mirror of
https://github.com/msberends/AMR.git
synced 2025-07-09 02:03:04 +02:00
v1.2.0
This commit is contained in:
14
R/ab.R
14
R/ab.R
@ -343,7 +343,7 @@ is.ab <- function(x) {
|
||||
inherits(x, "ab")
|
||||
}
|
||||
|
||||
#' @exportMethod print.ab
|
||||
#' @method print ab
|
||||
#' @export
|
||||
#' @noRd
|
||||
print.ab <- function(x, ...) {
|
||||
@ -351,7 +351,7 @@ print.ab <- function(x, ...) {
|
||||
print(as.character(x), quote = FALSE)
|
||||
}
|
||||
|
||||
#' @exportMethod as.data.frame.ab
|
||||
#' @method as.data.frame ab
|
||||
#' @export
|
||||
#' @noRd
|
||||
as.data.frame.ab <- function(x, ...) {
|
||||
@ -362,7 +362,7 @@ as.data.frame.ab <- function(x, ...) {
|
||||
as.data.frame.vector(as.ab(x), ...)
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
#' @exportMethod [.ab
|
||||
#' @method [ ab
|
||||
#' @export
|
||||
#' @noRd
|
||||
"[.ab" <- function(x, ...) {
|
||||
@ -370,7 +370,7 @@ as.data.frame.ab <- function(x, ...) {
|
||||
attributes(y) <- attributes(x)
|
||||
y
|
||||
}
|
||||
#' @exportMethod [[.ab
|
||||
#' @method [[ ab
|
||||
#' @export
|
||||
#' @noRd
|
||||
"[[.ab" <- function(x, ...) {
|
||||
@ -378,7 +378,7 @@ as.data.frame.ab <- function(x, ...) {
|
||||
attributes(y) <- attributes(x)
|
||||
y
|
||||
}
|
||||
#' @exportMethod [<-.ab
|
||||
#' @method [<- ab
|
||||
#' @export
|
||||
#' @noRd
|
||||
"[<-.ab" <- function(i, j, ..., value) {
|
||||
@ -386,7 +386,7 @@ as.data.frame.ab <- function(x, ...) {
|
||||
attributes(y) <- attributes(i)
|
||||
class_integrity_check(y, "antimicrobial code", antibiotics$ab)
|
||||
}
|
||||
#' @exportMethod [[<-.ab
|
||||
#' @method [[<- ab
|
||||
#' @export
|
||||
#' @noRd
|
||||
"[[<-.ab" <- function(i, j, ..., value) {
|
||||
@ -394,7 +394,7 @@ as.data.frame.ab <- function(x, ...) {
|
||||
attributes(y) <- attributes(i)
|
||||
class_integrity_check(y, "antimicrobial code", antibiotics$ab)
|
||||
}
|
||||
#' @exportMethod c.ab
|
||||
#' @method c ab
|
||||
#' @export
|
||||
#' @noRd
|
||||
c.ab <- function(x, ...) {
|
||||
|
||||
@ -107,7 +107,7 @@ bug_drug_combinations <- function(x,
|
||||
structure(.Data = out, class = c("bug_drug_combinations", class(x)))
|
||||
}
|
||||
|
||||
#' @exportMethod format.bug_drug_combinations
|
||||
#' @method format bug_drug_combinations
|
||||
#' @export
|
||||
#' @rdname bug_drug_combinations
|
||||
format.bug_drug_combinations <- function(x,
|
||||
@ -218,7 +218,7 @@ format.bug_drug_combinations <- function(x,
|
||||
y
|
||||
}
|
||||
|
||||
#' @exportMethod print.bug_drug_combinations
|
||||
#' @method print bug_drug_combinations
|
||||
#' @export
|
||||
print.bug_drug_combinations <- function(x, ...) {
|
||||
print(as.data.frame(x, stringsAsFactors = FALSE))
|
||||
|
||||
@ -107,7 +107,7 @@ catalogue_of_life_version <- function() {
|
||||
class = c("catalogue_of_life_version", "list"))
|
||||
}
|
||||
|
||||
#' @exportMethod print.catalogue_of_life_version
|
||||
#' @method print catalogue_of_life_version
|
||||
#' @export
|
||||
#' @noRd
|
||||
print.catalogue_of_life_version <- function(x, ...) {
|
||||
|
||||
12
R/disk.R
12
R/disk.R
@ -95,7 +95,7 @@ is.disk <- function(x) {
|
||||
inherits(x, "disk")
|
||||
}
|
||||
|
||||
#' @exportMethod print.disk
|
||||
#' @method print disk
|
||||
#' @export
|
||||
#' @noRd
|
||||
print.disk <- function(x, ...) {
|
||||
@ -103,7 +103,7 @@ print.disk <- function(x, ...) {
|
||||
print(as.integer(x), quote = FALSE)
|
||||
}
|
||||
|
||||
#' @exportMethod [.disk
|
||||
