diff --git a/DESCRIPTION b/DESCRIPTION index fa182d3b..cb9b717b 100644 --- a/DESCRIPTION +++ b/DESCRIPTION @@ -1,6 +1,6 @@ Package: AMR -Version: 2.1.1.9009 -Date: 2024-02-24 +Version: 2.1.1.9010 +Date: 2024-02-25 Title: Antimicrobial Resistance Data Analysis Description: Functions to simplify and standardise antimicrobial resistance (AMR) data analysis and to work with microbial and antimicrobial properties by diff --git a/NEWS.md b/NEWS.md index a7a38e7a..4432b2e8 100644 --- a/NEWS.md +++ b/NEWS.md @@ -1,23 +1,24 @@ -# AMR 2.1.1.9009 +# AMR 2.1.1.9010 *(this beta version will eventually become v3.0. We're happy to reach a new major milestone soon, which will be all about the new One Health support!)* -## A New Milestone: One Health Support (= Human + Veterinary + Environmental) +#### A New Milestone: One Health Support (= Human + Veterinary + Environmental) This package now supports not only tools for AMR data analysis in clinical settings, but also for veterinary and environmental microbiology. This was made possible through a collaboration with the [University of Prince Edward Island](https://www.upei.ca/avc), Canada. To celebrate this great improvement of the package, we also updated the package logo to reflect this change. -* `as.sir()` now supports animal breakpoints from CLSI. Use `breakpoint_type = "animal"` and set the `host` argument to a variable that contains animal species names. -* The `clinical_breakpoints` data set contains all these breakpoints, and can be downloaded on our [download page](https://msberends.github.io/AMR/articles/datasets.html). -* The `antibiotics` data set contains all veterinary antibiotics, such as pradofloxacin and enrofloxacin. All WHOCC codes for veterinary use have been added as well. -* `ab_atc()` now supports ATC codes of veterinary antibiotics (that all start with "Q") -* `ab_url()` now supports retrieving the WHOCC url of their ATCvet pages ## Breaking * Removed all functions and references that used the deprecated `rsi` class, which were all replaced with their `sir` equivalents over a year ago -## New functions -* The group `scale_*_mic()`, namely: `scale_x_mic()`, `scale_y_mic()`, `scale_colour_mic()` and `scale_fill_mic()`. They are advanced ggplot2 extensions to allow easy plotting of MIC values. They allow for manual range definition and plotting missing intermediate log2 levels. -* `limit_mic_range()`, which allows to limit MIC values to a manually set range. This is the powerhouse behind the `scale_*_mic()` functions, but it can be used by users directly to e.g. compare equality in MIC distributions by rescaling them to the same range first. +## New +* The function group `scale_*_mic()`, namely: `scale_x_mic()`, `scale_y_mic()`, `scale_colour_mic()` and `scale_fill_mic()`. They are advanced ggplot2 extensions to allow easy plotting of MIC values. They allow for manual range definition and plotting missing intermediate log2 levels. +* Function `limit_mic_range()`, which allows to limit MIC values to a manually set range. This is the powerhouse behind the `scale_*_mic()` functions, but it can be used by users directly to e.g. compare equality in MIC distributions by rescaling them to the same range first. +* One Health implementation + * Function `as.sir()` now supports animal breakpoints from CLSI. Use `breakpoint_type = "animal"` and set the `host` argument to a variable that contains animal species names. + * The `clinical_breakpoints` data set contains all these breakpoints, and can be downloaded on our [download page](https://msberends.github.io/AMR/articles/datasets.html). + * The `antibiotics` data set contains all veterinary antibiotics, such as pradofloxacin and enrofloxacin. All WHOCC codes for veterinary use have been added as