AMR/data-raw/salmonellae.R

# ==================================================================== #
# TITLE:                                                               #
# AMR: An R Package for Working with Antimicrobial Resistance Data     #
#                                                                      #
# SOURCE CODE:                                                         #
# https://github.com/msberends/AMR                                     #
#                                                                      #
# PLEASE CITE THIS SOFTWARE AS:                                        #
# Berends MS, Luz CF, Friedrich AW, Sinha BNM, Albers CJ, Glasner C    #
# (2022). AMR: An R Package for Working with Antimicrobial Resistance  #
# Data. Journal of Statistical Software, 104(3), 1-31.                 #
# https://doi.org/10.18637/jss.v104.i03                                #
#                                                                      #
# Developed at the University of Groningen and the University Medical  #
# Center Groningen in The Netherlands, in collaboration with many      #
# colleagues from around the world, see our website.                   #
#                                                                      #
# This R package is free software; you can freely use and distribute   #
# it for both personal and commercial purposes under the terms of the  #
# GNU General Public License version 2.0 (GNU GPL-2), as published by  #
# the Free Software Foundation.                                        #
# We created this package for both routine data analysis and academic  #
# research and it was publicly released in the hope that it will be    #
# useful, but it comes WITHOUT ANY WARRANTY OR LIABILITY.              #
#                                                                      #
# Visit our website for the full manual and a complete tutorial about  #
# how to conduct AMR data analysis: https://msberends.github.io/AMR/   #
# ==================================================================== #


# This will create a data set with all Salmonellae; the serogroups and Paratyphi groups

# Source:
# Grimont et al., Antigenic Formulae of the Salmonella serovars, 2007 (9th ed.) Paris
# WHO Collaborating Centre for Reference and Research on Salmonella
# https://www.researchgate.net/publication/283428414

serovars <- c(
  "Aachen",
  "Aarhus",
  "Aba",
  "Abadina",
  "Abaetetuba",
  "Aberdeen",
  "Abidjan",
  "Ablogame",
  "Abobo",
  "Abony",
  "Abortusequi",
  "Abortusovis",
  "Abuja",
  "Accra",
  "Ackwepe",
  "Adabraka",
  "Adamstown",
  "Adamstua",
  "Adana",
  "Adelaide",
  "Adeoyo",
  "Aderike",
  "Adime",
  "Adjame",
  "Aequatoria",
  "Aesch",
  "Aflao",
  "Africana",
  "Afula",
  "Agama",
  "Agbara",
  "Agbeni",
  "Agege",
  "Ago",
  "Agodi",
  "Agona",
  "Agoueve",
  "Ahanou",
  "Ahepe",
  "Ahmadi",
  "Ahoutoue",
  "Ahuza",
  "Ajiobo",
  "Akanji",
