diff --git a/DESCRIPTION b/DESCRIPTION index 9b7c96aa..5664cf2f 100644 --- a/DESCRIPTION +++ b/DESCRIPTION @@ -1,6 +1,6 @@ Package: AMR -Version: 2.1.1.9041 -Date: 2024-06-08 +Version: 2.1.1.9042 +Date: 2024-06-09 Title: Antimicrobial Resistance Data Analysis Description: Functions to simplify and standardise antimicrobial resistance (AMR) data analysis and to work with microbial and antimicrobial properties by diff --git a/NEWS.md b/NEWS.md index 4eb686c3..93d18918 100644 --- a/NEWS.md +++ b/NEWS.md @@ -1,4 +1,4 @@ -# AMR 2.1.1.9041 +# AMR 2.1.1.9042 *(this beta version will eventually become v3.0. We're happy to reach a new major milestone soon, which will be all about the new One Health support!)* @@ -121,7 +121,7 @@ The 'RSI functions' will be removed in a future version, but not before late 202 ### New antibiogram function -With the new `antibiogram()` function, users can now generate traditional, combined, syndromic, and even weighted-incidence syndromic combination antibiograms (WISCA). With this, we follow the logic in the previously described work of Klinker *et al.* (2021, DOI [10.1177/20499361211011373](https://doi.org/10.1177/20499361211011373)) and Barbieri *et al.* (2021, DOI [10.1186/s13756-021-00939-2](https://doi.org/10.1186/s13756-021-00939-2)). +With the new `antibiogram()` function, users can now generate traditional, combined, syndromic, and even weighted-incidence syndromic combination antibiograms (WISCA). With this, we follow the logic in the previously described work of Klinker *et al.* (2021, DOI 10.1177/20499361211011373) and Barbieri *et al.* (2021, DOI 10.1186/s13756-021-00939-2). The help page for `antibiogram()` extensively elaborates on use cases, and `antibiogram()` also supports printing in R Markdown and Quarto, with support for 20 languages. diff --git a/R/sir.R b/R/sir.R index 6bb471e9..efea61d5 100755 --- a/R/sir.R +++ b/R/sir.R @@ -327,9 +327,15 @@ is_sir_eligible <- function(x, threshold = 0.05) { #' @rdname as.sir #' @export -#' @param S,I,R,N,SDD a case-independent [regular expression][base::regex] to translate input to this result. This regular expression will be run *after* all non-letters are removed from the input. +#' @param S,I,R,N,SDD a case-independent [regular expression][base::regex] to translate input to this result. This regular expression will be run *after* all non-letters and whitespaces are removed from the input. # extra param: warn (logical, to never throw a warning) -as.sir.default <- function(x, S = "^(S|U)+$", I = "^(I|H)+$", R = "^(R)+$", N = "^(N|V)+$", SDD = "^(SDD|D)+$", ...) { +as.sir.default <- function(x, + S = "^(S|U)+$", + I = "^(I)+$", + R = "^(R)+$", + N = "^(N|V)+$", + SDD = "^(SDD|D|H)+$", + ...) { if (inherits(x, "sir")) { return(as_sir_structure(x)) } @@ -349,7 +355,7 @@ as.sir.default <- function(x, S = "^(S|U)+$", I = "^(I|H)+$", R = "^(R)+$", N = x[x.bak == 2] <- "I" x[x.bak == 3] <- "R" } - } else if (inherits(x.bak, "character") && all(x %in% c("1", "2", "3", c("S", "SDD", "I", "R", "N"), NA_character_))) { + } else if (inherits(x.bak, "character") && all(x %in% c("1", "2", "3", "S", "SDD", "I", "R", "N", NA_character_))) { x[x.bak == "1"] <- "S" x[x.bak == "2"] <- "I" x[x.bak == "3"] <- "R" @@ -389,7 +395,9 @@ as.sir.default <- function(x, S = "^(S|U)+$", I = "^(I|H)+$", R = "^(R)+$", N = # replace all English textual input x[x %like% "([^a-z]|^)res(is(tant)?)?"] <- "R" x[x %like% "([^a-z]|^)sus(cep(tible)?)?"] <- "S" + x[x %like% "not|non"] <- "N" x[x %like% "([^a-z]|^)int(er(mediate)?)?|incr.*exp"] <- "I" + x[x %like% "dose"] <- "SDD" x <- gsub("[^A-Z]+", "", x, perl = TRUE) # apply regexes set by user x[x %like% S] <- "S" diff --git a/R/sysdata.rda b/R/sysdata.rda index 62861360..ee918470 100755 Binary files a/R/sysdata.rda and b/R/sysdata.rda differ diff --git a/R/translate.R b/R/translate.R index b4e72a95..71b38b78 100755 --- a/R/translate.R +++ b/R/translate.R @@ -244,7 +244,6 @@ translate_into_language <- function(from, # starting with longest pattern, since more general translations are shorter, such as 'Group' order(nchar(df_trans$pattern), decreasing = TRUE), function(i) { - if (df_trans$pattern[i] %like% "[/]") return(df_trans$pattern[i]) from_unique_translated <<- gsub( pattern = df_trans$pattern[i], replacement = df_trans[i, lang, drop = TRUE], diff --git a/data-raw/translations.tsv b/data-raw/translations.tsv index e46ed171..6c9d9ce8 100644 --- a/data-raw/translations.tsv +++ b/data-raw/translations.tsv @@ -59,10 +59,10 @@ Pathogen FALSE FALSE FALSE FALSE 病原体 Patogen Patogen Pathogeen Taudinaiheu Adefovir dipivoxil FALSE TRUE TRUE FALSE 阿德福韦酯 Adefovir dipivoxil Adefovir dipivoxil Adefovir Adefoviiridipivoksiili Adéfovir dipivoxil Adefovir Dipivoxil Adefovir dipivoxil Adefovir dipivoxil アデホビル・ジピボキシル Adefovirdipivoksil Adefovir dipivoxil Adefovir dipivoxil Adefovir dipivoxil Адефовир дипивоксил Adefovir dipivoxil Adefovir dipivoxil Adefovir dipivoksil Адефовір діпівоксил Aldesulfone sodium FALSE TRUE TRUE FALSE 醛缩酮钠 Aldesulfon sodný Aldesulfon-natrium Aldesulfon Aldesulfoninatrium Aldésulfone sodique Aldesulfon-Natrium Αλδεσουλφονικό νάτριο Aldesulfone sodio アルデスルホンナトリウム Aldesulfon-natrium Sól sodowa aldesulfonu Aldesulfona de sódio Aldesulfonă sodică Альдесульфон натрия Aldesulfona sódica Aldesulfonnatrium Aldesülfon sodyum Альденсульфон натрію Amikacin FALSE TRUE TRUE FALSE 阿米卡星 Amikacin Amikacin Amikacine Amikasiini Amikacine Amikacin Αμικασίνη Amikacin アミカシン Amikacin Amikacyna Amikacin Amikacin Амикацин Amikacina Amikacin Amikasin Амікацин -Amoxicillin FALSE TRUE TRUE FALSE 阿莫西林 Amoxicilin Amoxicillin Amoxicilline Amoksisilliini Amoxicilline Amoxicillin Αμοξικιλλίνη Amoxicillina アモキシシリン Amoxicillin Amoxicillin Amoxicilina Amoxicilină Амоксициллин