mirror of https://github.com/msberends/AMR.git
1596 lines
23 KiB
R
1596 lines
23 KiB
R
# ==================================================================== #
|
|
# TITLE: #
|
|
# AMR: An R Package for Working with Antimicrobial Resistance Data #
|
|
# #
|
|
# SOURCE CODE: #
|
|
# https://github.com/msberends/AMR #
|
|
# #
|
|
# PLEASE CITE THIS SOFTWARE AS: #
|
|
# Berends MS, Luz CF, Friedrich AW, Sinha BNM, Albers CJ, Glasner C #
|
|
# (2022). AMR: An R Package for Working with Antimicrobial Resistance #
|
|
# Data. Journal of Statistical Software, 104(3), 1-31. #
|
|
# https://doi.org/10.18637/jss.v104.i03 #
|
|
# #
|
|
# Developed at the University of Groningen and the University Medical #
|
|
# Center Groningen in The Netherlands, in collaboration with many #
|
|
# colleagues from around the world, see our website. #
|
|
# #
|
|
# This R package is free software; you can freely use and distribute #
|
|
# it for both personal and commercial purposes under the terms of the #
|
|
# GNU General Public License version 2.0 (GNU GPL-2), as published by #
|
|
# the Free Software Foundation. #
|
|
# We created this package for both routine data analysis and academic #
|
|
# research and it was publicly released in the hope that it will be #
|
|
# useful, but it comes WITHOUT ANY WARRANTY OR LIABILITY. #
|
|
# #
|
|
# Visit our website for the full manual and a complete tutorial about #
|
|
# how to conduct AMR data analysis: https://msberends.github.io/AMR/ #
|
|
# ==================================================================== #
|
|
|
|
|
|
# This will create a data set with all Salmonellae; the serogroups and Paratyphi groups
|
|
|
|
# Source:
|
|
# Grimont et al., Antigenic Formulae of the Salmonella serovars, 2007 (9th ed.) Paris
|
|
# WHO Collaborating Centre for Reference and Research on Salmonella
|
|
# https://www.researchgate.net/publication/283428414
|
|
|
|
serovars <- c(
|
|
"Aachen",
|
|
"Aarhus",
|
|
"Aba",
|
|
"Abadina",
|
|
"Abaetetuba",
|
|
"Aberdeen",
|
|
"Abidjan",
|
|
"Ablogame",
|
|
"Abobo",
|
|
"Abony",
|
|
"Abortusequi",
|
|
"Abortusovis",
|
|
"Abuja",
|
|
"Accra",
|
|
"Ackwepe",
|
|
"Adabraka",
|
|
"Adamstown",
|
|
"Adamstua",
|
|
"Adana",
|
|
"Adelaide",
|
|
"Adeoyo",
|
|
"Aderike",
|
|
"Adime",
|
|
"Adjame",
|
|
"Aequatoria",
|
|
"Aesch",
|
|
"Aflao",
|
|
"Africana",
|
|
"Afula",
|
|
"Agama",
|
|
"Agbara",
|
|
"Agbeni",
|
|
"Agege",
|
|
"Ago",
|
|
"Agodi",
|
|
"Agona",
|
|
"Agoueve",
|
|
"Ahanou",
|
|
"Ahepe",
|
|
"Ahmadi",
|
|
"Ahoutoue",
|
|
"Ahuza",
|
|
"Ajiobo",
|
|
"Akanji",
|
|
"Akuafo",
|
|
"Alabama",
|
|
"Alachua",
|
|
"Alagbon",
|
|
"Alamo",
|
|
"Albany",
|
|
"Albert",
|
|
"Albertbanjul",
|
|
"Albertslund",
|
|
"Albuquerque",
|
|
"Alexanderplatz",
|
|
"Alexanderpolder",
|
|
"Alfort",
|
|
"Alger",
|
|
"Alkmaar",
|
|
"Allandale",
|
|
"Allerton",
|
|
"Alma",
|
|
"Alminko",
|
|
"Alpenquai",
|
|
"Altendorf",
|
|
"Amager",
|
|
"Amberg",
|
|
"Amersfoort",
|
|
"Amherstiana",
|
|
"Amina",
|
|
"Aminatu",
|
|
"Amounderness",
|
|
"Amoutive",
|
|
"Amsterdam",
|
|
"Amunigun",
|
|
"Anderlecht",
|
|
"Anecho",
|
|
"Anfo",
|
|
"Angers",
|
|
"Angoda",
|
|
"Angouleme",
|
|
"Ank",
|
|
"Anna",
|
|
"Annedal",
|
|
"Antarctica",
|
|
"Antonio",
|
|
"Antsalova",
|
|
"Antwerpen",
|
|
"Apapa",
|
|
"Apeyeme",
