# ==================================================================== #
# TITLE: #
# AMR: An R Package for Working with Antimicrobial Resistance Data #
# #
# SOURCE CODE: #
# https://github.com/msberends/AMR #
# #
# PLEASE CITE THIS SOFTWARE AS: #
# Berends MS, Luz CF, Friedrich AW, et al. (2022). #
# AMR: An R Package for Working with Antimicrobial Resistance Data. #
# Journal of Statistical Software, 104(3), 1-31. #
# https://doi.org/10.18637/jss.v104.i03 #
# #
# Developed at the University of Groningen and the University Medical #
# Center Groningen in The Netherlands, in collaboration with many #
# colleagues from around the world, see our website. #
# #
# This R package is free software; you can freely use and distribute #
# it for both personal and commercial purposes under the terms of the #
# GNU General Public License version 2.0 (GNU GPL-2), as published by #
# the Free Software Foundation. #
# We created this package for both routine data analysis and academic #
# research and it was publicly released in the hope that it will be #
# useful, but it comes WITHOUT ANY WARRANTY OR LIABILITY. #
# #
# Visit our website for the full manual and a complete tutorial about #
# how to conduct AMR data analysis: https://amr-for-r.org #
# ==================================================================== #
# This will create a data set with all Salmonellae; the serogroups and Paratyphi groups
# Source:
# Grimont et al., Antigenic Formulae of the Salmonella serovars, 2007 (9th ed.) Paris
# WHO Collaborating Centre for Reference and Research on Salmonella
# https://www.researchgate.net/publication/283428414
serovars <- c(
"Aachen",
"Aarhus",
"Aba",
"Abadina",
"Abaetetuba",
"Aberdeen",
"Abidjan",
"Ablogame",
"Abobo",
"Abony",
"Abortusequi",
"Abortusovis",
"Abuja",
"Accra",
"Ackwepe",
"Adabraka",
"Adamstown",
"Adamstua",
"Adana",
"Adelaide",
"Adeoyo",
"Aderike",
"Adime",
"Adjame",
"Aequatoria",
"Aesch",
"Aflao",
"Africana",
"Afula",
"Agama",
"Agbara",
"Agbeni",
"Agege",
"Ago",
"Agodi",
"Agona",
"Agoueve",
"Ahanou",
"Ahepe",
"Ahmadi",
"Ahoutoue",
"Ahuza",
"Ajiobo",
"Akanji",
"Akuafo",
"Alabama",
"Alachua",
"Alagbon",
"Alamo",
"Albany",
"Albert",
"Albertbanjul",
"Albertslund",
"Albuquerque",
"Alexanderplatz",
"Alexanderpolder",
"Alfort",
"Alger",
"Alkmaar",
"Allandale",
"Allerton",
"Alma",
"Alminko",
"Alpenquai",
"Altendorf",
"Amager",
"Amberg",
"Amersfoort",
"Amherstiana",
"Amina",
"Aminatu",
"Amounderness",
"Amoutive",
