mirror of
https://github.com/msberends/AMR.git
synced 2024-12-25 17:26:12 +01:00
fix for mo type translation
This commit is contained in:
parent
b9342d103e
commit
b753b84128
@ -1,5 +1,5 @@
|
|||||||
Package: AMR
|
Package: AMR
|
||||||
Version: 1.8.2.9006
|
Version: 1.8.2.9007
|
||||||
Date: 2022-10-06
|
Date: 2022-10-06
|
||||||
Title: Antimicrobial Resistance Data Analysis
|
Title: Antimicrobial Resistance Data Analysis
|
||||||
Description: Functions to simplify and standardise antimicrobial resistance (AMR)
|
Description: Functions to simplify and standardise antimicrobial resistance (AMR)
|
||||||
|
2
NEWS.md
2
NEWS.md
@ -1,4 +1,4 @@
|
|||||||
# AMR 1.8.2.9006
|
# AMR 1.8.2.9007
|
||||||
|
|
||||||
This version will eventually become v2.0! We're happy to reach a new major milestone soon!
|
This version will eventually become v2.0! We're happy to reach a new major milestone soon!
|
||||||
|
|
||||||
|
@ -115,10 +115,10 @@
|
|||||||
#'
|
#'
|
||||||
#' \donttest{
|
#' \donttest{
|
||||||
#' # Becker classification, see ?as.mo ----------------------------------------
|
#' # Becker classification, see ?as.mo ----------------------------------------
|
||||||
#' mo_fullname("Staph. epi")
|
#' mo_fullname("Staph. epidermidis")
|
||||||
#' mo_fullname("Staph. epi", Becker = TRUE)
|
#' mo_fullname("Staph. epidermidis", Becker = TRUE)
|
||||||
#' mo_shortname("Staph. epi")
|
#' mo_shortname("Staph. epidermidis")
|
||||||
#' mo_shortname("Staph. epi", Becker = TRUE)
|
#' mo_shortname("Staph. epidermidis", Becker = TRUE)
|
||||||
#'
|
#'
|
||||||
#' # Lancefield classification, see ?as.mo ------------------------------------
|
#' # Lancefield classification, see ?as.mo ------------------------------------
|
||||||
#' mo_fullname("S. pyo")
|
#' mo_fullname("S. pyo")
|
||||||
@ -137,7 +137,8 @@
|
|||||||
#' # mo_type is equal to mo_kingdom, but mo_kingdom will remain official
|
#' # mo_type is equal to mo_kingdom, but mo_kingdom will remain official
|
||||||
#' mo_kingdom("Klebsiella pneumoniae")
|
#' mo_kingdom("Klebsiella pneumoniae")
|
||||||
#' mo_type("Klebsiella pneumoniae")
|
#' mo_type("Klebsiella pneumoniae")
|
||||||
#' mo_type("Klebsiella pneumoniae", language = "nl")
|
#' mo_kingdom("Klebsiella pneumoniae", language = "zh") # Chinese, no effect
|
||||||
|
#' mo_type("Klebsiella pneumoniae", language = "zh") # Chinese, translated
|
||||||
#'
|
#'
|
||||||
#' mo_fullname("S. pyogenes", Lancefield = TRUE, language = "de")
|
#' mo_fullname("S. pyogenes", Lancefield = TRUE, language = "de")
|
||||||
#' mo_fullname("S. pyogenes", Lancefield = TRUE, language = "uk")
|
#' mo_fullname("S. pyogenes", Lancefield = TRUE, language = "uk")
|
||||||
@ -151,12 +152,12 @@
|
|||||||
#' if (require("dplyr")) {
|
#' if (require("dplyr")) {
|
||||||
#' example_isolates %>%
|
#' example_isolates %>%
|
||||||
#' filter(mo_is_gram_positive()) %>%
|
#' filter(mo_is_gram_positive()) %>%
|
||||||
#' count(mo_genus(), count = TRUE)
|
#' count(mo_genus(), sort = TRUE)
|
||||||
#' }
|
#' }
|
||||||
#' if (require("dplyr")) {
|
#' if (require("dplyr")) {
|
||||||
#' example_isolates %>%
|
#' example_isolates %>%
|
||||||
#' filter(mo_is_intrinsic_resistant(ab = "vanco")) %>%
|
#' filter(mo_is_intrinsic_resistant(ab = "vanco")) %>%
|
||||||
#' count(mo_genus(), count = TRUE)
|
#' count(mo_genus(), sort = TRUE)
|
||||||
#' }
|
#' }
|
||||||
#'
|
#'
|
||||||
#'
|
#'
|
||||||
|
BIN
R/sysdata.rda
BIN
R/sysdata.rda
Binary file not shown.