|
|
"Aprad",
|
|
"Aqua",
|
|
"Aragua",
|
|
"Arapahoe",
|
|
"Arechavaleta",
|
|
"Argenteuil",
|
|
"Arusha",
|
|
"Aschersleben",
|
|
"Ashanti",
|
|
"Assen",
|
|
"Assinie",
|
|
"Astridplein",
|
|
"Asylanta",
|
|
"Atakpame",
|
|
"Atento",
|
|
"Athens",
|
|
"Athinai",
|
|
"Ati",
|
|
"Augustenborg",
|
|
"Aurelianis",
|
|
"Austin",
|
|
"Australia",
|
|
"Avignon",
|
|
"Avonmouth",
|
|
"Axim",
|
|
"Ayinde",
|
|
"Ayton",
|
|
"Azteca",
|
|
"Babelsberg",
|
|
"Babili",
|
|
"Badagry",
|
|
"Baguida",
|
|
"Baguirmi",
|
|
"Bahati",
|
|
"Bahrenfeld",
|
|
"Baiboukoum",
|
|
"Baildon",
|
|
"Bakau",
|
|
"Balcones",
|
|
"Ball",
|
|
"Bama",
|
|
"Bamboye",
|
|
"Bambylor",
|
|
"Banalia",
|
|
"Banana",
|
|
"Banco",
|
|
"Bandia",
|
|
"Bandim",
|
|
"Bangkok",
|
|
"Bangui",
|
|
"Banjul",
|
|
"Bardo",
|
|
"Bareilly",
|
|
"Bargny",
|
|
"Barmbek",
|
|
"Barranquilla",
|
|
"Barry",
|
|
"Basingstoke",
|
|
"Bassa",
|
|
"Bassadji",
|
|
"Bata",
|
|
"Batonrouge",
|
|
"Battle",
|
|
"Bazenheid",
|
|
"Be",
|
|
"Beaudesert",
|
|
"Bedford",
|
|
"Belem",
|
|
"Belfast",
|
|
"Bellevue",
|
|
"Benfica",
|
|
"Benguella",
|
|
"Benin",
|
|
"Benue",
|
|
"Bere",
|
|
"Bergedorf",
|
|
"Bergen",
|
|
"Bergues",
|
|
"Berkeley",
|
|
"Berlin",
|
|
"Berta",
|
|
"Bessi",
|
|
"Bethune",
|
|
"Biafra",
|
|
"Bida",
|
|
"Bietri",
|
|
"Bignona",
|
|
"Bijlmer",
|
|
"Bilu",
|
|
"Binche",
|
|
"Bingerville",
|
|
"Binningen",
|
|
"Birkenhead",
|
|
"Birmingham",
|
|
"Bispebjerg",
|
|
"Bissau",
|
|
"Blancmesnil",
|
|
"Blegdam",
|
|
"Blijdorp",
|
|
"Blitta",
|
|
"Blockley",
|
|
"Bloomsbury",
|
|
"Blukwa",
|
|
"Bobo",
|
|
"Bochum",
|
|
"Bodjonegoro",
|
|
"Boecker",
|
|
"Bofflens",
|
|
"Bokanjac",
|
|
"Bolama",
|
|
"Bolombo",
|
|
"Bolton",
|
|
"Bonames",
|
|
"Bonariensis",
|
|
"Bonn",
|
|
"Bootle",
|
|
"Borbeck",
|
|
"Bordeaux",
|
|
"Borreze",
|
|
"Borromea",
|
|
"Bouake",
|
|
"Bournemouth",
|
|
"Bousso",
|
|
"Bovismorbificans",
|
|
"Brackenridge",
|
|
"Bracknell",
|
|
"Bradford",
|
|
"Braenderup",
|
|
"Brancaster",
|
|
"Brandenburg",
|
|
"Brazil",
|
|
"Brazos",
|
|
"Brazzaville",
|
|
"Breda",
|
|
"Bredeney",
|
|
"Brefet",
|
|
"Breukelen",
|
|
"Brevik",
|
|
"Brezany",
|
|
"Brijbhumi",
|
|
"Brikama",
|
|
"Brindisi",
|
|
"Brisbane",
|
|
"Bristol",
|
|
"Brive",
|
|
"Broc",
|
|
"Bron",
|
|
"Bronx",
|
|
"Brooklyn",
|
|
"Broughton",
|
|
"Bruck",
|
|
"Bruebach",
|
|
"Brunei",
|
|
"Brunflo",
|
|
"Bsilla",
|
|
"Buckeye",
|
|
"Budapest",
|
|
"Bukavu",
|
|
"Bukuru",
|
|
"Bulgaria",
|
|
"Bullbay",
|
|
"Bulovka",
|
|
"Burgas",
|
|
"Burundi",
|
|
"Bury",
|
|
"Butantan",
|
|
"Butare",
|
|
"Buzu",
|
|
"Caen",
|
|
"Cairina",
|
|
"Cairns",
|
|
"Calabar",
|
|
"California",
|
|
"Camberene",
|
|
"Camberwell",
|
|
"Campinense",
|
|
"Canada",
|
|
"Canary",
|
|
"Cannobio",
|
|
"Cannonhill",
|
|
"Cannstatt",
|
|
"Canton",
|
|
"Caracas",
|
|
"Cardoner",
|
|
"Carmel",
|
|
"Carnac",
|
|
"Carno",
|
|
"Carpentras",
|
|
"Carrau",
|
|
"Carswell",
|
|
"Casablanca",
|
|
"Casamance",
|
|
"Catalunia",
|
|
"Catanzaro",
|
|
"Catumagos",
|
|
"Cayar",
|
|
"Cerro",
|
|
"Ceyco",
|
|
"Chagoua",
|
|
"Chailey",
|
|
"Champaign",
|
|
"Chandans",
|
|
"Charity",
|
|
"Charlottenburg",
|
|
"Chartres",
|
|
"Cheltenham",
|
|
"Chennai",
|
|
"Chester",
|
|
"Chicago",
|
|
"Chichester",
|
|
"Chichiri",
|
|
"Chile",
|
|
"Chincol",
|
|
"Chingola",
|
|
