Easy check for data availability of all columns in a data set. This makes it easy to get an idea of which antimicrobial combinations can be used for calculation with e.g. susceptibility() and resistance().
Arguments
- tbl
a data.frame or list
- width
number of characters to present the visual availability - the default is filling the width of the console
Value
data.frame with column names of tbl as row names
Details
The function returns a data.frame with columns "resistant" and "visual_resistance". The values in that columns are calculated with resistance().
Examples
availability(example_isolates)
#> count available visual_availabilty resistant visual_resistance
#> date 2000 100.0% |####################|
#> patient 2000 100.0% |####################|
#> age 2000 100.0% |####################|
#> gender 2000 100.0% |####################|
#> ward 2000 100.0% |####################|
#> mo 2000 100.0% |####################|
#> PEN 1629 81.5% |################----| 73.7% |##############------|
#> OXA 365 18.3% |###-----------------| 31.2% |######--------------|
#> FLC 943 47.2% |#########-----------| 29.5% |#####---------------|
#> AMX 1350 67.5% |#############-------| 59.6% |###########---------|
#> AMC 1879 94.0% |##################--| 23.7% |####----------------|
#> AMP 1350 67.5% |#############-------| 59.6% |###########---------|
#> TZP 1001 50.0% |##########----------| 12.6% |##------------------|
#> CZO 446 22.3% |####----------------| 44.6% |########------------|
#> FEP 724 36.2% |#######-------------| 14.2% |##------------------|
#> CXM 1789 89.5% |#################---| 26.3% |#####---------------|
#> FOX 818 40.9% |########------------| 27.4% |#####---------------|
#> CTX 943 47.2% |#########-----------| 15.5% |###-----------------|
#> CAZ 1811 90.6% |##################--| 66.5% |#############-------|
#> CRO 943 47.2% |#########-----------| 15.5% |###-----------------|
#> GEN 1855 92.8% |##################--| 24.6% |####----------------|
#> TOB 1351 67.6% |#############-------| 34.4% |######--------------|
#> AMK 692 34.6% |######--------------| 63.7% |############--------|
#> KAN 471 23.6% |####----------------| 100.0% |####################|
#> TMP 1499 75.0% |###############-----| 38.1% |#######-------------|
#> SXT 1759 88.0% |#################---| 20.5% |####----------------|
#> NIT 743 37.2% |#######-------------| 17.1% |###-----------------|
#> FOS 351 17.6% |###-----------------| 42.2% |########------------|
#> LNZ 1023 51.2% |##########----------| 69.3% |#############-------|
#> CIP 1409 70.5% |#############-------| 16.2% |###-----------------|
#> MFX 211 10.6% |##------------------| 33.6% |######--------------|
#> VAN 1861 93.1% |##################--| 38.3% |#######-------------|
#> TEC 976 48.8% |#########-----------| 75.7% |###############-----|
#> TCY 1200 60.0% |###########---------| 29.8% |#####---------------|
#> TGC 798 39.9% |########------------| 12.7% |##------------------|
#> DOX 1136 56.8% |###########---------| 27.7% |#####---------------|
#> ERY 1894 94.7% |##################--| 57.2% |###########---------|
#> CLI 1520 76.0% |###############-----| 61.2% |############--------|
#> AZM 1894 94.7% |##################--| 57.2% |###########---------|
#> IPM 889 44.5% |########------------| 6.2% |#-------------------|
#> MEM 829 41.5% |########------------| 5.9% |#-------------------|
#> MTR 34 1.7% |--------------------| 14.7% |##------------------|
#> CHL 154 7.7% |#-------------------| 21.4% |####----------------|
#> COL 1640 82.0% |################----| 81.2% |################----|
#> MUP 270 13.5% |##------------------| 5.9% |#-------------------|
#> RIF 1003 50.2% |##########----------| 69.6% |#############-------|
# \donttest{
if (require("dplyr")) {
example_isolates %>%
filter(mo == as.mo("Escherichia coli")) %>%
select_if(is.sir) %>%
availability()
}
#> count available visual_availabilty resistant visual_resistance
#> PEN 467 100.0% |######################| 100.0% |######################|
#> OXA 0 0.0% |----------------------|
#> FLC 0 0.0% |----------------------|
#> AMX 392 83.9% |##################----| 50.0% |###########-----------|
#> AMC 467 100.0% |######################| 13.1% |##--------------------|
#> AMP 392 83.9% |##################----| 50.0% |###########-----------|
#> TZP 416 89.1% |###################---| 5.5% |#---------------------|
#> CZO 82 17.6% |###-------------------| 2.4% |----------------------|
#> FEP 317 67.9% |##############--------| 2.8% |----------------------|
#> CXM 465 99.6% |######################| 5.4% |#---------------------|
#> FOX 377 80.7% |#################-----| 6.9% |#---------------------|
#> CTX 459 98.3% |#####################-| 2.4% |----------------------|
#> CAZ 460 98.5% |#####################-| 2.4% |----------------------|
#> CRO 459 98.3% |#####################-| 2.4% |----------------------|
#> GEN 460 98.5% |#####################-| 2.0% |----------------------|
#> TOB 462 98.9% |#####################-| 2.6% |----------------------|
#> AMK 171 36.6% |########--------------| 0.0% |----------------------|
#> KAN 0 0.0% |----------------------|
#> TMP 396 84.8% |##################----| 39.1% |########--------------|
#> SXT 465 99.6% |######################| 31.6% |######----------------|
#> NIT 458 98.1% |#####################-| 2.8% |----------------------|
#> FOS 61 13.1% |##--------------------| 0.0% |----------------------|
#> LNZ 467 100.0% |######################| 100.0% |######################|
#> CIP 456 97.6% |#####################-| 12.5% |##--------------------|
#> MFX 57 12.2% |##--------------------| 100.0% |######################|
#> VAN 467 100.0% |######################| 100.0% |######################|
#> TEC 467 100.0% |######################| 100.0% |######################|
#> TCY 3 0.6% |----------------------| 66.7% |##############--------|
#> TGC 68 14.6% |###-------------------| 0.0% |----------------------|
#> DOX 0 0.0% |----------------------|
#> ERY 467 100.0% |######################| 100.0% |######################|
#> CLI 467 100.0% |######################| 100.0% |######################|
#> AZM 467 100.0% |######################| 100.0% |######################|
#> IPM 422 90.4% |###################---| 0.0% |----------------------|
#> MEM 418 89.5% |###################---| 0.0% |----------------------|
#> MTR 2 0.4% |----------------------| 0.0% |----------------------|
#> CHL 0 0.0% |----------------------|
#> COL 240 51.4% |###########-----------| 0.0% |----------------------|
#> MUP 0 0.0% |----------------------|
#> RIF 467 100.0% |######################| 100.0% |######################|
# }