P281424
/
AMR
mirror of https://github.com/msberends/AMR.git
1
0
Fork 0
Code Releases Activity

fix for mo type translation

This commit is contained in:
dr. M.S. (Matthijs) Berends 2022-10-06 12:11:51 +02:00
parent b9342d103e
commit b753b84128
6 changed files with 22 additions and 20 deletions
Show Stats Download Patch File Download Diff File Expand all files Collapse all files

2
DESCRIPTION
View File

@ -1,5 +1,5 @@
Package: AMR
Version: 1.8.2.9006
Version: 1.8.2.9007
Date: 2022-10-06
Title: Antimicrobial Resistance Data Analysis
Description: Functions to simplify and standardise antimicrobial resistance (AMR)

2
NEWS.md
View File

@ -1,4 +1,4 @@
# AMR 1.8.2.9006
# AMR 1.8.2.9007
This version will eventually become v2.0! We're happy to reach a new major milestone soon!

15
R/mo_property.R
View File

@ -115,10 +115,10 @@
#'
#' \donttest{
#' # Becker classification, see ?as.mo ----------------------------------------
#' mo_fullname("Staph. epi")
#' mo_fullname("Staph. epi", Becker = TRUE)
#' mo_shortname("Staph. epi")
#' mo_shortname("Staph. epi", Becker = TRUE)
#' mo_fullname("Staph. epidermidis")
#' mo_fullname("Staph. epidermidis", Becker = TRUE)
#' mo_shortname("Staph. epidermidis")
#' mo_shortname("Staph. epidermidis", Becker = TRUE)
#'
#' # Lancefield classification, see ?as.mo ------------------------------------
#' mo_fullname("S. pyo")
@ -137,7 +137,8 @@
#' # mo_type is equal to mo_kingdom, but mo_kingdom will remain official
#' mo_kingdom("Klebsiella pneumoniae")
#' mo_type("Klebsiella pneumoniae")
#' mo_type("Klebsiella pneumoniae", language = "nl")
#' mo_kingdom("Klebsiella pneumoniae", language = "zh") # Chinese, no effect
#' mo_type("Klebsiella pneumoniae", language = "zh") # Chinese, translated
#'
#' mo_fullname("S. pyogenes", Lancefield = TRUE, language = "de")
#' mo_fullname("S. pyogenes", Lancefield = TRUE, language = "uk")
@ -151,12 +152,12 @@
#' if (require("dplyr")) {
#' example_isolates %>%
#' filter(mo_is_gram_positive()) %>%
#' count(mo_genus(), count = TRUE)
#' count(mo_genus(), sort = TRUE)
#' }
#' if (require("dplyr")) {
#' example_isolates %>%
#' filter(mo_is_intrinsic_resistant(ab = "vanco")) %>%
#' count(mo_genus(), count = TRUE)
#' count(mo_genus(), sort = TRUE)
#' }
#'
#'

BIN
R/sysdata.rda
View File

Binary file not shown.

