(this beta version will eventually become v3.0. We’re happy to reach a new major milestone soon, which will be all about the new One Health support! Install this beta using the instructions here.)
This package now supports not only tools for AMR data analysis in clinical settings, but also for veterinary and environmental microbiology. This was made possible through a collaboration with the University of Prince Edward Island, Canada. To celebrate this great improvement of the package, we also updated the package logo to reflect this change.
rsi
sir
as.sir()
breakpoint_type = "animal"
host
clinical_breakpoints
ab
mo
uti
as.sir(..., ab = "column1", mo = "column2", uti = "column3")
antibiogram()
Values that cannot be coerced will be considered 'unknown' and will be returned as the MO code UNKNOWN with a warning.
UNKNOWN
Use the mo_* functions to get properties based on the returned code, see Examples.
mo_*
The as.mo() function uses a novel matching score algorithm (see Matching Score for Microorganisms below) to match input against the available microbial taxonomy in this package. This will lead to the effect that e.g. "E. coli" (a microorganism highly prevalent in humans) will return the microbial ID of Escherichia coli and not Entamoeba coli (a microorganism less prevalent in humans), although the latter would alphabetically come first.
as.mo()
"E. coli"
With Becker = TRUE, the following 85 staphylococci will be converted to the coagulase-negative group: S. argensis, S. arlettae, S. auricularis, S. borealis, S. caeli, S. caledonicus, S. canis, S. capitis, S. capitis capitis, S. capitis urealyticus, S. capitis ureolyticus, S. caprae, S. carnosus, S. carnosus carnosus, S. carnosus utilis, S. casei, S. caseolyticus, S. chromogenes, S. cohnii, S. cohnii cohnii, S. cohnii urealyticum, S. cohnii urealyticus, S. condimenti, S. croceilyticus, S. debuckii, S. devriesei, S. durrellii, S. edaphicus, S. epidermidis, S. equorum, S. equorum equorum, S. equorum linens, S. felis, S. fleurettii, S. gallinarum, S. haemolyticus, S. hominis, S. hominis hominis, S. hominis novobiosepticus, S. jettensis, S. kloosii, S. lentus, S. lloydii, S. lugdunensis, S. massiliensis, S. microti, S. muscae, S. nepalensis, S. pasteuri, S. petrasii, S. petrasii croceilyticus, S. petrasii jettensis, S. petrasii petrasii, S. petrasii pragensis, S. pettenkoferi, S. piscifermentans, S. pragensis, S. pseudoxylosus, S. pulvereri, S. ratti, S. rostri, S. saccharolyticus, S. saprophyticus, S. saprophyticus bovis, S. saprophyticus saprophyticus, S. schleiferi, S. schleiferi schleiferi, S. sciuri, S. sciuri carnaticus, S. sciuri lentus, S. sciuri rodentium, S. sciuri sciuri, S. simulans, S. stepanovicii, S. succinus, S. succinus casei, S. succinus succinus, S. taiwanensis, S. urealyticus, S. ureilyticus, S. veratri, S. vitulinus, S. vitulus, S. warneri, and S. xylosus. The following 16 staphylococci will be converted to the coagulase-positive group: S. agnetis, S. argenteus, S. coagulans, S. cornubiensis, S. delphini, S. hyicus, S. hyicus chromogenes, S. hyicus hyicus, S. intermedius, S. lutrae, S. pseudintermedius, S. roterodami, S. schleiferi coagulans, S. schweitzeri, S. simiae, and S. singaporensis.
Becker = TRUE
With Becker = TRUE, the following 89 staphylococci will be converted to the coagulase-negative group: S. americanisciuri, S. argensis, S. arlettae, S. auricularis, S. borealis, S. brunensis, S. caeli, S. caledonicus, S. canis, S. capitis, S. capitis capitis, S. capitis urealyticus, S. capitis ureolyticus, S. caprae, S. carnosus, S. carnosus carnosus, S. carnosus utilis, S. casei, S. caseolyticus, S. chromogenes, S. cohnii, S. cohnii cohnii, S. cohnii urealyticum, S. cohnii urealyticus, S. condimenti, S. croceilyticus, S. debuckii, S. devriesei, S. durrellii, S. edaphicus, S. epidermidis, S. equorum, S. equorum equorum, S. equorum linens, S. felis, S. fleurettii, S. gallinarum, S. haemolyticus, S. hominis, S. hominis hominis, S. hominis novobiosepticus, S. jettensis, S. kloosii, S. lentus, S. lloydii, S. lugdunensis, S. marylandisciuri, S. massiliensis, S. microti, S. muscae, S. nepalensis, S. pasteuri, S. petrasii, S. petrasii croceilyticus, S. petrasii jettensis, S. petrasii petrasii, S. petrasii pragensis, S. pettenkoferi, S. piscifermentans, S. pragensis, S. pseudoxylosus, S. pulvereri, S. ratti, S. rostri, S. saccharolyticus, S. saprophyticus, S. saprophyticus bovis, S. saprophyticus saprophyticus, S. schleiferi, S. schleiferi schleiferi, S. sciuri, S. sciuri carnaticus, S. sciuri lentus, S. sciuri rodentium, S. sciuri sciuri, S. shinii, S. simulans, S. stepanovicii, S. succinus, S. succinus casei, S. succinus succinus, S. taiwanensis, S. urealyticus, S. ureilyticus, S. veratri, S. vitulinus, S. vitulus, S. warneri, and S. xylosus. The following 16 staphylococci will be converted to the coagulase-positive group: S. agnetis, S. argenteus, S. coagulans, S. cornubiensis, S. delphini, S. hyicus, S. hyicus chromogenes, S. hyicus hyicus, S. intermedius, S. lutrae, S. pseudintermedius, S. roterodami, S. schleiferi coagulans, S. schweitzeri, S. simiae, and S. singaporensis.
With Lancefield = TRUE, the following streptococci will be converted to their corresponding Lancefield group: S. agalactiae (Group B), S. anginosus anginosus (Group F), S. anginosus whileyi (Group F), S. anginosus (Group F), S. canis (Group G), S. dysgalactiae dysgalactiae (Group C), S. dysgalactiae equisimilis (Group C), S. dysgalactiae (Group C), S. equi equi (Group C), S. equi ruminatorum (Group C), S. equi zooepidemicus (Group C), S. equi (Group C), S. pyogenes (Group A), S. salivarius salivarius (Group K), S. salivarius thermophilus (Group K), S. salivarius (Group K), and S. sanguinis (Group H).
Lancefield = TRUE