  "Akuafo",
  "Alabama",
  "Alachua",
  "Alagbon",
  "Alamo",
  "Albany",
  "Albert",
  "Albertbanjul",
  "Albertslund",
  "Albuquerque",
  "Alexanderplatz",
  "Alexanderpolder",
  "Alfort",
  "Alger",
  "Alkmaar",
  "Allandale",
  "Allerton",
  "Alma",
  "Alminko",
  "Alpenquai",
  "Altendorf",
  "Amager",
  "Amberg",
  "Amersfoort",
  "Amherstiana",
  "Amina",
  "Aminatu",
  "Amounderness",
  "Amoutive",
  "Amsterdam",
  "Amunigun",
  "Anderlecht",
  "Anecho",
  "Anfo",
  "Angers",
  "Angoda",
  "Angouleme",
  "Ank",
  "Anna",
  "Annedal",
  "Antarctica",
  "Antonio",
  "Antsalova",
  "Antwerpen",
  "Apapa",
  "Apeyeme",
  "Aprad",
  "Aqua",
  "Aragua",
  "Arapahoe",
  "Arechavaleta",
  "Argenteuil",
  "Arusha",
  "Aschersleben",
  "Ashanti",
  "Assen",
  "Assinie",
  "Astridplein",
  "Asylanta",
  "Atakpame",
  "Atento",
  "Athens",
  "Athinai",
  "Ati",
  "Augustenborg",
  "Aurelianis",
  "Austin",
  "Australia",
  "Avignon",
  "Avonmouth",
  "Axim",
  "Ayinde",
  "Ayton",
  "Azteca",
  "Babelsberg",
  "Babili",
  "Badagry",
  "Baguida",
  "Baguirmi",
  "Bahati",
  "Bahrenfeld",
  "Baiboukoum",
  "Baildon",
  "Bakau",
  "Balcones",
  "Ball",
  "Bama",
  "Bamboye",
  "Bambylor",
  "Banalia",
  "Banana",
  "Banco",
  "Bandia",
  "Bandim",
  "Bangkok",
  "Bangui",
  "Banjul",
  "Bardo",
  "Bareilly",
  "Bargny",
  "Barmbek",
  "Barranquilla",
  "Barry",
  "Basingstoke",
  "Bassa",
  "Bassadji",
  "Bata",
  "Batonrouge",
  "Battle",
  "Bazenheid",
  "Be",
  "Beaudesert",
  "Bedford",
  "Belem",
  "Belfast",
  "Bellevue",
  "Benfica",
  "Benguella",
  "Benin",
  "Benue",
  "Bere",
  "Bergedorf",
  "Bergen",
  "Bergues",
  "Berkeley",
  "Berlin",
  "Berta",
  "Bessi",
  "Bethune",
  "Biafra",
  "Bida",
  "Bietri",
  "Bignona",
  "Bijlmer",
  "Bilu",
  "Binche",
  "Bingerville",
  "Binningen",
  "Birkenhead",
  "Birmingham",
  "Bispebjerg",
  "Bissau",
  "Blancmesnil",
  "Blegdam",
  "Blijdorp",
  "Blitta",
  "Blockley",
  "Bloomsbury",
  "Blukwa",
  "Bobo",
  "Bochum",
  "Bodjonegoro",
  "Boecker",
  "Bofflens",
  "Bokanjac",
  "Bolama",
  "Bolombo",
  "Bolton",
  "Bonames",
  "Bonariensis",
  "Bonn",
  "Bootle",
  "Borbeck",
  "Bordeaux",
  "Borreze",
  "Borromea",
  "Bouake",
  "Bournemouth",
  "Bousso",
  "Bovismorbificans",
  "Brackenridge",
  "Bracknell",
  "Bradford",
  "Braenderup",
  "Brancaster",
  "Brandenburg",
  "Brazil",
  "Brazos",
  "Brazzaville",
  "Breda",
  "Bredeney",
  "Brefet",
  "Breukelen",
  "Brevik",
  "Brezany",
  "Brijbhumi",
  "Brikama",
  "Brindisi",
  "Brisbane",
  "Bristol",
  "Brive",
  "Broc",
  "Bron",
  "Bronx",
  "Brooklyn",
  "Broughton",
  "Bruck",
  "Bruebach",
  "Brunei",
  "Brunflo",
  "Bsilla",
  "Buckeye",
  "Budapest",
  "Bukavu",
  "Bukuru",
  "Bulgaria",
  "Bullbay",
  "Bulovka",
  "Burgas",
  "Burundi",
  "Bury",
  "Butantan",
  "Butare",
  "Buzu",
  "Caen",
  "Cairina",
  "Cairns",
  "Calabar",
  "California",
  "Camberene",
  "Camberwell",
  "Campinense",