8
data-raw/translations.tsv
View File

@ -23,10 +23,10 @@ CoNS FALSE TRUE FALSE TRUE KNS CNS KNS CoNS グラム陰性 CoNS КОС SCN
CoPS FALSE TRUE FALSE TRUE KPS CPS KPS CoPS グラム陽性 CoPS КПС SCP KPS KPS КПС
Gram-negative TRUE TRUE FALSE FALSE 革兰氏阴性 Gram-negativ Gram-negatief Gram négatif Gramnegativ Αρνητικό κατά Gram Gram negativo ^細菌$ Gram-ujemne Gram negativo Грамотрицательные Gram negativo Gram-negativ Gram-negatif Грамнегативні
Gram-positive TRUE TRUE FALSE FALSE 革兰氏阳性 Gram-positiv Gram-positief Gram positif Grampositiv Θετικό κατά Gram Gram positivo ^真菌$ Gram-dodatnie Gram positivo Грамположительные Gram positivo Gram-positiv Gram-pozitif Грампозитивні
^Bacteria$ TRUE TRUE FALSE FALSE ^细菌$ Bakterier Bacteriën Bactéries Bakterien ^Βακτήρια$ Batteri ^酵母$ ^Bakterie$ Bactérias Бактерии Bacterias Bakterier ^Bakteri$ Бактерії
^Fungi$ TRUE TRUE FALSE FALSE ^真菌$ Støbeforme Schimmels Champignons Pilze ^Μύκητες$ Funghi ^原生動物$ ^Grzyby$ Fungos Грибы Hongos Svampar ^Mantarlar$ Гриби
^Yeasts$ TRUE TRUE FALSE FALSE ^酵母菌$ Gær Gisten Levures Hefen ^Ζυμομύκητες$ Lieviti バイオグループ ^Drożdże$ Leveduras Животные Levaduras Jästdjur ^Mayalar$ Дріжджі
^Protozoa$ TRUE TRUE FALSE FALSE ^原生动物$ Protozoer Protozoën Protozoaires Protozoen ^Πρωτόζωα$ Protozoi 生物型 ^Protozoa$ Protozoários Протозоа Protozoarios Protozoer ^Protozoa$ Найпростіші
^Bacteria$ TRUE TRUE FALSE FALSE 细菌 Bakterier Bacteriën Bactéries Bakterien Βακτήρια Batteri 酵母 Bakterie Bactérias Бактерии Bacterias Bakterier Bakteri Бактерії
^Fungi$ TRUE TRUE FALSE FALSE 真菌 Støbeforme Schimmels Champignons Pilze Μύκητες Funghi 原生動物 Grzyby Fungos Грибы Hongos Svampar Mantarlar Гриби
^Yeasts$ TRUE TRUE FALSE FALSE 酵母菌 Gær Gisten Levures Hefen Ζυμομύκητες Lieviti バイオグループ Drożdże Leveduras Животные Levaduras Jästdjur Mayalar Дріжджі
^Protozoa$ TRUE TRUE FALSE FALSE ^原生动物$ Protozoer Protozoën Protozoaires Protozoen Πρωτόζωα Protozoi 生物型 Protozoa Protozoários Протозоа Protozoarios Protozoer Protozoa Найпростіші
biogroup TRUE TRUE FALSE FALSE 生物群 biogruppe biogroep biogroupe Biogruppe βιοομάδα biogruppo 植物型 biogrupa biogrupo биогруппа biogrupo biogrupp biyogrup біогрупа
biotype TRUE TRUE FALSE FALSE 生物型 biotype Biotyp βιότυπος biotipo ([([ ]*?))) グループ biotyp biótipo биотип biotipo biotyp biyotip біотип
vegetative TRUE TRUE FALSE FALSE 无性系 vegetativ vegetatief végétatif vegetativ βλαστικός vegetativo ([[ ]*?)グループ wegetatywna vegetativo вегетативный vegetativo vegetativ vejetatif вегетативний