"Chiredzi",
|
|
"Chittagong",
|
|
"Choleraesuis",
|
|
"Chomedey",
|
|
"Christiansborg",
|
|
"Clackamas",
|
|
"Claibornei",
|
|
"Clanvillian",
|
|
"Clerkenwell",
|
|
"Cleveland",
|
|
"Clontarf",
|
|
"Cochin",
|
|
"Cochise",
|
|
"Cocody",
|
|
"Coeln",
|
|
"Coleypark",
|
|
"Colindale",
|
|
"Colobane",
|
|
"Colombo",
|
|
"Colorado",
|
|
"Concord",
|
|
"Connecticut",
|
|
"Coogee",
|
|
"Coquilhatville",
|
|
"Coromandel",
|
|
"Corvallis",
|
|
"Cotham",
|
|
"Cotia",
|
|
"Cotonou",
|
|
"Cremieu",
|
|
"Crewe",
|
|
"Croft",
|
|
"Crossness",
|
|
"Cubana",
|
|
"Cuckmere",
|
|
"Cullingworth",
|
|
"Cumberland",
|
|
"Curacao",
|
|
"Cyprus",
|
|
"Czernyring",
|
|
"Daarle",
|
|
"Dabou",
|
|
"Dadzie",
|
|
"Dahlem",
|
|
"Dahomey",
|
|
"Dahra",
|
|
"Dakar",
|
|
"Dakota",
|
|
"Dallgow",
|
|
"Damman",
|
|
"Dan",
|
|
"Dapango",
|
|
"Daula",
|
|
"Daytona",
|
|
"Deckstein",
|
|
"Delan",
|
|
"Delmenhorst",
|
|
"Dembe",
|
|
"Demerara",
|
|
"Denver",
|
|
"Derby",
|
|
"Derkle",
|
|
"Dessau",
|
|
"Detmold",
|
|
"Deversoir",
|
|
"Dibra",
|
|
"Dietrichsdorf",
|
|
"Dieuppeul",
|
|
"Diguel",
|
|
"Dingiri",
|
|
"Diogoye",
|
|
"Diourbel",
|
|
"Djakarta",
|
|
"Djama",
|
|
"Djelfa",
|
|
"Djermaia",
|
|
"Djibouti",
|
|
"Djinten",
|
|
"Djugu",
|
|
"Doba",
|
|
"Doel",
|
|
"Doncaster",
|
|
"Donna",
|
|
"Doorn",
|
|
"Dortmund",
|
|
"Douala",
|
|
"Dougi",
|
|
"Doulassame",
|
|
"Drac",
|
|
"Dresden",
|
|
"Driffield",
|
|
"Dublin",
|
|
"Duesseldorf",
|
|
"Dugbe",
|
|
"Duisburg",
|
|
"Dumfries",
|
|
"Dunkwa",
|
|
"Durban",
|
|
"Durham",
|
|
"Duval",
|
|
"Ealing",
|
|
"Eastbourne",
|
|
"Eastglam",
|
|
"Eaubonne",
|
|
"Eberswalde",
|
|
"Eboko",
|
|
"Ebrie",
|
|
"Echa",
|
|
"Ede",
|
|
"Edinburg",
|
|
"Edmonton",
|
|
"Egusi",
|
|
"Egusitoo",
|
|
"Eingedi",
|
|
"Eko",
|
|
"Ekotedo",
|
|
"Ekpoui",
|
|
"Elbeuf",
|
|
"Elisabethville",
|
|
"Elokate",
|
|
"Elomrane",
|
|
"Emek",
|
|
"Emmastad",
|
|
"Encino",
|
|
"Enschede",
|
|
"Entebbe",
|
|
"Enteritidis",
|
|
"Enugu",
|
|
"Epalinges",
|
|
"Epicrates",
|
|
"Epinay",
|
|
"Eppendorf",
|
|
"Erfurt",
|
|
"Escanaba",
|
|
"Eschberg",
|
|
"Eschweiler",
|
|
"Essen",
|
|
"Essingen",
|
|
"Etterbeek",
|
|
"Euston",
|
|
"Everleigh",
|
|
"Evry",
|
|
"Ezra",
|
|
"Fairfield",
|
|
"Fajara",
|
|
"Faji",
|
|
"Falkensee",
|
|
"Fallowfield",
|
|
"Fann",
|
|
"Fanti",
|
|
"Farakan",
|
|
"Farcha",
|
|
"Fareham",
|
|
"Farmingdale",
|
|
"Farmsen",
|
|
"Farsta",
|
|
"Fass",
|
|
"Fayed",
|
|
"Fehrbellin",
|
|
"Ferlo",
|
|
"Ferruch",
|
|
"Fillmore",
|
|
"Finaghy",
|
|
"Findorff",
|
|
"Finkenwerder",
|
|
"Fischerhuette",
|
|
"Fischerkietz",
|
|
"Fischerstrasse",
|
|
"Fitzroy",
|
|
"Florian",
|
|
"Florida",
|
|
"Flottbek",
|
|
"Fluntern",
|
|
"Fomeco",
|
|
"Fortlamy",
|
|
"Fortune",
|
|
"Franken",
|
|
"Frankfurt",
|
|
"Frederiksberg",
|
|
"Freefalls",
|
|
"Freetown",
|
|
"Freiburg",
|
|
"Fresno",
|
|
"Friedenau",
|
|
"Friedrichsfelde",
|
|
"Frintrop",
|
|
"Fufu",
|
|
"Fulda",
|
|
"Fulica",
|
|
"Fyris",
|
|
"Gabon",
|
|
"Gafsa",
|
|
"Gaillac",
|
|
"Galiema",
|
|
"Galil",
|
|
"Gallen",
|
|
"Gallinarum",
|
|
"Gamaba",
|
|
"Gambaga",
|
|
"Gambia",
|
|
"Gaminara",
|
|
"Garba",
|
|
"Garoli",
|
|
"Gassi",
|
|
"Gateshead",
|
|
"Gatineau",
|
|
"Gatow",
|
|
"Gatuni",
|
|
"Gbadago",
|
|
"Gdansk",
|
|
"Gege",
|
|
"Georgia",
|
|
"Gera",
|
|
"Geraldton",
|
|
"Gerland",
