P281424/AMR
1
0
Fork 0
mirror of https://github.com/msberends/AMR.git synced 2025-07-08 13:21:50 +02:00
Code Releases Activity

(v0.8.0.9004) added MDR guideline by Magiorakos et al.

Browse Source
This commit is contained in:
dr. M.S. (Matthijs) Berends
2019-10-26 21:56:41 +02:00
parent c01dc8a5b7
commit d2e8249edd
20 changed files with 605 additions and 118 deletions
Download Patch File Download Diff File Expand all files Collapse all files

48
tests/testthat/test-mdro.R
View File

@ -123,5 +123,51 @@ test_that("mdro works", {
#)
,
2)
# check the guideline by Magiorakos et al. (2012), the default guideline
stau <- tibble::tribble(
~mo, ~GEN, ~RIF, ~CPT, ~OXA, ~CIP, ~MFX, ~SXT, ~FUS, ~VAN, ~TEC, ~TLV, ~TGC, ~CLI, ~DAP, ~ERY, ~LNZ, ~CHL, ~FOS, ~QDA, ~TCY, ~DOX, ~MNO,
"S. aureus", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S",
"S. aureus", "R", "R", "R", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S",
"S. aureus", "S", "S", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R",
"S. aureus", "R", "R", "I", "I", "I", "I", "I", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R"
)
expect_equal(as.integer(mdro(stau)), c(1:4))
ente <- tibble::tribble(
~mo, ~GEH, ~STH, ~IPM, ~MEM, ~DOR, ~CIP, ~LVX, ~MFX, ~VAN, ~TEC, ~TGC, ~DAP, ~LNZ, ~AMP, ~QDA, ~DOX, ~MNO,
"Enterococcus", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S",
"Enterococcus", "R", "R", "R", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S",
"Enterococcus", "S", "S", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R",
"Enterococcus", "R", "R", "I", "I", "I", "I", "I", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R"
)
expect_equal(as.integer(mdro(ente)), c(1:4))
entero <- tibble::tribble(
~mo, ~GEN, ~TOB, ~AMK, ~NET, ~CPT, ~TCC, ~TZP, ~ETP, ~IPM, ~MEM, ~DOR, ~CZO, ~CXM, ~CTX, ~CAZ, ~FEP, ~FOX, ~CTT, ~CIP, ~SXT, ~TGC, ~ATM, ~AMP, ~AMC, ~SAM, ~CHL, ~FOS, ~COL, ~TCY, ~DOX, ~MNO,
"E. coli", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S",
"E. coli", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S",
"E. coli", "S", "S", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R",
"E. coli", "R", "R", "I", "I", "I", "I", "I", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R"
)
expect_equal(as.integer(mdro(entero)), c(1:4))
pseud <- tibble::tribble(
~mo, ~GEN, ~TOB, ~AMK, ~NET, ~IPM, ~MEM, ~DOR, ~CAZ, ~FEP, ~CIP, ~LVX, ~TCC, ~TZP, ~ATM, ~FOS, ~COL, ~PLB,
"P. aeruginosa", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S",
"P. aeruginosa", "R", "S", "S", "S", "R", "S", "S", "S", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S",
"P. aeruginosa", "S", "S", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R",
"P. aeruginosa", "R", "R", "I", "I", "I", "I", "I", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R"
)
expect_equal(as.integer(mdro(pseud)), c(1:4))
acin <- tibble::tribble(
~mo, ~GEN, ~TOB, ~AMK, ~NET, ~IPM, ~MEM, ~DOR, ~CIP, ~LVX, ~TZP, ~TCC, ~CTX, ~CRO, ~CAZ, ~FEP, ~SXT, ~SAM, ~COL, ~PLB, ~TCY, ~DOX, ~MNO,
"A. baumannii", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S",
"A. baumannii", "R", "R", "R", "R", "S", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S",
"A. baumannii", "S", "S", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R",
"A. baumannii", "R", "R", "I", "I", "I", "I", "I", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R"
)
expect_equal(as.integer(mdro(acin)), c(1:4))
})