# ==================================================================== # # TITLE # # AMR: An R Package for Working with Antimicrobial Resistance Data # # # # SOURCE # # https://github.com/msberends/AMR # # # # CITE AS # # Berends MS, Luz CF, Friedrich AW, Sinha BNM, Albers CJ, Glasner C # # (2022). AMR: An R Package for Working with Antimicrobial Resistance # # Data. Journal of Statistical Software, 104(3), 1-31. # # doi:10.18637/jss.v104.i03 # # # # Developed at the University of Groningen, the Netherlands, in # # collaboration with non-profit organisations Certe Medical # # Diagnostics & Advice, and University Medical Center Groningen. # # # # This R package is free software; you can freely use and distribute # # it for both personal and commercial purposes under the terms of the # # GNU General Public License version 2.0 (GNU GPL-2), as published by # # the Free Software Foundation. # # We created this package for both routine data analysis and academic # # research and it was publicly released in the hope that it will be # # useful, but it comes WITHOUT ANY WARRANTY OR LIABILITY. # # # # Visit our website for the full manual and a complete tutorial about # # how to conduct AMR data analysis: https://msberends.github.io/AMR/ # # ==================================================================== # # This will create a data set with all Salmonellae; the serogroups and Paratyphi groups # Source: # Grimont et al., Antigenic Formulae of the Salmonella serovars, 2007 (9th ed.) Paris # WHO Collaborating Centre for Reference and Research on Salmonella # https://www.researchgate.net/publication/283428414 serovars <- c("Aachen", "Aarhus", "Aba", "Abadina", "Abaetetuba", "Aberdeen", "Abidjan", "Ablogame", "Abobo", "Abony", "Abortusequi", "Abortusovis", "Abuja", "Accra", "Ackwepe", "Adabraka", "Adamstown", "Adamstua", "Adana", "Adelaide", "Adeoyo", "Aderike", "Adime", "Adjame", "Aequatoria", "Aesch", "Aflao", "Africana", "Afula", "Agama", "Agbara", "Agbeni", "Agege", "Ago", "Agodi", "Agona", "Agoueve", "Ahanou", "Ahepe", "Ahmadi", "Ahoutoue", "Ahuza", "Ajiobo", "Akanji", "Akuafo", "Alabama", "Alachua", "Alagbon", "Alamo", "Albany", "Albert", "Albertbanjul", "Albertslund", "Albuquerque", "Alexanderplatz", "Alexanderpolder", "Alfort", "Alger", "Alkmaar", "Allandale", "Allerton", "Alma", "Alminko", "Alpenquai", "Altendorf", "Amager", "Amberg", "Amersfoort", "Amherstiana", "Amina", "Aminatu", "Amounderness", "Amoutive", "Amsterdam", "Amunigun", "Anderlecht", "Anecho", "Anfo", "Angers", "Angoda", "Angouleme", "Ank", "Anna", "Annedal", "Antarctica", "Antonio", "Antsalova", "Antwerpen", "Apapa", "Apeyeme", "Aprad", "Aqua", "Aragua", "Arapahoe", "Arechavaleta", "Argenteuil", "Arusha", "Aschersleben", "Ashanti", "Assen", "Assinie", "