@ -23,10 +23,10 @@ CoNS FALSE TRUE FALSE TRUE KNS CNS KNS CoNS グラム陰性 CoNS КОС SCN
|
|||||||
CoPS FALSE TRUE FALSE TRUE KPS CPS KPS CoPS グラム陽性 CoPS КПС SCP KPS KPS КПС
|
CoPS FALSE TRUE FALSE TRUE KPS CPS KPS CoPS グラム陽性 CoPS КПС SCP KPS KPS КПС
|
||||||
Gram-negative TRUE TRUE FALSE FALSE 革兰氏阴性 Gram-negativ Gram-negatief Gram négatif Gramnegativ Αρνητικό κατά Gram Gram negativo ^細菌$ Gram-ujemne Gram negativo Грамотрицательные Gram negativo Gram-negativ Gram-negatif Грамнегативні
|
Gram-negative TRUE TRUE FALSE FALSE 革兰氏阴性 Gram-negativ Gram-negatief Gram négatif Gramnegativ Αρνητικό κατά Gram Gram negativo ^細菌$ Gram-ujemne Gram negativo Грамотрицательные Gram negativo Gram-negativ Gram-negatif Грамнегативні
|
||||||
Gram-positive TRUE TRUE FALSE FALSE 革兰氏阳性 Gram-positiv Gram-positief Gram positif Grampositiv Θετικό κατά Gram Gram positivo ^真菌$ Gram-dodatnie Gram positivo Грамположительные Gram positivo Gram-positiv Gram-pozitif Грампозитивні
|
Gram-positive TRUE TRUE FALSE FALSE 革兰氏阳性 Gram-positiv Gram-positief Gram positif Grampositiv Θετικό κατά Gram Gram positivo ^真菌$ Gram-dodatnie Gram positivo Грамположительные Gram positivo Gram-positiv Gram-pozitif Грампозитивні
|
||||||
^Bacteria$ TRUE TRUE FALSE FALSE ^细菌$ Bakterier Bacteriën Bactéries Bakterien ^Βακτήρια$ Batteri ^酵母$ ^Bakterie$ Bactérias Бактерии Bacterias Bakterier ^Bakteri$ Бактерії
|
^Bacteria$ TRUE TRUE FALSE FALSE 细菌 Bakterier Bacteriën Bactéries Bakterien Βακτήρια Batteri 酵母 Bakterie Bactérias Бактерии Bacterias Bakterier Bakteri Бактерії
|
||||||
^Fungi$ TRUE TRUE FALSE FALSE ^真菌$ Støbeforme Schimmels Champignons Pilze ^Μύκητες$ Funghi ^原生動物$ ^Grzyby$ Fungos Грибы Hongos Svampar ^Mantarlar$ Гриби
|
^Fungi$ TRUE TRUE FALSE FALSE 真菌 Støbeforme Schimmels Champignons Pilze Μύκητες Funghi 原生動物 Grzyby Fungos Грибы Hongos Svampar Mantarlar Гриби
|
||||||
^Yeasts$ TRUE TRUE FALSE FALSE ^酵母菌$ Gær Gisten Levures Hefen ^Ζυμομύκητες$ Lieviti バイオグループ ^Drożdże$ Leveduras Животные Levaduras Jästdjur ^Mayalar$ Дріжджі
|
^Yeasts$ TRUE TRUE FALSE FALSE 酵母菌 Gær Gisten Levures Hefen Ζυμομύκητες Lieviti バイオグループ Drożdże Leveduras Животные Levaduras Jästdjur Mayalar Дріжджі
|
||||||
^Protozoa$ TRUE TRUE FALSE FALSE ^原生动物$ Protozoer Protozoën Protozoaires Protozoen ^Πρωτόζωα$ Protozoi 生物型 ^Protozoa$ Protozoários Протозоа Protozoarios Protozoer ^Protozoa$ Найпростіші
|
^Protozoa$ TRUE TRUE FALSE FALSE ^原生动物$ Protozoer Protozoën Protozoaires Protozoen Πρωτόζωα Protozoi 生物型 Protozoa Protozoários Протозоа Protozoarios Protozoer Protozoa Найпростіші
|
||||||
biogroup TRUE TRUE FALSE FALSE 生物群 biogruppe biogroep biogroupe Biogruppe βιοομάδα biogruppo 植物型 biogrupa biogrupo биогруппа biogrupo biogrupp biyogrup біогрупа
|
biogroup TRUE TRUE FALSE FALSE 生物群 biogruppe biogroep biogroupe Biogruppe βιοομάδα biogruppo 植物型 biogrupa biogrupo биогруппа biogrupo biogrupp biyogrup біогрупа
|
||||||
biotype TRUE TRUE FALSE FALSE 生物型 biotype Biotyp βιότυπος biotipo ([([ ]*?))) グループ biotyp biótipo биотип biotipo biotyp biyotip біотип
|