  "Canada",
  "Canary",
  "Cannobio",
  "Cannonhill",
  "Cannstatt",
  "Canton",
  "Caracas",
  "Cardoner",
  "Carmel",
  "Carnac",
  "Carno",
  "Carpentras",
  "Carrau",
  "Carswell",
  "Casablanca",
  "Casamance",
  "Catalunia",
  "Catanzaro",
  "Catumagos",
  "Cayar",
  "Cerro",
  "Ceyco",
  "Chagoua",
  "Chailey",
  "Champaign",
  "Chandans",
  "Charity",
  "Charlottenburg",
  "Chartres",
  "Cheltenham",
  "Chennai",
  "Chester",
  "Chicago",
  "Chichester",
  "Chichiri",
  "Chile",
  "Chincol",
  "Chingola",
  "Chiredzi",
  "Chittagong",
  "Choleraesuis",
  "Chomedey",
  "Christiansborg",
  "Clackamas",
  "Claibornei",
  "Clanvillian",
  "Clerkenwell",
  "Cleveland",
  "Clontarf",
  "Cochin",
  "Cochise",
  "Cocody",
  "Coeln",
  "Coleypark",
  "Colindale",
  "Colobane",
  "Colombo",
  "Colorado",
  "Concord",
  "Connecticut",
  "Coogee",
  "Coquilhatville",
  "Coromandel",
  "Corvallis",
  "Cotham",
  "Cotia",
  "Cotonou",
  "Cremieu",
  "Crewe",
  "Croft",
  "Crossness",
  "Cubana",
  "Cuckmere",
  "Cullingworth",
  "Cumberland",
  "Curacao",
  "Cyprus",
  "Czernyring",
  "Daarle",
  "Dabou",
  "Dadzie",
  "Dahlem",
  "Dahomey",
  "Dahra",
  "Dakar",
  "Dakota",
  "Dallgow",
  "Damman",
  "Dan",
  "Dapango",
  "Daula",
  "Daytona",
  "Deckstein",
  "Delan",
  "Delmenhorst",
  "Dembe",
  "Demerara",
  "Denver",
  "Derby",
  "Derkle",
  "Dessau",
  "Detmold",
  "Deversoir",
  "Dibra",
  "Dietrichsdorf",
  "Dieuppeul",
  "Diguel",
  "Dingiri",
  "Diogoye",
  "Diourbel",
  "Djakarta",
  "Djama",
  "Djelfa",
  "Djermaia",
  "Djibouti",
  "Djinten",
  "Djugu",
  "Doba",
  "Doel",
  "Doncaster",
  "Donna",
  "Doorn",
  "Dortmund",
  "Douala",
  "Dougi",
  "Doulassame",
  "Drac",
  "Dresden",
  "Driffield",
  "Dublin",
  "Duesseldorf",
  "Dugbe",
  "Duisburg",
  "Dumfries",
  "Dunkwa",
  "Durban",
  "Durham",
  "Duval",
  "Ealing",
  "Eastbourne",
  "Eastglam",
  "Eaubonne",
  "Eberswalde",
  "Eboko",
  "Ebrie",
  "Echa",
  "Ede",
  "Edinburg",
  "Edmonton",
  "Egusi",
  "Egusitoo",
  "Eingedi",
  "Eko",
  "Ekotedo",
  "Ekpoui",
  "Elbeuf",
  "Elisabethville",
  "Elokate",
  "Elomrane",
  "Emek",
  "Emmastad",
  "Encino",
  "Enschede",
  "Entebbe",
  "Enteritidis",
  "Enugu",
  "Epalinges",
  "Epicrates",
  "Epinay",
  "Eppendorf",
  "Erfurt",
  "Escanaba",
  "Eschberg",
  "Eschweiler",
  "Essen",
  "Essingen",
  "Etterbeek",
  "Euston",
  "Everleigh",
  "Evry",
  "Ezra",
  "Fairfield",
  "Fajara",
  "Faji",
  "Falkensee",
  "Fallowfield",
  "Fann",
  "Fanti",
  "Farakan",
  "Farcha",
  "Fareham",
  "Farmingdale",
  "Farmsen",
  "Farsta",
  "Fass",
  "Fayed",
  "Fehrbellin",
  "Ferlo",
  "Ferruch",
  "Fillmore",
  "Finaghy",
  "Findorff",
  "Finkenwerder",
  "Fischerhuette",
  "Fischerkietz",
  "Fischerstrasse",
  "Fitzroy",
  "Florian",
  "Florida",
  "Flottbek",
  "Fluntern",
  "Fomeco",
  "Fortlamy",
  "Fortune",
  "Franken",
  "Frankfurt",
  "Frederiksberg",
  "Freefalls",
  "Freetown",