Astridplein", "Asylanta", "Atakpame", "Atento", "Athens", "Athinai", "Ati", "Augustenborg", "Aurelianis", "Austin", "Australia", "Avignon", "Avonmouth", "Axim", "Ayinde", "Ayton", "Azteca", "Babelsberg", "Babili", "Badagry", "Baguida", "Baguirmi", "Bahati", "Bahrenfeld", "Baiboukoum", "Baildon", "Bakau", "Balcones", "Ball", "Bama", "Bamboye", "Bambylor", "Banalia", "Banana", "Banco", "Bandia", "Bandim", "Bangkok", "Bangui", "Banjul", "Bardo", "Bareilly", "Bargny", "Barmbek", "Barranquilla", "Barry", "Basingstoke", "Bassa", "Bassadji", "Bata", "Batonrouge", "Battle", "Bazenheid", "Be", "Beaudesert", "Bedford", "Belem", "Belfast", "Bellevue", "Benfica", "Benguella", "Benin", "Benue", "Bere", "Bergedorf", "Bergen", "Bergues", "Berkeley", "Berlin", "Berta", "Bessi", "Bethune", "Biafra", "Bida", "Bietri", "Bignona", "Bijlmer", "Bilu", "Binche", "Bingerville", "Binningen", "Birkenhead", "Birmingham", "Bispebjerg", "Bissau", "Blancmesnil", "Blegdam", "Blijdorp", "Blitta", "Blockley", "Bloomsbury", "Blukwa", "Bobo", "Bochum", "Bodjonegoro", "Boecker", "Bofflens", "Bokanjac", "Bolama", "Bolombo", "Bolton", "Bonames", "Bonariensis", "Bonn", "Bootle", "Borbeck", "Bordeaux", "Borreze", "Borromea", "Bouake", "Bournemouth", "Bousso", "Bovismorbificans", "Brackenridge", "Bracknell", "Bradford", "Braenderup", "Brancaster", "Brandenburg", "Brazil", "Brazos", "Brazzaville", "Breda", "Bredeney", "Brefet", "Breukelen", "Brevik", "Brezany", "Brijbhumi", "Brikama", "Brindisi", "Brisbane", "Bristol", "Brive", "Broc", "Bron", "Bronx", "Brooklyn", "Broughton", "Bruck", "Bruebach", "Brunei", "Brunflo", "Bsilla", "Buckeye", "Budapest", "Bukavu", "Bukuru", "Bulgaria", "Bullbay", "Bulovka", "Burgas", "Burundi", "Bury", "Butantan", "Butare", "Buzu", "Caen", "Cairina", "Cairns", "Calabar", "California", "Camberene", "Camberwell", "Campinense", "Canada", "Canary", "Cannobio", "Cannonhill", "Cannstatt", "Canton", "Caracas", "Cardoner", "Carmel", "Carnac", "Carno", "Carpentras", "Carrau", "Carswell", "Casablanca", "Casamance", "Catalunia", "Catanzaro", "Catumagos", "Cayar", "Cerro", "Ceyco", "Chagoua", "Chailey", "Champaign", "Chandans", "Charity", "Charlottenburg", "Chartres", "Cheltenham", "Chennai", "Chester", "Chicago", "Chichester", "Chichiri", "Chile", "Chincol", "Chingola", "Chiredzi", "Chittagong", "Choleraesuis", "Chomedey", "Christiansborg", "Clackamas", "Claibornei", "Clanvillian", "Clerkenwell", "Cleveland", "Clontarf", "Cochin", "Cochise", "Cocody", "Coeln", "Coleypark", "Colindale", "Colobane", "Colombo", "Colorado", "Concord", "Connecticut", "Coogee", "Coquilhatville", "Coromandel", "Corvallis", "Cotham", "Cotia", "Cotonou", "Cremieu", "Crewe", "Croft", "Crossness", "Cubana", "Cuckmere", "Cullingworth", "Cumberland", "Curacao", "Cyprus", "Czernyring", "Daarle", "Dabou", "Dadzie", "Dahlem", "Dahomey", "Dahra", "Dakar", "Dakota", "Dallgow", "Damman", "Dan", "Dapango", "Daula", "Daytona", "Deckstein", "Delan", "Delmenhorst", "Dembe", "Demerara", "Denver", "Derby", "Derkle", "Dessau", "Detmold", "Deversoir", "Dibra", "Dietrichsdorf", "Dieuppeul", "Diguel", "Dingiri", "Diogoye", "Diourbel", "Djakarta", "Djama", "Djelfa", "Djermaia", "Djibouti", "Djinten", "Djugu", "Doba", "Doel", "Doncaster", "Donna", "Doorn", "Dortmund", "Douala", "Dougi", "Doulassame", "Drac", "Dresden", "Driffield", "Dublin", "Duesseldorf", "Dugbe", "Duisburg", "Dumfries", "Dunkwa", "Durban", "Durham", "Duval", "Ealing", "Eastbourne", "Eastglam", "Eaubonne", "Eberswalde", "Eboko", "Ebrie", "Echa", "Ede", "Edinburg", "Edmonton", "Egusi", "Egusitoo", "Eingedi", "Eko", "Ekotedo", "Ekpoui", "Elbeuf", "Elisabethville", "Elokate", "Elomrane", "Emek", "Emmastad", "Encino", "Enschede", "Entebbe", "Enteritidis", "Enugu", "Epalinges", "Epicrates", "Epinay", "Eppendorf", "Erfurt", "Escanaba", "Eschberg", "Eschweiler", "Essen", "Essingen", "Etterbeek", "Euston", "Everleigh", "Evry", "Ezra", "Fairfield", "Fajara", "Faji", "Falkensee", "Fallowfield", "Fann", "Fanti", "Farakan", "Farcha", "Fareham", "Farmingdale", "Farmsen", "Farsta", "Fass", "Fayed", "Fehrbellin", "Ferlo", "Ferruch", "Fillmore", "Finaghy", "Findorff", "Finkenwerder", "Fischerhuette", "Fischerkietz", "Fischerstrasse", "Fitzroy", "Florian", "Florida", "Flottbek", "Fluntern", "Fomeco", "Fortlamy", "Fortune", "Franken", "Frankfurt", "Frederiksberg", "Freefalls", "Freetown", "Freiburg", "Fresno", "Friedenau", "Friedrichsfelde", "Frintrop", "Fufu", "Fulda", "Fulica", "Fyris", "Gabon", "Gafsa", "Gaillac", "Galiema", "Galil", "Gallen", "Gallinarum", "Gamaba", "Gambaga", "Gambia", "Gaminara", "Garba", "Garoli", "Gassi", "Gateshead", "Gatineau", "Gatow", "Gatuni", "Gbadago", "Gdansk", "Gege", "Georgia", "Gera", "Geraldton", "Gerland", "Ghana", "Giessen", "Give", "Giza", "Glasgow", "Glidji", "Glostrup", "Gloucester", "Gnesta", "Godesberg", "Goelzau", "Goeteborg", "Goettingen", "Gokul", "Goldcoast", "Goma", "Gombe", "Good", "Gori", "Goulfey", "Gouloumbo", "Goverdhan", "Gozo", "Grampian", "Grancanaria", "Grandhaven", "Granlo", "Graz", "Greiz", "Groenekan", "Grumpensis", "Guarapiranga", "Guerin", "Gueuletapee", "Guildford", "Guinea", "Gustavia", "Gwale", "Gwoza", "Haardt", "Hadar", "Hadejia", "Haduna", "Haelsingborg", "Haferbreite", "Haga", "Haifa", "Halle", "Hallfold", "Handen", "Hann", "Hannover", "Haouaria", "Harburg", "Harcourt", "Harleystreet", "Hartford", "Harvestehude", "Hatfield", "Hato", "Havana", "Hayindogo", "Heerlen", "Hegau", "Heidelberg", "Heistopdenberg", "Hemingford", "Hennekamp", "Hermannswerder", "Heron", "Herston", "Herzliya", "Hessarek", "Hidalgo", "Hiduddify", "Hillegersberg", "Hillingdon", "Hillsborough", "Hilversum", "Hindmarsh", "Hisingen", "Hissar", "Hithergreen", "Hoboken", "Hofit", "Hoghton", "Hohentwiel", "Holcomb", "Homosassa", "Honelis", "Hongkong", "Horsham", "Houston", "Huddinge", "Huettwilen", "Hull", "Hvittingfoss", "Hydra", "Ibadan", "Ibaragi", "Idikan", "Ikayi", "Ikeja", "Ilala", "Ilugun", "Imo", "Inchpark", "India", "Indiana", "Infantis", "Inganda", "Inglis", "Inpraw", "Inverness", "Ipeko", "Ipswich", "Irchel", "Irenea", "Irigny", "Irumu", "Isangi", "Isaszeg", "Israel", "Istanbul", "Istoria", "Isuge", "Itami", "Ituri", "Itutaba", "Ivory", "Ivorycoast", "Ivrysurseine", "Jaffna", "Jalisco", "Jamaica", "Jambur", "Jangwani", "Javiana", "Jedburgh", "Jericho", "Jerusalem", "Joal", "Jodhpur", "Johannesburg", "Jos", "Juba", "Jubilee", "Jukestown", "Kaapstad", "Kabete", "Kaduna", "Kaevlinge", "Kahla", "Kainji", "Kaitaan", "Kalamu", "Kalina", "Kallo", "Kalumburu", "Kambole", "Kamoru", "Kampala", "Kande", "Kandla", "Kaneshie", "Kanifing", "Kano", "Kaolack", "Kapemba", "Karachi", "Karamoja", "Karaya", "Karlshamn", "Kasenyi", "Kassberg", "Kassel", "Kastrup", "Kedougou", "Kentucky", "Kenya", "Kermel", "Kethiabarny", "Keurmassar", "Keve", "Kiambu", "Kibi", "Kibusi", "Kidderminster", "Kiel", "Kikoma", "Kimberley", "Kimpese", "Kimuenza", "Kindia", "Kingabwa", "Kingston", "Kinondoni", "Kinson", "Kintambo", "Kirkee", "Kisangani", "Kisarawe", "Kisii", "Kitenge", "Kivu", "Klouto", "Koblenz", "Kodjovi", "Koenigstuhl", "Koessen", "Kofandoka", "Koketime", "Kokoli", "Kokomlemle", "Kolar", "Kolda", "Konolfingen", "Konongo", "Konstanz", "Korbol", "Korkeasaari", "Korlebu", "Korovi", "Kortrijk", "Kottbus", "Kotte", "Kotu", "Kouka", "Koumra", "Kpeme", "Kralingen", "Krefeld", "Kristianstad", "Kua", "Kubacha", "Kuessel", "Kumasi", "Kunduchi", "Kuntair", "Kuru", "Labadi", "Lagos", "Lamberhurst", "Lamin", "Lamphun", "Lancaster", "Landala", "Landau", "Landwasser", "Langenhorn", "Langensalza", "Langeveld", "Langford", "Lansing", "Laredo", "Larochelle", "Larose", "Lattenkamp", "Lawndale", "Lawra", "Leatherhead", "Lechler", "Leda", "Leer", "Leeuwarden", "Legon", "Lehrte", "Leiden", "Leipzig", "Leith", "Lekke", "Lene", "Leoben", "Leopoldville", "Lerum", "Lexington", "Lezennes", "Libreville", "Ligeo", "Ligna", "Lika", "Lille", "Limete", "Lindenburg", "Lindern", "Lindi", "Linguere", "Lingwala", "Linton", "Lisboa", "Lishabi", "Litchfield", "Liverpool", "Livingstone", "Livulu", "Ljubljana", "Llandoff", "Llobregat", "Loanda", "Lockleaze", "Lode", "Lodz", "Loenga", "Logone", "Lokomo", "Lokstedt", "Lomalinda", "Lome", "Lomita", "Lomnava", "London", "Lonestar", "Losangeles", "Loubomo", "Louga", "Louisiana", "Lovelace", "Lowestoft", "Lubumbashi", "Luciana", "Luckenwalde