|
|
"Ghana",
|
|
"Giessen",
|
|
"Give",
|
|
"Giza",
|
|
"Glasgow",
|
|
"Glidji",
|
|
"Glostrup",
|
|
"Gloucester",
|
|
"Gnesta",
|
|
"Godesberg",
|
|
"Goelzau",
|
|
"Goeteborg",
|
|
"Goettingen",
|
|
"Gokul",
|
|
"Goldcoast",
|
|
"Goma",
|
|
"Gombe",
|
|
"Good",
|
|
"Gori",
|
|
"Goulfey",
|
|
"Gouloumbo",
|
|
"Goverdhan",
|
|
"Gozo",
|
|
"Grampian",
|
|
"Grancanaria",
|
|
"Grandhaven",
|
|
"Granlo",
|
|
"Graz",
|
|
"Greiz",
|
|
"Groenekan",
|
|
"Grumpensis",
|
|
"Guarapiranga",
|
|
"Guerin",
|
|
"Gueuletapee",
|
|
"Guildford",
|
|
"Guinea",
|
|
"Gustavia",
|
|
"Gwale",
|
|
"Gwoza",
|
|
"Haardt",
|
|
"Hadar",
|
|
"Hadejia",
|
|
"Haduna",
|
|
"Haelsingborg",
|
|
"Haferbreite",
|
|
"Haga",
|
|
"Haifa",
|
|
"Halle",
|
|
"Hallfold",
|
|
"Handen",
|
|
"Hann",
|
|
"Hannover",
|
|
"Haouaria",
|
|
"Harburg",
|
|
"Harcourt",
|
|
"Harleystreet",
|
|
"Hartford",
|
|
"Harvestehude",
|
|
"Hatfield",
|
|
"Hato",
|
|
"Havana",
|
|
"Hayindogo",
|
|
"Heerlen",
|
|
"Hegau",
|
|
"Heidelberg",
|
|
"Heistopdenberg",
|
|
"Hemingford",
|
|
"Hennekamp",
|
|
"Hermannswerder",
|
|
"Heron",
|
|
"Herston",
|
|
"Herzliya",
|
|
"Hessarek",
|
|
"Hidalgo",
|
|
"Hiduddify",
|
|
"Hillegersberg",
|
|
"Hillingdon",
|
|
"Hillsborough",
|
|
"Hilversum",
|
|
"Hindmarsh",
|
|
"Hisingen",
|
|
"Hissar",
|
|
"Hithergreen",
|
|
"Hoboken",
|
|
"Hofit",
|
|
"Hoghton",
|
|
"Hohentwiel",
|
|
"Holcomb",
|
|
"Homosassa",
|
|
"Honelis",
|
|
"Hongkong",
|
|
"Horsham",
|
|
"Houston",
|
|
"Huddinge",
|
|
"Huettwilen",
|
|
"Hull",
|
|
"Hvittingfoss",
|
|
"Hydra",
|
|
"Ibadan",
|
|
"Ibaragi",
|
|
"Idikan",
|
|
"Ikayi",
|
|
"Ikeja",
|
|
"Ilala",
|
|
"Ilugun",
|
|
"Imo",
|
|
"Inchpark",
|
|
"India",
|
|
"Indiana",
|
|
"Infantis",
|
|
"Inganda",
|
|
"Inglis",
|
|
"Inpraw",
|
|
"Inverness",
|
|
"Ipeko",
|
|
"Ipswich",
|
|
"Irchel",
|
|
"Irenea",
|
|
"Irigny",
|
|
"Irumu",
|
|
"Isangi",
|
|
"Isaszeg",
|
|
"Israel",
|
|
"Istanbul",
|
|
"Istoria",
|
|
"Isuge",
|
|
"Itami",
|
|
"Ituri",
|
|
"Itutaba",
|
|
"Ivory",
|
|
"Ivorycoast",
|
|
"Ivrysurseine",
|
|
"Jaffna",
|
|
"Jalisco",
|
|
"Jamaica",
|
|
"Jambur",
|
|
"Jangwani",
|
|
"Javiana",
|
|
"Jedburgh",
|
|
"Jericho",
|
|
"Jerusalem",
|
|
"Joal",
|
|
"Jodhpur",
|
|
"Johannesburg",
|
|
"Jos",
|
|
"Juba",
|
|
"Jubilee",
|
|
"Jukestown",
|
|
"Kaapstad",
|
|
"Kabete",
|
|
"Kaduna",
|
|
"Kaevlinge",
|
|
"Kahla",
|
|
"Kainji",
|
|
"Kaitaan",
|
|
"Kalamu",
|
|
"Kalina",
|
|
"Kallo",
|
|
"Kalumburu",
|
|
"Kambole",
|
|
"Kamoru",
|
|
"Kampala",
|
|
"Kande",
|
|
"Kandla",
|
|
"Kaneshie",
|
|
"Kanifing",
|
|
"Kano",
|
|
"Kaolack",
|
|
"Kapemba",
|
|
"Karachi",
|
|
"Karamoja",
|
|
"Karaya",
|
|
"Karlshamn",
|
|
"Kasenyi",
|
|
"Kassberg",
|
|
"Kassel",
|
|
"Kastrup",
|
|
"Kedougou",
|
|
"Kentucky",
|
|
"Kenya",
|
|
"Kermel",
|
|
"Kethiabarny",
|
|
"Keurmassar",
|
|
"Keve",
|
|
"Kiambu",
|
|
"Kibi",
|
|
"Kibusi",
|
|
"Kidderminster",
|
|
"Kiel",
|
|
"Kikoma",
|
|
"Kimberley",
|
|
"Kimpese",
|
|
"Kimuenza",
|
|
"Kindia",
|
|
"Kingabwa",
|
|
"Kingston",
|
|
"Kinondoni",
|
|
"Kinson",
|
|
"Kintambo",
|
|
"Kirkee",
|
|
"Kisangani",
|
|
"Kisarawe",
|
|
"Kisii",
|
|
"Kitenge",
|
|
"Kivu",
|
|
"Klouto",
|
|
"Koblenz",
|
|
"Kodjovi",
|
|
"Koenigstuhl",
|
|
"Koessen",
|
|
"Kofandoka",
|
|
"Koketime",
|
|
"Kokoli",
|
|
"Kokomlemle",
|
|
"Kolar",
|
|