  "Freiburg",
  "Fresno",
  "Friedenau",
  "Friedrichsfelde",
  "Frintrop",
  "Fufu",
  "Fulda",
  "Fulica",
  "Fyris",
  "Gabon",
  "Gafsa",
  "Gaillac",
  "Galiema",
  "Galil",
  "Gallen",
  "Gallinarum",
  "Gamaba",
  "Gambaga",
  "Gambia",
  "Gaminara",
  "Garba",
  "Garoli",
  "Gassi",
  "Gateshead",
  "Gatineau",
  "Gatow",
  "Gatuni",
  "Gbadago",
  "Gdansk",
  "Gege",
  "Georgia",
  "Gera",
  "Geraldton",
  "Gerland",
  "Ghana",
  "Giessen",
  "Give",
  "Giza",
  "Glasgow",
  "Glidji",
  "Glostrup",
  "Gloucester",
  "Gnesta",
  "Godesberg",
  "Goelzau",
  "Goeteborg",
  "Goettingen",
  "Gokul",
  "Goldcoast",
  "Goma",
  "Gombe",
  "Good",
  "Gori",
  "Goulfey",
  "Gouloumbo",
  "Goverdhan",
  "Gozo",
  "Grampian",
  "Grancanaria",
  "Grandhaven",
  "Granlo",
  "Graz",
  "Greiz",
  "Groenekan",
  "Grumpensis",
  "Guarapiranga",
  "Guerin",
  "Gueuletapee",
  "Guildford",
  "Guinea",
  "Gustavia",
  "Gwale",
  "Gwoza",
  "Haardt",
  "Hadar",
  "Hadejia",
  "Haduna",
  "Haelsingborg",
  "Haferbreite",
  "Haga",
  "Haifa",
  "Halle",
  "Hallfold",
  "Handen",
  "Hann",
  "Hannover",
  "Haouaria",
  "Harburg",
  "Harcourt",
  "Harleystreet",
  "Hartford",
  "Harvestehude",
  "Hatfield",
  "Hato",
  "Havana",
  "Hayindogo",
  "Heerlen",
  "Hegau",
  "Heidelberg",
  "Heistopdenberg",
  "Hemingford",
  "Hennekamp",
  "Hermannswerder",
  "Heron",
  "Herston",
  "Herzliya",
  "Hessarek",
  "Hidalgo",
  "Hiduddify",
  "Hillegersberg",
  "Hillingdon",
  "Hillsborough",
  "Hilversum",
  "Hindmarsh",
  "Hisingen",
  "Hissar",
  "Hithergreen",
  "Hoboken",
  "Hofit",
  "Hoghton",
  "Hohentwiel",
  "Holcomb",
  "Homosassa",
  "Honelis",
  "Hongkong",
  "Horsham",
  "Houston",
  "Huddinge",
  "Huettwilen",
  "Hull",
  "Hvittingfoss",
  "Hydra",
  "Ibadan",
  "Ibaragi",
  "Idikan",
  "Ikayi",
  "Ikeja",
  "Ilala",
  "Ilugun",
  "Imo",
  "Inchpark",
  "India",
  "Indiana",
  "Infantis",
  "Inganda",
  "Inglis",
  "Inpraw",
  "Inverness",
  "Ipeko",
  "Ipswich",
  "Irchel",
  "Irenea",
  "Irigny",
  "Irumu",
  "Isangi",
  "Isaszeg",
  "Israel",
  "Istanbul",
  "Istoria",
  "Isuge",
  "Itami",
  "Ituri",
  "Itutaba",
  "Ivory",
  "Ivorycoast",
  "Ivrysurseine",
  "Jaffna",
  "Jalisco",
  "Jamaica",
  "Jambur",
  "Jangwani",
  "Javiana",
  "Jedburgh",
  "Jericho",
  "Jerusalem",
  "Joal",
  "Jodhpur",
  "Johannesburg",
  "Jos",
  "Juba",
  "Jubilee",
  "Jukestown",
  "Kaapstad",
  "Kabete",
  "Kaduna",
  "Kaevlinge",
  "Kahla",
  "Kainji",
  "Kaitaan",
  "Kalamu",
  "Kalina",
  "Kallo",
  "Kalumburu",
  "Kambole",
  "Kamoru",
  "Kampala",
  "Kande",
  "Kandla",
  "Kaneshie",
  "Kanifing",
  "Kano",
  "Kaolack",
  "Kapemba",
  "Karachi",
  "Karamoja",
  "Karaya",
  "Karlshamn",
  "Kasenyi",
  "Kassberg",
  "Kassel",
  "Kastrup",
  "Kedougou",
  "Kentucky",
  "Kenya",
  "Kermel",
  "Kethiabarny",
  "Keurmassar",
  "Keve",
  "Kiambu",
  "Kibi",
  "Kibusi",
  "Kidderminster",
  "Kiel",
  "Kikoma",