#' @method [ disk
|
||||
#' @export
|
||||
#' @noRd
|
||||
"[.disk" <- function(x, ...) {
|
||||
@ -111,7 +111,7 @@ print.disk <- function(x, ...) {
|
||||
attributes(y) <- attributes(x)
|
||||
y
|
||||
}
|
||||
#' @exportMethod [[.disk
|
||||
#' @method [[ disk
|
||||
#' @export
|
||||
#' @noRd
|
||||
"[[.disk" <- function(x, ...) {
|
||||
@ -119,7 +119,7 @@ print.disk <- function(x, ...) {
|
||||
attributes(y) <- attributes(x)
|
||||
y
|
||||
}
|
||||
#' @exportMethod [<-.disk
|
||||
#' @method [<- disk
|
||||
#' @export
|
||||
#' @noRd
|
||||
"[<-.disk" <- function(i, j, ..., value) {
|
||||
@ -128,7 +128,7 @@ print.disk <- function(x, ...) {
|
||||
attributes(y) <- attributes(i)
|
||||
y
|
||||
}
|
||||
#' @exportMethod [[<-.disk
|
||||
#' @method [[<- disk
|
||||
#' @export
|
||||
#' @noRd
|
||||
"[[<-.disk" <- function(i, j, ..., value) {
|
||||
@ -137,7 +137,7 @@ print.disk <- function(x, ...) {
|
||||
attributes(y) <- attributes(i)
|
||||
y
|
||||
}
|
||||
#' @exportMethod c.disk
|
||||
#' @method c disk
|
||||
#' @export
|
||||
#' @noRd
|
||||
c.disk <- function(x, ...) {
|
||||
|
||||
@ -25,7 +25,6 @@
|
||||
#' @inheritSection lifecycle Questioning lifecycle
|
||||
#' @param x a vector of values, a [`matrix`] or a [`data.frame`]
|
||||
#' @param na.rm a logical value indicating whether `NA` values should be stripped before the computation proceeds.
|
||||
#' @exportMethod kurtosis
|
||||
#' @seealso [skewness()]
|
||||
#' @rdname kurtosis
|
||||
#' @inheritSection AMR Read more on our website!
|
||||
@ -34,7 +33,7 @@ kurtosis <- function(x, na.rm = FALSE) {
|
||||
UseMethod("kurtosis")
|
||||
}
|
||||
|
||||
#' @exportMethod kurtosis.default
|
||||
#' @method kurtosis default
|
||||
#' @rdname kurtosis
|
||||
#' @export
|
||||
kurtosis.default <- function(x, na.rm = FALSE) {
|
||||
@ -47,14 +46,14 @@ kurtosis.default <- function(x, na.rm = FALSE) {
|
||||
(base::sum((x - base::mean(x, na.rm = na.rm))^2, na.rm = na.rm)^2)
|
||||
}
|
||||
|
||||
#' @exportMethod kurtosis.matrix
|
||||
#' @method kurtosis matrix
|
||||
#' @rdname kurtosis
|
||||
#' @export
|
||||
kurtosis.matrix <- function(x, na.rm = FALSE) {
|
||||
base::apply(x, 2, kurtosis.default, na.rm = na.rm)
|
||||
}
|
||||
|
||||
#' @exportMethod kurtosis.data.frame
|
||||
#' @method kurtosis data.frame
|
||||
#' @rdname kurtosis
|
||||
#' @export
|
||||
kurtosis.data.frame <- function(x, na.rm = FALSE) {
|
||||
|
||||
26
R/mic.R
26
R/mic.R
@ -140,28 +140,28 @@ is.mic <- function(x) {
|
||||
inherits(x, "mic")
|
||||
}
|
||||
|
||||
#' @exportMethod as.double.mic
|
||||
#' @method as.double mic
|
||||
#' @export
|
||||
#' @noRd
|
||||
as.double.mic <- function(x, ...) {
|
||||
as.double(gsub("(<|=|>)+", "", as.character(x)))
|
||||
}
|
||||
|
||||
#' @exportMethod as.integer.mic
|
||||
#' @method as.integer mic
|
||||
#' @export
|
||||
#' @noRd
|
||||
as.integer.mic <- function(x, ...) {
|
||||
as.integer(gsub("(<|=|>)+", "", as.character(x)))
|
||||
}
|
||||
|
||||
#' @exportMethod as.numeric.mic
|
||||
#' @method as.numeric mic
|
||||
#' @export
|
||||
#' @noRd
|
||||
as.numeric.mic <- function(x, ...) {
|
||||
as.numeric(gsub("(<|=|>)+", "", as.character(x)))
|
||||
}
|
||||
|
||||
#' @exportMethod droplevels.mic
|
||||
#' @method droplevels mic
|
||||
#' @export
|
||||
#' @noRd
|
||||
droplevels.mic <- function(x, exclude = ifelse(anyNA(levels(x)), NULL, NA), ...) {
|
||||
@ -170,7 +170,7 @@ droplevels.mic <- function(x, exclude = ifelse(anyNA(levels(x)), NULL, NA), ...)