Amoxicilina Amoxicillin Amoksisilin Амоксицилін +Amoxicillin$ TRUE TRUE TRUE FALSE 阿莫西林 Amoxicilin Amoxicillin Amoxicilline Amoksisilliini Amoxicilline Amoxicillin Αμοξικιλλίνη Amoxicillina アモキシシリン Amoxicillin Amoxicillin Amoxicilina Amoxicilină Амоксициллин Amoxicilina Amoxicillin Amoksisilin Амоксицилін Amoxicillin/beta-lactamase inhibitor FALSE TRUE TRUE FALSE 阿莫西林/β-内酰胺酶抑制剂 Amoxicilin/inhibitor beta-laktamázy Amoxicillin/beta-lactamasehæmmer Amoxicilline/enzymremmer Amoksisilliini/beeta-laktamaasin estäjä Amoxicilline/inhib. de bêta-lactamase Amoxicillin/Beta-Lactamase-Hemmer Αμοξικιλλίνη/αναστολέας της β-λακταμάσης Amoxicillina/inib. d. beta-lattamasi アモキシシリン／β-ラクタマーゼ阻害剤 Amoxicillin/betalaktamase-hemmer Amoksycylina/inhibitor beta-laktamazy Amoxicilina/inibid. da beta-lactamase Amoxicilină/inhibitor de beta-lactamază Амоксициллин/ингибитор бета-лактамаз Amoxicilina/inhib. de la beta-lactamasa Amoxicillin/betalaktamashämmare Amoksisilin/beta-laktamaz inhibitörü Амоксицилін/інгібітор бета-лактамаз Amphotericin B FALSE TRUE TRUE FALSE 两性霉素B Amfotericin B Amfotericin B Amfotericine B Amfoterisiini B Amphotéricine B Amphotericin B Αμφοτερικίνη Β Amfotericina B アムホテリシンB Amfotericin B Amfoterycyna B Anfotericina B Amfotericină B Амфотерицин В Anfotericina B Amfotericin B Amfoterisin B Амфотерицин В -Ampicillin FALSE TRUE TRUE FALSE 氨苄西林 Ampicilin Ampicillin Ampicilline Ampisilliini Ampicilline Ampicillin Αµπικιλλίνη Ampicillina アンピシリン Ampicillin Ampicylina Ampicilina Ampicilină Ампициллин Ampicilina Ampicillin Ampisilin Ампіцилін +Ampicillin$ TRUE TRUE TRUE FALSE 氨苄西林 Ampicilin Ampicillin Ampicilline Ampisilliini Ampicilline Ampicillin Αµπικιλλίνη Ampicillina アンピシリン Ampicillin Ampicylina Ampicilina Ampicilină Ампициллин Ampicilina Ampicillin Ampisilin Ампіцилін Ampicillin/beta-lactamase inhibitor FALSE TRUE TRUE FALSE 氨苄西林/β-内酰胺酶抑制剂 Inhibitor ampicilinu/beta-laktamázy Ampicillin/beta-lactamasehæmmer Ampicilline/enzymremmer Ampisilliini/beeta-laktamaasin estäjä Ampicilline/inhib. de bêta-lactamase Ampicillin/Beta-Laktamase-Hemmer Αμπικιλλίνη/αναστολέας β-λακταμάσης Ampicillina/inib. d. beta-lattamasi アンピシリン／β-ラクタマーゼ阻害剤 Ampicillin/betalaktamasehemmer Ampicylina/inhibitor beta-laktamazy Ampicilina/inibid. da beta-lactamase Ampicilină/inhibitor de beta-lactamază Ампициллин/ингибитор бета-лактамазы Ampicilina/inhib. de la beta-lactamasa Ampicillin/beta-laktamashämmare Ampisilin/beta-laktamaz inhibitörü Ампіцилін/інгібітор бета-лактамаз Anidulafungin FALSE TRUE TRUE FALSE 阿尼芬净 Anidulafungin Anidulafungin Anidulafungine Anidulafungiini Anidulafungine Anidulafungin Ανιδουλαφουνγκίνη Anidulafungin アニデュラファンギン Anidulafungin Anidulafungina Anidulafungin Anidulafungin Анидулафунгин Anidulafungina Anidulafungin Anidulafungin Анідулафунгін Azidocillin FALSE TRUE TRUE FALSE 阿奇霉素 Azidocillin Azidocillin Azidocilline Azidosilliini Azidocilline Azidocillin Αζιδοκιλλίνη Azidocillina アジドシリン Azidocillin Azidocillin Azidocillin Azidocilină Азидоциллин Azidocilina Azidocillin Azidosilin Азидоцилін @@ -80,13 +80,13 @@ Carbenicillin FALSE TRUE TRUE FALSE 羧基青霉素 Karbenicilin Carbenicillin C Carindacillin FALSE TRUE TRUE FALSE 卡林达西林 Karindacilin Carindacillin Carindacilline Karindasilliini Carindacilline Carindacillin Καρινδακιλλίνη Carindacillina カリンダシリン Karindacillin Karindacillin Carindacillin Carindacilină Кариндациллин Carindacilina Carindacillin Karindasilin Кариндацилін Caspofungin FALSE TRUE TRUE FALSE 氨苄青霉素 Kaspofungin Caspofungin Caspofungine Kaspofungiini Caspofungine Caspofungin Κασποφουνγκίνη Caspofungin カスポファンギン Caspofungin Kaspofungina Caspofungin Caspofungin Каспофунгин Caspofungina Caspofungin Caspofungin Каспофунгін Ce(f|ph)acetrile TRUE TRUE TRUE FALSE 头孢乙腈 Cefacetril Cephacetril Cefacetril Kefasetriili Céphacétrile Cefacetril Κεφακετρίλη Cefacetrile セファセトリル Cefacetril Cefacetrile Cephacetrile Cefacetril Цефацетрил Cefacetrilo Cephacetril Sefasetril Цефацетрил +Ce(f|ph)alexin TRUE TRUE TRUE FALSE 头孢莱辛 Cefalexin Cephalexin Cefalexine Kefaleksiini Céphalexine Cefalexin Κεφαλεξίνη Cephalexin セファレキシン Cefalexin Cefaleksyna Cephalexin Cefalexină Цефалексин Cefalexina Cephalexin Cefalexin Цефалексин +Ce(f|ph)alothin TRUE TRUE TRUE FALSE 头孢罗丁 Cefalotin Cephalothin Cefalotine Kefalotiini Céphalothine Cefalothin Κεφαλοθίνη Cefalotina セファロチン Cefalotin Cefalotyna Cephalothin Cefalotin Цефалотин Cefalotina Kefalotin Cefalothin Цефалотин Ce(f|ph)alotin TRUE TRUE TRUE FALSE 头孢罗丁 Cefalotin Cephalotin Cefalotine Kefalotin Céphalotine Cefalotin Κεφαλοτίνη Cefalotina セファロチン Cefalotin Cefalotyna Cefalotina Cefalotin Цефалотин Cefalotina Cefalotin Sefalotin Цефалотин Ce(f|ph)amandole TRUE TRUE TRUE FALSE 头孢曼多 Cefamandol Cephamandol Cefamandol Kefamandoli Céphamandole Cefamandol Κεφαμανδόλη Cephamandole セファマンドール Cefamandol Cefamandol Cephamandole Cefamandole Цефамандол Cefamandole Cephamandol Cefamandole Цефамандол Ce(f|ph)apirin TRUE TRUE TRUE FALSE 头孢匹林 Cefapirin Cephapirin Cefapirine Kefapiriini Céphapirine Cefapirin Κεφαπιρίνη Cefapirina セファピリン Cefapirin Cefapiryna Cephapirin Cefapirină Цефапирин Cefapirina Cephapirin Sefapirin Цефапірин Ce(f|ph)azedone TRUE TRUE TRUE FALSE 头孢唑酮 Cefazedon Cephazedon Cefazedon Kefatsedoni Céphazédone Cefazedon Κεφαζεδόνη Cefazedone セファゼドン Cefazedon Cefazedon Cephazedone Cefazedonă Цефазедон Cefazedona Cephazedon Sefazedon Цефазедон Ce(f|ph)azolin TRUE TRUE TRUE FALSE 头孢唑啉 Cefazolin Cephazolin Cefazoline Kefatsoliini Céphazoline Cefazolin Κεφαζολίνη Cephazolin セファゾリン Cefazolin Cefazolin Cephazolin Cefazolin Цефазолин Cefazolina Cephazolin Sefazolin Цефазолін -Ce(f|ph)alothin TRUE TRUE TRUE FALSE 头孢罗丁 Cefalotin Cephalothin Cefalotine Kefalotiini Céphalothine Cefalothin Κεφαλοθίνη Cefalotina セファロチン Cefalotin Cefalotyna Cephalothin