# Check Availability of Columns Easy check for data availability of all columns in a data set. This makes it easy to get an idea of which antimicrobial combinations can be used for calculation with e.g. [`susceptibility()`](https://amr-for-r.org/reference/proportion.md) and [`resistance()`](https://amr-for-r.org/reference/proportion.md). ## Usage ``` r availability(tbl, width = NULL) ``` ## Arguments - tbl: A [data.frame](https://rdrr.io/r/base/data.frame.html) or [list](https://rdrr.io/r/base/list.html). - width: Number of characters to present the visual availability - the default is filling the width of the console. ## Value [data.frame](https://rdrr.io/r/base/data.frame.html) with column names of `tbl` as row names ## Details The function returns a [data.frame](https://rdrr.io/r/base/data.frame.html) with columns `"resistant"` and `"visual_resistance"`. The values in that columns are calculated with [`resistance()`](https://amr-for-r.org/reference/proportion.md). ## Examples ``` r availability(example_isolates) #> count available visual_availabilty resistant visual_resistance #> date 2000 100.0% |####################| #> patient 2000 100.0% |####################| #> age 2000 100.0% |####################| #> gender 2000 100.0% |####################| #> ward 2000 100.0% |####################| #> mo 2000 100.0% |####################| #> PEN 1629 81.5% |################----| 73.7% |##############------| #> OXA 365 18.3% |###-----------------| 31.2% |######--------------| #> FLC 943 47.2% |#########-----------| 29.5% |#####---------------| #> AMX 1350 67.5% |#############-------| 59.6% |###########---------| #> AMC 1879 94.0% |##################--| 23.7% |####----------------| #> AMP 1350 67.5% |#############-------| 59.6% |###########---------| #> TZP 1001 50.0% |##########----------| 12.6% |##------------------| #> CZO 446 22.3% |####----------------| 44.6% |########------------| #> FEP 724 36.2% |#######-------------| 14.2% |##------------------| #> CXM 1789 89.5% |#################---| 26.3% |#####---------------| #> FOX 818 40.9% |########------------| 27.4% |#####---------------| #> CTX 943 47.2% |#########-----------| 15.5% |###-----------------| #> CAZ 1811 90.6% |##################--| 66.5% |#############-------| #> CRO 943 47.2% |#########-----------| 15.5% |###-----------------| #> GEN 1855 92.8% |##################--| 24.6% |####----------------| #> TOB 1351 67.6% |#############-------| 34.4% |######--------------| #> AMK 692 34.6% |######--------------| 63.7% |############--------| #> KAN 471 23.6% |####----------------| 100.0% |####################| #> TMP 1499 75.0% |###############-----| 38.1% |#######-------------| #> SXT 1759 88.0% |#################---| 20.5% |####----------------| #> NIT 743 37.2% |#######-------------| 17.1% |###-----------------| #> FOS 351 17.6% |###-----------------| 42.2% |########------------| #> LNZ 1023 51.2% |##########----------| 69.3% |#############-------| #> CIP 1409 70.5% |#############-------| 16.2% |###-----------------| #> MFX 211 10.6% |##------------------| 33.6% |######--------------| #> VAN 1861 93.1% |##################--| 38.3% |#######-------------| #> TEC 976 48.8% |#########-----------| 75.7% |###############-----| #> TCY 1200 60.0% |###########---------| 29.8% |#####---------------| #> TGC 798 39.9% |########------------| 12.7% |##------------------| #> DOX 1136 56.8% |###########---------| 27.7% |#####---------------| #> ERY 1894 94.7% |##################--| 57.2% |###########---------| #> CLI 1520 76.0% |###############-----| 61.2% |############--------| #> AZM 1894 94.7% |##################--| 57.2% |###########---------| #> IPM 889 44.5% |########------------| 6.2% |#-------------------| #> MEM 829 41.5% |########------------| 5.9% |#-------------------| #> MTR 34 1.7% |--------------------| 14.7% |##------------------| #> CHL 154 7.7% |#-------------------| 21.4% |####----------------| #> COL 1640 82.0% |################----| 81.2% |################----| #> MUP 270 13.5% |##------------------| 5.9% |#-------------------| #> RIF 1003 50.2% |##########----------| 69.6% |#############-------| # \donttest{ if (require("dplyr")) { example_isolates %>% filter(mo == as.mo("Escherichia coli")) %>% select_if(is.sir) %>% availability() } #> count available visual_availabilty resistant visual_resistance #> PEN 467 100.0% |######################| 100.0% |######################| #> OXA 0 0.0% |----------------------| #> FLC 0 0.0% |----------------------| #> AMX 392 83.9% |##################----| 50.0% |###########-----------| #> AMC 467 100.0% |######################| 13.1% |##--------------------| #> AMP 392 83.9% |##################----| 50.0% |###########-----------| #> TZP 416 89.1% |###################---| 5.5% |#---------------------| #> CZO 82 17.6% |###-------------------| 2.4% |----------------------| #> FEP 317 67.9% |##############--------| 2.8% |----------------------| #> CXM 465 99.6% |######################| 5.4% |#---------------------| #> FOX 377 80.7% |#################-----| 6.9% |#---------------------| #> CTX 459 98.3% |#####################-| 2.4% |----------------------| #> CAZ 460 98.5% |#####################-| 2.4% |----------------------| #> CRO 459 98.3% |#####################-| 2.4% |----------------------| #> GEN 460 98.5% |#####################-| 2.0% |----------------------| #> TOB 462 98.9% |#####################-| 2.6% |----------------------| #> AMK 171 36.6% |########--------------| 0.0% |----------------------| #> KAN 0 0.0% |----------------------| #> TMP 396 84.8% |##################----| 39.1% |########--------------| #> SXT 465 99.6% |######################| 31.6% |######----------------| #> NIT 458 98.1% |#####################-| 2.8% |----------------------| #> FOS 61 13.1% |##--------------------| 0.0% |----------------------| #> LNZ 467 100.0% |######################| 100.0% |######################| #> CIP 456 97.6% |#####################-| 12.5% |##--------------------| #> MFX 57 12.2% |##--------------------| 100.0% |######################| #> VAN 467 100.0% |######################| 100.0% |######################| #> TEC 467 100.0% |######################| 100.0% |######################| #> TCY 3 0.6% |----------------------| 66.7% |##############--------| #> TGC 68 14.6% |###-------------------| 0.0% |----------------------| #> DOX 0 0.0% |----------------------| #> ERY 467 100.0% |######################| 100.0% |######################| #> CLI 467 100.0% |######################| 100.0% |######################| #> AZM 467 100.0% |######################| 100.0% |######################| #> IPM 422 90.4% |###################---| 0.0% |----------------------| #> MEM 418 89.5% |###################---| 0.0% |----------------------| #> MTR 2 0.4% |----------------------| 0.0% |----------------------| #> CHL 0 0.0% |----------------------| #> COL 240 51.4% |###########-----------| 0.0% |----------------------| #> MUP 0 0.0% |----------------------| #> RIF 467 100.0% |######################| 100.0% |######################| # } ```