|
||||
x
|
||||
}
|
||||
|
||||
#' @exportMethod print.mic
|
||||
#' @method print mic
|
||||
#' @export
|
||||
#' @noRd
|
||||
print.mic <- function(x, ...) {
|
||||
@ -178,7 +178,7 @@ print.mic <- function(x, ...) {
|
||||
print(as.character(x), quote = FALSE)
|
||||
}
|
||||
|
||||
#' @exportMethod summary.mic
|
||||
#' @method summary mic
|
||||
#' @export
|
||||
#' @noRd
|
||||
summary.mic <- function(object, ...) {
|
||||
@ -194,7 +194,7 @@ summary.mic <- function(object, ...) {
|
||||
)
|
||||
}
|
||||
|
||||
#' @exportMethod plot.mic
|
||||
#' @method plot mic
|
||||
#' @export
|
||||
#' @importFrom graphics barplot axis par
|
||||
#' @noRd
|
||||
@ -213,7 +213,7 @@ plot.mic <- function(x,
|
||||
axis(2, seq(0, max(table(droplevels.factor(x)))))
|
||||
}
|
||||
|
||||
#' @exportMethod barplot.mic
|
||||
#' @method barplot mic
|
||||
#' @export
|
||||
#' @importFrom graphics barplot axis
|
||||
#' @noRd
|
||||
@ -232,7 +232,7 @@ barplot.mic <- function(height,
|
||||
axis(2, seq(0, max(table(droplevels.factor(height)))))
|
||||
}
|
||||
|
||||
#' @exportMethod [.mic
|
||||
#' @method [ mic
|
||||
#' @export
|
||||
#' @noRd
|
||||
"[.mic" <- function(x, ...) {
|
||||
@ -240,7 +240,7 @@ barplot.mic <- function(height,
|
||||
attributes(y) <- attributes(x)
|
||||
y
|
||||
}
|
||||
#' @exportMethod [[.mic
|
||||
#' @method [[ mic
|
||||
#' @export
|
||||
#' @noRd
|
||||
"[[.mic" <- function(x, ...) {
|
||||
@ -248,7 +248,7 @@ barplot.mic <- function(height,
|
||||
attributes(y) <- attributes(x)
|
||||
y
|
||||
}
|
||||
#' @exportMethod [<-.mic
|
||||
#' @method [<- mic
|
||||
#' @export
|
||||
#' @noRd
|
||||
"[<-.mic" <- function(i, j, ..., value) {
|
||||
@ -257,7 +257,7 @@ barplot.mic <- function(height,
|
||||
attributes(y) <- attributes(i)
|
||||
y
|
||||
}
|
||||
#' @exportMethod [[<-.mic
|
||||
#' @method [[<- mic
|
||||
#' @export
|
||||
#' @noRd
|
||||
"[[<-.mic" <- function(i, j, ..., value) {
|
||||
@ -266,7 +266,7 @@ barplot.mic <- function(height,
|
||||
attributes(y) <- attributes(i)
|
||||
y
|
||||
}
|
||||
#' @exportMethod c.mic
|
||||
#' @method c mic
|
||||
#' @export
|
||||
#' @noRd
|
||||
c.mic <- function(x, ...) {
|
||||
|
||||
20
R/mo.R
20
R/mo.R
@ -1566,7 +1566,7 @@ format_uncertainty_as_df <- function(uncertainty_level,
|
||||
df
|
||||
}
|
||||
|
||||
#' @exportMethod print.mo
|
||||
#' @method print mo
|
||||
#' @export
|
||||
#' @noRd
|
||||
print.mo <- function(x, ...) {
|
||||
@ -1577,7 +1577,7 @@ print.mo <- function(x, ...) {
|
||||
print.default(x, quote = FALSE)
|
||||
}
|
||||
|
||||
#' @exportMethod summary.mo
|
||||
#' @method summary mo
|
||||
#' @export
|
||||
#' @noRd
|
||||
summary.mo <- function(object, ...) {
|
||||
@ -1593,7 +1593,7 @@ summary.mo <- function(object, ...) {
|
||||
"#3" = top_3[3])
|
||||
}
|
||||
|
||||
#' @exportMethod as.data.frame.mo
|
||||
#' @method as.data.frame mo
|
||||
#' @export
|
||||
#' @noRd
|
||||
as.data.frame.mo <- function(x, ...) {
|
||||
@ -1605,7 +1605,7 @@ as.data.frame.mo <- function(x, ...) {