"Amsterdam",
"Amunigun",
"Anderlecht",
"Anecho",
"Anfo",
"Angers",
"Angoda",
"Angouleme",
"Ank",
"Anna",
"Annedal",
"Antarctica",
"Antonio",
"Antsalova",
"Antwerpen",
"Apapa",
"Apeyeme",
"Aprad",
"Aqua",
"Aragua",
"Arapahoe",
"Arechavaleta",
"Argenteuil",
"Arusha",
"Aschersleben",
"Ashanti",
"Assen",
"Assinie",
"Astridplein",
"Asylanta",
"Atakpame",
"Atento",
"Athens",
"Athinai",
"Ati",
"Augustenborg",
"Aurelianis",
"Austin",
"Australia",
"Avignon",
"Avonmouth",
"Axim",
"Ayinde",
"Ayton",
"Azteca",
"Babelsberg",
"Babili",
"Badagry",
"Baguida",
"Baguirmi",
"Bahati",
"Bahrenfeld",
"Baiboukoum",
"Baildon",
"Bakau",
"Balcones",
"Ball",
"Bama",
"Bamboye",
"Bambylor",
"Banalia",
"Banana",
"Banco",
"Bandia",
"Bandim",
"Bangkok",
"Bangui",
"Banjul",
"Bardo",
"Bareilly",
"Bargny",
"Barmbek",
"Barranquilla",
"Barry",
"Basingstoke",
"Bassa",
"Bassadji",
"Bata",
"Batonrouge",
"Battle",
"Bazenheid",
"Be",
"Beaudesert",
"Bedford",
"Belem",
"Belfast",
"Bellevue",
"Benfica",
"Benguella",
"Benin",
"Benue",
"Bere",
"Bergedorf",
"Bergen",
"Bergues",
"Berkeley",
"Berlin",
"Berta",
"Bessi",
"Bethune",
"Biafra",
"Bida",
"Bietri",
"Bignona",
"Bijlmer",
"Bilu",
"Binche",
"Bingerville",
"Binningen",
"Birkenhead",
"Birmingham",
"Bispebjerg",
"Bissau",
"Blancmesnil",
"Blegdam",
"Blijdorp",
"Blitta",
"Blockley",
"Bloomsbury",
"Blukwa",
"Bobo",
"Bochum",
"Bodjonegoro",
"Boecker",
"Bofflens",
"Bokanjac",
"Bolama",
"Bolombo",
"Bolton",
"Bonames",
"Bonariensis",
"Bonn",
"Bootle",
"Borbeck",
"Bordeaux",
"Borreze",
"Borromea",
"Bouake",
"Bournemouth",
"Bousso",
"Bovismorbificans",
"Brackenridge",
"Bracknell",
"Bradford",
"Braenderup",
"Brancaster",
"Brandenburg",
"Brazil",
"Brazos",
"Brazzaville",
"Breda",
"Bredeney",
"Brefet",
"Breukelen",
"Brevik",
"Brezany",
"Brijbhumi",
"Brikama",
"Brindisi",
"Brisbane",
"Bristol",
"Brive",
"Broc",
"Bron",
"Bronx",
"Brooklyn",
"Broughton",
"Bruck",
"Bruebach",
"Brunei",
"Brunflo",
"Bsilla",
"Buckeye",
"Budapest",
"Bukavu",
"Bukuru",
"Bulgaria",
"Bullbay",
"Bulovka",
"Burgas",
"Burundi",
"Bury",
"Butantan",
"Butare",
"Buzu",
"Caen",
"Cairina",
"Cairns",
"Calabar",
"California",
"Camberene",
"Camberwell",
"Campinense",
"Canada",
"Canary",
"Cannobio",
"Cannonhill",
"Cannstatt",
"Canton",
"Caracas",
"Cardoner",
"Carmel",
"Carnac",
"Carno",
"Carpentras",
"Carrau",
"Carswell",
"Casablanca",
"Casamance",
"Catalunia",
"Catanzaro",
"Catumagos",
"Cayar",
"Cerro",
"Ceyco",
"Chagoua",
"Chailey",
"Champaign",
"Chandans",
"Charity",