  "Kimberley",
  "Kimpese",
  "Kimuenza",
  "Kindia",
  "Kingabwa",
  "Kingston",
  "Kinondoni",
  "Kinson",
  "Kintambo",
  "Kirkee",
  "Kisangani",
  "Kisarawe",
  "Kisii",
  "Kitenge",
  "Kivu",
  "Klouto",
  "Koblenz",
  "Kodjovi",
  "Koenigstuhl",
  "Koessen",
  "Kofandoka",
  "Koketime",
  "Kokoli",
  "Kokomlemle",
  "Kolar",
  "Kolda",
  "Konolfingen",
  "Konongo",
  "Konstanz",
  "Korbol",
  "Korkeasaari",
  "Korlebu",
  "Korovi",
  "Kortrijk",
  "Kottbus",
  "Kotte",
  "Kotu",
  "Kouka",
  "Koumra",
  "Kpeme",
  "Kralingen",
  "Krefeld",
  "Kristianstad",
  "Kua",
  "Kubacha",
  "Kuessel",
  "Kumasi",
  "Kunduchi",
  "Kuntair",
  "Kuru",
  "Labadi",
  "Lagos",
  "Lamberhurst",
  "Lamin",
  "Lamphun",
  "Lancaster",
  "Landala",
  "Landau",
  "Landwasser",
  "Langenhorn",
  "Langensalza",
  "Langeveld",
  "Langford",
  "Lansing",
  "Laredo",
  "Larochelle",
  "Larose",
  "Lattenkamp",
  "Lawndale",
  "Lawra",
  "Leatherhead",
  "Lechler",
  "Leda",
  "Leer",
  "Leeuwarden",
  "Legon",
  "Lehrte",
  "Leiden",
  "Leipzig",
  "Leith",
  "Lekke",
  "Lemmer",
  "Lene",
  "Leoben",
  "Leopoldville",
  "Lerum",
  "Lexington",
  "Lezennes",
  "Libreville",
  "Ligeo",
  "Ligna",
  "Lika",
  "Lille",
  "Limete",
  "Lindenburg",
  "Lindern",
  "Lindi",
  "Linguere",
  "Lingwala",
  "Linton",
  "Lisboa",
  "Lishabi",
  "Litchfield",
  "Liverpool",
  "Livingstone",
  "Livulu",
  "Ljubljana",
  "Llandoff",
  "Llobregat",
  "Loanda",
  "Lockleaze",
  "Lode",
  "Lodz",
  "Loenga",
  "Logone",
  "Lokomo",
  "Lokstedt",
  "Lomalinda",
  "Lome",
  "Lomita",
  "Lomnava",
  "London",
  "Lonestar",
  "Losangeles",
  "Loubomo",
  "Louga",
  "Louisiana",
  "Lovelace",
  "Lowestoft",
  "Lubumbashi",
  "Luciana",
  "Luckenwalde",
  "Luedinghausen",
  "Luke",
  "Lund",
  "Lutetia",
  "Lyon",
  "Maastricht",
  "Macallen",
  "Macclesfield",
  "Machaga",
  "Madelia",
  "Madiago",
  "Madigan",
  "Madison",
  "Madjorio",
  "Madras",
  "Magherafelt",
  "Magumeri",
  "Magwa",
  "Mahina",
  "Maiduguri",
  "Makiling",
  "Makiso",
  "Malakal",
  "Malaysia",
  "Malika",
  "Malmoe",
  "Malstatt",
  "Mampeza",
  "Mampong",
  "Mana",
  "Manchester",
  "Mandera",
  "Mango",
  "Manhattan",
  "Mannheim",
  "Mapo",
  "Mara",
  "Maracaibo",
  "Marburg",
  "Maricopa",
  "Marienthal",
  "Maritzburg",
  "Marmande",
  "Maron",
  "Maroua",
  "Marsabit",
  "Marseille",
  "Marshall",
  "Martonos",
  "Maryland",
  "Marylebone",
  "Masembe",
  "Maska",
  "Massakory",
  "Massenya",
  "Massilia",
  "Matadi",
  "Mathura",
  "Matopeni",
  "Mattenhof",
  "Maumee",
  "Mayday",
  "Mbandaka",
  "Mbao",
  "Meekatharra",
  "Melaka",
  "Melbourne",
  "Meleagridis",
  "Memphis",
  "Menden",
  "Mendoza",
  "Menston",
  "Mesbit",
  "Meskin",
  "Messina",
  "Mgulani",
  "Miami",
  "Michigan",
  "Middlesbrough",
  "Midway",
  "Mikawasima",
  "Millesi",
  "Milwaukee",
  "Mim",
  "Minna",
  "Minnesota",
  "Mishmarhaemek",
  "Mississippi",
  "Missouri",
  "Miyazaki",