well. + * `ab_atc()` now supports ATC codes of veterinary antibiotics (that all start with "Q") + * `ab_url()` now supports retrieving the WHOCC url of their ATCvet pages -### Changed +## Changed * For MICs: * Added as valid levels: 4096, 6 powers of 0.0625, and 5 powers of 192 (192, 384, 576, 768, 960) * Added new argument `keep_operators` to `as.mic()`. This can be `"all"` (default), `"none"`, or `"edges"`. This argument is also available in the new `limit_mic_range()` and `scale_*_mic()` functions. @@ -26,6 +27,9 @@ This package now supports not only tools for AMR data analysis in clinical setti * Updated all ATC codes from WHOCC * Updated all antibiotic DDDs from WHOCC +## Other +* Added Jordan Stull, Matthew Saab, and Javier Sanchez as contributors, to thank them for their valuable input + # AMR 2.1.1 diff --git a/_pkgdown.yml b/_pkgdown.yml index ca7144ea..bda84e63 100644 --- a/_pkgdown.yml +++ b/_pkgdown.yml @@ -35,7 +35,11 @@ template: bootswatch: "flatly" assets: "pkgdown/logos" # use logos in this folder bslib: + base_font: {google: "Lato"} + heading_font: {google: " Lato"} code_font: {google: "Fira Code"} + navbar-bg: "#a8d5ef" + nav-link-color: "#212529" # body-text-align: "justify" line-height-base: 1.75 # the green "success" colour of this bootstrap theme should be the same as the green in our logo diff --git a/data-raw/AMR new logo.txt b/data-raw/AMR new logo.txt new file mode 100644 index 00000000..9292321d --- /dev/null +++ b/data-raw/AMR new logo.txt @@ -0,0 +1,3 @@ +green grass #a7dbc3 +green bacteria #128F76 +blue sky #a8d5ef diff --git a/data-raw/logo.old.svg b/data-raw/logo.old.svg new file mode 100644 index 00000000..1f741a76 --- /dev/null +++ b/data-raw/logo.old.svg @@ -0,0 +1,3335 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 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for R logoimage/svg+xmlMatthijs BerendsAMR for R logo diff --git a/index.md b/index.md index f86fd2ab..45874006 100644 --- a/index.md +++ b/index.md @@ -1,8 +1,9 @@ # The `AMR` Package for R +* Provides an **all-in-one solution** for AMR data analysis in a One Health approach * Generates **antibiograms** - traditional, combined, syndromic, and even WISCA * Provides the **full microbiological taxonomy** and data on **all antimicrobial drugs** -* Applies all recent **CLSI and EUCAST clinical breakpoints** for MICs and disk zones +* Applies all recent **CLSI and EUCAST clinical and veterinary breakpoints** for MICs and disk zones * Corrects for duplicate isolates, **calculates and predicts AMR** per antibiotic class * Integrates with **WHONET**, ATC, **EARS-Net**, PubChem, **LOINC** and **SNOMED CT** * Works on Windows, macOS and Linux with **all versions of R** since R-3.0 and is completely **dependency-free**, highly suitable for places with **limited resources** diff --git a/logo.svg b/logo.svg index 1f741a76..40c6633c 100644 --- a/logo.svg +++ b/logo.svg @@ -1,3335 +1,566 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + +AMR for R logoimage/svg+xmlMatthijs BerendsAMR for R logo diff --git a/pkgdown/favicon/android-chrome-192x192.png b/pkgdown/favicon/android-chrome-192x192.png index 700661fe..1136846c 100644 Binary files a/pkgdown/favicon/android-chrome-192x192.png and b/pkgdown/favicon/android-chrome-192x192.png differ diff --git a/pkgdown/favicon/android-chrome-512x512.png b/pkgdown/favicon/android-chrome-512x512.png index 9b3d57a6..57a4d9af 100644 Binary files a/pkgdown/favicon/android-chrome-512x512.png and b/pkgdown/favicon/android-chrome-512x512.png differ diff --git a/pkgdown/favicon/apple-touch-icon-120x120.png 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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + +AMR for R logoimage/svg+xmlMatthijs BerendsAMR for R logo