"Charlottenburg",
"Chartres",
"Cheltenham",
"Chennai",
"Chester",
"Chicago",
"Chichester",
"Chichiri",
"Chile",
"Chincol",
"Chingola",
"Chiredzi",
"Chittagong",
"Choleraesuis",
"Chomedey",
"Christiansborg",
"Clackamas",
"Claibornei",
"Clanvillian",
"Clerkenwell",
"Cleveland",
"Clontarf",
"Cochin",
"Cochise",
"Cocody",
"Coeln",
"Coleypark",
"Colindale",
"Colobane",
"Colombo",
"Colorado",
"Concord",
"Connecticut",
"Coogee",
"Coquilhatville",
"Coromandel",
"Corvallis",
"Cotham",
"Cotia",
"Cotonou",
"Cremieu",
"Crewe",
"Croft",
"Crossness",
"Cubana",
"Cuckmere",
"Cullingworth",
"Cumberland",
"Curacao",
"Cyprus",
"Czernyring",
"Daarle",
"Dabou",
"Dadzie",
"Dahlem",
"Dahomey",
"Dahra",
"Dakar",
"Dakota",
"Dallgow",
"Damman",
"Dan",
"Dapango",
"Daula",
"Daytona",
"Deckstein",
"Delan",
"Delmenhorst",
"Dembe",
"Demerara",
"Denver",
"Derby",
"Derkle",
"Dessau",
"Detmold",
"Deversoir",
"Dibra",
"Dietrichsdorf",
"Dieuppeul",
"Diguel",
"Dingiri",
"Diogoye",
"Diourbel",
"Djakarta",
"Djama",
"Djelfa",
"Djermaia",
"Djibouti",
"Djinten",
"Djugu",
"Doba",
"Doel",
"Doncaster",
"Donna",
"Doorn",
"Dortmund",
"Douala",
"Dougi",
"Doulassame",
"Drac",
"Dresden",
"Driffield",
"Dublin",
"Duesseldorf",
"Dugbe",
"Duisburg",
"Dumfries",
"Dunkwa",
"Durban",
"Durham",
"Duval",
"Ealing",
"Eastbourne",
"Eastglam",
"Eaubonne",
"Eberswalde",
"Eboko",
"Ebrie",
"Echa",
"Ede",
"Edinburg",
"Edmonton",
"Egusi",
"Egusitoo",
"Eingedi",
"Eko",
"Ekotedo",
"Ekpoui",
"Elbeuf",
"Elisabethville",
"Elokate",
"Elomrane",
"Emek",
"Emmastad",
"Encino",
"Enschede",
"Entebbe",
"Enteritidis",
"Enugu",
"Epalinges",
"Epicrates",
"Epinay",
"Eppendorf",
"Erfurt",
"Escanaba",
"Eschberg",
"Eschweiler",
"Essen",
"Essingen",
"Etterbeek",
"Euston",
"Everleigh",
"Evry",
"Ezra",
"Fairfield",
"Fajara",
"Faji",
"Falkensee",
"Fallowfield",
"Fann",
"Fanti",
"Farakan",
"Farcha",
"Fareham",
"Farmingdale",
"Farmsen",
"Farsta",
"Fass",
"Fayed",
"Fehrbellin",
"Ferlo",
"Ferruch",
"Fillmore",
"Finaghy",
"Findorff",
"Finkenwerder",
"Fischerhuette",
"Fischerkietz",
"Fischerstrasse",
"Fitzroy",
"Florian",
"Florida",
"Flottbek",
"Fluntern",
"Fomeco",
"Fortlamy",
"Fortune",
"Franken",
"Frankfurt",
"Frederiksberg",
"Freefalls",
"Freetown",
"Freiburg",
"Fresno",
"Friedenau",
"Friedrichsfelde",
"Frintrop",
"Fufu",
"Fulda",
"Fulica",
"Fyris",
"Gabon",
"Gafsa",
"Gaillac",
"Galiema",
"Galil",
"Gallen",
"Gallinarum",
"Gamaba",
"Gambaga",
"Gambia",
"Gaminara",
"Garba",
"Garoli",
"Gassi",
"Gateshead",
"Gatineau",