", "Luedinghausen", "Luke", "Lund", "Lutetia", "Lyon", "Maastricht", "Macallen", "Macclesfield", "Machaga", "Madelia", "Madiago", "Madigan", "Madison", "Madjorio", "Madras", "Magherafelt", "Magumeri", "Magwa", "Mahina", "Maiduguri", "Makiling", "Makiso", "Malakal", "Malaysia", "Malika", "Malmoe", "Malstatt", "Mampeza", "Mampong", "Mana", "Manchester", "Mandera", "Mango", "Manhattan", "Mannheim", "Mapo", "Mara", "Maracaibo", "Marburg", "Maricopa", "Marienthal", "Maritzburg", "Marmande", "Maron", "Maroua", "Marsabit", "Marseille", "Marshall", "Martonos", "Maryland", "Marylebone", "Masembe", "Maska", "Massakory", "Massenya", "Massilia", "Matadi", "Mathura", "Matopeni", "Mattenhof", "Maumee", "Mayday", "Mbandaka", "Mbao", "Meekatharra", "Melaka", "Melbourne", "Meleagridis", "Memphis", "Menden", "Mendoza", "Menston", "Mesbit", "Meskin", "Messina", "Mgulani", "Miami", "Michigan", "Middlesbrough", "Midway", "Mikawasima", "Millesi", "Milwaukee", "Mim", "Minna", "Minnesota", "Mishmarhaemek", "Mississippi", "Missouri", "Miyazaki", "Mjordan", "Mkamba", "Moabit", "Mocamedes", "Moero", "Moers", "Mokola", "Molade", "Molesey", "Mono", "Mons", "Monschaui", "Montaigu", "Montevideo", "Montreal", "Morbihan", "Morehead", "Morillons", "Morningside", "Mornington", "Morocco", "Morotai", "Moroto", "Moscow", "Moualine", "Moundou", "Mountmagnet", "Mountpleasant", "Moussoro", "Mowanjum", "Mpouto", "Muenchen", "Muguga", "Mulhouse", "Mundonobo", "Mundubbera", "Mura", "Mygdal", "Myrria", "Naestved", "Nagoya", "Nakuru", "Namibia", "Namoda", "Namur", "Nanergou", "Nanga", "Nantes", "Napoli", "Narashino", "Nashua", "Natal", "Naware", "Nchanga", "Ndjamena", "Ndolo", "Neftenbach", "Nessa", "Nessziona", "Neudorf", "Neukoelln", "Neumuenster", "Neunkirchen", "Newholland", "Newjersey", "Newlands", "Newmexico", "Newport", "Newrochelle", "Newyork", "Ngaparou", "Ngili", "Ngor", "Niakhar", "Niamey", "Niarembe", "Niederoderwitz", "Nieukerk", "Nigeria", "Nijmegen", "Nikolaifleet", "Niloese", "Nima", "Nimes", "Nitra", "Niumi", "Njala", "Nola", "Nordrhein", "Nordufer", "Norton", "Norwich", "Nottingham", "Nowawes", "Noya", "Nuatja", "Nyborg", "Nyeko", "Oakey", "Oakland", "Obogu", "Ochiogu", "Ochsenwerder", "Ockenheim", "Odienne", "Odozi", "Oerlikon", "Oesterbro", "Offa", "Ogbete", "Ohlstedt", "Okatie", "Okefoko", "Okerara", "Oldenburg", "Olten", "Omifisan", "Omuna", "Ona", "Onarimon", "Onderstepoort", "Onireke", "Ontario", "Oran", "Oranienburg", "Orbe", "Ord", "Ordonez", "Orientalis", "Orion", "Oritamerin", "Orlando", "Orleans", "Os", "Oskarshamn", "Oslo", "Osnabrueck", "Othmarschen", "Ottawa", "Ouagadougou", "Ouakam", "Oudwijk", "Overchurch", "Overschie", "Overvecht", "Oxford", "Oyonnax", "Pakistan", "Palamaner", "Palime", "Panama", "Papuana", "Parakou", "Paris", "