"Kolda",
|
|
"Konolfingen",
|
|
"Konongo",
|
|
"Konstanz",
|
|
"Korbol",
|
|
"Korkeasaari",
|
|
"Korlebu",
|
|
"Korovi",
|
|
"Kortrijk",
|
|
"Kottbus",
|
|
"Kotte",
|
|
"Kotu",
|
|
"Kouka",
|
|
"Koumra",
|
|
"Kpeme",
|
|
"Kralingen",
|
|
"Krefeld",
|
|
"Kristianstad",
|
|
"Kua",
|
|
"Kubacha",
|
|
"Kuessel",
|
|
"Kumasi",
|
|
"Kunduchi",
|
|
"Kuntair",
|
|
"Kuru",
|
|
"Labadi",
|
|
"Lagos",
|
|
"Lamberhurst",
|
|
"Lamin",
|
|
"Lamphun",
|
|
"Lancaster",
|
|
"Landala",
|
|
"Landau",
|
|
"Landwasser",
|
|
"Langenhorn",
|
|
"Langensalza",
|
|
"Langeveld",
|
|
"Langford",
|
|
"Lansing",
|
|
"Laredo",
|
|
"Larochelle",
|
|
"Larose",
|
|
"Lattenkamp",
|
|
"Lawndale",
|
|
"Lawra",
|
|
"Leatherhead",
|
|
"Lechler",
|
|
"Leda",
|
|
"Leer",
|
|
"Leeuwarden",
|
|
"Legon",
|
|
"Lehrte",
|
|
"Leiden",
|
|
"Leipzig",
|
|
"Leith",
|
|
"Lekke",
|
|
"Lemmer",
|
|
"Lene",
|
|
"Leoben",
|
|
"Leopoldville",
|
|
"Lerum",
|
|
"Lexington",
|
|
"Lezennes",
|
|
"Libreville",
|
|
"Ligeo",
|
|
"Ligna",
|
|
"Lika",
|
|
"Lille",
|
|
"Limete",
|
|
"Lindenburg",
|
|
"Lindern",
|
|
"Lindi",
|
|
"Linguere",
|
|
"Lingwala",
|
|
"Linton",
|
|
"Lisboa",
|
|
"Lishabi",
|
|
"Litchfield",
|
|
"Liverpool",
|
|
"Livingstone",
|
|
"Livulu",
|
|
"Ljubljana",
|
|
"Llandoff",
|
|
"Llobregat",
|
|
"Loanda",
|
|
"Lockleaze",
|
|
"Lode",
|
|
"Lodz",
|
|
"Loenga",
|
|
"Logone",
|
|
"Lokomo",
|
|
"Lokstedt",
|
|
"Lomalinda",
|
|
"Lome",
|
|
"Lomita",
|
|
"Lomnava",
|
|
"London",
|
|
"Lonestar",
|
|
"Losangeles",
|
|
"Loubomo",
|
|
"Louga",
|
|
"Louisiana",
|
|
"Lovelace",
|
|
"Lowestoft",
|
|
"Lubumbashi",
|
|
"Luciana",
|
|
"Luckenwalde",
|
|
"Luedinghausen",
|
|
"Luke",
|
|
"Lund",
|
|
"Lutetia",
|
|
"Lyon",
|
|
"Maastricht",
|
|
"Macallen",
|
|
"Macclesfield",
|
|
"Machaga",
|
|
"Madelia",
|
|
"Madiago",
|
|
"Madigan",
|
|
"Madison",
|
|
"Madjorio",
|
|
"Madras",
|
|
"Magherafelt",
|
|
"Magumeri",
|
|
"Magwa",
|
|
"Mahina",
|
|
"Maiduguri",
|
|
"Makiling",
|
|
"Makiso",
|
|
"Malakal",
|
|
"Malaysia",
|
|
"Malika",
|
|
"Malmoe",
|
|
"Malstatt",
|
|
"Mampeza",
|
|
"Mampong",
|
|
"Mana",
|
|
"Manchester",
|
|
"Mandera",
|
|
"Mango",
|
|
"Manhattan",
|
|
"Mannheim",
|
|
"Mapo",
|
|
"Mara",
|
|
"Maracaibo",
|
|
"Marburg",
|
|
"Maricopa",
|
|
"Marienthal",
|
|
"Maritzburg",
|
|
"Marmande",
|
|
"Maron",
|
|
"Maroua",
|
|
"Marsabit",
|
|
"Marseille",
|
|
"Marshall",
|
|
"Martonos",
|
|
"Maryland",
|
|
"Marylebone",
|
|
"Masembe",
|
|
"Maska",
|
|
"Massakory",
|
|
"Massenya",
|
|
"Massilia",
|
|
"Matadi",
|
|
"Mathura",
|
|
"Matopeni",
|
|
"Mattenhof",
|
|
"Maumee",
|
|
"Mayday",
|
|
"Mbandaka",
|
|
"Mbao",
|
|
"Meekatharra",
|
|
"Melaka",
|
|
"Melbourne",
|
|
"Meleagridis",
|
|
"Memphis",
|
|
"Menden",
|
|
"Mendoza",
|
|
"Menston",
|
|
"Mesbit",
|
|
"Meskin",
|
|
"Messina",
|
|
"Mgulani",
|
|
"Miami",
|
|
"Michigan",
|
|
"Middlesbrough",
|
|
"Midway",
|
|
"Mikawasima",
|
|
"Millesi",
|
|
"Milwaukee",
|
|
"Mim",
|
|
"Minna",
|
|
"Minnesota",
|
|
"Mishmarhaemek",
|
|
"Mississippi",
|
|
"Missouri",
|
|
"Miyazaki",
|
|
"Mjordan",
|
|
"Mkamba",
|
|
"Moabit",
|
|
"Mocamedes",
|
|
"Moero",
|
|
"Moers",
|
|
"Mokola",
|
|
"Molade",
|
|
"Molesey",
|
|
"Mono",
|
|
"Mons",
|
|
"Monschaui",
|
|
"Montaigu",
|
|
"Montevideo",
|
|
"Montreal",
|
|
"Morbihan",
|
|
"Morehead",
|
|
"Morillons",