"Gatow",
"Gatuni",
"Gbadago",
"Gdansk",
"Gege",
"Georgia",
"Gera",
"Geraldton",
"Gerland",
"Ghana",
"Giessen",
"Give",
"Giza",
"Glasgow",
"Glidji",
"Glostrup",
"Gloucester",
"Gnesta",
"Godesberg",
"Goelzau",
"Goeteborg",
"Goettingen",
"Gokul",
"Goldcoast",
"Goma",
"Gombe",
"Good",
"Gori",
"Goulfey",
"Gouloumbo",
"Goverdhan",
"Gozo",
"Grampian",
"Grancanaria",
"Grandhaven",
"Granlo",
"Graz",
"Greiz",
"Groenekan",
"Grumpensis",
"Guarapiranga",
"Guerin",
"Gueuletapee",
"Guildford",
"Guinea",
"Gustavia",
"Gwale",
"Gwoza",
"Haardt",
"Hadar",
"Hadejia",
"Haduna",
"Haelsingborg",
"Haferbreite",
"Haga",
"Haifa",
"Halle",
"Hallfold",
"Handen",
"Hann",
"Hannover",
"Haouaria",
"Harburg",
"Harcourt",
"Harleystreet",
"Hartford",
"Harvestehude",
"Hatfield",
"Hato",
"Havana",
"Hayindogo",
"Heerlen",
"Hegau",
"Heidelberg",
"Heistopdenberg",
"Hemingford",
"Hennekamp",
"Hermannswerder",
"Heron",
"Herston",
"Herzliya",
"Hessarek",
"Hidalgo",
"Hiduddify",
"Hillegersberg",
"Hillingdon",
"Hillsborough",
"Hilversum",
"Hindmarsh",
"Hisingen",
"Hissar",
"Hithergreen",
"Hoboken",
"Hofit",
"Hoghton",
"Hohentwiel",
"Holcomb",
"Homosassa",
"Honelis",
"Hongkong",
"Horsham",
"Houston",
"Huddinge",
"Huettwilen",
"Hull",
"Hvittingfoss",
"Hydra",
"Ibadan",
"Ibaragi",
"Idikan",
"Ikayi",
"Ikeja",
"Ilala",
"Ilugun",
"Imo",
"Inchpark",
"India",
"Indiana",
"Infantis",
"Inganda",
"Inglis",
"Inpraw",
"Inverness",
"Ipeko",
"Ipswich",
"Irchel",
"Irenea",
"Irigny",
"Irumu",
"Isangi",
"Isaszeg",
"Israel",
"Istanbul",
"Istoria",
"Isuge",
"Itami",
"Ituri",
"Itutaba",
"Ivory",
"Ivorycoast",
"Ivrysurseine",
"Jaffna",
"Jalisco",
"Jamaica",
"Jambur",
"Jangwani",
"Javiana",
"Jedburgh",
"Jericho",
"Jerusalem",
"Joal",
"Jodhpur",
"Johannesburg",
"Jos",
"Juba",
"Jubilee",
"Jukestown",
"Kaapstad",
"Kabete",
"Kaduna",
"Kaevlinge",
"Kahla",
"Kainji",
"Kaitaan",
"Kalamu",
"Kalina",
"Kallo",
"Kalumburu",
"Kambole",
"Kamoru",
"Kampala",
"Kande",
"Kandla",
"Kaneshie",
"Kanifing",
"Kano",
"Kaolack",
"Kapemba",
"Karachi",
"Karamoja",
"Karaya",
"Karlshamn",
"Kasenyi",
"Kassberg",
"Kassel",
"Kastrup",
"Kedougou",
"Kentucky",
"Kenya",
"Kermel",
"Kethiabarny",
"Keurmassar",
"Keve",
"Kiambu",
"Kibi",
"Kibusi",
"Kidderminster",
"Kiel",
"Kikoma",
"Kimberley",
"Kimpese",
"Kimuenza",
"Kindia",
"Kingabwa",
"Kingston",
"Kinondoni",
"Kinson",
"Kintambo",
"Kirkee",
"Kisangani",
"Kisarawe",
"Kisii",
"Kitenge",
"Kivu",
"Klouto",
"Koblenz",
"Kodjovi",
"Koenigstuhl",
"Koessen",
"Kofandoka",
"Koketime",