Parkroyal", "Pasing", "Patience", "Penarth", "Penilla", "Pensacola", "Perth", "Petahtikve", "Phaliron", "Pharr", "Picpus", "Pietersburg", "Pisa", "Planckendael", "Ploufragan", "Plumaugat", "Plymouth", "Poano", "Podiensis", "Poeseldorf", "Poitiers", "Pomona", "Pontypridd", "Poona", "Portanigra", "Portland", "Potengi", "Potosi", "Potsdam", "Potto", "Powell", "Praha", "Pramiso", "Presov", "Preston", "Pretoria", "Putten", "Quebec", "Quentin", "Quincy", "Quinhon", "Quiniela", "Ramatgan", "Ramsey", "Ratchaburi", "Raus", "Rawash", "Reading", "Rechovot", "Redba", "Redhill", "Redlands", "Regent", "Reinickendorf", "Remete", "Remiremont", "Remo", "Reubeuss", "Rhone", "Rhydyfelin", "Richmond", "Rideau", "Ridge", "Ried", "Riggil", "Riogrande", "Rissen", "Rittersbach", "Riverside", "Roan", "Rochdale", "Rogy", "Romanby", "Roodepoort", "Rosenberg", "Rossleben", "Rostock", "Rothenburgsort", "Rottnest", "Rovaniemi", "Royan", "Ruanda", "Rubislaw", "Ruiru", "Rumford", "Runby", "Ruzizi", "Saarbruecken", "Saboya", "Sada", "Saintemarie", "Saintpaul", "Salford", "Salinas", "Sally", "Saloniki", "Samaru", "Sambre", "Sandaga", "Sandiego", "Sandow", "Sanga", "Sangalkam", "Sangera", "Sanjuan", "Sanktgeorg", "Sanktjohann", "Sanktmarx", "Santander", "Santhiaba", "Santiago", "Sao", "Sapele", "Saphra", "Sara", "Sarajane", "Saugus", "Scarborough", "Schalkwijk", "Schleissheim", "Schoeneberg", "Schwabach", "Schwarzengrund", "Schwerin", "Sculcoates", "Seattle", "Sedgwick", "Seegefeld", "Sekondi", "Selby", "Sendai", "Senegal", "Senftenberg", "Senneville", "Seremban", "Serrekunda", "Shahalam", "Shamba", "Shangani", "Shanghai", "Shannon", "Sharon", "Sheffield", "Sherbrooke", "Shikmonah", "Shipley", "Shomolu", "Shoreditch", "Shubra", "Sica", "Simi", "Sinchew", "Sindelfingen", "Singapore", "Sinstorf", "Sinthia", "Sipane", "Skansen", "Slade", "Sljeme", "Sloterdijk", "Soahanina", "Soerenga", "Sokode", "Solna", "Solt", "Somone", "Sontheim", "Soumbedioune", "Southbank", "Souza", "Spalentor", "Spartel", "Splott", "Stachus", "Stanley", "Stanleyville", "Staoueli", "Steinplatz", "Steinwerder", "Stellingen", "Stendal", "Sternschanze", "Sterrenbos", "Stockholm", "Stoneferry", "Stormont", "Stourbridge", "Straengnaes", "Strasbourg", "Stratford", "Strathcona", "Stuivenberg", "Stuttgart", "Suberu", "Sudan", "Suelldorf", "Sundsvall", "Sunnycove", "Surat", "Surrey", "Svedvi", "Sya", "Sylvania", "Szentes", "Tabligbo", "Tado", "Tafo", "Taiping", "Takoradi", "Taksony", "Tallahassee", "Tamale", "Tambacounda", "Tamberma", "Tamilnadu", "Tampico", "Tananarive", "Tanger", "Tanzania", "Tarshyne", "Taset", "Taunton", "Taylor", "Tchad", "Tchamba", "Techimani", "Teddington", "Tees", "Tejas", "Teko", "Telaviv", "Telelkebir", "Telhashomer", "Teltow", "Tema", "Tempe", "Tendeba", "Tennenlohe