P281424/AMR
1
0
Fork 0
mirror of https://github.com/msberends/AMR.git synced 2025-07-08 18:41:58 +02:00
Code Releases Activity

ci fix

Browse Source
This commit is contained in:
dr. M.S. (Matthijs) Berends
2019-11-06 16:08:58 +01:00
parent e2d05cb1b0
commit 1c4f91ab74
2 changed files with 32 additions and 29 deletions
Download Patch File Download Diff File Expand all files Collapse all files

10
tests/testthat/test-mdro.R
View File

@ -130,7 +130,7 @@ test_that("mdro works", {
"S. aureus", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S",
"S. aureus", "R", "R", "R", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S",
"S. aureus", "S", "S", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R",
"S. aureus", "R", "R", "I", "I", "I", "I", "I", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R"
"S. aureus", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R"
)
expect_equal(as.integer(mdro(stau)), c(1:4))
expect_s3_class(mdro(stau, verbose = TRUE), "data.frame")
@ -140,7 +140,7 @@ test_that("mdro works", {
"Enterococcus", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S",
"Enterococcus", "R", "R", "R", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S",
"Enterococcus", "S", "S", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R",
"Enterococcus", "R", "R", "I", "I", "I", "I", "I", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R"
"Enterococcus", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R"
)
expect_equal(as.integer(mdro(ente)), c(1:4))
expect_s3_class(mdro(ente, verbose = TRUE), "data.frame")
@ -150,7 +150,7 @@ test_that("mdro works", {
"E. coli", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S",
"E. coli", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S",
"E. coli", "S", "S", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R",
"E. coli", "R", "R", "I", "I", "I", "I", "I", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R"
"E. coli", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R"
)
expect_equal(as.integer(mdro(entero)), c(1:4))
expect_s3_class(mdro(entero, verbose = TRUE), "data.frame")
@ -160,7 +160,7 @@ test_that("mdro works", {
"P. aeruginosa", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S",
"P. aeruginosa", "R", "S", "S", "S", "R", "S", "S", "S", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S",
"P. aeruginosa", "S", "S", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R",
"P. aeruginosa", "R", "R", "I", "I", "I", "I", "I", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R"
"P. aeruginosa", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R"
)
expect_equal(as.integer(mdro(pseud)), c(1:4))
expect_s3_class(mdro(pseud, verbose = TRUE), "data.frame")
@ -170,7 +170,7 @@ test_that("mdro works", {
"A. baumannii", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S",
"A. baumannii", "R", "R", "R", "R", "S", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "R", "S", "S", "S", "S", "S", "S", "S",
"A. baumannii", "S", "S", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R",
"A. baumannii", "R", "R", "I", "I", "I", "I", "I", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R"
"A. baumannii", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R"
)
expect_equal(as.integer(mdro(acin)), c(1:4))
expect_s3_class(mdro(acin, verbose = TRUE), "data.frame")