"Kokoli",
"Kokomlemle",
"Kolar",
"Kolda",
"Konolfingen",
"Konongo",
"Konstanz",
"Korbol",
"Korkeasaari",
"Korlebu",
"Korovi",
"Kortrijk",
"Kottbus",
"Kotte",
"Kotu",
"Kouka",
"Koumra",
"Kpeme",
"Kralingen",
"Krefeld",
"Kristianstad",
"Kua",
"Kubacha",
"Kuessel",
"Kumasi",
"Kunduchi",
"Kuntair",
"Kuru",
"Labadi",
"Lagos",
"Lamberhurst",
"Lamin",
"Lamphun",
"Lancaster",
"Landala",
"Landau",
"Landwasser",
"Langenhorn",
"Langensalza",
"Langeveld",
"Langford",
"Lansing",
"Laredo",
"Larochelle",
"Larose",
"Lattenkamp",
"Lawndale",
"Lawra",
"Leatherhead",
"Lechler",
"Leda",
"Leer",
"Leeuwarden",
"Legon",
"Lehrte",
"Leiden",
"Leipzig",
"Leith",
"Lekke",
"Lemmer",
"Lene",
"Leoben",
"Leopoldville",
"Lerum",
"Lexington",
"Lezennes",
"Libreville",
"Ligeo",
"Ligna",
"Lika",
"Lille",
"Limete",
"Lindenburg",
"Lindern",
"Lindi",
"Linguere",
"Lingwala",
"Linton",
"Lisboa",
"Lishabi",
"Litchfield",
"Liverpool",
"Livingstone",
"Livulu",
"Ljubljana",
"Llandoff",
"Llobregat",
"Loanda",
"Lockleaze",
"Lode",
"Lodz",
"Loenga",
"Logone",
"Lokomo",
"Lokstedt",
"Lomalinda",
"Lome",
"Lomita",
"Lomnava",
"London",
"Lonestar",
"Losangeles",
"Loubomo",
"Louga",
"Louisiana",
"Lovelace",
"Lowestoft",
"Lubumbashi",
"Luciana",
"Luckenwalde",
"Luedinghausen",
"Luke",
"Lund",
"Lutetia",
"Lyon",
"Maastricht",
"Macallen",
"Macclesfield",
"Machaga",
"Madelia",
"Madiago",
"Madigan",
"Madison",
"Madjorio",
"Madras",
"Magherafelt",
"Magumeri",
"Magwa",
"Mahina",
"Maiduguri",
"Makiling",
"Makiso",
"Malakal",
"Malaysia",
"Malika",
"Malmoe",
"Malstatt",
"Mampeza",
"Mampong",
"Mana",
"Manchester",
"Mandera",
"Mango",
"Manhattan",
"Mannheim",
"Mapo",
"Mara",
"Maracaibo",
"Marburg",
"Maricopa",
"Marienthal",
"Maritzburg",
"Marmande",
"Maron",
"Maroua",
"Marsabit",
"Marseille",
"Marshall",
"Martonos",
"Maryland",
"Marylebone",
"Masembe",
"Maska",
"Massakory",
"Massenya",
"Massilia",
"Matadi",
"Mathura",
"Matopeni",
"Mattenhof",
"Maumee",
"Mayday",
"Mbandaka",
"Mbao",
"Meekatharra",
"Melaka",
"Melbourne",
"Meleagridis",
"Memphis",
"Menden",
"Mendoza",
"Menston",
"Mesbit",
"Meskin",
"Messina",
"Mgulani",
"Miami",
"Michigan",
"Middlesbrough",
"Midway",
"Mikawasima",
"Millesi",
"Milwaukee",
"Mim",
"Minna",
"Minnesota",
"Mishmarhaemek",
"Mississippi",
"Missouri",
"Miyazaki",
"Mjordan",
"Mkamba",
"Moabit",
"Mocamedes",
"Moero",
"Moers",
"Mokola",
"Molade",
"Molesey",
"Mono",
"Mons",
"Monschaui",
"Montaigu",
"Montevideo",
"Montreal",
"Morbihan",
"Morehead",
"Morillons",
