mirror of
https://github.com/msberends/AMR.git
synced 2024-12-25 18:46:11 +01:00
typos of Becker algorithm
This commit is contained in:
parent
bd9bcfef78
commit
db5a0d32a5
15
R/bactid.R
15
R/bactid.R
@ -126,23 +126,24 @@ as.bactid <- function(x, Becker = FALSE, Lancefield = FALSE) {
|
||||
# https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4187637/figure/F3/
|
||||
species <- left_join_microorganisms(mo)$species
|
||||
if (species %in% c("arlettae", "auricularis", "capitis",
|
||||
"caprae", "carnosus", "cohnii", "condimene",
|
||||
"caprae", "carnosus", "cohnii", "condimenti",
|
||||
"devriesei", "epidermidis", "equorum",
|
||||
"fleurettii", "gallinarum", "haemolyticus",
|
||||
"hominis", "jettensis", "kloosii", "lentus",
|
||||
"lugdunensis", "massiliensis", "microti",
|
||||
"muscae", "nepalensis", "pasteuri", "perrasii",
|
||||
"pettenkoleri", "piscifermentans", "rostri",
|
||||
"saccharott", "saprophyticus", "sciuri",
|
||||
"siepanovicii", "simulans", "succinus",
|
||||
"muscae", "nepalensis", "pasteuri", "petrasii",
|
||||
"pettenkoferi", "piscifermentans", "rostri",
|
||||
"saccharolyticus", "saprophyticus", "sciuri",
|
||||
"stepanovicii", "simulans", "succinus",
|
||||
"vitulinus", "warneri", "xylosus")) {
|
||||
x[i] <- "STACNS"
|
||||
next
|
||||
} else if ((Becker == "all" & species == "aureus")
|
||||
| species %in% c("simiae", "agnetis", "chromogenes",
|
||||
"delphirul", "felis", "futrae",
|
||||
"delphini", "felis", "lutrae",
|
||||
"hyicus", "intermedius",
|
||||
"pseudointermedius", "schleiferi")) {
|
||||
"pseudintermedius", "pseudointermedius",
|
||||
"schleiferi")) {
|
||||
x[i] <- "STACPS"
|
||||
next
|
||||
}
|
||||
|
Loading…
Reference in New Issue
Block a user