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
#' @exportMethod [.mo
|
||||
#' @method [ mo
|
||||
#' @export
|
||||
#' @noRd
|
||||
"[.mo" <- function(x, ...) {
|
||||
@ -1613,7 +1613,7 @@ as.data.frame.mo <- function(x, ...) {
|
||||
attributes(y) <- attributes(x)
|
||||
y
|
||||
}
|
||||
#' @exportMethod [[.mo
|
||||
#' @method [[ mo
|
||||
#' @export
|
||||
#' @noRd
|
||||
"[[.mo" <- function(x, ...) {
|
||||
@ -1621,7 +1621,7 @@ as.data.frame.mo <- function(x, ...) {
|
||||
attributes(y) <- attributes(x)
|
||||
y
|
||||
}
|
||||
#' @exportMethod [<-.mo
|
||||
#' @method [<- mo
|
||||
#' @export
|
||||
#' @noRd
|
||||
"[<-.mo" <- function(i, j, ..., value) {
|
||||
@ -1631,7 +1631,7 @@ as.data.frame.mo <- function(x, ...) {
|
||||
class_integrity_check(y, "microorganism code", c(as.character(microorganisms$mo),
|
||||
as.character(microorganisms.translation$mo_old)))
|
||||
}
|
||||
#' @exportMethod [[<-.mo
|
||||
#' @method [[<- mo
|
||||
#' @export
|
||||
#' @noRd
|
||||
"[[<-.mo" <- function(i, j, ..., value) {
|
||||
@ -1641,7 +1641,7 @@ as.data.frame.mo <- function(x, ...) {
|
||||
class_integrity_check(y, "microorganism code", c(as.character(microorganisms$mo),
|
||||
as.character(microorganisms.translation$mo_old)))
|
||||
}
|
||||
#' @exportMethod c.mo
|
||||
#' @method c mo
|
||||
#' @export
|
||||
#' @noRd
|
||||
c.mo <- function(x, ...) {
|
||||
@ -1668,7 +1668,7 @@ mo_uncertainties <- function() {
|
||||
class = c("mo_uncertainties", "data.frame"))
|
||||
}
|
||||
|
||||
#' @exportMethod print.mo_uncertainties
|
||||
#' @method print mo_uncertainties
|
||||
#' @export
|
||||
#' @noRd
|
||||
print.mo_uncertainties <- function(x, ...) {
|
||||
@ -1717,7 +1717,7 @@ mo_renamed <- function() {
|
||||
class = c("mo_renamed", "data.frame"))
|
||||
}
|
||||
|
||||
#' @exportMethod print.mo_renamed
|
||||
#' @method print mo_renamed
|
||||
#' @export
|
||||
#' @noRd
|
||||
print.mo_renamed <- function(x, ...) {
|
||||
|
||||
@ -302,7 +302,7 @@ resistance_predict <- function(x,
|
||||
#' @export
|
||||
rsi_predict <- resistance_predict
|
||||
|
||||
#' @exportMethod plot.mic
|
||||
#' @method plot resistance_predict
|
||||
#' @export
|
||||
#' @importFrom graphics axis arrows points
|
||||
#' @rdname resistance_predict
|
||||
|
||||
16
R/rsi.R
16
R/rsi.R
@ -529,7 +529,7 @@ is.rsi.eligible <- function(x, threshold = 0.05) {
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
#' @exportMethod print.rsi
|
||||
#' @method print rsi
|
||||
#' @export
|
||||
#' @noRd
|
||||
print.rsi <- function(x, ...) {
|
||||
@ -537,7 +537,7 @@ print.rsi <- function(x, ...) {
|
||||
print(as.character(x), quote = FALSE)
|
||||
}
|
||||
|
||||
#' @exportMethod droplevels.rsi
|
||||
#' @method droplevels rsi
|
||||
#' @export
|
||||
#' @noRd
|
||||
droplevels.rsi <- function(x, exclude = if (anyNA(levels(x))) NULL else NA, ...) {
|
||||
@ -546,7 +546,7 @@ droplevels.rsi <- function(x, exclude = if (anyNA(levels(x))) NULL else NA, ...)