"Morningside",
"Mornington",
"Morocco",
"Morotai",
"Moroto",
"Moscow",
"Moualine",
"Moundou",
"Mountmagnet",
"Mountpleasant",
"Moussoro",
"Mowanjum",
"Mpouto",
"Muenchen",
"Muguga",
"Mulhouse",
"Mundonobo",
"Mundubbera",
"Mura",
"Mygdal",
"Myrria",
"Naestved",
"Nagoya",
"Nakuru",
"Namibia",
"Namoda",
"Namur",
"Nanergou",
"Nanga",
"Nantes",
"Napoli",
"Narashino",
"Nashua",
"Natal",
"Naware",
"Nchanga",
"Ndjamena",
"Ndolo",
"Neftenbach",
"Nessa",
"Nessziona",
"Neudorf",
"Neukoelln",
"Neumuenster",
"Neunkirchen",
"Newholland",
"Newjersey",
"Newlands",
"Newmexico",
"Newport",
"Newrochelle",
"Newyork",
"Ngaparou",
"Ngili",
"Ngor",
"Niakhar",
"Niamey",
"Niarembe",
"Niederoderwitz",
"Nieukerk",
"Nigeria",
"Nijmegen",
"Nikolaifleet",
"Niloese",
"Nima",
"Nimes",
"Nitra",
"Niumi",
"Njala",
"Nola",
"Nordrhein",
"Nordufer",
"Norton",
"Norwich",
"Nottingham",
"Nowawes",
"Noya",
"Nuatja",
"Nyborg",
"Nyeko",
"Oakey",
"Oakland",
"Obogu",
"Ochiogu",
"Ochsenwerder",
"Ockenheim",
"Odienne",
"Odozi",
"Oerlikon",
"Oesterbro",
"Offa",
"Ogbete",
"Ohlstedt",
"Okatie",
"Okefoko",
"Okerara",
"Oldenburg",
"Olten",
"Omifisan",
"Omuna",
"Ona",
"Onarimon",
"Onderstepoort",
"Onireke",
"Ontario",
"Oran",
"Oranienburg",
"Orbe",
"Ord",
"Ordonez",
"Orientalis",
"Orion",
"Oritamerin",
"Orlando",
"Orleans",
"Os",
"Oskarshamn",
"Oslo",
"Osnabrueck",
"Othmarschen",
"Ottawa",
"Ouagadougou",
"Ouakam",
"Oudwijk",
"Overchurch",
"Overschie",
"Overvecht",
"Oxford",
"Oyonnax",
"Pakistan",
"Palamaner",
"Palime",
"Panama",
"Papuana",
"Parakou",
"Paris",
"Parkroyal",
"Pasing",
"Patience",
"Penarth",
"Penilla",
"Pensacola",
"Perth",
"Petahtikve",
"Phaliron",
"Pharr",
"Picpus",
"Pietersburg",
"Pisa",
"Planckendael",
"Ploufragan",
"Plumaugat",
"Plymouth",
"Poano",
"Podiensis",
"Poeseldorf",
"Poitiers",
"Pomona",
"Pontypridd",
"Poona",
"Portanigra",
"Portland",
"Potengi",
"Potosi",
"Potsdam",
"Potto",
"Powell",
"Praha",
"Pramiso",
"Presov",
"Preston",
"Pretoria",
"Putten",
"Quebec",
"Quentin",
"Quincy",
"Quinhon",
"Quiniela",
"Ramatgan",
"Ramsey",
"Ratchaburi",
"Raus",
"Rawash",
"Reading",
"Rechovot",
"Redba",
"Redhill",
"Redlands",
"Regent",
"Reinickendorf",
"Remete",
"Remiremont",
"Remo",
"Reubeuss",
"Rhone",
"Rhydyfelin",
"Richmond",
"Rideau",
"Ridge",
"Ried",
"Riggil",
"Riogrande",
"Rissen",
"Rittersbach",
"Riverside",
"Roan",
"Rochdale",
"Rogy",
"Romanby",
"Roodepoort",
"Rosenberg",
"Rossleben",
"Rostock",
"Rothenburgsort",
"Rottnest",
"Rovaniemi",
"Royan",
"Ruanda",