|
|
"Morningside",
|
|
"Mornington",
|
|
"Morocco",
|
|
"Morotai",
|
|
"Moroto",
|
|
"Moscow",
|
|
"Moualine",
|
|
"Moundou",
|
|
"Mountmagnet",
|
|
"Mountpleasant",
|
|
"Moussoro",
|
|
"Mowanjum",
|
|
"Mpouto",
|
|
"Muenchen",
|
|
"Muguga",
|
|
"Mulhouse",
|
|
"Mundonobo",
|
|
"Mundubbera",
|
|
"Mura",
|
|
"Mygdal",
|
|
"Myrria",
|
|
"Naestved",
|
|
"Nagoya",
|
|
"Nakuru",
|
|
"Namibia",
|
|
"Namoda",
|
|
"Namur",
|
|
"Nanergou",
|
|
"Nanga",
|
|
"Nantes",
|
|
"Napoli",
|
|
"Narashino",
|
|
"Nashua",
|
|
"Natal",
|
|
"Naware",
|
|
"Nchanga",
|
|
"Ndjamena",
|
|
"Ndolo",
|
|
"Neftenbach",
|
|
"Nessa",
|
|
"Nessziona",
|
|
"Neudorf",
|
|
"Neukoelln",
|
|
"Neumuenster",
|
|
"Neunkirchen",
|
|
"Newholland",
|
|
"Newjersey",
|
|
"Newlands",
|
|
"Newmexico",
|
|
"Newport",
|
|
"Newrochelle",
|
|
"Newyork",
|
|
"Ngaparou",
|
|
"Ngili",
|
|
"Ngor",
|
|
"Niakhar",
|
|
"Niamey",
|
|
"Niarembe",
|
|
"Niederoderwitz",
|
|
"Nieukerk",
|
|
"Nigeria",
|
|
"Nijmegen",
|
|
"Nikolaifleet",
|
|
"Niloese",
|
|
"Nima",
|
|
"Nimes",
|
|
"Nitra",
|
|
"Niumi",
|
|
"Njala",
|
|
"Nola",
|
|
"Nordrhein",
|
|
"Nordufer",
|
|
"Norton",
|
|
"Norwich",
|
|
"Nottingham",
|
|
"Nowawes",
|
|
"Noya",
|
|
"Nuatja",
|
|
"Nyborg",
|
|
"Nyeko",
|
|
"Oakey",
|
|
"Oakland",
|
|
"Obogu",
|
|
"Ochiogu",
|
|
"Ochsenwerder",
|
|
"Ockenheim",
|
|
"Odienne",
|
|
"Odozi",
|
|
"Oerlikon",
|
|
"Oesterbro",
|
|
"Offa",
|
|
"Ogbete",
|
|
"Ohlstedt",
|
|
"Okatie",
|
|
"Okefoko",
|
|
"Okerara",
|
|
"Oldenburg",
|
|
"Olten",
|
|
"Omifisan",
|
|
"Omuna",
|
|
"Ona",
|
|
"Onarimon",
|
|
"Onderstepoort",
|
|
"Onireke",
|
|
"Ontario",
|
|
"Oran",
|
|
"Oranienburg",
|
|
"Orbe",
|
|
"Ord",
|
|
"Ordonez",
|
|
"Orientalis",
|
|
"Orion",
|
|
"Oritamerin",
|
|
"Orlando",
|
|
"Orleans",
|
|
"Os",
|
|
"Oskarshamn",
|
|
"Oslo",
|
|
"Osnabrueck",
|
|
"Othmarschen",
|
|
"Ottawa",
|
|
"Ouagadougou",
|
|
"Ouakam",
|
|
"Oudwijk",
|
|
"Overchurch",
|
|
"Overschie",
|
|
"Overvecht",
|
|
"Oxford",
|
|
"Oyonnax",
|
|
"Pakistan",
|
|
"Palamaner",
|
|
"Palime",
|
|
"Panama",
|
|
"Papuana",
|
|
"Parakou",
|
|
"Paris",
|
|
"Parkroyal",
|
|
"Pasing",
|
|
"Patience",
|
|
"Penarth",
|
|
"Penilla",
|
|
"Pensacola",
|
|
"Perth",
|
|
"Petahtikve",
|
|
"Phaliron",
|
|
"Pharr",
|
|
"Picpus",
|
|
"Pietersburg",
|
|
"Pisa",
|
|
"Planckendael",
|
|
"Ploufragan",
|
|
"Plumaugat",
|
|
"Plymouth",
|
|
"Poano",
|
|
"Podiensis",
|
|
"Poeseldorf",
|
|
"Poitiers",
|
|
"Pomona",
|
|
"Pontypridd",
|
|
"Poona",
|
|
"Portanigra",
|
|
"Portland",
|
|
"Potengi",
|
|
"Potosi",
|
|
"Potsdam",
|
|
"Potto",
|
|
"Powell",
|
|
"Praha",
|
|
"Pramiso",
|
|
"Presov",
|
|
"Preston",
|
|
"Pretoria",
|
|
"Putten",
|
|
"Quebec",
|
|
"Quentin",
|
|
"Quincy",
|
|
"Quinhon",
|
|
"Quiniela",
|
|
"Ramatgan",
|
|
"Ramsey",
|
|
"Ratchaburi",
|
|
"Raus",
|
|
"Rawash",
|
|
"Reading",
|
|
"Rechovot",
|
|
"Redba",
|
|
"Redhill",
|
|
"Redlands",
|
|
"Regent",
|
|
"Reinickendorf",
|
|
"Remete",
|
|
"Remiremont",
|
|
"Remo",
|
|
"Reubeuss",
|
|
"Rhone",
|
|
"Rhydyfelin",
|
|
"Richmond",
|
|
"Rideau",
|
|
"Ridge",
|
|
"Ried",
|
|
"Riggil",
|
|
"Riogrande",
|
|
"Rissen",
|
|
"Rittersbach",
|
|
"Riverside",
|
|
"Roan",
|
|
"Rochdale",
|
|
"Rogy",
|
|
"Romanby",
|
|
"Roodepoort",
|
|
"Rosenberg",
|
|
"Rossleben",
|
|
"Rostock",
|
|
"Rothenburgsort",