  "Mjordan",
  "Mkamba",
  "Moabit",
  "Mocamedes",
  "Moero",
  "Moers",
  "Mokola",
  "Molade",
  "Molesey",
  "Mono",
  "Mons",
  "Monschaui",
  "Montaigu",
  "Montevideo",
  "Montreal",
  "Morbihan",
  "Morehead",
  "Morillons",
  "Morningside",
  "Mornington",
  "Morocco",
  "Morotai",
  "Moroto",
  "Moscow",
  "Moualine",
  "Moundou",
  "Mountmagnet",
  "Mountpleasant",
  "Moussoro",
  "Mowanjum",
  "Mpouto",
  "Muenchen",
  "Muguga",
  "Mulhouse",
  "Mundonobo",
  "Mundubbera",
  "Mura",
  "Mygdal",
  "Myrria",
  "Naestved",
  "Nagoya",
  "Nakuru",
  "Namibia",
  "Namoda",
  "Namur",
  "Nanergou",
  "Nanga",
  "Nantes",
  "Napoli",
  "Narashino",
  "Nashua",
  "Natal",
  "Naware",
  "Nchanga",
  "Ndjamena",
  "Ndolo",
  "Neftenbach",
  "Nessa",
  "Nessziona",
  "Neudorf",
  "Neukoelln",
  "Neumuenster",
  "Neunkirchen",
  "Newholland",
  "Newjersey",
  "Newlands",
  "Newmexico",
  "Newport",
  "Newrochelle",
  "Newyork",
  "Ngaparou",
  "Ngili",
  "Ngor",
  "Niakhar",
  "Niamey",
  "Niarembe",
  "Niederoderwitz",
  "Nieukerk",
  "Nigeria",
  "Nijmegen",
  "Nikolaifleet",
  "Niloese",
  "Nima",
  "Nimes",
  "Nitra",
  "Niumi",
  "Njala",
  "Nola",
  "Nordrhein",
  "Nordufer",
  "Norton",
  "Norwich",
  "Nottingham",
  "Nowawes",
  "Noya",
  "Nuatja",
  "Nyborg",
  "Nyeko",
  "Oakey",
  "Oakland",
  "Obogu",
  "Ochiogu",
  "Ochsenwerder",
  "Ockenheim",
  "Odienne",
  "Odozi",
  "Oerlikon",
  "Oesterbro",
  "Offa",
  "Ogbete",
  "Ohlstedt",
  "Okatie",
  "Okefoko",
  "Okerara",
  "Oldenburg",
  "Olten",
  "Omifisan",
  "Omuna",
  "Ona",
  "Onarimon",
  "Onderstepoort",
  "Onireke",
  "Ontario",
  "Oran",
  "Oranienburg",
  "Orbe",
  "Ord",
  "Ordonez",
  "Orientalis",
  "Orion",
  "Oritamerin",
  "Orlando",
  "Orleans",
  "Os",
  "Oskarshamn",
  "Oslo",
  "Osnabrueck",
  "Othmarschen",
  "Ottawa",
  "Ouagadougou",
  "Ouakam",
  "Oudwijk",
  "Overchurch",
  "Overschie",
  "Overvecht",
  "Oxford",
  "Oyonnax",
  "Pakistan",
  "Palamaner",
  "Palime",
  "Panama",
  "Papuana",
  "Parakou",
  "Paris",
  "Parkroyal",
  "Pasing",
  "Patience",
  "Penarth",
  "Penilla",
  "Pensacola",
  "Perth",
  "Petahtikve",
  "Phaliron",
  "Pharr",
  "Picpus",
  "Pietersburg",
  "Pisa",
  "Planckendael",
  "Ploufragan",
  "Plumaugat",
  "Plymouth",
  "Poano",
  "Podiensis",
  "Poeseldorf",
  "Poitiers",
  "Pomona",
  "Pontypridd",
  "Poona",
  "Portanigra",
  "Portland",
  "Potengi",
  "Potosi",
  "Potsdam",
  "Potto",
  "Powell",
  "Praha",
  "Pramiso",
  "Presov",
  "Preston",
  "Pretoria",
  "Putten",
  "Quebec",
  "Quentin",
  "Quincy",
  "Quinhon",
  "Quiniela",
  "Ramatgan",
  "Ramsey",
  "Ratchaburi",
  "Raus",
  "Rawash",
  "Reading",
  "Rechovot",
  "Redba",
  "Redhill",
  "Redlands",
  "Regent",
  "Reinickendorf",
  "Remete",
  "Remiremont",
  "Remo",
  "Reubeuss",
  "Rhone",
  "Rhydyfelin",
  "Richmond",
  "Rideau",
  "Ridge",
  "Ried",
  "Riggil",
  "Riogrande",
  "Rissen",
  "Rittersbach",
