mirror of https://github.com/msberends/AMR.git
ci fix
This commit is contained in:
parent
e2d05cb1b0
commit
1c4f91ab74
|
|
@ -23,11 +23,11 @@
|
|||
# chck <- rhub::check(devtools::build(), platform = c('debian-clang-devel', 'debian-gcc-devel', 'fedora-clang-devel', 'fedora-gcc-devel', 'windows-x86_64-devel', 'debian-gcc-patched', 'solaris-x86-patched', 'debian-gcc-release', 'windows-x86_64-release', 'macos-elcapitan-release', 'windows-x86_64-oldrel'))
|
||||
|
||||
stages:
|
||||
- build
|
||||
- test
|
||||
- deploy
|
||||
- check
|
||||
- lint
|
||||
|
||||
- test
|
||||
- website
|
||||
|
||||
image: rocker/r-base
|
||||
|
||||
before_script:
|
||||
|
|
@ -54,7 +54,7 @@ before_script:
|
|||
- echo 'LANGUAGE="en_US.utf8"' > ~/.Renviron
|
||||
|
||||
R-release:
|
||||
stage: build
|
||||
stage: check
|
||||
allow_failure: false
|
||||
script:
|
||||
- Rscript -e 'sessionInfo()'
|
||||
|
|
@ -66,6 +66,7 @@ R-release:
|
|||
# build package
|
||||
- R CMD build . --no-build-vignettes --no-manual
|
||||
- PKG_FILE_NAME=$(ls -1t *.tar.gz | head -n 1)
|
||||
- Rscript -e 'Sys.setenv(NOT_CRAN = "true")'
|
||||
- R CMD check "${PKG_FILE_NAME}" --no-build-vignettes --no-manual --as-cran
|
||||
artifacts:
|
||||
when: always
|
||||
|
|
@ -78,7 +79,7 @@ R-release:
|
|||
- installed_deps/
|
||||
|
||||
R-devel:
|
||||
stage: build
|
||||
stage: check
|
||||
image: rocker/r-devel
|
||||
allow_failure: false
|
||||
script:
|
||||
|
|
@ -91,6 +92,7 @@ R-devel:
|
|||
# build package
|
||||
- Rdevel CMD build . --no-build-vignettes --no-manual
|
||||
- PKG_FILE_NAME=$(ls -1t *.tar.gz | head -n 1)
|
||||
- Rscript -e 'Sys.setenv(NOT_CRAN = "true")'
|
||||
- Rdevel CMD check "${PKG_FILE_NAME}" --no-build-vignettes --no-manual --as-cran
|
||||
artifacts:
|
||||
when: always
|
||||
|
|
@ -102,8 +104,24 @@ R-devel:
|
|||
paths:
|
||||
- installed_deps/
|
||||
|
||||
coverage:
|
||||
stage: test
|
||||
lintr:
|
||||
stage: lint
|
||||
allow_failure: true
|
||||
when: on_success
|
||||
cache:
|
||||
key: r350
|
||||
paths:
|
||||
- installed_deps/
|
||||
policy: pull # no uploading after run
|
||||
only:
|
||||
- premaster
|
||||
- master
|
||||
script:
|
||||
# check all syntax with lintr
|
||||
- Rscript -e 'lintr::lint_package()'
|
||||
|
||||
codecovr:
|
||||
stage: coverage
|
||||
allow_failure: true
|
||||
when: on_success
|
||||
cache:
|
||||
|
|
@ -122,7 +140,7 @@ coverage:
|
|||
coverage: '/Code coverage: \d+\.\d+/'
|
||||
|
||||
pages:
|
||||
stage: deploy
|
||||
stage: website
|
||||
when: always
|
||||
only:
|
||||
- master
|
||||
|
|
@ -131,18 +149,3 @@ pages:
|
|||
artifacts:
|
||||
paths:
|
||||
- public
|
||||
|
||||
lintr:
|
||||
stage: lint
|
||||
when: on_success
|
||||
cache:
|
||||
key: r350
|
||||
paths:
|
||||
- installed_deps/
|
||||
policy: pull # no uploading after run
|
||||
only:
|
||||
- premaster
|
||||
- master
|
||||
script:
|
||||
# check all syntax with lintr
|
||||
- Rscript -e 'lintr::lint_package()'
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -130,7 +130,7 @@ test_that("mdro works", {
|
|||
"S. aureus", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S",
|
||||
"S. aureus", "R", "R", "R", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S",
|
||||
"S. aureus", "S", "S", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R",
|
||||
"S. aureus", "R", "R", "I", "I", "I", "I", "I", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R"
|
||||
"S. aureus", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R"
|
||||
)
|
||||
expect_equal(as.integer(mdro(stau)), c(1:4))
|
||||
expect_s3_class(mdro(stau, verbose = TRUE), "data.frame")
|
||||
|
|
@ -140,7 +140,7 @@ test_that("mdro works", {
|
|||
"Enterococcus", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S",
|
||||
"Enterococcus", "R", "R", "R", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S",
|
||||
"Enterococcus", "S", "S", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R",
|
||||
"Enterococcus", "R", "R", "I", "I", "I", "I", "I", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R"
|
||||
"Enterococcus", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R"
|
||||
)
|
||||
expect_equal(as.integer(mdro(ente)), c(1:4))
|
||||
expect_s3_class(mdro(ente, verbose = TRUE), "data.frame")
|
||||
|
|
@ -150,7 +150,7 @@ test_that("mdro works", {
|
|||
"E. coli", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S",
|
||||
"E. coli", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S",
|
||||
"E. coli", "S", "S", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R",
|
||||
"E. coli", "R", "R", "I", "I", "I", "I", "I", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R"
|
||||
"E. coli", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R"
|
||||
)
|
||||
expect_equal(as.integer(mdro(entero)), c(1:4))
|
||||
expect_s3_class(mdro(entero, verbose = TRUE), "data.frame")
|
||||
|
|
@ -160,7 +160,7 @@ test_that("mdro works", {
|
|||
"P. aeruginosa", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S",
|
||||
"P. aeruginosa", "R", "S", "S", "S", "R", "S", "S", "S", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S",
|
||||
"P. aeruginosa", "S", "S", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R",
|
||||
"P. aeruginosa", "R", "R", "I", "I", "I", "I", "I", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R"
|
||||
"P. aeruginosa", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R"
|
||||
)
|
||||
expect_equal(as.integer(mdro(pseud)), c(1:4))
|
||||
expect_s3_class(mdro(pseud, verbose = TRUE), "data.frame")
|
||||
|
|
@ -170,7 +170,7 @@ test_that("mdro works", {
|
|||
"A. baumannii", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S",
|
||||
"A. baumannii", "R", "R", "R", "R", "S", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S",
|
||||
"A. baumannii", "S", "S", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R",
|
||||
"A. baumannii", "R", "R", "I", "I", "I", "I", "I", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R"
|
||||
"A. baumannii", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R"
|
||||
)
|
||||
expect_equal(as.integer(mdro(acin)), c(1:4))
|
||||
expect_s3_class(mdro(acin, verbose = TRUE), "data.frame")
|
||||
|
|
|
|||
Loading…
Reference in New Issue