"Rubislaw",
"Ruiru",
"Rumford",
"Runby",
"Ruzizi",
"Saarbruecken",
"Saboya",
"Sada",
"Saintemarie",
"Saintpaul",
"Salford",
"Salinas",
"Sally",
"Saloniki",
"Samaru",
"Sambre",
"Sandaga",
"Sandiego",
"Sandow",
"Sanga",
"Sangalkam",
"Sangera",
"Sanjuan",
"Sanktgeorg",
"Sanktjohann",
"Sanktmarx",
"Santander",
"Santhiaba",
"Santiago",
"Sao",
"Sapele",
"Saphra",
"Sara",
"Sarajane",
"Saugus",
"Scarborough",
"Schalkwijk",
"Schleissheim",
"Schoeneberg",
"Schwabach",
"Schwarzengrund",
"Schwerin",
"Sculcoates",
"Seattle",
"Sedgwick",
"Seegefeld",
"Sekondi",
"Selby",
"Sendai",
"Senegal",
"Senftenberg",
"Senneville",
"Seremban",
"Serrekunda",
"Shahalam",
"Shamba",
"Shangani",
"Shanghai",
"Shannon",
"Sharon",
"Sheffield",
"Sherbrooke",
"Shikmonah",
"Shipley",
"Shomolu",
"Shoreditch",
"Shubra",
"Sica",
"Simi",
"Sinchew",
"Sindelfingen",
"Singapore",
"Sinstorf",
"Sinthia",
"Sipane",
"Skansen",
"Slade",
"Sljeme",
"Sloterdijk",
"Soahanina",
"Soerenga",
"Sokode",
"Solna",
"Solt",
"Somone",
"Sontheim",
"Soumbedioune",
"Southbank",
"Souza",
"Spalentor",
"Spartel",
"Splott",
"Stachus",
"Stanley",
"Stanleyville",
"Staoueli",
"Steinplatz",
"Steinwerder",
"Stellingen",
"Stendal",
"Sternschanze",
"Sterrenbos",
"Stockholm",
"Stoneferry",
"Stormont",
"Stourbridge",
"Straengnaes",
"Strasbourg",
"Stratford",
"Strathcona",
"Stuivenberg",
"Stuttgart",
"Suberu",
"Sudan",
"Suelldorf",
"Sundsvall",
"Sunnycove",
"Surat",
"Surrey",
"Svedvi",
"Sya",
"Sylvania",
"Szentes",
"Tabligbo",
"Tado",
"Tafo",
"Taiping",
"Takoradi",
"Taksony",
"Tallahassee",
"Tamale",
"Tambacounda",
"Tamberma",
"Tamilnadu",
"Tampico",
"Tananarive",
"Tanger",
"Tanzania",
"Tarshyne",
"Taset",
"Taunton",
"Taylor",
"Tchad",
"Tchamba",
"Techimani",
"Teddington",
"Tees",
"Tejas",
"Teko",
"Telaviv",
"Telelkebir",
"Telhashomer",
"Teltow",
"Tema",
"Tempe",
"Tendeba",
"Tennenlohe",
"Tennessee",
"Tennyson",
"Teshie",
"Texas",
"Thayngen",
"Thetford",
"Thiaroye",
"Thies",
"Thompson",
"Tibati",
"Tienba",
"Tiergarten",
"Tiko",
"Tilburg",
"Tilene",
"Tinda",
"Tione",
"Togba",
"Togo",
"Tokoin",
"Tomegbe",
"Tomelilla",
"Tonev",
"Toowong",
"Torhout",
"Toricada",
"Tornow",
"Toronto",
"Toucra",
"Toulon",
"Tounouma",
"Tours",
"Trachau",
"Transvaal",
"Travis",
"Treforest",
"Treguier",
"Trier",
"Trimdon",
"Tripoli",
"Trotha",
"Troy",
"Truro",
"Tschangu",
"Tsevie",
"Tshiongwe",
"Tucson",
"Tudu",
"Tumodi",
"Typhi",
"Typhimurium",
"Typhisuis",
"Tyresoe",
"Uccle",
"Uganda",
"Ughelli",
"Uhlenhorst",
"Uithof",
"Ullevi",
