P281424/AMR
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dr. M.S. (Matthijs) Berends
2021-07-08 22:23:28 +02:00
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data-raw/AMR_latest.tar.gz
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3
data-raw/_internals.R
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@ -70,6 +70,8 @@ TRANSLATIONS <- utils::read.delim(file = "data-raw/translations.tsv",
# for checking input in `language` argument in e.g. mo_*() and ab_*() functions
LANGUAGES_SUPPORTED <- sort(c("en", colnames(TRANSLATIONS)[nchar(colnames(TRANSLATIONS)) == 2]))
# EXAMPLE_ISOLATES <- readRDS("data-raw/example_isolates.rds")
# vectors of CoNS and CoPS, improves speed in as.mo()
create_species_cons_cops <- function(type = c("CoNS", "CoPS")) {
# Determination of which staphylococcal species are CoNS/CoPS according to:
@ -147,6 +149,7 @@ DEFINED_AB_GROUPS <- DEFINED_AB_GROUPS[!DEFINED_AB_GROUPS %in% globalenv_before_
usethis::use_data(EUCAST_RULES_DF,
TRANSLATIONS,
LANGUAGES_SUPPORTED,
# EXAMPLE_ISOLATES,
MO_CONS,
MO_COPS,
AMINOGLYCOSIDES,

BIN
data-raw/example_isolates.rds Normal file
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Binary file not shown.

27
data-raw/translations.tsv
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@ -16,19 +16,20 @@ unknown genus TRUE TRUE FALSE TRUE unbekannte Gattung onbekend geslacht género
unknown species TRUE TRUE FALSE TRUE unbekannte Art onbekende soort especie desconocida specie sconosciute espèce inconnue espécies desconhecida
unknown subspecies TRUE TRUE FALSE TRUE unbekannte Unterart onbekende ondersoort subespecie desconocida sottospecie sconosciute sous-espèce inconnue subespécies desconhecida
unknown rank TRUE TRUE FALSE TRUE unbekannter Rang onbekende rang rango desconocido grado sconosciuto rang inconnu classificação desconhecido
CoNS FALSE TRUE FALSE TRUE KNS CNS SCN
CoPS FALSE TRUE FALSE TRUE KPS CPS SCP
Gram-negative TRUE TRUE FALSE TRUE Gramnegativ Gram-negatief Gram negativo Gram negativo Gram négatif Gram negativo
Gram-positive TRUE TRUE FALSE TRUE Grampositiv Gram-positief Gram positivo Gram positivo Gram positif Gram positivo
^Bacteria$ TRUE TRUE FALSE TRUE Bakterien Bacteriën Bacterias Batteri Bactéries Bactérias
^Fungi$ TRUE TRUE FALSE TRUE Pilze Schimmels Hongos Funghi Champignons Fungos
^Yeasts$ TRUE TRUE FALSE TRUE Hefen Gisten Levaduras Lieviti Levures Leveduras
^Protozoa$ TRUE TRUE FALSE TRUE Protozoen Protozoën Protozoarios Protozoi Protozoaires Protozoários
biogroup TRUE TRUE FALSE TRUE Biogruppe biogroep biogrupo biogruppo biogroupe biogrupo
biotype TRUE TRUE FALSE TRUE Biotyp biotipo biotipo biótipo
vegetative TRUE TRUE FALSE TRUE vegetativ vegetatief vegetativo vegetativo végétatif vegetativo
([([ ]*?)group TRUE TRUE FALSE TRUE \\1Gruppe \\1groep \\1grupo \\1gruppo \\1groupe \\1grupo
([([ ]*?)Group TRUE TRUE FALSE TRUE \\1Gruppe \\1Groep \\1Grupo \\1Gruppo \\1Groupe \\1Grupo
group TRUE TRUE FALSE TRUE Gruppe groep grupo gruppo groupe grupo
CoNS FALSE TRUE FALSE FALSE KNS CNS SCN
CoPS FALSE TRUE FALSE FALSE KPS CPS SCP
Gram-negative TRUE TRUE FALSE FALSE Gramnegativ Gram-negatief Gram negativo Gram negativo Gram négatif Gram negativo
Gram-positive TRUE TRUE FALSE FALSE Grampositiv Gram-positief Gram positivo Gram positivo Gram positif Gram positivo
^Bacteria$ TRUE TRUE FALSE FALSE Bakterien Bacteriën Bacterias Batteri Bactéries Bactérias
^Fungi$ TRUE TRUE FALSE FALSE Pilze Schimmels Hongos Funghi Champignons Fungos
^Yeasts$ TRUE TRUE FALSE FALSE Hefen Gisten Levaduras Lieviti Levures Leveduras
^Protozoa$ TRUE TRUE FALSE FALSE Protozoen Protozoën Protozoarios Protozoi Protozoaires Protozoários
biogroup TRUE TRUE FALSE FALSE Biogruppe biogroep biogrupo biogruppo biogroupe biogrupo
biotype TRUE TRUE FALSE FALSE Biotyp biotipo biotipo biótipo
vegetative TRUE TRUE FALSE FALSE vegetativ vegetatief vegetativo vegetativo végétatif vegetativo
([([ ]*?)group TRUE TRUE FALSE FALSE \\1Gruppe \\1groep \\1grupo \\1gruppo \\1groupe \\1grupo
([([ ]*?)Group TRUE TRUE FALSE FALSE \\1Gruppe \\1Groep \\1Grupo \\1Gruppo \\1Groupe \\1Grupo
no .*growth TRUE FALSE FALSE FALSE keine? .*wachstum geen .*groei no .*crecimientonon sem .*crescimento pas .*croissance sem .*crescimento
no|not TRUE FALSE FALSE FALSE keine? geen|niet no|sin sem non sem
Susceptible TRUE FALSE FALSE FALSE Empfindlich Gevoelig Susceptible