Cefalotin Цефалотин Cefalotina Kefalotin Cefalothin Цефалотин -Ce(f|ph)alexin TRUE TRUE TRUE FALSE 头孢莱辛 Cefalexin Cephalexin Cefalexine Kefaleksiini Céphalexine Cefalexin Κεφαλεξίνη Cephalexin セファレキシン Cefalexin Cefaleksyna Cephalexin Cefalexină Цефалексин Cefalexina Cephalexin Cefalexin Цефалексин Ce(f|ph)epime TRUE TRUE TRUE FALSE 头孢吡肟 Cefepim Cephepime Cefepim Kefepiimi Céphépime Cefepim Κεφεπίμη Cephepime セフェパイム Cefepime Cefepime Cephepime Cefepime Цефепим Cefepime Cephepim Sefepim Цефепім Ce(f|ph)ixime TRUE TRUE TRUE FALSE 头孢克肟 Cefixim Cephixim Cefixim Kefiksiimi Céphixime Cefixim Cefixime Cephixime セフィキシム Cefixime Cefixime Cephixime Cefixime Цефиксим Cefixima Cephixim Cefixime Цефіксим Ce(f|ph)menoxime TRUE TRUE TRUE FALSE 头孢米诺肟 Cefmenoxim Cephmenoxim Cefmenoxim Cefmenoksiimi Céphénoxime Cefmenoxim Κεφμενοξίμη Cephmenoxime セフメノキシム Cefmenoxime Cefmenoksym Cephmenoxime Cefmenoxime Цефменоксим Cefmenoxima Cephmenoxim Sefmenoksim Цефменоксим @@ -110,7 +110,7 @@ Ce(f|ph)uroxime/metronidazole TRUE TRUE TRUE FALSE 头孢呋辛/甲硝唑 Cefuro Chloramphenicol FALSE TRUE TRUE FALSE 氯霉素 Chloramfenikol Kloramfenicol Chlooramfenicol Kloramfenikoli Chloramphénicol Chloramphenicol Χλωραμφενικόλη Cloramfenicolo クロラムフェニコール Kloramfenikol Chloramfenikol Cloranfenicol Cloramfenicol Хлорамфеникол Cloranfenicol Kloramfenikol Kloramfenikol Хлорамфенікол Chlortetracycline FALSE TRUE TRUE FALSE 金霉素 Chlortetracyklin Chlortetracyclin Chloortetracycline Klortetasykliini Chlortétracycline Chlortetracyclin Χλωροτετρακυκλίνη Clorotetraciclina クロルテトラサイクリン Klortetracyklin Chlortetracyklina Chlortetracycline Clortetraciclină Хлортетрациклин Clortetraciclina Klortetracyklin Klortetrasiklin Хлортетрациклін Cinoxacin FALSE TRUE TRUE FALSE 西诺沙星 Cinoxacin Cinoxacin Cinoxacine Kinoksasiini Cinoxacine Cinoxacin Τσινοξακίνη Cinoxacina シノキサシン Cinoxacin Cinoxacin Cinoxacin Cinoxacină Циноксацин Cinoxacina Cinoxacin Cinoxacin Циноксацин -Ciprofloxacin FALSE TRUE TRUE FALSE 环丙沙星 Ciprofloxacin Ciprofloxacin Ciprofloxacine Siprofloksasiini Ciprofloxacine Ciprofloxacin Σιπροφλοξασίνη Ciprofloxacina シプロフロキサシン Ciprofloxacin Ciprofloksacyna Ciprofloxacin Ciprofloxacină Ципрофлоксацин Ciprofloxacina Ciprofloxacin Siprofloksasin Ципрофлоксацин +Ciprofloxacin$ TRUE TRUE TRUE FALSE 环丙沙星 Ciprofloxacin Ciprofloxacin Ciprofloxacine Siprofloksasiini Ciprofloxacine Ciprofloxacin Σιπροφλοξασίνη Ciprofloxacina シプロフロキサシン Ciprofloxacin Ciprofloksacyna Ciprofloxacin Ciprofloxacină Ципрофлоксацин Ciprofloxacina Ciprofloxacin Siprofloksasin Ципрофлоксацин Ciprofloxacin/metronidazole FALSE TRUE TRUE FALSE 环丙沙星/甲硝唑 Ciprofloxacin/metronidazol Ciprofloxacin/metronidazol Ciprofloxacine/metronidazol Siprofloksasiini/metronidatsoli Ciprofloxacine/métronidazole Ciprofloxacin/metronidazol Σιπροφλοξασίνη/μετρονιδαζόλη Ciprofloxacina/metronidazolo シプロフロキサシン/メトロニダゾール Ciprofloxacin/metronidazol Ciprofloksacyna/metronidazol Ciprofloxacin/metronidazol Ciprofloxacină/metronidazol Ципрофлоксацин/метронидазол Ciprofloxacina/metronidazol Ciprofloxacin/metronidazol Siprofloksasin/metronidazol Ципрофлоксацин/метронідазол Ciprofloxacin/ornidazole FALSE TRUE TRUE FALSE 环丙沙星/奥硝唑 Ciprofloxacin/ornidazol Ciprofloxacin/ornidazol Ciprofloxacine/ornidazol Siprofloksasiini/ornidatsoli Ciprofloxacine/ornidazole Ciprofloxacin/ornidazol Σιπροφλοξασίνη/ορνιδαζόλη Ciprofloxacina/ornidazolo シプロフロキサシン/オルニダゾール Ciprofloxacin/ornidazol Ciprofloksacyna/ornidazol Ciprofloxacin/ornidazole Ciprofloxacină/ornidazol Ципрофлоксацин/орнидазол Ciprofloxacina/ornidazol Ciprofloxacin/ornidazol Siprofloksasin/ornidazol Ципрофлоксацин/орнідазол Ciprofloxacin/tinidazole FALSE TRUE TRUE FALSE 环丙沙星/替尼唑 Ciprofloxacin/tinidazol Ciprofloxacin/tinidazol Ciprofloxacine/tinidazol Siprofloksasiini/tinidatsoli Ciprofloxacine/tinidazole Ciprofloxacin/tinidazol Σιπροφλοξασίνη/τινιδαζόλη Ciprofloxacina/tinidazolo シプロフロキサシン/チニダゾール Ciprofloxacin/tinidazol Ciprofloksacyna/tinidazol Ciprofloxacin/tinidazole Ciprofloxacină/tinidazol Ципрофлоксацин/тинидазол Ciprofloxacina/tinidazol Ciprofloxacin/tinidazol Siprofloksasin/tinidazol Ципрофлоксацин/тинідазол @@ -147,7 +147,7 @@ Gentamicin FALSE TRUE TRUE FALSE 庆大霉素 Gentamicin Gentamicin Gentamicine Grepafloxacin FALSE TRUE TRUE FALSE 格雷帕沙星 Grepafloxacin Grepafloxacin Grepafloxacine Grepafloksasiini Grepafloxacine Grepafloxacin Γρεπαφλοξασίνη Grepafloxacina グレパフロキサシン Grepafloxacin Grepafloksacyna Grepafloxacin Grepafloxacină Грепафлоксацин Grepafloxacina Grepafloxacin Grepafloksasin Грепафлоксацин Hachimycin FALSE TRUE TRUE FALSE 哈奇霉素 Hachimycin Hachimycin Hachimycine Hachimysiini Hachimycine Hachimycin Χαχιμυκίνη Hachimycin ハチマイシン Hachimycin Hachimycin Hachimycin Hachimicină Хатимицин Hachimycin Hachimycin Hachimycin Хачиміцин Hetacillin FALSE TRUE TRUE FALSE 赫拉西林 Hetacilin Hetacillin Hetacilline Hetasilliini Hétacilline Hetacillin Ετακιλλίνη Hetacillin ヘタシリン Hetacillin Hetacylina Hetacillin Hetacilină Гетациллин Hetacilina Hetacillin Hetasilin Гетацилін -Imipenem FALSE TRUE TRUE FALSE 亚胺培南/西司他丁 Imipenem Imipenem Imipenem Imipeneemi Imipénème Imipenem Ιμιπενέμη Imipenem イミペネム Imipenem Imipenem Imipenem Imipenem Имипенем Imipenem Imipenem İmipenem Іміпенем +Imipenem$ TRUE TRUE TRUE FALSE 亚胺培南/西司他丁 Imipenem Imipenem Imipenem Imipeneemi Imipénème Imipenem Ιμιπενέμη Imipenem イミペネム Imipenem Imipenem Imipenem Imipenem Имипенем Imipenem Imipenem İmipenem Іміпенем Imipenem/cilastatin FALSE TRUE TRUE FALSE 亚胺培南/西司他丁 Imipenem/cilastatin Imipenem/cilastatin Imipenem/enzymremmer Imipeneemi/cilastatiini Imipénème/cilastatine Imipenem/Cilastatin Ιμιπενέμη/σιλαστατίνη Imipenem/cilastatina イミペネム／シラスタチン Imipenem/cilastatin Imipenem/cilastatyna Imipenem/coteltelatina Imipenem/cilastatină Имипенем/циластатин Imipenem/cilastatina Imipenem/cilastatin İmipenem/silastatin