ci fix

.gitlab-ci.yml

@@ -23,11 +23,11 @@
 # chck <- rhub::check(devtools::build(), platform = c('debian-clang-devel', 'debian-gcc-devel', 'fedora-clang-devel', 'fedora-gcc-devel', 'windows-x86_64-devel', 'debian-gcc-patched', 'solaris-x86-patched', 'debian-gcc-release', 'windows-x86_64-release', 'macos-elcapitan-release', 'windows-x86_64-oldrel'))
 
 stages:
-  - build
+  - check
-  - test
-  - deploy
   - lint
-
+  - test
+  - website
+  
 image: rocker/r-base
 
 before_script:
@@ -54,7 +54,7 @@ before_script:
   - echo 'LANGUAGE="en_US.utf8"' > ~/.Renviron
 
 R-release:
-  stage: build
+  stage: check
   allow_failure: false
   script:
     - Rscript -e 'sessionInfo()'
@@ -66,6 +66,7 @@ R-release:
     # build package
     - R CMD build . --no-build-vignettes --no-manual
     - PKG_FILE_NAME=$(ls -1t *.tar.gz | head -n 1)
+    - Rscript -e 'Sys.setenv(NOT_CRAN = "true")'
     - R CMD check "${PKG_FILE_NAME}" --no-build-vignettes --no-manual --as-cran
   artifacts:
     when: always
@@ -78,7 +79,7 @@ R-release:
       - installed_deps/
 
 R-devel:
-  stage: build
+  stage: check
   image: rocker/r-devel
   allow_failure: false
   script:
@@ -91,6 +92,7 @@ R-devel:
     # build package
     - Rdevel CMD build . --no-build-vignettes --no-manual
     - PKG_FILE_NAME=$(ls -1t *.tar.gz | head -n 1)
+    - Rscript -e 'Sys.setenv(NOT_CRAN = "true")'
     - Rdevel CMD check "${PKG_FILE_NAME}" --no-build-vignettes --no-manual --as-cran
   artifacts:
     when: always
@@ -102,8 +104,24 @@ R-devel:
     paths:
       - installed_deps/
 
-coverage:
+lintr:
-  stage: test
+  stage: lint
+  allow_failure: true
+  when: on_success
+  cache:
+    key: r350
+    paths:
+      - installed_deps/
+    policy: pull # no uploading after run
+  only:
+    - premaster
+    - master
+  script:
+    # check all syntax with lintr
+    - Rscript -e 'lintr::lint_package()'
+
+codecovr:
+  stage: coverage
   allow_failure: true
   when: on_success
   cache:
@@ -122,7 +140,7 @@ coverage:
   coverage: '/Code coverage: \d+\.\d+/'
 
 pages:
-  stage: deploy
+  stage: website
   when: always
   only:
     - master
@@ -131,18 +149,3 @@ pages:
   artifacts:
     paths:
       - public
-
-lintr:
-  stage: lint
-  when: on_success
-  cache:
-    key: r350
-    paths:
-      - installed_deps/
-    policy: pull # no uploading after run
-  only:
-    - premaster
-    - master
-  script:
-    # check all syntax with lintr
-    - Rscript -e 'lintr::lint_package()'

tests/testthat/test-mdro.R

@@ -130,7 +130,7 @@ test_that("mdro works", {
     "S. aureus",  "R",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",
     "S. aureus",  "R",  "R",  "R",  "R",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",
     "S. aureus",  "S",  "S",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",
-    "S. aureus",  "R",  "R",  "I",  "I",  "I",  "I",  "I",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R"
+    "S. aureus",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R"
   )
   expect_equal(as.integer(mdro(stau)), c(1:4))
   expect_s3_class(mdro(stau, verbose = TRUE), "data.frame")
@@ -140,7 +140,7 @@ test_that("mdro works", {
     "Enterococcus",  "R",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",
     "Enterococcus",  "R",  "R",  "R",  "R",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",
     "Enterococcus",  "S",  "S",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",
-    "Enterococcus",  "R",  "R",  "I",  "I",  "I",  "I",  "I",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R"
+    "Enterococcus",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R"
   )
   expect_equal(as.integer(mdro(ente)), c(1:4))
   expect_s3_class(mdro(ente, verbose = TRUE), "data.frame")
@@ -150,7 +150,7 @@ test_that("mdro works", {
     "E. coli",  "R",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",
     "E. coli",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",
     "E. coli",  "S",  "S",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",
-    "E. coli",  "R",  "R",  "I",  "I",  "I",  "I",  "I",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R"
+    "E. coli",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R"
   )
   expect_equal(as.integer(mdro(entero)), c(1:4))
   expect_s3_class(mdro(entero, verbose = TRUE), "data.frame")
@@ -160,7 +160,7 @@ test_that("mdro works", {
     "P. aeruginosa",  "R",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",
     "P. aeruginosa",  "R",  "S",  "S",  "S",  "R",  "S",  "S",  "S",  "R",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",
     "P. aeruginosa",  "S",  "S",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",
-    "P. aeruginosa",  "R",  "R",  "I",  "I",  "I",  "I",  "I",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R"
+    "P. aeruginosa",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R"
   )
   expect_equal(as.integer(mdro(pseud)), c(1:4))
   expect_s3_class(mdro(pseud, verbose = TRUE), "data.frame")
@@ -170,7 +170,7 @@ test_that("mdro works", {
     "A. baumannii",  "R",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",
     "A. baumannii",  "R",  "R",  "R",  "R",  "S",  "R",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "R",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",  "S",
     "A. baumannii",  "S",  "S",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",
-    "A. baumannii",  "R",  "R",  "I",  "I",  "I",  "I",  "I",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R"
+    "A. baumannii",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R",  "R"
   )
   expect_equal(as.integer(mdro(acin)), c(1:4))
   expect_s3_class(mdro(acin, verbose = TRUE), "data.frame")