Easy check for data availability of all columns in a data set. This makes it easy to get an idea of which antimicrobial combinations can be used for calculation with e.g. susceptibility() and resistance().
Arguments
- tbl
a data.frame or list
- width
number of characters to present the visual availability, defaults to filling the width of the console
Value
data.frame with column names of tbl as row names
Details
The function returns a data.frame with columns "resistant" and "visual_resistance". The values in that columns are calculated with resistance().
Examples
availability(example_isolates)
#> count available visual_availabilty resistant visual_resistance
#> date 2000 100.0% |################|
#> hospital_id 2000 100.0% |################|
#> ward_icu 2000 100.0% |################|
#> ward_clinical 2000 100.0% |################|
#> ward_outpatient 2000 100.0% |################|
#> age 2000 100.0% |################|
#> gender 2000 100.0% |################|
#> patient_id 2000 100.0% |################|
#> mo 2000 100.0% |################|
#> PEN 1629 81.5% |############----| 73.7% |###########-----|
#> OXA 365 18.3% |##--------------| 31.2% |#####-----------|
#> FLC 943 47.2% |#######---------| 29.5% |####------------|
#> AMX 1350 67.5% |##########------| 59.6% |#########-------|
#> AMC 1879 94.0% |###############-| 23.7% |###-------------|
#> AMP 1350 67.5% |##########------| 59.6% |#########-------|
#> TZP 1001 50.0% |########--------| 12.6% |##--------------|
#> CZO 446 22.3% |###-------------| 44.6% |#######---------|
#> FEP 724 36.2% |#####-----------| 14.2% |##--------------|
#> CXM 1789 89.5% |##############--| 26.3% |####------------|
#> FOX 818 40.9% |######----------| 27.4% |####------------|
#> CTX 943 47.2% |#######---------| 15.5% |##--------------|
#> CAZ 1811 90.6% |##############--| 66.5% |##########------|
#> CRO 943 47.2% |#######---------| 15.5% |##--------------|
#> GEN 1855 92.8% |##############--| 24.6% |###-------------|
#> TOB 1351 67.6% |##########------| 34.4% |#####-----------|
#> AMK 692 34.6% |#####-----------| 63.7% |##########------|
#> KAN 471 23.6% |###-------------| 100.0% |################|
#> TMP 1499 75.0% |############----| 38.1% |######----------|
#> SXT 1759 88.0% |##############--| 20.5% |###-------------|
#> NIT 743 37.2% |#####-----------| 17.1% |##--------------|
#> FOS 351 17.6% |##--------------| 42.2% |######----------|
#> LNZ 1023 51.2% |########--------| 69.3% |###########-----|
#> CIP 1409 70.5% |###########-----| 16.2% |##--------------|
#> MFX 211 10.6% |#---------------| 33.6% |#####-----------|
#> VAN 1861 93.1% |##############--| 38.3% |######----------|
#> TEC 976 48.8% |#######---------| 75.7% |############----|
#> TCY 1200 60.0% |#########-------| 29.8% |####------------|
#> TGC 798 39.9% |######----------| 12.7% |##--------------|
#> DOX 1136 56.8% |#########-------| 27.7% |####------------|
#> ERY 1894 94.7% |###############-| 57.2% |#########-------|
#> CLI 1520 76.0% |############----| 61.2% |#########-------|
#> AZM 1894 94.7% |###############-| 57.2% |#########-------|
#> IPM 889 44.5% |#######---------| 6.2% |----------------|
#> MEM 829 41.5% |######----------| 5.9% |----------------|
#> MTR 34 1.7% |----------------| 14.7% |##--------------|
#> CHL 154 7.7% |#---------------| 21.4% |###-------------|
#> COL 1640 82.0% |#############---| 81.2% |############----|
#> MUP 270 13.5% |##--------------| 5.9% |----------------|
#> RIF 1003 50.2% |########--------| 69.6% |###########-----|
# \donttest{
if (require("dplyr")) {
example_isolates %>%
filter(mo == as.mo("E. coli")) %>%
select_if(is.rsi) %>%
availability()
}
#> ℹ Function `as.mo()` is uncertain about "E. coli" (assuming Escherichia
#> coli). Run `mo_uncertainties()` to review this.
#> count available visual_availabilty resistant visual_resistance
#> PEN 467 100.0% |######################| 100.0% |######################|
#> OXA 0 0.0% |----------------------|
#> FLC 0 0.0% |----------------------|
#> AMX 392 83.9% |##################----| 50.0% |###########-----------|
#> AMC 467 100.0% |######################| 13.1% |##--------------------|
#> AMP 392 83.9% |##################----| 50.0% |###########-----------|
#> TZP 416 89.1% |###################---| 5.5% |#---------------------|
#> CZO 82 17.6% |###-------------------| 2.4% |----------------------|
#> FEP 317 67.9% |##############--------| 2.8% |----------------------|
#> CXM 465 99.6% |######################| 5.4% |#---------------------|
#> FOX 377 80.7% |#################-----| 6.9% |#---------------------|
#> CTX 459 98.3% |#####################-| 2.4% |----------------------|
#> CAZ 460 98.5% |#####################-| 2.4% |----------------------|
#> CRO 459 98.3% |#####################-| 2.4% |----------------------|
#> GEN 460 98.5% |#####################-| 2.0% |----------------------|
#> TOB 462 98.9% |#####################-| 2.6% |----------------------|
#> AMK 171 36.6% |########--------------| 0.0% |----------------------|
#> KAN 0 0.0% |----------------------|
#> TMP 396 84.8% |##################----| 39.1% |########--------------|
#> SXT 465 99.6% |######################| 31.6% |######----------------|
#> NIT 458 98.1% |#####################-| 2.8% |----------------------|
#> FOS 61 13.1% |##--------------------| 0.0% |----------------------|
#> LNZ 467 100.0% |######################| 100.0% |######################|
#> CIP 456 97.6% |#####################-| 12.5% |##--------------------|
#> MFX 57 12.2% |##--------------------| 100.0% |######################|
#> VAN 467 100.0% |######################| 100.0% |######################|
#> TEC 467 100.0% |######################| 100.0% |######################|
#> TCY 3 0.6% |----------------------| 66.7% |##############--------|
#> TGC 68 14.6% |###-------------------| 0.0% |----------------------|
#> DOX 0 0.0% |----------------------|
#> ERY 467 100.0% |######################| 100.0% |######################|
#> CLI 467 100.0% |######################| 100.0% |######################|
#> AZM 467 100.0% |######################| 100.0% |######################|
#> IPM 422 90.4% |###################---| 0.0% |----------------------|
#> MEM 418 89.5% |###################---| 0.0% |----------------------|
#> MTR 2 0.4% |----------------------| 0.0% |----------------------|
#> CHL 0 0.0% |----------------------|
#> COL 240 51.4% |###########-----------| 0.0% |----------------------|
#> MUP 0 0.0% |----------------------|
#> RIF 467 100.0% |######################| 100.0% |######################|
# }