Іміпенем/циластатин Inosine pranobex FALSE TRUE TRUE FALSE 肌苷帕诺贝斯 Inosin pranobex Inosin pranobex Inosiplex Inosiinipranobeksi Inosine pranobex Inosin-Pranobex Ινοσίνη pranobex Inosina pranobex イノシン・プラノベックス Inosin pranobex Pranobeks inozyny Pranobex inosine Inosină pranobex Инозин пранобекс Inosina pranobex Inosin pranobex İnosin pranobeks Інозин пранобекс Isepamicin FALSE TRUE TRUE FALSE 伊西帕米星 Isepamicin Isepamicin Isepamicine Isepamysiini Isepamicine Isepamicin Ισεπαµικίνη Isepamicina イセパマイシン Isepamicin Isepamicin Isepamicina Isepamicină Исепамицин Isepamicina Isepamicin İzepamisin Ізепаміцин @@ -195,7 +195,7 @@ Penicillin FALSE TRUE TRUE FALSE 青霉素 Penicilin Penicillin Penicilline Peni Pheneticillin FALSE TRUE TRUE FALSE 菲尼克斯 Feneticilin Pheneticillin Feneticilline Fenetisilliini Phénéticilline Pheneticillin Φαινετικιλλίνη Feneticillina フェネチシリン Feneticillin Fenicylina Pheneticillin Feneticilină Фенетициллин Feneticilina Feneticillin Pheneticillin Фенетіцилін Phenoxymethylpenicillin FALSE TRUE TRUE FALSE 苯氧甲基青霉素 Fenoxymethylpenicilin Phenoxymethylpenicillin Fenoxymethylpenicilline Fenoksimetyylipenisilliini Phénoxyméthylpénicilline Phenoxymethylpenicillin Φαινοξυμεθυλοπενικιλλίνη Fenossimetilpenicillina フェノキシメチルペニシリン Fenoksymetylpenicillin Fenoksymetylopenicylina Fenoximetilpenicilina Fenoximetilpenicilină Феноксиметилпенициллин Fenoximetilpenicilina Fenoximetylpenicillin Fenoksimetilpenisilin Феноксиметилпеніцилін Pipemidic acid FALSE TRUE TRUE FALSE 吡哌酸 Kyselina pipemidová Pipemidinsyre Pipemidinezuur Pipemidiinihappo Acide pipémidique Pipemidinsäure Πιπεμιδικό οξύ Acido pipemidico ピペミド酸 Pipemidinsyre Kwas pipemidowy Ácido pipemídico Acid pipemidic Пипемидовая кислота Ácido pipemídico Pipemidinsyra Pipemidik asit Піпемідова кислота -Piperacillin FALSE TRUE TRUE FALSE 哌拉西林 Piperacilin Piperacillin Piperacilline Piperasilliini Pipéracilline Piperacillin Πιπερακιλλίνη Piperacillina ピペラシリン Piperacillin Piperacillin Piperacilina Piperacilină Пиперациллин Piperacilina Piperacillin Piperasilin Піперацилін +Piperacillin$ TRUE TRUE TRUE FALSE 哌拉西林 Piperacilin Piperacillin Piperacilline Piperasilliini Pipéracilline Piperacillin Πιπερακιλλίνη Piperacillina ピペラシリン Piperacillin Piperacillin Piperacilina Piperacilină Пиперациллин Piperacilina Piperacillin Piperasilin Піперацилін Piperacillin/beta-lactamase inhibitor FALSE TRUE TRUE FALSE 哌拉西林/β-内酰胺酶抑制剂 Piperacilin/inhibitor beta-laktamázy Piperacillin/beta-lactamasehæmmer Piperacilline/enzymremmer Piperasilliini/beeta-laktamaasin estäjä Pipéracilline/inhib. de bêta-lactamase Piperacillin/Beta-Lactamase-Hemmer Αναστολέας της πιπερακιλλίνης/β-λακταμάσης Piperacillina/inib. d. beta-lattamasi ピペラシリン／β-ラクタマーゼ阻害剤 Piperacillin/beta-laktamasehemmer Piperacylina/inhibitor beta-laktamazy Piperacilina/inibid. da beta-lactamase Inhibitor de piperacilină/beta-lactamază Пиперациллин/ингибитор бета-лактамазы Piperacilina/inhib. de la beta-lactamasa Piperacillin/betalaktamashämmare Piperasilin/beta-laktamaz inhibitörü Піперацилін/інгібітор бета-лактамаз Piromidic acid FALSE TRUE TRUE FALSE 吡罗米酸 Kyselina piromidová Piromidinsyre Piromidinezuur Piromidiinihappo Acide piromidique Piromidinsäure Πηρομιδικό οξύ Acido piromidico ピロミジン酸 Piromidinsyre Kwas piromidowy Ácido piromídico Acid piromidic Пиромидовая кислота Ácido piromídico Piromidinsyra Piromidik asit Піромідова кислота Pivampicillin FALSE TRUE TRUE FALSE 哌拉西林 Pivampicilin Pivampicillin Pivampicilline Pivampisilliini Pivampicilline Pivampicillin Πιβαµπικιλλίνη Pivampicillina ピバンピシリン Pivampicillin Pivampicillin Pivampicilina Pivampicilină Пивампициллин Pivampicilina Pivampicillin Pivampisilin Півампіцилін @@ -208,10 +208,10 @@ Prulifloxacin FALSE TRUE TRUE FALSE 普利沙星 Prulifloxacin Prulifloxacin Pru Quinupristin/dalfopristin FALSE TRUE TRUE FALSE 奎宁斯丁/达夫普利斯丁 Chinupristin/dalfopristin Quinupristin/dalfopristin Quinupristine/dalfopristine Kinupristiini/dalfopristiini Quinupristine/dalfopristine Quinupristin/Dalfopristin Κινουπριστίνη/νταλφοπριστίνη Quinupristina/dalfopristina キヌプリスチン／ダルフォプリスチン Quinupristin/dalfopristin Quinupristin/dalfopristin Quinupristin/dalfopristin Quinupristin/dalfopristin Квинупристин/дальфопристин Quinupristina/dalfopristina Quinupristin/dalfopristin Quinupristin/dalfopristin Хінупристин/дальфопристин Ribostamycin FALSE TRUE TRUE FALSE 利波霉素 Ribostamycin Ribostamycin Ribostamycine Ribostamysiini Ribostamycine Ribostamycin Ριμποσταμυκίνη Ribostamicina リボスタマイシン Ribostamycin Ribostamycyna Ribostamicina Ribostamicină Рибостамицин Ribostamicina Ribostamycin Ribostamisin Рибостаміцин Rifabutin FALSE TRUE TRUE FALSE 利福布汀 Rifabutin Rifabutin Rifabutine Rifabutiini Rifabutine Rifabutin Ριφαμπουτίνη Rifabutina リファブチン Rifabutin Rifabutin Rifabutin Rifabutină Рифабутин Rifabutina Rifabutin Rifabutin Рифабутин -Rifampicin FALSE TRUE TRUE FALSE 利福平 Rifampicin Rifampicin Rifampicine Rifampisiini Rifampicine Rifampicin Ριφαμπικίνη Rifampicina リファンピシン Rifampicin Rifampicyna Rifampicina Rifampicină Рифампицин Rifampicina Rifampicin Rifampisin Рифампіцин +Rifampicin$ TRUE TRUE TRUE FALSE 利福平 Rifampicin Rifampicin Rifampicine Rifampisiini Rifampicine Rifampicin Ριφαμπικίνη Rifampicina リファンピシン Rifampicin Rifampicyna Rifampicina Rifampicină Рифампицин Rifampicina Rifampicin Rifampisin Рифампіцин +Rifampicin/isoniazid FALSE TRUE TRUE FALSE 利福平/异烟肼 Rifampicin/isoniazid Rifampicin/isoniazid Rifampicine/isoniazide Rifampisiini/isonitsidi Rifampicine/isoniazide Rifampicin/Isoniazid Ριφαμπικίνη/ισονιαζίδη Rifampicina/isoniazide リファンピシン/イソニアジド Rifampicin/isoniazid Rifampicyna/izoniazyd Rifampicina/isoniazida Rifampicină/isoniazidă Рифампицин/изониазид Rifampicina/isoniazida Rifampicin/isoniazid Rifampisin/izoniazid Рифампіцин/ізоніазид Rifampicin/pyrazinamide/ethambutol/isoniazid