  "Riverside",
  "Roan",
  "Rochdale",
  "Rogy",
  "Romanby",
  "Roodepoort",
  "Rosenberg",
  "Rossleben",
  "Rostock",
  "Rothenburgsort",
  "Rottnest",
  "Rovaniemi",
  "Royan",
  "Ruanda",
  "Rubislaw",
  "Ruiru",
  "Rumford",
  "Runby",
  "Ruzizi",
  "Saarbruecken",
  "Saboya",
  "Sada",
  "Saintemarie",
  "Saintpaul",
  "Salford",
  "Salinas",
  "Sally",
  "Saloniki",
  "Samaru",
  "Sambre",
  "Sandaga",
  "Sandiego",
  "Sandow",
  "Sanga",
  "Sangalkam",
  "Sangera",
  "Sanjuan",
  "Sanktgeorg",
  "Sanktjohann",
  "Sanktmarx",
  "Santander",
  "Santhiaba",
  "Santiago",
  "Sao",
  "Sapele",
  "Saphra",
  "Sara",
  "Sarajane",
  "Saugus",
  "Scarborough",
  "Schalkwijk",
  "Schleissheim",
  "Schoeneberg",
  "Schwabach",
  "Schwarzengrund",
  "Schwerin",
  "Sculcoates",
  "Seattle",
  "Sedgwick",
  "Seegefeld",
  "Sekondi",
  "Selby",
  "Sendai",
  "Senegal",
  "Senftenberg",
  "Senneville",
  "Seremban",
  "Serrekunda",
  "Shahalam",
  "Shamba",
  "Shangani",
  "Shanghai",
  "Shannon",
  "Sharon",
  "Sheffield",
  "Sherbrooke",
  "Shikmonah",
  "Shipley",
  "Shomolu",
  "Shoreditch",
  "Shubra",
  "Sica",
  "Simi",
  "Sinchew",
  "Sindelfingen",
  "Singapore",
  "Sinstorf",
  "Sinthia",
  "Sipane",
  "Skansen",
  "Slade",
  "Sljeme",
  "Sloterdijk",
  "Soahanina",
  "Soerenga",
  "Sokode",
  "Solna",
  "Solt",
  "Somone",
  "Sontheim",
  "Soumbedioune",
  "Southbank",
  "Souza",
  "Spalentor",
  "Spartel",
  "Splott",
  "Stachus",
  "Stanley",
  "Stanleyville",
  "Staoueli",
  "Steinplatz",
  "Steinwerder",
  "Stellingen",
  "Stendal",
  "Sternschanze",
  "Sterrenbos",
  "Stockholm",
  "Stoneferry",
  "Stormont",
  "Stourbridge",
  "Straengnaes",
  "Strasbourg",
  "Stratford",
  "Strathcona",
  "Stuivenberg",
  "Stuttgart",
  "Suberu",
  "Sudan",
  "Suelldorf",
  "Sundsvall",
  "Sunnycove",
  "Surat",
  "Surrey",
  "Svedvi",
  "Sya",
  "Sylvania",
  "Szentes",
  "Tabligbo",
  "Tado",
  "Tafo",
  "Taiping",
  "Takoradi",
  "Taksony",
  "Tallahassee",
  "Tamale",
  "Tambacounda",
  "Tamberma",
  "Tamilnadu",
  "Tampico",
  "Tananarive",
  "Tanger",
  "Tanzania",
  "Tarshyne",
  "Taset",
  "Taunton",
  "Taylor",
  "Tchad",
  "Tchamba",
  "Techimani",
  "Teddington",
  "Tees",
  "Tejas",
  "Teko",
  "Telaviv",
  "Telelkebir",
  "Telhashomer",
  "Teltow",
  "Tema",
  "Tempe",
  "Tendeba",
  "Tennenlohe",
  "Tennessee",
  "Tennyson",
  "Teshie",
  "Texas",
  "Thayngen",
  "Thetford",
  "Thiaroye",
  "Thies",
  "Thompson",
  "Tibati",
  "Tienba",
  "Tiergarten",
  "Tiko",
  "Tilburg",
  "Tilene",
  "Tinda",
  "Tione",
  "Togba",
  "Togo",
  "Tokoin",
  "Tomegbe",
  "Tomelilla",
  "Tonev",
  "Toowong",
  "Torhout",
  "Toricada",
  "Tornow",
  "Toronto",
  "Toucra",
  "Toulon",
  "Tounouma",
  "Tours",
  "Trachau",
  "Transvaal",
  "Travis",
  "Treforest",
  "Treguier",
  "Trier",
  "Trimdon",
  "Tripoli",
  "Trotha",
  "Troy",
  "Truro",
  "Tschangu",
  "Tsevie",
  "Tshiongwe",
  "Tucson",
  "Tudu",