|
||||
x
|
||||
}
|
||||
|
||||
#' @exportMethod summary.rsi
|
||||
#' @method summary rsi
|
||||
#' @export
|
||||
#' @noRd
|
||||
summary.rsi <- function(object, ...) {
|
||||
@ -561,7 +561,7 @@ summary.rsi <- function(object, ...) {
|
||||
)
|
||||
}
|
||||
|
||||
#' @exportMethod plot.rsi
|
||||
#' @method plot rsi
|
||||
#' @export
|
||||
#' @importFrom graphics text axis
|
||||
#' @noRd
|
||||
@ -618,7 +618,7 @@ plot.rsi <- function(x,
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
#' @exportMethod barplot.rsi
|
||||
#' @method barplot rsi
|
||||
#' @export
|
||||
#' @importFrom graphics barplot axis par
|
||||
#' @noRd
|
||||
@ -652,7 +652,7 @@ barplot.rsi <- function(height,
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
#' @exportMethod [<-.rsi
|
||||
#' @method [<- rsi
|
||||
#' @export
|
||||
#' @noRd
|
||||
"[<-.rsi" <- function(i, j, ..., value) {
|
||||
@ -661,7 +661,7 @@ barplot.rsi <- function(height,
|
||||
attributes(y) <- attributes(i)
|
||||
y
|
||||
}
|
||||
#' @exportMethod [[<-.rsi
|
||||
#' @method [[<- rsi
|
||||
#' @export
|
||||
#' @noRd
|
||||
"[[<-.rsi" <- function(i, j, ..., value) {
|
||||
@ -670,7 +670,7 @@ barplot.rsi <- function(height,
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attributes(y) <- attributes(i)
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y
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}
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#' @exportMethod c.rsi
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#' @method c rsi
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#' @export
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#' @noRd
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c.rsi <- function(x, ...) {
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@ -27,7 +27,6 @@
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#' @inheritSection lifecycle Questioning lifecycle
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#' @param x a vector of values, a [`matrix`] or a [`data.frame`]
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#' @param na.rm a logical value indicating whether `NA` values should be stripped before the computation proceeds.
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#' @exportMethod skewness
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#' @seealso [kurtosis()]
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#' @rdname skewness
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#' @inheritSection AMR Read more on our website!
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@ -36,7 +35,7 @@ skewness <- function(x, na.rm = FALSE) {
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UseMethod("skewness")
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}
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#' @exportMethod skewness.default
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#' @method skewness default
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#' @rdname skewness
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#' @export
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skewness.default <- function(x, na.rm = FALSE) {
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@ -48,14 +47,14 @@ skewness.default <- function(x, na.rm = FALSE) {
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(base::sum((x - base::mean(x))^3) / n) / (base::sum((x - base::mean(x)) ^ 2) / n) ^ (3 / 2)
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}
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#' @exportMethod skewness.matrix
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#' @method skewness matrix
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#' @rdname skewness
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#' @export
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skewness.matrix <- function(x, na.rm = FALSE) {
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base::apply(x, 2, skewness.default, na.rm = na.rm)
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}
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#' @exportMethod skewness.data.frame
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#' @method skewness data.frame
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#' @rdname skewness
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#' @export
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skewness.data.frame <- function(x, na.rm = FALSE) {
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