"Umbadah",
"Umbilo",
"Umhlali",
"Umhlatazana",
"Uno",
"Uppsala",
"Urbana",
"Ursenbach",
"Usumbura",
"Utah",
"Utrecht",
"Uzaramo",
"Vaertan",
"Valdosta",
"Vancouver",
"Vanier",
"Vaugirard",
"Vegesack",
"Vejle",
"Vellore",
"Veneziana",
"Verona",
"Verviers",
"Victoria",
"Victoriaborg",
"Vietnam",
"Vilvoorde",
"Vinohrady",
"Virchow",
"Virginia",
"Visby",
"Vitkin",
"Vleuten",
"Vogan",
"Volkmarsdorf",
"Volta",
"Vom",
"Voulte",
"Vridi",
"Vuadens",
"Wa",
"Waedenswil",
"Wagadugu",
"Wagenia",
"Wanatah",
"Wandsworth",
"Wangata",
"Waral",
"Warengo",
"Warmsen",
"Warnemuende",
"Warnow",
"Warragul",
"Warri",
"Washington",
"Waycross",
"Wayne",
"Wedding",
"Welikade",
"Weltevreden",
"Wenatchee",
"Wentworth",
"Wernigerode",
"Weslaco",
"Westafrica",
"Westeinde",
"Westerstede",
"Westhampton",
"Westminster",
"Weston",
"Westphalia",
"Weybridge",
"Wichita",
"Widemarsh",
"Wien",
"Wil",
"Wilhelmsburg",
"Willamette",
"Willemstad",
"Wilmington",
"Wimborne",
"Windermere",
"Windsheim",
"Wingrove",
"Winneba",
"Winnipeg",
"Winslow",
"Winston",
"Winterthur",
"Wippra",
"Wisbech",
"Wohlen",
"Woodhull",
"Woodinville",
"Worb",
"Worthington",
"Woumbou",
"Wuiti",
"Wuppertal",
"Wyldegreen",
"Yaba",
"Yalding",
"Yaounde",
"Yardley",
"Yarm",
"Yarrabah",
"Yeerongpilly",
"Yehuda",
"Yekepa",
"Yellowknife",
"Yenne",
"Yerba",
"Yoff",
"Yokoe",
"Yolo",
"Yombesali",
"Yopougon",
"York",
"Yoruba",
"Yovokome",
"Yundum",
"Zadar",
"Zaiman",
"Zaire",
"Zanzibar",
"Zaria",
"Zega",
"Zehlendorf",
"Zerifin",
"Zigong",
"Zinder",
"Zongo",
"Zuilen",
"Zwickau"
)
library(dplyr)
salmonellae <- tibble(
genus = "Salmonella",
species = "enterica",
subspecies = serovars,
fullname = paste("Salmonella", serovars),
rank = "subspecies",
source = "manually added",
status = "accepted",
lpsn_parent = 784857,
gbif_parent = 9701185
)
groups <- c(
"Paratyphi A",
"Paratyphi B",
"Paratyphi C",
"Group A",
"Group B",
"Group C",
"Group D"
)
salmonellae <- salmonellae %>%
bind_rows(tibble(
genus = "Salmonella",
species = groups,
subspecies = "",
fullname = paste("Salmonella", groups),
rank = "species",
source = "manually added",
status = "accepted"
))
saveRDS(salmonellae, "data-raw/salmonellae.rds", version = 2)
# This was later needed to get the right parents for groups
microorganisms$lpsn_parent[which(microorganisms$genus == "Salmonella" & microorganisms$rank == "species")] <- "516547"
microorganisms$gbif_parent[which(microorganisms$genus == "Salmonella" & microorganisms$rank == "species")] <- "3221815"