  "Tumodi",
  "Typhi",
  "Typhimurium",
  "Typhisuis",
  "Tyresoe",
  "Uccle",
  "Uganda",
  "Ughelli",
  "Uhlenhorst",
  "Uithof",
  "Ullevi",
  "Umbadah",
  "Umbilo",
  "Umhlali",
  "Umhlatazana",
  "Uno",
  "Uppsala",
  "Urbana",
  "Ursenbach",
  "Usumbura",
  "Utah",
  "Utrecht",
  "Uzaramo",
  "Vaertan",
  "Valdosta",
  "Vancouver",
  "Vanier",
  "Vaugirard",
  "Vegesack",
  "Vejle",
  "Vellore",
  "Veneziana",
  "Verona",
  "Verviers",
  "Victoria",
  "Victoriaborg",
  "Vietnam",
  "Vilvoorde",
  "Vinohrady",
  "Virchow",
  "Virginia",
  "Visby",
  "Vitkin",
  "Vleuten",
  "Vogan",
  "Volkmarsdorf",
  "Volta",
  "Vom",
  "Voulte",
  "Vridi",
  "Vuadens",
  "Wa",
  "Waedenswil",
  "Wagadugu",
  "Wagenia",
  "Wanatah",
  "Wandsworth",
  "Wangata",
  "Waral",
  "Warengo",
  "Warmsen",
  "Warnemuende",
  "Warnow",
  "Warragul",
  "Warri",
  "Washington",
  "Waycross",
  "Wayne",
  "Wedding",
  "Welikade",
  "Weltevreden",
  "Wenatchee",
  "Wentworth",
  "Wernigerode",
  "Weslaco",
  "Westafrica",
  "Westeinde",
  "Westerstede",
  "Westhampton",
  "Westminster",
  "Weston",
  "Westphalia",
  "Weybridge",
  "Wichita",
  "Widemarsh",
  "Wien",
  "Wil",
  "Wilhelmsburg",
  "Willamette",
  "Willemstad",
  "Wilmington",
  "Wimborne",
  "Windermere",
  "Windsheim",
  "Wingrove",
  "Winneba",
  "Winnipeg",
  "Winslow",
  "Winston",
  "Winterthur",
  "Wippra",
  "Wisbech",
  "Wohlen",
  "Woodhull",
  "Woodinville",
  "Worb",
  "Worthington",
  "Woumbou",
  "Wuiti",
  "Wuppertal",
  "Wyldegreen",
  "Yaba",
  "Yalding",
  "Yaounde",
  "Yardley",
  "Yarm",
  "Yarrabah",
  "Yeerongpilly",
  "Yehuda",
  "Yekepa",
  "Yellowknife",
  "Yenne",
  "Yerba",
  "Yoff",
  "Yokoe",
  "Yolo",
  "Yombesali",
  "Yopougon",
  "York",
  "Yoruba",
  "Yovokome",
  "Yundum",
  "Zadar",
  "Zaiman",
  "Zaire",
  "Zanzibar",
  "Zaria",
  "Zega",
  "Zehlendorf",
  "Zerifin",
  "Zigong",
  "Zinder",
  "Zongo",
  "Zuilen",
  "Zwickau"
)

library(dplyr)
salmonellae <- tibble(
  genus = "Salmonella",
  species = "enterica",
  subspecies = serovars,
  fullname = paste("Salmonella", serovars),
  rank = "subspecies",
  source = "manually added",
  status = "accepted",
  lpsn_parent = 784857,
  gbif_parent = 9701185
)

groups <- c(
  "Paratyphi A",
  "Paratyphi B",
  "Paratyphi C",
  "Group A",
  "Group B",
  "Group C",
  "Group D"
)
salmonellae <- salmonellae %>%
  bind_rows(tibble(
    genus = "Salmonella",
    species = groups,
    subspecies = "",
    fullname = paste("Salmonella", groups),
    rank = "species",
    source = "manually added",
    status = "accepted"
  ))

saveRDS(salmonellae, "data-raw/salmonellae.rds", version = 2)

# This was later needed to get the right parents for groups
microorganisms$lpsn_parent[which(microorganisms$genus == "Salmonella" & microorganisms$rank == "species")] <- "516547"
microorganisms$gbif_parent[which(microorganisms$genus == "Salmonella" & microorganisms$rank == "species")] <- "3221815"