FALSE TRUE TRUE FALSE 利福平/吡嗪酰胺/乙胺丁醇/异烟肼 Rifampicin/pyrazinamid/ethambutol/isoniazid Rifampicin/pyrazinamid/ethambutol/isoniazid Rifampicine/pyrazinamide/ethambutol/isoniazide Rifampisiini/pyratsiiniamidi/etambutoli/isonatsidi Rifampisiini/pyratsiiniamidi/etambutoli/isonatsidi Rifampicine/pyrazinamide/éthambutol/isoniazide Rifampicin/Pyrazinamid/Ethambutol/Isoniazid Ριφαμπικίνη/πυραζιναμίδη/εθαμβουτόλη/ισονιαζίδη Rifampicina/pirazinamide/etambutolo/isoniazide リファンピシン／ピラジナミド／エタンブトール／イソニアジド Rifampicin/pyrazinamid/etambutol/isoniazid Rifampicyna/pirazinamid/etambutol/izoniazyd Rifampicina/pirazinamida/etambutol/isoniazida Rifampicină/pirazinamidă/etambutol/isoniazidă Рифампицин/пиразинамид/этамбутол/исониазид Rifampicina/pirazinamida/etambutol/isoniazida Rifampicin/pyrazinamid/ethambutol/isoniazid Rifampisin/pirazinamid/etambutol/izoniazid Рифампіцин/піразинамід/етамбутол/ізоніазид Rifampicin/pyrazinamide/isoniazid FALSE TRUE TRUE FALSE 利福平/吡嗪酰胺/异烟肼 Rifampicin/pyrazinamid/isoniazid Rifampicin/pyrazinamid/isoniazid Rifampicine/pyrazinamide/isoniazide Rifampisiini/pyratsiiniamidi/isonitsidi Rifampisiini/pyratsiiniamidi/isonitsidi Rifampicine/pyrazinamide/isoniazide Rifampicin/Pyrazinamid/Isoniazid Ριφαμπικίνη/πυραζιναμίδη/ισονιαζίδη Rifampicina/pirazinamide/isoniazide リファンピシン/ピラジナミド/イソニアジド Rifampicin/pyrazinamid/isoniazid Rifampicyna/pirazynamid/izoniazyd Rifampicina/pirazinamida/isoniazida Rifampicină/pirazinamidă/isoniazidă Рифампицин/пиразинамид/изониазид Rifampicina/pirazinamida/isoniazida Rifampicin/pyrazinamid/isoniazid Rifampisin/pirazinamid/izoniazid Рифампіцин/піразинамід/ізоніазид -Rifampicin/isoniazid FALSE TRUE TRUE FALSE 利福平/异烟肼 Rifampicin/isoniazid Rifampicin/isoniazid Rifampicine/isoniazide Rifampisiini/isonitsidi Rifampicine/isoniazide Rifampicin/Isoniazid Ριφαμπικίνη/ισονιαζίδη Rifampicina/isoniazide リファンピシン/イソニアジド Rifampicin/isoniazid Rifampicyna/izoniazyd Rifampicina/isoniazida Rifampicină/isoniazidă Рифампицин/изониазид Rifampicina/isoniazida Rifampicin/isoniazid Rifampisin/izoniazid Рифампіцин/ізоніазид Rifamycin FALSE TRUE TRUE FALSE 利福霉素 Rifamycin Rifamycin Rifamycine Rifamysiini Rifamycine Rifamycin Ριφαμυκίνη Rifamicina リファマイシン Rifamycin Rifamycyna Rifamycin Rifamicină Рифамицин Rifamicina Rifamycin Rifamisin Рифаміцин Rifaximin FALSE TRUE TRUE FALSE 利福昔明 Rifaximin Rifaximin Rifaximine Rifaksimiini Rifaximine Rifaximin Ριφαξιμίνη Rifaximina リファキシミン Rifaximin Rifaximin Rifaximin Rifaximin Рифаксимин Rifaximina Rifaximin Rifaximin Рифаксимін Rokitamycin FALSE TRUE TRUE FALSE 罗奇霉素 Rokitamycin Rokitamycin Rokitamycine Rokitamysiini Rokitamycine Rokitamycin Ροκιταμυκίνη Rokitamicina ロキタマイシン Rokitamycin Rokitamycyna Rokitamycin Rokitamicină Рокитамицин Rokitamicina Rokitamycin Rokitamisin Рокітаміцин @@ -238,11 +238,11 @@ Sulfalene FALSE TRUE TRUE FALSE 磺胺类药物 Sulfalen Sulfalen Sulfaleen Sulf Sulfamazone FALSE TRUE TRUE FALSE 磺胺脒 Sulfamazon Sulfamazon Sulfamazon Sulfamatsoni Sulfamazone Sulfamazon Σουλφαμαζόνη Sulfamazone スルファマゾン Sulfamazon Sulfamazon Sulfamazona Sulfamazonă Сульфамазон Sulfamazona Sulfamazon Sülfamazon Сульфамазон Sulfamerazine/trimethoprim FALSE TRUE TRUE FALSE 磺胺脒/三甲氧苄氨嘧啶 Sulfamerazin/trimetoprim Sulfamerazin/trimethoprim Sulfamerazine/trimethoprim Sulfameratsiini/trimetopriimi Sulfamérazine/triméthoprime Sulfamerazin/Trimethoprim Σουλφαμεραζίνη/τριμεθοπρίμη Sulfamerazina/trimetoprim スルファメラジン／トリメトプリム Sulfamerazin/trimetoprim Sulfamerazyna/trimetoprim Sulfamerazina/trimethoprim Sulfamerazină/trimetoprim Сульфамеразин/триметоприм Sulfamerazina/trimetoprima Sulfamerazin/trimetoprim Sülfamerazin/trimetoprim Сульфамеразин/триметоприм Sulfamethizole FALSE TRUE TRUE FALSE 磺胺甲基咪唑 Sulfamethizol Sulfamethizol Sulfamethizol Sulfametatsoli Sulfaméthizole Sulfamethizol Sulfamethizole Sulfamethizolo スルファメチゾール Sulfametizol Sulfamethizole Sulfametizole Sulfamețizol Сульфаметизол Sulfametozol Sulfamethizol Sülfametizol Сульфаметізол -Sulfamethoxazole FALSE TRUE TRUE FALSE 磺胺甲噁唑 Sulfamethoxazol Sulfamethoxazol Sulfamethoxazol Sulfametoksatsoli Sulfaméthoxazole Sulfamethoxazol Σουλφαμεθοξαζόλη Sulfametossazolo スルファメトキサゾール Sulfametoksazol Sulfametoksazol Sulfamethoxazole Sulfametoxazol Сульфаметоксазол Sulfametoxazol Sulfametoxazol Sülfametoksazol Сульфаметоксазол +Sulfamethoxazole$ TRUE TRUE TRUE FALSE 磺胺甲噁唑 Sulfamethoxazol Sulfamethoxazol Sulfamethoxazol Sulfametoksatsoli Sulfaméthoxazole Sulfamethoxazol Σουλφαμεθοξαζόλη Sulfametossazolo スルファメトキサゾール Sulfametoksazol Sulfametoksazol Sulfamethoxazole Sulfametoxazol Сульфаметоксазол Sulfametoxazol Sulfametoxazol Sülfametoksazol Сульфаметоксазол Sulfamethoxazole/trimethoprim FALSE TRUE TRUE FALSE 磺胺甲噁唑/三甲氧苄啶 Sulfamethoxazol/trimethoprim Sulfamethoxazol/trimethoprim Sulfamethoxazol/trimethoprim Sulfametoksatsoli/trimetopriimi Sulfaméthoxazole/triméthoprime Sulfamethoxazol/Trimethoprim Σουλφαμεθοξαζόλη/τριμεθοπρίμη Sulfametossazolo/trimetoprim スルファメトキサゾール／トリメトプリム Sulfametoksazol/trimetoprim Sulfametoksazol/trimetoprim Sulfametoxazol/trimethoprim Sulfametoxazol/trimetoprim Сульфаметоксазол/триметоприм Sulfametoxazol/trimetoprima Sulfametoxazol/trimetoprim Sülfametoksazol/trimetoprim Сульфаметоксазол/триметоприм Sulfametoxydiazine FALSE TRUE TRUE FALSE 磺胺甲噁唑 Sulfametoxydiazin Sulfametoxydiazin Sulfamethoxydiazine Sulfametoksidiatsiini Sulfamétoxydiazine Sulfametoxydiazin Σουλφαμετοξυδιαζίνη Sulfametoxydiazine スルファメトキシジアジン Sulfametoksydiazin Sulfametoksydiazyna Sulfametoxidiazina Sulfametoxidiazină Сульфаметоксидиазин Sulfametoxidiazina Sulfametoxydiazin Sulfametoksidiyazin Сульфаметоксидіазин Sulfametrole/trimethoprim FALSE TRUE TRUE FALSE 磺胺甲醚/三甲氧嘧啶 Sulfametrol/trimetoprim Sulfametrol/trimethoprim Sulfametrol/trimethoprim Sulfametroli/trimetopriimi Sulfamétrole/triméthoprime