1 pattern regular_expr case_sensitive affect_ab_name affect_mo_name de nl es it fr pt
16 unknown species TRUE TRUE FALSE TRUE unbekannte Art onbekende soort especie desconocida specie sconosciute espèce inconnue espécies desconhecida
17 unknown subspecies TRUE TRUE FALSE TRUE unbekannte Unterart onbekende ondersoort subespecie desconocida sottospecie sconosciute sous-espèce inconnue subespécies desconhecida
18 unknown rank TRUE TRUE FALSE TRUE unbekannter Rang onbekende rang rango desconocido grado sconosciuto rang inconnu classificação desconhecido
19 CoNS group FALSE TRUE TRUE FALSE TRUE KNS Gruppe CNS groep SCN grupo gruppo groupe grupo
20 CoPS CoNS FALSE TRUE FALSE TRUE FALSE KPS KNS CPS CNS SCP SCN
21 Gram-negative CoPS TRUE FALSE TRUE FALSE TRUE FALSE Gramnegativ KPS Gram-negatief CPS Gram negativo SCP Gram negativo Gram négatif Gram negativo
22 Gram-positive Gram-negative TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE Grampositiv Gramnegativ Gram-positief Gram-negatief Gram positivo Gram negativo Gram positivo Gram negativo Gram positif Gram négatif Gram positivo Gram negativo
23 ^Bacteria$ Gram-positive TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE Bakterien Grampositiv Bacteriën Gram-positief Bacterias Gram positivo Batteri Gram positivo Bactéries Gram positif Bactérias Gram positivo
24 ^Fungi$ ^Bacteria$ TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE Pilze Bakterien Schimmels Bacteriën Hongos Bacterias Funghi Batteri Champignons Bactéries Fungos Bactérias
25 ^Yeasts$ ^Fungi$ TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE Hefen Pilze Gisten Schimmels Levaduras Hongos Lieviti Funghi Levures Champignons Leveduras Fungos
26 ^Protozoa$ ^Yeasts$ TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE Protozoen Hefen Protozoën Gisten Protozoarios Levaduras Protozoi Lieviti Protozoaires Levures Protozoários Leveduras
27 biogroup ^Protozoa$ TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE Biogruppe Protozoen biogroep Protozoën biogrupo Protozoarios biogruppo Protozoi biogroupe Protozoaires biogrupo Protozoários
28 biotype biogroup TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE Biotyp Biogruppe biogroep biotipo biogrupo biotipo biogruppo biogroupe biótipo biogrupo
29 vegetative biotype TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE vegetativ Biotyp vegetatief vegetativo biotipo vegetativo biotipo végétatif vegetativo biótipo
30 ([([ ]*?)group vegetative TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE \\1Gruppe vegetativ \\1groep vegetatief \\1grupo vegetativo \\1gruppo vegetativo \\1groupe végétatif \\1grupo vegetativo
31 ([([ ]*?)Group ([([ ]*?)group TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE \\1Gruppe \\1Groep \\1groep \\1Grupo \\1grupo \\1Gruppo \\1gruppo \\1Groupe \\1groupe \\1Grupo \\1grupo
32 ([([ ]*?)Group TRUE TRUE FALSE FALSE \\1Gruppe \\1Groep \\1Grupo \\1Gruppo \\1Groupe \\1Grupo
33 no .*growth TRUE FALSE FALSE FALSE keine? .*wachstum geen .*groei no .*crecimientonon sem .*crescimento pas .*croissance sem .*crescimento
34 no|not TRUE FALSE FALSE FALSE keine? geen|niet no|sin sem non sem
35 Susceptible TRUE FALSE FALSE FALSE Empfindlich Gevoelig Susceptible