|
|
"Rottnest",
|
|
"Rovaniemi",
|
|
"Royan",
|
|
"Ruanda",
|
|
"Rubislaw",
|
|
"Ruiru",
|
|
"Rumford",
|
|
"Runby",
|
|
"Ruzizi",
|
|
"Saarbruecken",
|
|
"Saboya",
|
|
"Sada",
|
|
"Saintemarie",
|
|
"Saintpaul",
|
|
"Salford",
|
|
"Salinas",
|
|
"Sally",
|
|
"Saloniki",
|
|
"Samaru",
|
|
"Sambre",
|
|
"Sandaga",
|
|
"Sandiego",
|
|
"Sandow",
|
|
"Sanga",
|
|
"Sangalkam",
|
|
"Sangera",
|
|
"Sanjuan",
|
|
"Sanktgeorg",
|
|
"Sanktjohann",
|
|
"Sanktmarx",
|
|
"Santander",
|
|
"Santhiaba",
|
|
"Santiago",
|
|
"Sao",
|
|
"Sapele",
|
|
"Saphra",
|
|
"Sara",
|
|
"Sarajane",
|
|
"Saugus",
|
|
"Scarborough",
|
|
"Schalkwijk",
|
|
"Schleissheim",
|
|
"Schoeneberg",
|
|
"Schwabach",
|
|
"Schwarzengrund",
|
|
"Schwerin",
|
|
"Sculcoates",
|
|
"Seattle",
|
|
"Sedgwick",
|
|
"Seegefeld",
|
|
"Sekondi",
|
|
"Selby",
|
|
"Sendai",
|
|
"Senegal",
|
|
"Senftenberg",
|
|
"Senneville",
|
|
"Seremban",
|
|
"Serrekunda",
|
|
"Shahalam",
|
|
"Shamba",
|
|
"Shangani",
|
|
"Shanghai",
|
|
"Shannon",
|
|
"Sharon",
|
|
"Sheffield",
|
|
"Sherbrooke",
|
|
"Shikmonah",
|
|
"Shipley",
|
|
"Shomolu",
|
|
"Shoreditch",
|
|
"Shubra",
|
|
"Sica",
|
|
"Simi",
|
|
"Sinchew",
|
|
"Sindelfingen",
|
|
"Singapore",
|
|
"Sinstorf",
|
|
"Sinthia",
|
|
"Sipane",
|
|
"Skansen",
|
|
"Slade",
|
|
"Sljeme",
|
|
"Sloterdijk",
|
|
"Soahanina",
|
|
"Soerenga",
|
|
"Sokode",
|
|
"Solna",
|
|
"Solt",
|
|
"Somone",
|
|
"Sontheim",
|
|
"Soumbedioune",
|
|
"Southbank",
|
|
"Souza",
|
|
"Spalentor",
|
|
"Spartel",
|
|
"Splott",
|
|
"Stachus",
|
|
"Stanley",
|
|
"Stanleyville",
|
|
"Staoueli",
|
|
"Steinplatz",
|
|
"Steinwerder",
|
|
"Stellingen",
|
|
"Stendal",
|
|
"Sternschanze",
|
|
"Sterrenbos",
|
|
"Stockholm",
|
|
"Stoneferry",
|
|
"Stormont",
|
|
"Stourbridge",
|
|
"Straengnaes",
|
|
"Strasbourg",
|
|
"Stratford",
|
|
"Strathcona",
|
|
"Stuivenberg",
|
|
"Stuttgart",
|
|
"Suberu",
|
|
"Sudan",
|
|
"Suelldorf",
|
|
"Sundsvall",
|
|
"Sunnycove",
|
|
"Surat",
|
|
"Surrey",
|
|
"Svedvi",
|
|
"Sya",
|
|
"Sylvania",
|
|
"Szentes",
|
|
"Tabligbo",
|
|
"Tado",
|
|
"Tafo",
|
|
"Taiping",
|
|
"Takoradi",
|
|
"Taksony",
|
|
"Tallahassee",
|
|
"Tamale",
|
|
"Tambacounda",
|
|
"Tamberma",
|
|
"Tamilnadu",
|
|
"Tampico",
|
|
"Tananarive",
|
|
"Tanger",
|
|
"Tanzania",
|
|
"Tarshyne",
|
|
"Taset",
|
|
"Taunton",
|
|
"Taylor",
|
|
"Tchad",
|
|
"Tchamba",
|
|
"Techimani",
|
|
"Teddington",
|
|
"Tees",
|
|
"Tejas",
|
|
"Teko",
|
|
"Telaviv",
|
|
"Telelkebir",
|
|
"Telhashomer",
|
|
"Teltow",
|
|
"Tema",
|
|
"Tempe",
|
|
"Tendeba",
|
|
"Tennenlohe",
|
|
"Tennessee",
|
|
"Tennyson",
|
|
"Teshie",
|
|
"Texas",
|
|
"Thayngen",
|
|
"Thetford",
|
|
"Thiaroye",
|
|
"Thies",
|
|
"Thompson",
|
|
"Tibati",
|
|
"Tienba",
|
|
"Tiergarten",
|
|
"Tiko",
|
|
"Tilburg",
|
|
"Tilene",
|
|
"Tinda",
|
|
"Tione",
|
|
"Togba",
|
|
"Togo",
|
|
"Tokoin",
|
|
"Tomegbe",
|
|
"Tomelilla",
|
|
"Tonev",
|
|
"Toowong",
|
|
"Torhout",
|
|
"Toricada",
|
|
"Tornow",
|
|
"Toronto",
|
|
"Toucra",
|
|
"Toulon",
|
|
"Tounouma",
|
|
"Tours",
|
|
"Trachau",
|
|
"Transvaal",
|
|
"Travis",
|
|
"Treforest",
|
|
"Treguier",
|
|
"Trier",
|
|
"Trimdon",
|
|
"Tripoli",
|
|
"Trotha",
|
|
"Troy",
|
|
"Truro",
|
|
"Tschangu",
|
|
"Tsevie",
|
|
"Tshiongwe",
|
|
"Tucson",
|
|
"Tudu",
|
|
"Tumodi",
|
|
"Typhi",
|
|
"Typhimurium",
|