Sulfametrole/Trimethoprim Σουλφαμετρόλη/τριμεθοπρίμη Sulfametrole/trimetoprim スルファメトロール/トリメトプリム Sulfametrol/trimetoprim Sulfametrol/trimetoprim Sulfametrole/trimethoprim Sulfametrole/trimetoprim Сульфаметрол/триметоприм Sulfametrol/trimetoprima Sulfametrol/trimetoprim Sülfametrol/trimetoprim Сульфаметрол/триметоприм -Sulfamoxole FALSE TRUE TRUE FALSE 磺胺甲噁唑 Sulfamoxol Sulfamoxol Sulfamoxol Sulfamoksoli Sulfamoxole Sulfamoxol Σουλφαμοξόλη Sulfamoxolo スルファモキソール Sulfamoksol Sulfamoksol Sulfamoxole Sulfamoxol Сульфамоксол Sulfamoxole Sulfamoxol Sülfamoksol Сульфамоксол +Sulfamoxole$ TRUE TRUE TRUE FALSE 磺胺甲噁唑 Sulfamoxol Sulfamoxol Sulfamoxol Sulfamoksoli Sulfamoxole Sulfamoxol Σουλφαμοξόλη Sulfamoxolo スルファモキソール Sulfamoksol Sulfamoksol Sulfamoxole Sulfamoxol Сульфамоксол Sulfamoxole Sulfamoxol Sülfamoksol Сульфамоксол Sulfamoxole/trimethoprim FALSE TRUE TRUE FALSE 磺胺甲噁唑/三甲氧苄啶 Sulfamoxol/trimetoprim Sulfamoxol/trimethoprim Sulfamoxol/trimethoprim Sulfamoksoli/trimetopriimi Sulfamoxole/triméthoprime Sulfamoxol/Trimethoprim Σουλφαμοξόλη/τριμεθοπρίμη Sulfamoxolo/trimetoprim スルファモキソール/トリメトプリム Sulfamoksol/trimetoprim Sulfamoksol/trimetoprim Sulfamoxole/trimethoprim Sulfamoxol/trimetoprim Сульфамоксол/триметоприм Sulfamoxol/trimetoprima Sulfamoxol/trimetoprim Sülfamoksol/trimetoprim Сульфамоксол/триметоприм Sulfaperin FALSE TRUE TRUE FALSE 磺胺类药物 Sulfaperin Sulfaperin Sulfaperine Sulfaperiini Sulfapérine Sulfaperin Σουλφαπερίνη Sulfaperin スルファペリン Sulfaperin Sulfaperin Sulfaperin Sulfaperin Сульфаперин Sulfametoxazol Sulfaperin Sülfaperin Сульфаперин Sulfaphenazole FALSE TRUE TRUE FALSE 磺胺苯吡唑 Sulfafenazol Sulfaphenazol Sulfafenazol Sulfafenatsoli Sulfaphénazole Sulfaphenazol Σουλφαφαιναζόλη Sulfafenazolo スルファフェナゾール Sulfafenazol Sulfafenazol Sulfafenazol Sulfafenazol Сульфафеназол Sulfafenazol Sulfafenazol Sülfafenazol Сульфафеназол @@ -265,6 +265,7 @@ Ticarcillin/beta-lactamase inhibitor FALSE TRUE TRUE FALSE 替卡西林/β-内 Ticarcillin/clavulanic acid FALSE TRUE TRUE FALSE 替卡西林/克拉维酸 Ticarcillin/kyselina klavulanová Ticarcillin/clavulansyre Ticarcilline/clavulaanzuur Tikarsilliini/klavulaanihappo Ticarcilline/acide clavulanique Ticarcillin/Clavulansäure Τικαρκιλλίνη/κλαβουλανικό οξύ Ticarcillina/acido clavulanico チカルシリン／クラブラン酸 Ticarcillin/klavulansyre Tikarcylina/kwas klawulanowy Ticarcilina/ácido clavulanico Ticarcilină/acid clavulanic Тикарциллин/клавулановая кислота Ticarcilina/ácido clavulánico Ticarcillin/clavulansyra Tikarsilin/klavulanik asit Тикарцилін/клавуланова кислота Tinidazole FALSE TRUE TRUE FALSE 替尼唑 Tinidazol Tinidazol Tinidazol Tinidatsoli Tinidazole Tinidazol Τινιδαζόλη Tinidazolo チニダゾール Tinidazol Tinidazol Tinidazole Tinidazol Тинидазол Tinidazol Tinidazol Tinidazol Тинідазол Tobramycin FALSE TRUE TRUE FALSE 妥布霉素 Tobramycin Tobramycin Tobramycine Tobramysiini Tobramycine Tobramycin Τομπραμυκίνη Tobramicina トブラマイシン Tobramycin Tobramycyna Tobramycin Tobramicină Тобрамицин Tobramicina Tobramycin Tobramisin Тобраміцин +Trimethoprim$ TRUE TRUE TRUE FALSE 三甲氧嘧啶 Trimethoprim Trimethoprim Trimethoprim Trimetopriimi Triméthoprime Trimethoprim Τριµεθοπρίµη Trimetoprim トリメトプリム／スルファメトキサゾール Trimetoprim Trimetoprim Trimethoprim Trimetoprim Триметоприм Trimetoprima Trimetoprim Trimetoprim Триметоприм Trimethoprim/sulfamethoxazole FALSE TRUE TRUE FALSE 三甲氧嘧啶/磺胺甲恶唑 Trimethoprim/sulfametoxazol Trimethoprim/sulfamethoxazol Cotrimoxazol Trimetopriimi/sulfametoksatsoli Triméthoprime/sulfaméthoxazole Trimethoprim/Sulfamethoxazol Τριµεθοπρίµη/σουλφαµεθοξαζόλη Trimetoprim/sulfametossazolo トリメトプリム／スルファメトキサゾール Trimetoprim/sulfametoksazol Trimetoprim/sulfametoksazol Trimethoprim/sulfametoxazol Trimetoprim/sulfametoxazol Триметоприм/сульфаметоксазол Trimetoprima/sulfametoxazol Trimetoprim/sulfametoxazol Trimetoprim/sülfametoksazol Триметоприм/сульфаметоксазол Troleandomycin FALSE TRUE TRUE FALSE 托拉多霉素 Troleandomycin Troleandomycin Troleandomycine Troleandomysiini Troleandomycine Troleandomycin Τρολεαντομυκίνη Troleandomicina トロレアンドマイシン Troleandomycin Troleandomycyna Troleandomicina Troleandomicină Тролеандомицин Troleandomicina Troleandomycin Troleandomisin Тролеандоміцин Trovafloxacin FALSE TRUE TRUE FALSE 特戊沙星 Trovafloxacin Trovafloxacin Trovafloxacine Trovafloksasiini Trovafloxacine Trovafloxacin Τροβαφλοξασίνη Trovafloxacin トロバフロキサシン Trovafloxacin Trovafloxacin Trovafloxacin Trovafloxacină Тровафлоксацин Trovafloxacina Trovafloxacin Trovafloksasin Тровафлоксацин @@ -275,18 +276,29 @@ Amphenicols FALSE TRUE TRUE FALSE 安息香醇 Amfenikoly Amphenicoler Amfenicol Antifungals/antimycotics FALSE TRUE TRUE FALSE 抗真菌药/抗真菌药 Antimykotika/antimykotika Antimykotika/antimykotika Antifungica/antimycotica Sienilääkkeet/antimykootit Antifongiques/antimycotiques Antimykotika/Antimykotika Αντιμυκητιασικά/αντιμυκητιασικά Antifungini/antimicotici 抗真菌剤／抗真菌剤 Soppdrepende midler/antimykotika Środki przeciwgrzybicze/przeciwmikotyczne Antifúngicos/antimicóticos Antifungice/antimicrotice Противогрибковые препараты/антимикотики Antifúngicos/antimicóticos Antimykotika/antimykotika Antifungaller/antimikotikler Протигрибкові засоби/антимікотики Antimycobacterials FALSE TRUE TRUE FALSE 抗霉菌素类 Antimykobakteriální látky Antimycobakterier Antimycobacteriele middelen Antimykobakteerit Antimycobactériens Antimykobakterielle Mittel Αντιμυκοβακτηριακά Antimicobatterici 抗マイコバクテリア薬 Antimykobakterielle midler Środki przeciwgrzybicze Antimycobacterials Antimicobacteriene Антимикобактериальные препараты Antimicrobianos Antimykobakterier Antimikobakteriyeller Засоби, що діють на мікобактерії Beta-lactams/penicillins FALSE TRUE TRUE FALSE β-内酰胺类/青霉素类 Beta-laktamy/peniciliny Beta-lactamer/penicilliner Beta-lactams/penicillines Beetalaktaamit/penisilliinit Bêta-lactamines/pénicillines Beta-Lactame/Penicilline