biotype TRUE TRUE FALSE FALSE 生物型 biotype Biotyp βιότυπος biotipo ([([ ]*?))) グループ biotyp biótipo биотип biotipo biotyp biyotip біотип
|
||||||
vegetative TRUE TRUE FALSE FALSE 无性系 vegetativ vegetatief végétatif vegetativ βλαστικός vegetativo ([[ ]*?)グループ wegetatywna vegetativo вегетативный vegetativo vegetativ vejetatif вегетативний
|
vegetative TRUE TRUE FALSE FALSE 无性系 vegetativ vegetatief végétatif vegetativ βλαστικός vegetativo ([[ ]*?)グループ wegetatywna vegetativo вегетативный vegetativo vegetativ vejetatif вегетативний
|
||||||
|
|
@ -400,10 +400,10 @@ mo_shortname("K. pneu rh")
|
|||||||
|
|
||||||
\donttest{
|
\donttest{
|
||||||
# Becker classification, see ?as.mo ----------------------------------------
|
# Becker classification, see ?as.mo ----------------------------------------
|
||||||
mo_fullname("Staph. epi")
|
mo_fullname("Staph. epidermidis")
|
||||||
mo_fullname("Staph. epi", Becker = TRUE)
|
mo_fullname("Staph. epidermidis", Becker = TRUE)
|
||||||
mo_shortname("Staph. epi")
|
mo_shortname("Staph. epidermidis")
|
||||||
mo_shortname("Staph. epi", Becker = TRUE)
|
mo_shortname("Staph. epidermidis", Becker = TRUE)
|
||||||
|
|
||||||
# Lancefield classification, see ?as.mo ------------------------------------
|
# Lancefield classification, see ?as.mo ------------------------------------
|
||||||
mo_fullname("S. pyo")
|
mo_fullname("S. pyo")
|
||||||
@ -422,7 +422,8 @@ mo_gramstain("Klebsiella pneumoniae", language = "uk") # Ukrainian
|
|||||||
# mo_type is equal to mo_kingdom, but mo_kingdom will remain official
|
# mo_type is equal to mo_kingdom, but mo_kingdom will remain official
|
||||||
mo_kingdom("Klebsiella pneumoniae")
|
mo_kingdom("Klebsiella pneumoniae")
|
||||||
mo_type("Klebsiella pneumoniae")
|
mo_type("Klebsiella pneumoniae")
|
||||||
mo_type("Klebsiella pneumoniae", language = "nl")
|
mo_kingdom("Klebsiella pneumoniae", language = "zh") # Chinese, no effect
|
||||||
|
mo_type("Klebsiella pneumoniae", language = "zh") # Chinese, translated
|
||||||
|
|
||||||
mo_fullname("S. pyogenes", Lancefield = TRUE, language = "de")
|
mo_fullname("S. pyogenes", Lancefield = TRUE, language = "de")
|
||||||
mo_fullname("S. pyogenes", Lancefield = TRUE, language = "uk")
|
mo_fullname("S. pyogenes", Lancefield = TRUE, language = "uk")
|
||||||
@ -436,12 +437,12 @@ mo_is_yeast(c("Candida", "Trichophyton", "Klebsiella"))
|
|||||||
if (require("dplyr")) {
|
if (require("dplyr")) {
|
||||||
example_isolates \%>\%
|
example_isolates \%>\%
|
||||||
filter(mo_is_gram_positive()) \%>\%
|
filter(mo_is_gram_positive()) \%>\%
|
||||||
count(mo_genus(), count = TRUE)
|
count(mo_genus(), sort = TRUE)
|
||||||
}
|
}
|
||||||
if (require("dplyr")) {
|
if (require("dplyr")) {
|
||||||
example_isolates \%>\%
|
example_isolates \%>\%
|
||||||
filter(mo_is_intrinsic_resistant(ab = "vanco")) \%>\%
|
filter(mo_is_intrinsic_resistant(ab = "vanco")) \%>\%
|
||||||
count(mo_genus(), count = TRUE)
|
count(mo_genus(), sort = TRUE)
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Loading…
Reference in New Issue
Block a user