis",
-                      "Opistorchis", "Ornithobacterium", "Parabacteroides", "Paragonimus", "Paramyxovirus",
-                      "Pediculus", "Pedobacter", "Phlebotomus", "Phocaeicola", "Phocanema", "Phoma",
-                      "Phthirus", "Piedraia", "Pithomyces", "Pityrosporum", "Porphyromonas", "Prevotella",
-                      "Pseudallescheria", "Pseudoterranova", "Pulex", "Retortamonas", "Rhizomucor", "Rhizopus",
-                      "Rhodotorula", "Riemerella", "Salinococcus", "Sanguibacteroides", "Sarcophagidae", "Sarcoptes",
-                      "Schistosoma", "Scolecobasidium", "Scopulariopsis", "Scytalidium", "Sphingobacterium",
-                      "Spirometra", "Sporobolomyces", "Stachybotrys", "Stenotrophomononas", "Stomatococcus",
-                      "Streptobacillus", "Strongyloides", "Syncephalastraceae", "Syngamus", "Taenia",
-                      "Tenacibaculum", "Ternidens", "Terrimonas", "Torulopsis", "Toxocara", "Toxoplasma",
-                      "Treponema", "Trichinella", "Trichobilharzia", "Trichoderma", "Trichomonas", "Trichophyton",
-                      "Trichosporon", "Trichostrongylus", "Trichuris", "Tritirachium", "Trombicula", "Trypanosoma",
-                      "Tunga", "Ureaplasma", "Victivallis", "Wautersiella", "Weeksella", "Wuchereria")
+       | genus %in% MO_PREVALENT_GENERA
        | rank %in% c("kingdom", "phylum", "class", "order", "family"))
     ~ 2,
     TRUE ~ 3

data-raw/toxoplasma.R

@@ -0,0 +1,68 @@
+microorganisms <- microorganisms |> bind_rows(
+  # Toxoplasma
+  data.frame(mo = "P_TXPL_GOND", # species
+             fullname = "Toxoplasma gondii",
+             kingdom = "(unknown kingdom)",
+             phylum = "Apicomplexa",
+             class = "Conoidasida",
+             order = "Eucoccidiorida",
+             family = "Sarcocystidae",
+             genus = "Toxoplasma",
+             species = "gondii",
+             subspecies = "",
+             rank = "species",
+             ref = "Nicolle et al., 1908",
+             species_id = NA_real_,
+             source = "manually added",
+             prevalence = 2,
+             stringsAsFactors = FALSE),
+  data.frame(mo = "P_TXPL", # genus
+             fullname = "Toxoplasma",
+             kingdom = "(unknown kingdom)",
+             phylum = "Apicomplexa",
+             class = "Conoidasida",
+             order = "Eucoccidiorida",
+             family = "Sarcocystidae",
+             genus = "Toxoplasma",
+             species = "",
+             subspecies = "",
+             rank = "genus",
+             ref = "Nicolle et al., 1909",
+             species_id = NA_real_,
+             source = "manually added",
+             prevalence = 2,
+             stringsAsFactors = FALSE),
+  data.frame(mo = "[FAM]_SRCCYSTD", # family
+             fullname = "Sarcocystidae",
+             kingdom = "(unknown kingdom)",
+             phylum = "Apicomplexa",
+             class = "Conoidasida",
+             order = "Eucoccidiorida",
+             family = "Sarcocystidae",
+             genus = "",
+             species = "",
+             subspecies = "",
+             rank = "family",
+             ref = "Poche, 1913",
+             species_id = NA_real_,
+             source = "manually added",
+             prevalence = 2,
+             stringsAsFactors = FALSE),
+  data.frame(mo = "[ORD]_EUCCCDRD", # order
+             fullname = "Eucoccidiorida",
+             kingdom = "(unknown kingdom)",
+             phylum = "Apicomplexa",
+             class = "Conoidasida",
+             order = "Eucoccidiorida",
+             family = "",
+             genus = "",
+             species = "",
+             subspecies = "",
+             rank = "order",
+             ref = "Leger et al., 1910",
+             species_id = NA_real_,
+             source = "manually added",
+             prevalence = 2,
+             stringsAsFactors = FALSE),
+  ) |> 
+  arrange(fullname)