Β-λακτάμες/πενικιλλίνες Beta-lattami/penicilline β-ラクタム系／ペニシリン系抗菌薬 Betalaktamer/penicilliner Beta-laktamy/penicyliny Beta-lactâmicas/penicilinas Beta-lactame/peniciline Бета-лактамы/пенициллины Beta-lactámicos/penicilinas Beta-laktamer/penicilliner Beta-laktamlar/penisilinler Бета-лактами/пеніциліни +Cephalosporins FALSE TRUE TRUE FALSE 头孢菌素类 Cefalosporiny Cefalosporiner Cefalosporines Kefalosporiinit Céphalosporines Cephalosporine Κεφαλοσπορίνες Cefalosporine セファロスポリン Cefalosporiner Cefalosporyny Cefalosporinas Cefalosporine Цефалоспорины Cefalosporinas Kefalosporiner Sefalosporinler Цефалоспорини Cephalosporins (1st gen.) FALSE TRUE TRUE FALSE 头孢菌素类（第一代） Cefalosporiny (1. gen.) Cefalosporiner (1. gen.) Cefalosporines (1e gen.) Kefalosporiinit (1. suk.) Céphalosporines (1ère génération) Cephalosporine (1. Gen.) Κεφαλοσπορίνες (1ου γένους) Cefalosporine (1° gen.) セファロスポリン系抗生物質（第1世代） Cefalosporiner (1. generasjon) Cefalosporyny (1. gen.) Cefalosporinas (1º género) Cefalosporine (prima generație) Цефалоспорины (1-го пок.) Cefalosporinas (1er gen.) Kefalosporiner (första gen.) Sefalosporinler (1. kuşak) Цефалоспорини (1 пок.) Cephalosporins (2nd gen.) FALSE TRUE TRUE FALSE 头孢菌素类（第二代） Cefalosporiny (2. gen.) Cefalosporiner (2. gen.) Cefalosporines (2e gen.) Kefalosporiinit (2. suk.) Céphalosporines (2ème génération) Cephalosporine (2. Gen.) Κεφαλοσπορίνες (2ο γένος) Cefalosporine (2° gen.) セファロスポリン（第2世代） Cefalosporiner (2. generasjon) Cefalosporyny (2. gen.) Cefalosporinas (2ª gen.) Cefalosporine (a doua generație) Цефалоспорины (2-го пок.) Cefalosporinas (2do gen.) Kefalosporiner (andra gen.) Sefalosporinler (2. kuşak) Цефалоспорини (2 пок.) Cephalosporins (3rd gen.) FALSE TRUE TRUE FALSE 头孢菌素类（第三代） Cefalosporiny (3. gen.) Cefalosporiner (3. gen.) Cefalosporines (3e gen.) Kefalosporiinit (3. suk.) Céphalosporines (3ème génération) Cephalosporine (3. Gen.) Κεφαλοσπορίνες (3ο γένος) Cefalosporine (3° gen.) セファロスポリン（第3世代） Cefalosporiner (3. generasjon) Cefalosporyny (3 gen.) Cefalosporinas (3ª gen.) Cefalosporine (a treia generație) Цефалоспорины (3-го пок.) Cefalosporinas (3er gen.) Kefalosporiner (tredje gen.) Sefalosporinler (3. kuşak) Цефалоспорини (3 пок.) Cephalosporins (4th gen.) FALSE TRUE TRUE FALSE 头孢菌素类（第四代） Cefalosporiny (4. gen.) Cefalosporiner (4. gen.) Cefalosporines (4e gen.) Kefalosporiinit (4. suk.) Céphalosporines (4ème génération) Cephalosporine (4. Gen.) Κεφαλοσπορίνες (4ο γένος) Cefalosporine (4° gen.) セファロスポリン（第4世代） Cefalosporiner (4. generasjon) Cefalosporyny (4 gen.) Cefalosporinas (4.ª gen.) Cefalosporine (a 4-a generație) Цефалоспорины (4-го пок.) Cefalosporinas (4ª gen.) Kefalosporiner (4:e gen.) Sefalosporinler (4. kuşak) Цефалоспорини (4 пок.) Cephalosporins (5th gen.) FALSE TRUE TRUE FALSE 头孢菌素（第五代） Cefalosporiny (5. gen.) Cefalosporiner (5. gen.) Cefalosporines (5e gen.) Kefalosporiinit (5. suk.) Céphalosporines (5e gén.) Cephalosporine (5. Gen.) Κεφαλοσπορίνες (5ο γένος) Cefalosporine (5° gen.) セファロスポリン（第5世代） Cefalosporiner (5. generasjon) Cefalosporyny (5. gen.) Cefalosporinas (5.ª gen.) Cefalosporine (a 5-a generație) Цефалоспорины (5-го пок.) Cefalosporinas (5º gen.) Kefalosporiner (5:e gen.) Sefalosporinler (5. kuşak) Цефалоспорини (5 пок.) Cephalosporins (unclassified gen.) FALSE TRUE TRUE FALSE 头孢菌素类（未分类的一代） Cefalosporiny (nezařazené) Cefalosporiner (uklassificeret gen.) Cefalosporines (ongeclassificeerd) Kefalosporiinit (luokittelematon suk.) Céphalosporines (genre non classifié) Cephalosporine (unklassifiziert) Κεφαλοσπορίνες (μη ταξινομημένο γένος) Cefalosporine (gen. non classificato) セファロスポリン（未分類の世代） Cefalosporiner (uklassifisert generasjon) Cefalosporyny (niesklasyfikowana gen.) Cefalosporinas (não classificado gen.) Cefalosporine (generație neclasificată) Цефалоспорины (неклассифицированный род) Cefalosporinas (gen. no clasificado) Kefalosporiner (oklassificerad gen.) Sefalosporinler (sınıflandırılmamış nesil) Цефалоспорини (некласифікованого пок.) -Cephalosporins FALSE TRUE TRUE FALSE 头孢菌素类 Cefalosporiny Cefalosporiner Cefalosporines Kefalosporiinit Céphalosporines Cephalosporine Κεφαλοσπορίνες Cefalosporine セファロスポリン Cefalosporiner Cefalosporyny Cefalosporinas Cefalosporine Цефалоспорины Cefalosporinas Kefalosporiner Sefalosporinler Цефалоспорини Glycopeptides FALSE TRUE TRUE FALSE 糖肽类药物 Glykopeptidy Glykopeptider Glycopeptiden Glykopeptidit Glycopeptides Glykopeptide Γλυκοπεπτίδια Glicopeptidi 糖ペプチド系 Glykopeptider Glikopeptydy Glycopeptides Glicopeptide Гликопептиды Glicopéptidos Glykopeptider Glikopeptitler Глікопептиди +Lincosamides FALSE TRUE TRUE FALSE 林可酰胺类 Linkosamidy Lincosamider Lincosamiden Linkosamidit Lincosamides Linkosamide Λινκοσαμίδια Lincosamidi リンコサミド系 Lincosamider Linkozamidy Lincosamidas Lincosamide Линкозамиды Lincosamidas Linkosamider Linkozamidler Лінкозаміди +Lipoglycopeptides FALSE TRUE TRUE FALSE 脂肽类药物 Lipoglykoproteidy Lipoglykoproteider Lipoglycopeptiden Lipoglykoproteiinit Lipoglycopeptides Lipoglykoproteide Λιπογλυκοπεπτίδια Lipoglicopeptidi リポグリコペプチド系 Lipoglykoproteider Lipoglikopeptydy Lipoglycopeptides Lipoglicopeptide Липогликопептиды Lipoglicopéptidos Lipoglykoproteider Lipoglikopeptitler Ліпоглікопептиди +Macrolides FALSE TRUE TRUE FALSE 大环内酯类 Makrolidy Makrolider Macroliden Makrolidit Macrolides Makrolide Μακρολίδια Macrolidi マクロライド系 Makrolider Makrolidy Macrolides Macrolide Макролиды Macrólidos Makrolider Makrolidler Макроліди Macrolides/lincosamides FALSE TRUE TRUE FALSE 大环内酯类/林可酰胺类 Makrolidy/linkosamidy Makrolider/lincosamider Macroliden/lincosamiden Makrolidit/linkosamidit Macrolides/lincosamides Makrolide/Linkosamide Μακρολίδια/λινκοσαμίδια Macrolidi/lincosamidi マクロライド系/リンコサミド系 Makrolider/lincosamider Makrolidy/linkozamidy Macrolides/lincosamidas