", "Tennessee", "Tennyson", "Teshie", "Texas", "Thayngen", "Thetford", "Thiaroye", "Thies", "Thompson", "Tibati", "Tienba", "Tiergarten", "Tiko", "Tilburg", "Tilene", "Tinda", "Tione", "Togba", "Togo", "Tokoin", "Tomegbe", "Tomelilla", "Tonev", "Toowong", "Torhout", "Toricada", "Tornow", "Toronto", "Toucra", "Toulon", "Tounouma", "Tours", "Trachau", "Transvaal", "Travis", "Treforest", "Treguier", "Trier", "Trimdon", "Tripoli", "Trotha", "Troy", "Truro", "Tschangu", "Tsevie", "Tshiongwe", "Tucson", "Tudu", "Tumodi", "Typhi", "Typhisuis", "Tyresoe", "Uccle", "Uganda", "Ughelli", "Uhlenhorst", "Uithof", "Ullevi", "Umbadah", "Umbilo", "Umhlali", "Umhlatazana", "Uno", "Uppsala", "Urbana", "Ursenbach", "Usumbura", "Utah", "Utrecht", "Uzaramo", "Vaertan", "Valdosta", "Vancouver", "Vanier", "Vaugirard", "Vegesack", "Vejle", "Vellore", "Veneziana", "Verona", "Verviers", "Victoria", "Victoriaborg", "Vietnam", "Vilvoorde", "Vinohrady", "Virchow", "Virginia", "Visby", "Vitkin", "Vleuten", "Vogan", "Volkmarsdorf", "Volta", "Vom", "Voulte", "Vridi", "Vuadens", "Wa", "Waedenswil", "Wagadugu", "Wagenia", "Wanatah", "Wandsworth", "Wangata", "Waral", "Warengo", "Warmsen", "Warnemuende", "Warnow", "Warragul", "Warri", "Washington", "Waycross", "Wayne", "Wedding", "Welikade", "Weltevreden", "Wenatchee", "Wentworth", "Wernigerode", "Weslaco", "Westafrica", "Westeinde", "Westerstede", "Westhampton", "Westminster", "Weston", "Westphalia", "Weybridge", "Wichita", "Widemarsh", "Wien", "Wil", "Wilhelmsburg", "Willamette", "Willemstad", "Wilmington", "Wimborne", "Windermere", "Windsheim", "Wingrove", "Winneba", "Winnipeg", "Winslow", "Winston", "Winterthur", "Wippra", "Wisbech", "Wohlen", "Woodhull", "Woodinville", "Worb", "Worthington", "Woumbou", "Wuiti", "Wuppertal", "Wyldegreen", "Yaba", "Yalding", "Yaounde", "Yardley", "Yarm", "Yarrabah", "Yeerongpilly", "Yehuda", "Yekepa", "Yellowknife", "Yenne", "Yerba", "Yoff", "Yokoe", "Yolo", "Yombesali", "Yopougon", "York", "Yoruba", "Yovokome", "Yundum", "Zadar", "Zaiman", "Zaire", "Zanzibar", "Zaria", "Zega", "Zehlendorf", "Zerifin", "Zigong", "Zinder", "Zongo", "Zuilen", "Zwickau") library(dplyr) salmonellae <- tibble( genus = "Salmonella", species = "enterica", subspecies = serovars, fullname = paste("Salmonella", serovars), rank = "subspecies", source = "manually added", status = "accepted", lpsn_parent = 784857, gbif_parent = 9701185 ) groups <- c("Paratyphi A", "Paratyphi B", "Paratyphi C", "Group B", "Group C", "Group D") salmonellae <- salmonellae %>% bind_rows(tibble( genus = "Salmonella", species = groups, subspecies = "", fullname = paste("Salmonella", groups), rank = "species", source = "manually added", status = "accepted" )) saveRDS(salmonellae, "data-raw/salmonellae.rds", version = 2)