1 pattern regular_expr case_sensitive affect_ab_name affect_mo_name zh da nl fr de el it ja pl pt ru es sv tr uk
23 CoPS FALSE TRUE FALSE TRUE KPS CPS KPS CoPS グラム陽性 CoPS КПС SCP KPS KPS КПС
24 Gram-negative TRUE TRUE FALSE FALSE 革兰氏阴性 Gram-negativ Gram-negatief Gram négatif Gramnegativ Αρνητικό κατά Gram Gram negativo ^細菌$ Gram-ujemne Gram negativo Грамотрицательные Gram negativo Gram-negativ Gram-negatif Грамнегативні
25 Gram-positive TRUE TRUE FALSE FALSE 革兰氏阳性 Gram-positiv Gram-positief Gram positif Grampositiv Θετικό κατά Gram Gram positivo ^真菌$ Gram-dodatnie Gram positivo Грамположительные Gram positivo Gram-positiv Gram-pozitif Грампозитивні
26 ^Bacteria$ TRUE TRUE FALSE FALSE ^细菌$ 细菌 Bakterier Bacteriën Bactéries Bakterien ^Βακτήρια$ Βακτήρια Batteri ^酵母$ 酵母 ^Bakterie$ Bakterie Bactérias Бактерии Bacterias Bakterier ^Bakteri$ Bakteri Бактерії
27 ^Fungi$ TRUE TRUE FALSE FALSE ^真菌$ 真菌 Støbeforme Schimmels Champignons Pilze ^Μύκητες$ Μύκητες Funghi ^原生動物$ 原生動物 ^Grzyby$ Grzyby Fungos Грибы Hongos Svampar ^Mantarlar$ Mantarlar Гриби
28 ^Yeasts$ TRUE TRUE FALSE FALSE ^酵母菌$ 酵母菌 Gær Gisten Levures Hefen ^Ζυμομύκητες$ Ζυμομύκητες Lieviti バイオグループ ^Drożdże$ Drożdże Leveduras Животные Levaduras Jästdjur ^Mayalar$ Mayalar Дріжджі
29 ^Protozoa$ TRUE TRUE FALSE FALSE ^原生动物$ Protozoer Protozoën Protozoaires Protozoen ^Πρωτόζωα$ Πρωτόζωα Protozoi 生物型 ^Protozoa$ Protozoa Protozoários Протозоа Protozoarios Protozoer ^Protozoa$ Protozoa Найпростіші
30 biogroup TRUE TRUE FALSE FALSE 生物群 biogruppe biogroep biogroupe Biogruppe βιοομάδα biogruppo 植物型 biogrupa biogrupo биогруппа biogrupo biogrupp biyogrup біогрупа
31 biotype TRUE TRUE FALSE FALSE 生物型 biotype Biotyp βιότυπος biotipo ([([ ]*?))) グループ biotyp biótipo биотип biotipo biotyp biyotip біотип
32 vegetative TRUE TRUE FALSE FALSE 无性系 vegetativ vegetatief végétatif vegetativ βλαστικός vegetativo ([[ ]*?)グループ wegetatywna vegetativo вегетативный vegetativo vegetativ vejetatif вегетативний

15
man/mo_property.Rd
View File

@ -400,10 +400,10 @@ mo_shortname("K. pneu rh")
\donttest{
# Becker classification, see ?as.mo ----------------------------------------
mo_fullname("Staph. epi")
mo_fullname("Staph. epi", Becker = TRUE)
mo_shortname("Staph. epi")
mo_shortname("Staph. epi", Becker = TRUE)
mo_fullname("Staph. epidermidis")
mo_fullname("Staph. epidermidis", Becker = TRUE)
mo_shortname("Staph. epidermidis")
mo_shortname("Staph. epidermidis", Becker = TRUE)
# Lancefield classification, see ?as.mo ------------------------------------
mo_fullname("S. pyo")
@ -422,7 +422,8 @@ mo_gramstain("Klebsiella pneumoniae", language = "uk") # Ukrainian
# mo_type is equal to mo_kingdom, but mo_kingdom will remain official
mo_kingdom("Klebsiella pneumoniae")
mo_type("Klebsiella pneumoniae")
mo_type("Klebsiella pneumoniae", language = "nl")
mo_kingdom("Klebsiella pneumoniae", language = "zh") # Chinese, no effect
mo_type("Klebsiella pneumoniae", language = "zh") # Chinese, translated
mo_fullname("S. pyogenes", Lancefield = TRUE, language = "de")
mo_fullname("S. pyogenes", Lancefield = TRUE, language = "uk")
@ -436,12 +437,12 @@ mo_is_yeast(c("Candida", "Trichophyton", "Klebsiella"))
if (require("dplyr")) {
example_isolates \%>\%
filter(mo_is_gram_positive()) \%>\%
count(mo_genus(), count = TRUE)
count(mo_genus(), sort = TRUE)
}
if (require("dplyr")) {
example_isolates \%>\%
filter(mo_is_intrinsic_resistant(ab = "vanco")) \%>\%
count(mo_genus(), count = TRUE)
count(mo_genus(), sort = TRUE)
}