Macrolide/lincosamide Макролиды/линкозамиды Macrólidos/lincosamidas Makrolider/linkosamider Makrolidler/linkozamidler Макроліди/лінкозаміди +Nitrofurans FALSE TRUE TRUE FALSE 硝基呋喃类 Nitrofurane Nitrofurans Nitrofuranen Nitrofuraanit Nitrofuranes Nitrofuran Nιτροφουράνια Nitrofuranos ニトロフラン Nitrofurans Nitrofurany Nitrofuranos Nitrofurani Нитрофураны Nitrofuranos Nitrofurans Nitrofuranlar Нітрофурани Other antibacterials FALSE TRUE TRUE FALSE 其他抗菌剂 Ostatní antibakteriální látky Andre antibakterielle stoffer Overige antibiotica Muut antibakteeriset aineet Autres antibactériens Andere Antibiotika Άλλα αντιβακτηριακά Altri antibatterici その他の抗菌薬 Andre antibakterielle midler Inne środki przeciwbakteryjne Outros antibacterianos Alte antibacteriene Другие антибактериальные препараты Otros antibacterianos Andra antibakteriella medel Diğer antibakteriyeller Інші антибактеріальні засоби +Oxazolidinones FALSE TRUE TRUE FALSE 恶唑烷酮类 Oxazolidinone Oxazolidinones Oxazolidinonen Oxazolidinonit Oxazolidinones Oxazolidinone Οξαζολιδινόνες Oxazolidinonas オキサゾリジノン Oxazolidinones Oksazolidynony Oxazolidinonas Oxazolidinone Оксазолидиноны Oxazolidinonas Oxazolidinones Oxazolidinonlar Оксазолідинони +Penicillins FALSE TRUE TRUE FALSE 青霉素类 Пенициллины Penicillins Penicillines Penisilliinit Pénicillines Penicillins Πενικιλίνες Penicilinas ペニシリン Penicillins Penicyliny Penicilinas Peniciline Пенициллины Penicilinas Penicillins Penisilinler Пеніциліни Polymyxins FALSE TRUE TRUE FALSE 多粘菌素类 Polymyxiny Polymyxiner Polymyxines Polymysiinit Polymyxines Polymyxine Πολυμυξίνες Polimixine ポリミキシン Polymyxiner Polimyksyny Polimixinas Polimixine Полимиксины Polimixinas Polymyxiner Polimiksinler Поліміксини Quinolones FALSE TRUE TRUE FALSE 喹诺酮类 Chinolony Kinoloner Quinolonen Kinolonit Quinolones Quinolone Κινολόνες Chinoloni キノロン Kinoloner Quinolony Quinolones Quinolone Хинолоны Quinolonas Kinoloner Kinolonlar Хінолони +Rifamycins FALSE TRUE TRUE FALSE 利福霉素类 Rifamycine Rifamycins Rifamycinen Rifamysiinit Rifamycines Rifamycine Ριφαμυκίνες Rifamicinas リファマイシン Rifamycins Rifamycyny Rifamycinas Rifamicine Рифамицины Rifamicinas Rifamycins Rifamisinler Рифаміцини +Streptogramins FALSE TRUE TRUE FALSE 链阳性菌素类 Streptogramine Streptogramins Streptograminen Streptogramiinit Streptogramines Streptogramine Στρεπτογραμίνες Estreptograminas ストレプトグラミン Streptogramins Streptograminy Streptograminas Streptogramine Стрептограмин Estreptograminas Streptogramins Streptograminler Стрептограмини +Tetracyclines FALSE TRUE TRUE FALSE 四环素类 Тетрациклины Tetracyclines Tetracyclines Tetrasykliinit Tétracyclines Tetracyclines Τετρακυκλίνες Tetraciclinas テトラサイクリン Tetracyclines Tetracykliny Tetraciclinas Tetracicline Тетрациклины Tetraciclinas Tetracyclines Tetrasiklinler Тетрацикліни +Trimethoprims FALSE TRUE TRUE FALSE 甲氧苄啶类 Триметопримы Trimethoprim Trimethoprims Trimetoprimiinit Triméthoprimes Trimethoprims Τριμεθοπρίμη Trimetoprimas トリメトプリム Trimethoprims Trimetoprimy Trimetoprimas Trimethoprim Триметопримы Trimetoprimas Trimethoprims Trimetoprimler Триметоприми +Ureidopenicillins FALSE TRUE TRUE FALSE 脲基青霉素类 Уреидопенициллины Ureidopenicillins Ureidopenicillines Ureidopenisilliinit Uréidopénicillines Ureidopenicillins Ουρεϊδοπενικιλίνες Ureidopenicilinas ウレイドペニシリン Ureidopenicillins Ureidopenicyliny Ureidopenicilinas Ureidopeniciline Уреидопенициллины Ureidopenicilinas Ureidopenicillins Ureidopenisilinler Уреїдопеніциліни aquatic|fish FALSE FALSE FALSE FALSE 水生|条鱼|鱼 vodní|ryba|ryby akvatisk|fisk aquatisch|vis|vissen vesieliö|kala|kalaa aquatique|poisson|poissons wasser|fisch|fische υδρόβια|ψάρι|ψάρια acquatico|pesce|pesci アクアティック|1匹|魚 akvatisk|fisk wodny|ryba|ryby aquático|peixe|peixes acvatic|pește|pești водные|рыба|рыбы acuático|pez|peces vattenlevande|fisk|fiskar sucul|balık водний|риба|рибки cattle|bovine FALSE FALSE FALSE FALSE 牛|牛 skot kvæg vee|rund karja|nauta bovins|bovin rinder βοοειδή bovini|bovino 牛|ウシ storfe|storfe bydło|bydło bovinos|bovino bovine|bovine крупный рогатый скот|крупный рогатый скот bovino|bovino nötkreatur|nötkreatur sığır|büyükbaş hayvan велика рогата худоба|бичачий cat|cats|feline FALSE FALSE FALSE FALSE 猫|猫|猫科动物 kočka|kočky|kočky kat|katte|kat kat|katten|katachtig kissa|kissat|kissa chat|chats|félin katze|katzen γάτα|γάτες|αιλουροειδή gatto|gatti|felino 猫|猫|ネコ katt kot|koty gato|gatos|felino pisică|pisici|felină кошка|кошки|кошка gato|gatos|felino katt|katter|kattdjur kedi|kediler|kedi кіт|коти|котячий diff --git a/data/example_isolates.rda b/data/example_isolates.rda index ed5badc9..3a5d7af1 100644 Binary files a/data/example_isolates.rda and b/data/example_isolates.rda differ diff --git a/man/as.sir.Rd b/man/as.sir.Rd index 39270a3e..d1007902 100644 --- a/man/as.sir.Rd +++ b/man/as.sir.Rd @@ -34,10 +34,10 @@ is_sir_eligible(x, threshold = 0.05) \method{as.sir}{default}( x, S = "^(S|U)+$", - I = "^(I|H)+$", + I = "^(I)+$", R = "^(R)+$", N = "^(N|V)+$", - SDD = "^(SDD|D)+$", + SDD = "^(SDD|D|H)+$", ... ) @@ -96,7 +96,7 @@ sir_interpretation_history(clean = FALSE) \item{threshold}{maximum fraction of invalid antimicrobial interpretations of \code{x}, see \emph{Examples}} -\item{S, I, R, N, SDD}{a case-independent \link[base:regex]{regular expression} to translate input to this result. This regular expression will be run \emph{after} all non-letters are removed from the input.} +\item{S, I, R, N, SDD}{a case-independent \link[base:regex]{regular expression} to translate input to this result. This regular expression will be run \emph{after} all non-letters and whitespaces are removed from the input.} \item{mo}{a vector (or column name) with \link{character}s that can be coerced to valid microorganism codes with \code{\link[=as.mo]{as.mo()}}, can be left empty to determine it automatically}