|
"Typhisuis",
|
|
"Tyresoe",
|
|
"Uccle",
|
|
"Uganda",
|
|
"Ughelli",
|
|
"Uhlenhorst",
|
|
"Uithof",
|
|
"Ullevi",
|
|
"Umbadah",
|
|
"Umbilo",
|
|
"Umhlali",
|
|
"Umhlatazana",
|
|
"Uno",
|
|
"Uppsala",
|
|
"Urbana",
|
|
"Ursenbach",
|
|
"Usumbura",
|
|
"Utah",
|
|
"Utrecht",
|
|
"Uzaramo",
|
|
"Vaertan",
|
|
"Valdosta",
|
|
"Vancouver",
|
|
"Vanier",
|
|
"Vaugirard",
|
|
"Vegesack",
|
|
"Vejle",
|
|
"Vellore",
|
|
"Veneziana",
|
|
"Verona",
|
|
"Verviers",
|
|
"Victoria",
|
|
"Victoriaborg",
|
|
"Vietnam",
|
|
"Vilvoorde",
|
|
"Vinohrady",
|
|
"Virchow",
|
|
"Virginia",
|
|
"Visby",
|
|
"Vitkin",
|
|
"Vleuten",
|
|
"Vogan",
|
|
"Volkmarsdorf",
|
|
"Volta",
|
|
"Vom",
|
|
"Voulte",
|
|
"Vridi",
|
|
"Vuadens",
|
|
"Wa",
|
|
"Waedenswil",
|
|
"Wagadugu",
|
|
"Wagenia",
|
|
"Wanatah",
|
|
"Wandsworth",
|
|
"Wangata",
|
|
"Waral",
|
|
"Warengo",
|
|
"Warmsen",
|
|
"Warnemuende",
|
|
"Warnow",
|
|
"Warragul",
|
|
"Warri",
|
|
"Washington",
|
|
"Waycross",
|
|
"Wayne",
|
|
"Wedding",
|
|
"Welikade",
|
|
"Weltevreden",
|
|
"Wenatchee",
|
|
"Wentworth",
|
|
"Wernigerode",
|
|
"Weslaco",
|
|
"Westafrica",
|
|
"Westeinde",
|
|
"Westerstede",
|
|
"Westhampton",
|
|
"Westminster",
|
|
"Weston",
|
|
"Westphalia",
|
|
"Weybridge",
|
|
"Wichita",
|
|
"Widemarsh",
|
|
"Wien",
|
|
"Wil",
|
|
"Wilhelmsburg",
|
|
"Willamette",
|
|
"Willemstad",
|
|
"Wilmington",
|
|
"Wimborne",
|
|
"Windermere",
|
|
"Windsheim",
|
|
"Wingrove",
|
|
"Winneba",
|
|
"Winnipeg",
|
|
"Winslow",
|
|
"Winston",
|
|
"Winterthur",
|
|
"Wippra",
|
|
"Wisbech",
|
|
"Wohlen",
|
|
"Woodhull",
|
|
"Woodinville",
|
|
"Worb",
|
|
"Worthington",
|
|
"Woumbou",
|
|
"Wuiti",
|
|
"Wuppertal",
|
|
"Wyldegreen",
|
|
"Yaba",
|
|
"Yalding",
|
|
"Yaounde",
|
|
"Yardley",
|
|
"Yarm",
|
|
"Yarrabah",
|
|
"Yeerongpilly",
|
|
"Yehuda",
|
|
"Yekepa",
|
|
"Yellowknife",
|
|
"Yenne",
|
|
"Yerba",
|
|
"Yoff",
|
|
"Yokoe",
|
|
"Yolo",
|
|
"Yombesali",
|
|
"Yopougon",
|
|
"York",
|
|
"Yoruba",
|
|
"Yovokome",
|
|
"Yundum",
|
|
"Zadar",
|
|
"Zaiman",
|
|
"Zaire",
|
|
"Zanzibar",
|
|
"Zaria",
|
|
"Zega",
|
|
"Zehlendorf",
|
|
"Zerifin",
|
|
"Zigong",
|
|
"Zinder",
|
|
"Zongo",
|
|
"Zuilen",
|
|
"Zwickau"
|
|
)
|
|
|
|
library(dplyr)
|
|
salmonellae <- tibble(
|
|
genus = "Salmonella",
|
|
species = "enterica",
|
|
subspecies = serovars,
|
|
fullname = paste("Salmonella", serovars),
|
|
rank = "subspecies",
|
|
source = "manually added",
|
|
status = "accepted",
|
|
lpsn_parent = 784857,
|
|
gbif_parent = 9701185
|
|
)
|
|
|
|
groups <- c(
|
|
"Paratyphi A",
|
|
"Paratyphi B",
|
|
"Paratyphi C",
|
|
"Group A",
|
|
"Group B",
|
|
"Group C",
|
|
"Group D"
|
|
)
|
|
salmonellae <- salmonellae %>%
|
|
bind_rows(tibble(
|
|
genus = "Salmonella",
|
|
species = groups,
|
|
subspecies = "",
|
|
fullname = paste("Salmonella", groups),
|
|
rank = "species",
|
|
source = "manually added",
|
|
status = "accepted"
|
|
))
|
|
|
|
saveRDS(salmonellae, "data-raw/salmonellae.rds", version = 2)
|
|
|
|
# This was later needed to get the right parents for groups
|
|
microorganisms$lpsn_parent[which(microorganisms$genus == "Salmonella" & microorganisms$rank == "species")] <- "516547"
|
|
microorganisms$gbif_parent[which(microorganisms$genus == "Salmonella" & microorganisms$rank == "species")] <- "3221815"
|